سابقه و هدف: ویروس آنفولانزا یکی از مهمترین عوامل مرگ و میر طیور بر اثر بیماریهای تنفسی است که سالیانه خسارات زیادی را به صنعت پرورش طیور در سراسردنیا وارد می‌کند.پروتین هماگلوتینین(HA) از عوامل اصلی در بیماری‌زایی این ویروس است لذا هدف از پژوهش حاضر کلون کردن و بیان این ژن در سلول Sf9 با استفاده از باکولوویروس می‌باشد.مواد و روشها: بعد از جداسازی ژنوم ویروس آنفولانزا H9N2، ژنHA توسط پرایمرهای اختصاصی با روشهایRT-PCR و PCR تکثیر و با کمک وکتورpFastBac Dual به بکمید منتقل گردید. بکمید نوترکیب واجد ژن HA به سلول میزبانDH10Bac انتقال داده شد. با ترانسفکت کردن سلولSf9 با بکمید نوترکیب، چگونگی بیان و میزان بیان پروتین نوترکیب با روشهای SDS-PAGE، western blotting و بردفورد بررسی شد.یافتهها: پروتین حاصل از بکمید نوترکیب با استفاده ازSDS PAGE بررسی و خلوص آن تائید شد. غلظت پروتین نوترکیب در محلول رویی سلولهایSf9 آلوده به ویروس نوترکیب µg/ml 138 تخمین و توسطwestern blotting تائید شد.نتیجهگیری: در تحقیق حاضر ژن HA بر روی وکتورPfastBacDual با موفقیت کلون شد و بعد از انتقال بر روی بکمید و ترانسفکت به سلولSf9 بیان مناسبی از ژن در محلول رویی سلولهایSf9 بدست آمد. با انجام آزمایشهای حیوانی، این پروتین میتواند به عنوان واکسن نوترکیب بر علیه آنفولانزا H9N2 مورد استفاده قرار گیرد. پرونده مقاله

سابقه و هدف: اشریشیاکلی O157:H7 پاتوژن مهم غذایی است که منجر به بیماری‌ های شدید گوارشی و مرگ می‌ شود. گاو مخزن اصلی این باکتری می باشد و طی مراحل کشتار وارد زنجیره غذایی می شود. شناسایی منبع آلودگی نقش مهمی در کنترل باکتری ایفا می کند. هدف از این مطالعه، تایپینگ مولکولی و تعیین روابط ژنتیکی جدایه های E.coli O157:H7 با تکنیکRAPD-PCR و بررسی ارتباط الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی و ژنتیکی آن‌ ها می باشد.مواد و روش ها: بهمنظور تعیین روابط ژنتیکی جدایه ها از تکنیک RAPDاستفاده شد. باند های حاصل از واکنش، ردیابی و پروفایل‌ های متعددی از DNA ترسیم شد. نتایج با نرم افزار NTSYSpc آنالیز و ارتباط ژنتیکی جدایه‌ ها بر اساس ضریب تشابه تعیین گردید. الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی با تکنیک دیسک دیفیوژن بررسی شد.یافته ها: اکثر جدایه ها به هفت آنتی بیوتیک حساسیت نشان دادند و در شش سویه مقاومت مشاهده شد. انگشت نگاریDNA ، 10الگوی ژنتیکی را نشان داد. جدایه ها از منابع مختلف بر اساس شباهت در الگوی RAPD خوشه بندی شدند. سویه ها حاوی الگوی DNA متفاوت و فاصله ژنتیکی بالا، الگوهای متفاوتی از حساسیت آنتی بیوتیکی را نشان دادند.نتیجه گیری: تنوع ژنومی متعدد، پروفایل های متمایزی از DNA را در سویه های با روابط کلونال یکسان نشان داد و الگو های متفاوت از مقاومت آنتی بیوتیکی آشکار شد. از این رو استفاده همزمان از الگوهای مقاومت آنتیب یوتیکی و تایپینگ مولکولی با تکنیک RAPD-PCR می تواند در ردیابی جدایه ها و کنترل عفونت موثر باشد. پرونده مقاله

سابقه و هدف: پیلی و زیر واحد B توکسین مهمترین عوامل بیماری‌زایی ویبریو کلرا می‌باشند. در این پژوهش، از پایانه C توکسین کلاستریدیوم پرفرینجنس به عنوان یک سیستم تحویل استفاده گردید و با ایجاد کایمرای TcpA-CtxB پروتین حاصل در باکتری اشریشیا کلی بیان شد.مواد و روش‌ها: به صورت تجربی، توانایی سازه دارای CtxB-TcpA-CPE در مقایسه با توالی‌های پروتینی کامل هر یک از پروتین‌های CtxB، TcpA و C-CPE مورد مطالعه قرار گرفت. تکثیر قطعات ژنی با استفاده از PCR و سپس کلونسازی در وکتورهای بیانی انجام شد. به منظور ساخت سازه، پروتین کایمرای هدف با استفاده از لینکر طراحی و به روش سنتتیک تولید شد. پس از تولید، پروتین‌ها تخلیص و سپس با روش ایمونوبلات مورد تایید قرار گرفتند.یافتهها: پروتین کایمرا تولید شده 484 اسیدامینه داشت. این تعداد آمینواسید میتواند نشان دهنده پایداری پروتین باشد. ژن c-cpe، ژن tcpA و ژن ctxB به ترتیب دارای اندازههای 381،375 و 675 جفت باز بودند. نتایج هضم آنزیمی و تعیین توالی نشان دهنده‌ی همولوژی نوکلئوتیدی محصولات بدست آمده با توالی ژن‌های ثبت شده در NCBI بود. این ژن‌ها به طور موفقیت آمیزی در میزبان اشریشیا کلی وارد و اندازه باند پروتینی آن‌ها در SDS-PAGE به ترتیب، 15، 25، 25 و 52 کیلودالتون بود.نتیجه‌گیری: براساس مطالعات فیزیکوشیمیایی صورت گرفته، به نظر می‌رسد که این پروتین نوترکیب کاندیدای خوبی برای بررسی به عنوان واکسن خوراکی ویبریو کلرا باشد که البته برای اثبات این فرضیه به انجام آزمون‌های چالشی و مطالعات تکمیلی بیشتری نیاز دارد. پرونده مقاله

