List of Articles QTL

• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  1 - Detection of gene loci related to drought tolerance in Iranian rice recombinant inbred lines
  Fatemeh Amirkolaei Hossein Sabouri Liela Ahangar Mehdi Zarei Hossein Hossein Moghaddam
  Objectives: The aim of this study was to determine the linked markers to genes controlling drought tolerance using Iranian rice recombinant inbred lines. Materials and Methods:In this study, 99 Recombinant Inbred Lines of Iranian rice population derived from the cross o More

  Objectives: The aim of this study was to determine the linked markers to genes controlling drought tolerance using Iranian rice recombinant inbred lines. Materials and Methods:In this study, 99 Recombinant Inbred Lines of Iranian rice population derived from the cross of Tarom and Khazar were planted based on randomized complete design in 5 kg pots at the greenhouse of Gonbad Kavous University in 2017. The studied traits were grain weight, Panicle weight, Panicle length, number of Panicle fertile, number of Panicle infertile and number of primary branches. To prepare a genetic map 265 SSR markers, 12 ISSR markers (44 polymorphic alleles), 5 iPBS markers (22 polymorphic alleles) and 2 IRAP markers (8 polymorphic alleles) were used. Results:The markers were used belonged to 12 chromosomes and 1047.4 cM of rice genome were covered. Five QTLs for drought condition and nine QTLs in flooding were located. QTLs related to number of infertile panicle and panicle weight in drought condition mapped between ISSR57-6 and ISSR58-2 markers, on chromosome 1. Also, out of QTLs identified in flooding condition, two QTLs related to the number of primary branches collocated to panicle weights QTLs on chromosomes 5 in IRAP30-1-ISSR2-1 region. qFGW-5, qPB, qFCN-3 and qSP explained a high percentage of phenotypic variation. The detected major effect QTLs in this study can be used in marker-assisted selection breeding programs after validation.   Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  2 - مقایسه حساسیت روش‌های BayesC و (GBLUP) در برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی تحت تفاوت جایگاه صفات کمی مدل مفروض
  M. Shirali S.R. Miraei-Ashtiani A. Pakdel C. Haley P. Navarro R. Pong-Wong
  هدف از این مطالعه، مقایسه صحت ارزش‌های اصلاحی برآورد شده و پیش‌بینی شده، به وسیله دو رویکرد مختلف، GBLUP  و BayesC، با استفاده از داده‌های شبیه سازی شده تحت توزیع‌های متفاوت اثرات جایگاه‌های مؤثر بر صفات کمی (QTL)، بود. داده‌ها با استفاده از سه توزیع متفاوت برای اث More

  هدف از این مطالعه، مقایسه صحت ارزش‌های اصلاحی برآورد شده و پیش‌بینی شده، به وسیله دو رویکرد مختلف، GBLUP  و BayesC، با استفاده از داده‌های شبیه سازی شده تحت توزیع‌های متفاوت اثرات جایگاه‌های مؤثر بر صفات کمی (QTL)، بود. داده‌ها با استفاده از سه توزیع متفاوت برای اثرات QTL، توزیع‌های یکنواخت، نرمال و گاما (66/1 و 4/0)، شبیه سازی شد. برای تعداد QTL مقادیر 5، 10 و 20 فرض شد. در نهایت، 9 سناریوی متفاوت برای مقایسه ارزش‌های اصلاحی برآورد شده حاصل از نشانگرها ایجاد شد و با استفاده از آزمونT  با هم مقایسه شدند. در مقایسات بین GBLUP و BayesC بر روی سناریوهای متفاوت صفات مورد مطالعه، برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی به دست آمد و فارغ از توزیع‌ها و فرضیات به کار رفته، این برآوردها با ارزش‌های اصلاحی واقعی در جمعیت آزمون همبستگی بالایی (80/0r>) را نشان داند. در اکثر صفات شبیه سازی شده، BayesC برآوردهای صحیح‌تری از GBLUP ارائه کرد. در تمامی سناریوها فارغ از توزیع‌های متفاوت اثرات QTL و در همه تعداد QTL، GBLUP همواره صحت بالایی ارائه کرد. BayesC در صفات دارای تعداد کمتر QTL و توزیع گامای اثرات QTL، صحت‌های بالاتری را ارائه کرد. درنتیجه، GBLUP و BayesC در همه سناریوها، همواره صحت‌های بالایی ارائه کردند، هرچند BayesC در صفات دارای تعداد کمتر QTL با توزیع گامای اثرات عملکرد بهتری داشت. Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  3 - صحت پیش‌بینی ژنومی تحت معماری‌های ژنتیکی و روش‌های برآورد متفاوت
  ع. عاطفی ع.ا. شادپرور ن. قوی حسین-زاده
  صحت پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی ژنومی در سطوح مختلف اندازه جمعیت مرجع، وراثت‌پذیری صفت و تعداد QTL مورد بررسی قرار گرفت. پنج روش بیزی شامل رگرسیون ریدج بیزی، بیز A، بیز B، بیز C و بیز لزو برای برآورد اثرات نشانگری طی 27 سناریو حاصل از ترکیب سه سطح وراثت‌پذیری (1/0، 3/0 و 5 More