سابقه و هدف: در بیماران سرطانی که تحت شیمی درمانی قرار می‌گیرند پلاکت خونشان پایین می‌آید اینترلوکین 11، یک سایتوکین افزاینده پلاکت خون است. اینترلوکین 11 نوترکیب انسانی، تنها دارویی است که برای درمان اثرات ناشی از شیمی درمانی تأیید شده است. در این تحقیق از دو شاتل وکتور pHT43 و pMR12 جهت کلون کردن و بیان ژن اینترلوکین 11در باسیلوس سوبتیلیس استفاده شد و میزان بیان در این دو وکتور بررسی گردید.مواد و روش ها: در این مطالعه ژن اینترلوکین 11 به صورت ساختاری بسته با دو جایگاه برشBamHI وXbal با اندازه نهایی bp609 طراحی و سنتز شد. سپس این ژن بر روی شاتل وکتورهای pHT43 و pMR12 کلون و به باکتری باسیلوس سوبتیلیس WB600 انتقال یافت. میزان بیان پروتین نوترکیب اینترلوکین 11 بوسیله معرف بردفورد مورد بررسی قرار گرفت.یافته ها: با روشPCR وجود ژن اینترلوکین 11 را بر روی شاتل وکتورهای pHT43 و pMR12 نشان می‌دهد. میزان بیان توسط باکتری حاملpMR12-int11 پس از 9 ساعت انکوباسیون بیشترین میزان یعنی حدود µg/mL 75 و باکتری حامل pHT43-int11 پس از 4 ساعت، به میزانµg/mL 61/4 بوده است.نتیجه گیری: میزان بیان پروتین نوترکیب اینترلوکین 11 با استفاده از وکتور pMR12 نسبت به وکتور pHT43 بیشتر می‌باشد و تاکنون چنین میزان بیانی برای اینترلوکین 11 گزارش نشده است. باسیلوس سوبتیلیس قادر به بیان و تولید پروتین اینترلوکین 11 می‌باشد و می‌توان از آن به عنوان یک میزبان مناسب برای تولید دارو استفاده نمود. پرونده مقاله

سابقه و هدف: هلیکوباکتر پیلوری عامل عفونتهای مزمن گوارشی شناخته شده است. درمیان روشهای تشخیصی، تست سرولوژیک یک روش دردسترس با حساسیت قابل قبول است. اما اختصاصیت پایین، کاربرد آن را محدود میکند. هدف از این مطالعه طراحی، کلونسازی و بیان پروتین نوترکیب حاصل از دو ژنureB وomp18 از سویه بومی ایرانی میباشد که میتواند به‌عنوان یک الگو در طراحی کیت سرولوژیک با اختصاصیت بالا به منظور تشخیص عفونت هلیکوباکتر پیلوری به کار رود.مواد و روشها: پس از استخراج DNA ژنومی هلیکوباکتر پیلوری، ژنهای ureB وomp18 با واکنش PCR تکثیر شده و بعد از برش آنزیمی در وکتور بیانی pET-22b کلون گردید. بیان پروتین نوترکیب حاصله با کمک IPTG القا و با خلوص بالا با کروماتوگرافی میل-ترکیبی (Affinity Chromatography) تخلیص شد. خاصیت آنتیژنی پروتین نوترکیب تخلیص شده با روش وسترن بلاتینگ تایید گردید.یافتهها: دو قطعهی ژنی ureB وomp18 به ترتیب با سایزهای 597 و 479 جفت باز توسط PCR تکثیر یافته و به شکل یک قطعهی هیبرید در وکتور pET-22b کلون گردید. بیان پروتین نوترکیب حاصل در باکتری E. coli BL21(DE3) به شکل یک قطعهی حدود 60 کیلودالتونی در SDS-PAGE ظاهر گردیده و توسط ستون Ni-NTA تخلیص شد. نتایج وسترن بلات آنتیژن کایمریک تخلیص شده با سرم بیماران مبتلا نشان دهنده ویژگی آنتیژنیِ این پروتین نوترکیب بود.نتیجهگیری: در مطالعهی حاضر برای اولین بار پروتین نوترکیب UreB- Omp18 از سویه بومی این باکتری تولید گردید که می‌تواند گزینه مناسبی برای طراحی کیت تشخیصی در منطقه باشد. پرونده مقاله

مقدمه: علی رغم پیشرفت در تشخیص و درمان، سرطان یکی از عوامل مهم مرگ و میر در دنیاست. یکی از داروهای مهم در درمان سرطان، وینکریستین است، ولی هنوز اثرات ضد لنفومای وینکریستین به ویژه در لنفوم سلول B بر روی بیان miRNAها مشخص نیست. هدف از مطالعه حاضر، بررسی اثر وینکریستین بر سایتوتوکسیسیتی و بیان miRNA-15a3p و miRNA-15a5p در سلول B ترانسفورم شده به ویروس اپشتاین بار ویروس (EBV) بود.مواد و روش ها: در این مطالعه تجربی، تاثیر وینکریستین بر رده سلولی CO 88BV59-1 LCL که سلول B ترانسفورم شده با EBV می باشد، مورد بررسی قرار گرفت. سلولها به مدت ۳ روز با وینکریستین (050/0 تا 50 میکرو مول) تیمار شدند. میزان زنده مانی سلول، مرگ سلولی و بیان miRNA-15a3p و miRNA-15a5p به ترتیب با استفاده از تکنیک MTT، فلوسیتومتری و Real-Time PCR بررسی قرار شد.نتایج:‌ وینکریستین به طور معنی داری باعث مهار تکثیر و آپوپتوز در سلولهای آلوده به EBV به صورت وابسته به دوز و زمان شد(P<0.05). در سلول های تیمار شده با وینکریستین تغییر معنی داری در میزان بیان miRNA-15a3p و miRNA-15a5p در مقایسه با سلول های تیمار نشده وجود نداشت(P>0.05). نتیجه گیری:‌ نتایج نشان داد که تاثیر سایتوتوکسیسیتی وینکریستین در کاهش زنده مانی و افزایش مرگ سلولی سلول های B ترانسفورم شده آلوده به EBV مستقل از تغییر بیان miRNA-15a3p و miRNA-15a5p می باشد. پرونده مقاله

سابقه و هدف: پاستورلا مالتوسیدا به عنوان یک باکتری فرصت طلب مسئول ایجاد عفونت هموراژیک در گاو و بوفالو و پنمونی دامی در بز و گوسفند میباشد. فاکتورهای ادهسین به عنوان فاکتورهای حدت بالقوه نقش حیاتی در کلونیزایی و تهاجم باکتری در میزبان را دارند. هدف از این پژوهش ارزیابی فراوانی ژنهای ادهسین در پاستورلا مالتوسیدا جدا شده از دام بود. مواد و روشها: این پژوهش بر روی 50 نمونه جدا شده از گوسفند، بز و گاو انجام گردید. تکثیر ژنkmt1 با هدف تعیین هویت مولکولی جدایهها و شناسایی ژنهای ادهسین fimA، hsf1 وhsf2 با روش Simple PCR انجام شد. یافتهها: نتایج آنالیز PCR نشان داد فراوانی ژنهای ادهسین (44%)fimA و (80%)hsf2 میباشد. علاوه بر این ژنhsf1 در هیچ کدام از جدایهها یافت نشد.hsf2 تنها ژن ادهسین شناسایی شده در گاو بود بنابراین احتمالا میتواند نقش حیاتی در تهاجم در این میزبان را ایفا کند. علاوه بر این مشخص شد که بین ژنhsf2 و تایپ کپسولیD ارتباط معناداری وجود دارد. نتیجهگیری: در مطالعه حاضر اطلاعات جدیدی در رابطه با فراوانی ژنهای ادهسین در پاستورلا مالتوسیدا جدا شده از دامهای مختلف در شیراز به دست آمد. بررسی قدرت بیماریزایی ژنهای ادهسین در حیوان آزمایشگاهی و ارزیابی نقش این فاکتورها در ایجاد ایمنی در برابر پاستورلوز پیشنهاد میگردد. پرونده مقاله

سابقه و هدف: سودوموناس آئروژینوزا دارای چندین پمپ پروتینی است که با آنها آنتیبیوتیکها را به بیرون تخلیه میکند. این موضوع باعث شکلگیری مقاومتهای چند دارویی شده است. هدف از این مطالعه بررسی تاثیر نانوذرات طلا بر روی بیان ژن‌های mexA/B در سویههای سودوموناس آئروژینوزای مقاوم به چند دارو بوده است. مواد و روشها: در این مطالعه مقطعی-توصیفی تعداد 74 نمونه مشکوک به جنس سودوموناس جمعآوری و از تستهای فنوتیپی و ژنوتیپی برای غربالگری سودوموناس آئروژینوزا استفاده شد. سپس با استفاده از جداول استاندارد 2020CLSI و به روش انتشار دیسک با بکارگیری 11 آنتیبیوتیک از کلاسهای مختلف، تست آنتیبیوگرام انجام شد. فراوانی ژنهایmexA/B به روش واکنش زنجیرهای پلیمراز بررسی گردید و پس از تعیین حداقل غلظت بازداندگی نانوذرات طلا، تاثیرنانوذرات طلا بربیان ژنهای mexA/B بااستفاده ازتکنیک SYBER Green-Real Time PCR مورد بررسی قرار گرفت. یافتهها: در این مطالعه (67/57%)50 جدایه سودوموناس آئروژینوزا شناسایی شد. بیشترین وکمترین میزان مقاومت آنتیبیوتیکی مربوط به آزترونام (98%) و سفپیم (26%) بود. میزان شیوع ژنها به ترتیب، mexA(74%)، mexB(70%) و mexA/B(58%) و 12% نیز فاقد هر دو ژن بودند. نانوذرات طلا در ppm50≤MIC اثر بازدارندگی رشد و در غلظتppm25 به همراه سیپروفلوکساسین، اثر بازدارندگی در بیان ژنهایmexA/B ازخود نشان داد. نتیجهگیری: نانو ذرات طلا میتوانند از بیان ژنهایmexA وmexB در سودوموناس آئروژینوزاهای مقاوم به چند دارو جلوگیری کنند. باتوجه به اینکه نانوذره طلا اثرات سمی برسلولهای یوکاریوتی ندارد، میتواند در فرایند درمان این گروه از باکتریها، حائز اهمیت باشد. پرونده مقاله

سابقه و هدف: بیماری طاعون نشخوار کنندگان کوچک یکی از مهم ترین عوامل بیماری زا از نظر اقتصادی در گوسفند و بز است که بوسیله موربیلی ویروس ها ایجاد می شود. پروتین H یکی از پروتین های اصلی ایجاد ایمنی بر علیه PPRV است. هدف از پژوهش حاضر کلون و بیان ژن H این ویروس بوسیله سیستم بیانی باکولو ویروس میباشد.مواد و روش ها: ژن H با روش RT-PCR و آغازگر های اختصاصی، تکثیر و در پلاسمید pFastBac Dual کلون شد. سپس بکمید نوترکیب واجد ژن فوق در سلول میزبان DH10Bac تولید شد. با ترانسفکت کردن سلول Sf9 با بکمید نوترکیب، میزان بیان و خصوصیات آن با روشهای SDS-PAGE، western blotting و بردفورد بررسی گردید.یافته ها: ژن H با استفاده از پرایمر های اختصاصی از روی ژنوم ویروس PPR به درستی تکثیر و باند اختصاصی بدست آمد و بعد از انتقال بر روی وکتور pFastBac Dual و سپس بر روی ژنوم باکولو ویروس، صحت کار با استفاده از PCR و هضم آنزیمی اثبات شد. با ترانسفکت کردن بکمید نوترکیب در سلول های Sf9 و انجام پاساژهای متوالی، با استفاده از SDS-PAGE و وسترن بلات نشان داده شد که پروتین نوترکیب حاصل، کاملا خالص و اختصاصی می باشد. میزان بیان این ژن µg/ml 218 بدست آمد.نتیجه گیری: با توجه به تولید میزان مناسبی از پروتین نوترکیب H، این پروتین می تواند گزینه مناسبی برای تولید واکسن نوترکیب بر علیه PPRV باشد. پرونده مقاله

سابقه و هدف: داشتن فلاژل و تحرک از عوامل مهم در استقرار و بیماری زایی هلیکوباکتر پیلوری می باشد. flaB ، یکی از ژن های مهم کد کننده پروتئین تاژکی است که آنتی بادی تولید شده علیه آن نقش عمده ای در ایمنی زایی ایفا می کند. هدف از این پژوهش، ساخت سازواره ژنی حامل ژن flaB و بررسی بیان آن در سلول های یوکاریوتی به عنوان گزینه ای برای تولید واکسن می باشد.مواد و روش ها: کلون سازی و ساب کلونینگ ژن flaB در پلاسمیدهای pTZ57RT و pBudCE4.1 انجام شد. سپس صحت کلون های بدست آمده با روش های PCR، هضم آنزیمی دوگانه و توالی یابی تایید شد. پس از انتقال سازواره تایید شده به سلول های HDF، بیان ژن در سطح ترانس کریپتوم و پروتئوم به دو روش RT-PCR و SDS-PAGE بررسی شد.یافته ها: نتایج PCR نشان دهنده تکثیر قطعه 1563 جفت بازی مربوط به ژن flaB بود. کلون سازی ژن مورد نظر با استفاده از سه روش PCR، هضم آنزیمی دوگانه و توالی یابی تایید گردید. مشاهده باند های 1563 جفت بازی و 56 کیلودالتونی حاصل از RT-PCR و SDS-PAGE نشان دهنده بیان موفق این سازواره در سلول های HDF بود.نتیجه گیری: سازواره نوترکیب توانایی تولید پروتئین FlaB را در سلول های جانوری دارد، بنابراین با توجه به نتایج بدست آمده این سازواره می تواند به عنوان یک انتخاب به منظور تولید واکسن ژنی موثر علیه هلیکوباکتر پیلوری استفاده گردد. پرونده مقاله

سابقه و هدف:یکی از روش های جدید به منظور تثبیت و استحکام خاک رسوب کلسیت به واسطه تحریک میکروبی (MICP) است. تولید سیمان زیستی یک فرآیند اکولوژیکی مبتنی بر فعالیت آنزیم اوره آز میکروبی است. این پژوهش با هدف جداسازی و شناسایی گونه‌های باسیلوس دارای پتانسیل MICP از اکوسیستم‌های متنوع ایران انجام شد. مواد و روش ها: این پژوهش به صورت مقطعی بر روی 200 نمونه خاک جمع آوری شده از اکوسیستم های خشک ایران انجام شد. جدایه های باسیلوس با استفاده از آزمون های متداول میکروبیولوژی و روش های مولکولی از جمله تجزیه و تحلیل توالی 16SrRNA و gyrA جداسازی وشناسایی شدند. برای تعیین توانایی تولید سیمان زیستی از آنالیز رشد در حضور اوره، مقادیرمختلف شوری، pH ، دما وهمچنین آنالیز SEM، XRD و تونل باد استفاده شد. یافته ها : از بین جدایه های باسیلوس شناسایی شده، 5 سویه دارای فعالیت اوره آزی قوی متعلق به 4 گونه مختلف باسیلوس آمیلولیکویفشنس ،باسیلوس تورنژینسیس، باسیلوس کاربنیفیلوس و باسیلوس اولیوس شناسایی گردید. شرایط بهینه جدایه های منتخب برای انجام MICP حرارت 35 درجه سلسیوس،8/8 pH و شوری 6 درصد بود. همچنین نتایج تونل باد، کاهش 100 برابری تلفات خاک در سرعت جریان 100 کیلومتر در ساعت را نشان داد. نتیجه گیری: نتایج نشان داد که جدایه های بومی باسیلوس پتانسیل قابل توجهی به منظور تولید سیمان زیستی دارند. از این رو استفاده ازفرایند MICP در سطح خاک به منظور کاهش تلفات خاک ناشی از فرسایش بادی، تثبیت شن های روان واستحکام زمین در خاک های صحاری کشور پیشنهاد می گردد. پرونده مقاله

سابقه و هدف : غربالگری باکتریهای مرتبط با اسفنج ها گامی مهم در اکتشاف داروهای جدید می باشد. هدف از پژوهش حاضر جداسازی و شناسایی باکتریهای مرتبط با اسفنج‌های پیرامون جزیره هرمز و یافتن باکتریهای مولد متابولیت‌های بازدارنده فعالیت آنزیم‌های آلفا گلوکوزیداز و آلفا آمیلاز بود. مواد و روش‌ها: در این مطالعه 25 نمونه از اسفنج‌های Haliclonaو Niphatea از 6 ایستگاه جمع آوری شدند. شناسایی بر اساس ویژگیهای فنوتیپی انجام شد. باکتریها در محیط نوترینت براث کشت و متابولیت‌های ثانویه آنها بوسیله اتیل استات استخراج شد. میزان بازدارندگی متابولیت‌ها در مقابل آلفا‌آميلاز و آلفا‌گلوکوزیداز بر اساس روش‌های رنگ‌سنجي ارزیابی شد. سمیت متابولیت‌ها علیه رده سلولی نرمال اندوتلیلال بند ناف بررسی شد. باکتریهای مولد با رویکرد تاکسونومی پلی‌فازی شناسایی شدند. یافته ها: در کل 105 باکتری جداسازی گردید. باکتریهای ویبریو و باسیلوس با 81/32 و 19/17 درصد در Haliclona sp.. و 51/19 و 15/34 درصد در .Niphatea sp فراوانی غالب را تشکیل دادند. متابولیت‌های استخراج شده از 3 جدایه با مقادیر IC50 متغیر ازg/ml µ 0/248 تا 8/366 فعالیت آنزیم آمیلاز را ممانعت کردند. همچنین 4 جدایه مولد متابولیت‌های بازدارنده علیه آنزیم آلفا‌گلوکوزیداز در مقادیر IC50 ازg/ml µ 4/159تا 9/670 بودند. بر اساس نتایج شناسایی پلی‌فازی جدایه‌های توانمند شامل Bacillus pumilus HH 165، Pseudomonas lurida HH 124، Streptomyces sp. HN 235، Bacillus tequilensis HN 231 بودند. نتیجه گیری: در این مطالعه 3 سویه باکتری مولد ترکیبات بازدارنده شامل آنزیم‌های آلفاآمبلاز و آلفا گلوکوزیداز و فاقد سمیت سلولی شناسایی گردید. باکتریهای مذکور می توانند کاندیدای مناسبی در مطالعات بیماری دیابت باشند. پرونده مقاله

زمینه و هدف: مایکوپلاسما گالی سپتیکوم، عامل بیماری مزمن تنفسی در جوجه های ماکیان، از نظر اقتصادی مهم ترین گونه مایکوپلاسما است که خسارات اقتصادی فراوان در سراسر جهان ایجاد می کند. فراوان ترین پروتئین های غشایی در مایکوپلاسما گالی سپتیکوم pMGA ، لیپوپروتئین هایی با حدود 67 کیلو دالتون می باشد. ژن‌های خانواده pMGA پتانسیل فوق‌العاده‌ای برای ایجاد تنوع در ساختار آنتی ژنی سطح سلول‌های مایکوپلاسما گالی‌سپتیکوم دارند. هدف از این مطالعه مقایسه الگوهای پروتئین pMGA بین سویه ها و میزبان های مختلف مایکوپلاسما گالی سپتیکوم بود. مواد و روش‌ها: ژنوم‌های کامل مایکوپلاسما گالیسپتیکوم در GenBank تا ژانویه 2020 بررسی و توالی‌های pMGA1.2 شناسایی، گروه‌بندی و کدگذاری شدند. پروتئین pMGA1.2 با طول 650 اسید آمینه بین دو میزبان مختلف (مرغ و فنچ خانگی) توسط نرم افزار بیوانفورماتیک در ژنوم های کامل مایکوپلاسما گالی سپتیکوم مورد بررسی قرار گرفت. یافته‌ها: ژن pMGA1.2 در سویه‌های مختلف مایکوپلاسما گالی‌سپتیکوم پنج گروه اصلی با بیش از 10 درصد واگرایی نشان داد. بر اساس تراز چند توالی، یک الگوی خاص در جدایه فنچ خانگی شناسایی شد. جالب توجه است که دو موتیف خاص 480DNQNVSNQ487 و SNVSSPSY647 639 درژن pMGA1.2 ازسویه TS-11 یافت شد که می تواند به عنوان نشانگر برای شناسایی و تمایز این سویه واکسن از مایکوپلاسما گالی سپتیکوم بیماری زا استفاده شود. نتیجه گیری: در این مطالعه نشان داده شد که پروتئین pMGA1.2 دارای نواحی آنتی ژنی اپی توپ سلول- B است که در تمام ایزوله ها حفظ شده است و می تواند در طراحی تست سرولوژیکی برای تشخیص آنتی بادی علیه مایکوپلاسما گالی سپتیکوم قابل استفاده باشد. پرونده مقاله

زمینه و هدف: سویه‌های اشریشیا کلی تولید کننده شیگا توکسین می‌توانند انسان‌ها را از طریق مصرف غذاهای حیوانی و گیاهی آلوده نمایند و عامل ایجاد مسمومیت‌های غذایی همراه با اسهال، کولیت هموراژیک، سندرم اورمی همولیت و حتی مرگ باشند. هدف از این پژوهش، جداسازی و شناسایی ژن‌های بیماری‌زای سویه‌های اشریشیا کلی O157:H7 از نمونه‌های آب میوه و سبزیجات شهرستان شیراز بود. مواد و روش‌ها: این پژوهش به صورت مقطعی-توصیفی بر روی 89 نمونه آب میوه و سبزیجات جمع آوری شده از چهار منطقه شیراز انجام شد. نمونه‌ها پس از غنی‌سازی در محیط ECB واجد نووبیوسین در دمای 37 درجه سانتی‌گراد مورد بررسی قرار گرفتند. سپس از محیط CT-SMAC و VRBA به‌منظور بررسی تخمیر سوربیتول و لاکتوز و از محیط کروموآگار برای بررسی فعالیت بتاگلوکورونیدازی جدایه‌های باکتریایی استفاده شد. با استفاده از آنتی‌سرم اختصاصی باکتری اشریشیا کلی O157 تایید گردید. در نهایت وجود ژن‌های بیماری‌زای stx1، stx2، eae و hly با استفاده از Multiplex PCR و ژن‌های rfb O157 و fliC H7 با روش single PCR بررسی شد. یافته‌ها: از مجموع نمونه‌های مورد بررسی 69 باکتری سوربیتول منفی (53/77%) جداسازی گردید که پس از بررسی‌های سرولوژیکی 21 باکتری (60/23%) به عنوان اشریشیا کلی O157 شناسایی شدند. از باکتری های یاد شده 17 باکتری (95/80%) ژن rfb O157 و 9 باکتری (84/42%) ژن fliC H7 را داشتند. با ارزیابی مارکرهای بیماری‌زایی، در 3 نمونه ژن stx1 و در یک نمونه ژن‌های stx1 و eaeشناسایی شد. نتیجه گیری: مطالعات گسترده‌تر بر روی منابع، میزان شیوع، سرنوشت و انتقال اشریشیا کلی O157:H7 در نزدیکی محیط‌های تامین سبزیجات به‌منظور تعیین مکانیسم‌های آلودگی قبل از برداشت محصول و توانایی انتقال آلودگی و بیماری‌زایی برای انسان ضروری است. پرونده مقاله

سابقه و هدف: یکی از روش های پیشنهاد شده به منظور تثبیت و استحکام خاک رسوب کلسیت به واسطه تحریک میکروبی (MICP) است. این مطالعه با هدف جداسازی باکتری های تجزیه کننده اوره موثر در ایجاد سیمان زیستی از خاک های خشک و کویری انجام شد.مواد و روش ها: این پژوهش به صورت مقطعی-توصیفی بر روی 280 نمونه جمع آوری شده ازخاک های مناطق مختلف ایران انجام شد. کشت نمونه ها بر روی محیط اوره براث انجام شد. سپس سنجش فعالیت آنزیم اوره آز باکتری های تجزیه کننده اوره انجام شد. باکتری های فعال توسط آزمون های متداول بیوشیمیایی و روش16S rRNA تعیین هویت شدند. تولید سیمان زیستی در باکتری های اوره از مثبت جداسازی شده در pH و دما های مختلف مورد ارزیابی قرار گرفت و با سویه استاندار اسپوروسارسینا پاسترویی ATCC 11589 مقایسه گردید. در نهایت کریستال های کربنات کلسیم در شرایط بهینه دمای 25 درجه سلیسیوس و 8.5 pH با آزمون بلورشناسی پرتو ایکس (XRD) مورد بررسی قرار گرفتند.یافته ها: 304 جدایه از 5 جنس مختلف جداسازی گردید. جنس های باسیلوس و اسپوراسارسینا از مهم ترین باکتری های تجزیه کننده اوره جداسازی از مناطق خشک و کویری بودند. بیشترین میزان کربنات کلسیم در دمای 25 درجه سلیسیوس و 8.5 pH تولید شد. 10 جدایه برتر موثر در تولید آنزیم اوره آز و سیمان زیستی با استفاده از روش مولکولی تعیین هویت و در بانک ژنی ثبت گردیدند. همچنین تولید سیمان زیستی سویه های برتر با استفاده از آزمون XRD تایید گردید.نتیجه گیری: نتایج نشان که در تولید کریستال های کربنات کلسیم مقدار اوره و کلرید کلسیم نقش اساسی دارند. همچنین باکتری اسپوروسارسینا پاستورویی از مهم ترین باکتری های تولید کننده سیمان زیستی بود. از این رو بهینه سازی شرایط رشد در حد بالاتر به منظور استفاده کاربردی از این باکتری در تثبیت شن های روان، استحکام زمین و پل سازی پیشنهاد می گردد. پرونده مقاله

سابقه و هدف: مقاومت هلیکوباکتر پیلوری به کلاریترومایسین تا حد قابل توجهی باعث کاهش اثرات درمانی داروی مذکور گردیده است. هدف از این پژوهش ارزیابی روش مستقیم real-time PCR و مقایسه آن با روش دیسک دیفیوژن برای شناسایی مقاومت به کلاریترومایسین در هلیکوباکتر پیلوری می باشد. مواد و روش‌ها: این پژوهش به‌صورت تجربی برروی 45 نمونه بیوپسی تهیه شده از بیماران دارای اختلالات گوارشی انجام شد. در تمامی نمونه‌های مورد بررسی وجود هلیکوباکتر پیلوری با کشت، RUT و PCR معمولی تایید گردید. همچنین مقاومت به کلاریترومایسین با استفاده از روش CLSI (Clinical and Laboratory Standard Institute) و real-time PCR با استفاده از پروب اختصاصی ناحیه پپتیدیل ترانسفراز ژن 23S rRNA هلیکوباکتر پیلوری انجام شد. یافته‌ها: با استفاده از روش دیسک دیفیوژن، 20 نمونه حساس (44/44%) و 25 نمونه مقاوم (56/55%) به کلاریترومایسین شناسایی گردید. اما با استفاده از روش real-time PCR در 20 نمونه ژنوتیپ مقاوم (44/44%)، 5 نمونه ژنوتیپ مخلوط (11/11%) و در 20 نمونه ژنوتیپ حساس (44/44%) به کلاریترومایسین شناسایی گردید. همچنین نتایج نشان داد که حساسیت این تکنیک برابر 40 باکتری یا 80 کپی از ژن 23S rRNA می باشد. نتیجه گیری: نتایج نشان داد که روش real-time PCR دارای حساسیت و دقت مناسبی برای شناسایی مقاومت به کلاریترومایسین در کمترین زمان ممکن است. پرونده مقاله

سابقه و هدف: باکتری پاستورلا مالتوسیدا به صورت هم زیست در دستگاه تنفسی فوقانی و سیستم گوارشی بسیاری از حیوانات اهلی و وحشی وجود دارد. سروتیپ هایA و D این باکتری از مهم ترین عوامل ایجاد کننده ذات الریه در گوسفند و بز به شمار می روند. فیمبریه و ادهسین، کپسول، توکسین، فاکتور جذب آهن، پروتئین غشای خارجی از مهم ترین فاکتورهای بیماریزای این باکتری محسوب می شوند. هدف از این پژوهش طراحی روشMultiplex PCR برای تشخیص هم زمان و سریع مهم ترین ژن های بیماریزا، تیپ بندی کپسولی و نیز شناسایی پاستورلامالتوسیدا جدا شده از گوسفند و بز دارای علائم تنفسی در استان فارس بود. مواد و روش ها: در مجموع 500 سوآب از لوزه و بینی گوسفند و بز دارای علائم تنفسی و مشکوک به پاستورولوز تنفسی از استان فارس جمع آوری گردید. در ابتدا با استفاده از تست های های بیوشیمیایی گونه باکتری شناسایی و تأئید گردید. سپس به کمک پرایمرهای اختصاصی مهم ترین فاکتورهای حدت باکتری به همراه تیپ کپسولی مورد بررسی قرار گرفتند. یافته ها: در این مطالعه 8/83 درصد از سویه های پاستورلا مالتوسیدا سروتیپ کپسولی A و 4/6 درصد سروتیپ D بودند. همچنین میزان فراوانی ژن های omph, ptfA, hgbA, toxA به ترتیب 4/77%، 19/74%، 74/67% و 74/67% گزارش گردید. نتیجه گیری: اکثر سویه های پاستورلا مالتوسیدا جدا شده از گوسفندان و بزها در استان فارس توکسیژن بودند و سروتیپ کپسولیA در بین جدایه ها شیوع بیشتری داشت. از میان ژن های بیماریزای مورد بررسی، دو ژن toxA وompH کد کننده درمونکروتوکسین و پروتئین غشای خارجی، بیشترین میزان شیوع را در سویه های جداسازی شده از گوسفند و بزها داشتند. بنابراین پایش دو ژن یاد شده می تواند نقش موثری در اپیدمیولوژی و عفونت تنفسی گوسفند و بز داشته باشد. پرونده مقاله

سابقه و هدف: اشریشیا کلی عامل بیش از 80% از عفونت های ادراری در تمام گروه‌های سنی جامعه است. سویه های اشریشیاکلی به چهار گروه فیلوژنتیک تقسیم می شوند. اغلب جدایه های های بیماریزای خارج روده ای متعلق به گروه B2 وD هستند. هدف از این پژوهش، تعیین گروه های فیلوژنتیک اشریشیاکلی جدا شده از بیماران با عفونت ادراری در جنوب ایران بود. مواد و روش‌ها: این پژوهش به صورت مقطعی _ توصیفی بر روی اشریشیاکلی جداشده از کشت ادرار بیماران مراجعه کننده به آزمایشگاه بیمارستان پیمانیه جهرم در سال 1389 انجام شد. از آزمون های بیوشیمیایی برای تعیین هویت باکتری های جداشده استفاده شد. سپس طبقه بندی گروه های فیلوژنتیک سویه های اشریشیاکلی با استفاده ازپرایمرهای اختصاصی ChuA وyjaA وTspE4.C2 و آزمون PCR انجام شد. یافته ها: از60 باکتری اشریشیاکلی شناسایی شده، 47 مورد (34/78%) مربوط به زنان و 13 مورد (76/21%) مربوط به مردان بود. شایع ترین گروه های فیلوژنتیک شناسایی شده D ،A و B1 به ترتیب با فراوانی70% ،3/23% و7/6 % بودند. اما درهیچ کدام از نمونه های مورد بررسی گروه B2 شناسایی نشد.همچنین بین گروه فیلوژنتیکی و متغیرهای سن، جنس، سابقه عفونت ادراری، سابقه مصرف آنتی بیوتیک و سابقه بستری شدن در بیمارستان ارتباط معناداری مشاهده نشد. نتیجه گیری: اشریشیاکلی جدا شده از عفونت های دستگاه ادراری در این منطقه، بیشتر متعلق به گروه فیلوژنتیک D بودند که در مقایسه با سایر مناطق از نظر نوع گروه فیلوژنتیکی متفاوت می باشند. پرونده مقاله

سابقه و هدف: به دلیل کاهش راندمان آبشویی میکروبی لازم است آهن فریک محلول لیچینگ قبل از استحصال مس با استفاده از روش هایی مانند جوانه جاروسیت حذف گردد. این پژوهش با هدف بررسی عملکرد کاتالیزوری جوانه های بیولوژیکی و باکتری اسیدی تیوباسیلوس فرواکسیدانس(Acidithiobacillus ferrooxidans) با استفاده از بیوسنتز جاروسیت انجام شد.مواد و روش ها:ابتدا باکتری اسیدی تیوباسیلوس فرواکسیدانس در محیط 9K به منظور سنتز جوانه های جاروسیت کشت داده شد. تاثیر فعالیت جوانه های بیولوژیکی در مقادیر مختلف (5 و 10 گرم بر لیتر) در تشکیل جاروسیت مورد آزمون قرار گرفت. نوع جاروسیت سنتز شده با آنالیزهای طیف سنجی مادون قرمز(FTIR)، پراش اشعه ایکس (XRD) و میکروسکوپ الکترونی(SEM) ارزیابی گردید. سپس مورفولوژی کریستال های جاروسیت سنتز شده مورد بررسی قرار گرفت.یافته ها: نتایج آنالیزهای طیف سنجی مادون قرمز، پراش اشعه ایکس نشان داد که جوانه جاروسیت بیوسنتز شده از نوع جاروسیت آمونیوم است. میزان رسوب جاروسیت با افزایش غلظت جوانه افزایش معنی داری داشت و زمان القای تشکیل رسوب کاهش یافت. با افزایش جوانه pH و پتانسیل اکسایش محیط کشت کاهش یافت. همچنین رشد باکتری در حضور جوانه های بیولوژیکی نسبت به محیط بدون جوانه کاهش داشت. نتایج میکروسکوپ الکترونی نشان داد که جوانه های جاروسیت اثرات قابل توجهی در مورفولوژی کریستال های جاروسیت دارد. کریستال های جاروسیت با حضور جوانه های بیولوژیکی ساختارهای صاف تر، یکنواخت تر و بزرگتری را در مقایسه با جاروسیت های بدون حضور جوانه داشتند.نتیجه گیری: نتایج نشان داد که تشکیل جاروسیت با حضور جوانه های بیولوژیکی کامل تر می گردد. نتایج به دست آمده از این تحقیق می تواند راندمان فرایند حذف آهن را در بیولیچینگ مس بهتر نماید و موجب کاهش هزینه های تولید گردد. پرونده مقاله