  صحت پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی ژنومی در سطوح مختلف اندازه جمعیت مرجع، وراثت‌پذیری صفت و تعداد QTL مورد بررسی قرار گرفت. پنج روش بیزی شامل رگرسیون ریدج بیزی، بیز A، بیز B، بیز C و بیز لزو برای برآورد اثرات نشانگری طی 27 سناریو حاصل از ترکیب سه سطح وراثت‌پذیری (1/0، 3/0 و 5/0)، اندازه جمعیت مرجع (600، 1000 و 1600) و تعداد QTL (50، 100 و 150) مورد استفاده قرار گرفت. یک مدل جایگاه ژنی محدود برای شبیه‌سازی تصادفی یک جمعیت تاریخی شامل 100 حیوان در 100 نسل اول مورد استفاده قرار گرفت. طی 100 نسل بعدی اندازه جمعیت به تدریج به 1000 فرد افزایش یافت. سپس افراد نسل‌های 201 و 202 که دارای اطلاعات ژنوتیپی و فنوتیپی معلوم بودند به عنوان افراد جمعیت مرجع در نظر گرفته شده و نسل 203 و 204 بعنوان جمعیت تأیید لحاظ شدند. ژنوم شامل 5 کروموزوم هر کدام به طول 100 سانتی‌مورگان و 500 نشانگر چند‌شکلی تک نوکلئوتیدی بود که به صورت تصادفی در سطح کروموزوم‌ها توزیع شده بودند. QTL‌ها و نشانگرها دو آللی بودند. در تحقیق حاضر، وراثت‌پذیری اثر معنی‌دار مثبتی بر صحت داشت (001/0P<). با افزایش اندازه جمعیت مرجع میانگین صحت برآورد ژنومی از 03/0 + 64/0 به 04/0 + 70/0 افزایش یافت (001/0P<). صحت برآوردها به صورت غیر خطی به افزایش تعداد QTL عکس‌ العمل نشان داد. بیشترین و کمترین مقدار صحت روش‌های بیزی به ترتیب 05/0 + 84/0 و 04/0 + 40/0 بود. نتایج نشان می‌دهد که داشتن مقدار اطلاعات زیاد (وراثت‌پذیری بالا به عنوان مشارکت بیشتر ژن‌ها در واریانس فنوتیپی و جمعیت مرجع بزرگتر) منجر به صحت‌های بالاتر در تمام روش‌های برآورد استفاده شده می‌شود. Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  4 - Co-Segregation of Quantitative Trait Loci (QTL) Affecting Pre-Weaning Traits for Fat-Tailed Ghezal Sheep in Chromosome 1
  M. Bagheri A. Javanmard S. Alijani J. Shoja
  Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  5 - بررسی وجود QTL برای برخی از صفات رفتاری و عملکردی بر روی کروموزوم شماره4 در بلدرچین ژاپنی
  ا. رضوان نژاد ا. نصیری فر
  مطالعه حاضر به منظور شناسایی وجود QTL برای صفات وزن بدن در سنین 1، 7، 14، 21 و 28 روزگی، نرخ رشد روزانه در سنین 1-0، 2-1، 3-2 و 4-3 هفتگی، وزن لاشه بعد از کشتار و عدم تحرک در بلدرچین ژاپنی انجام شد. دو لاین متمایز بلدرچین ژاپنی شامل لاین وحشی و سفید که در مزرعه تحقیقاتی More

  مطالعه حاضر به منظور شناسایی وجود QTL برای صفات وزن بدن در سنین 1، 7، 14، 21 و 28 روزگی، نرخ رشد روزانه در سنین 1-0، 2-1، 3-2 و 4-3 هفتگی، وزن لاشه بعد از کشتار و عدم تحرک در بلدرچین ژاپنی انجام شد. دو لاین متمایز بلدرچین ژاپنی شامل لاین وحشی و سفید که در مزرعه تحقیقاتی دانشگاه شهید باهنر کرمان نگهداری می­شدند، مورد استفاده قرار گرفتند. پرندگان دو لاین به صورت تلاقی جابجایی برای تولید نسل F1 با یکدیگر تلاقی داده شدند. نسل F2 از تلاقی تصادفی پرندگان نسل F1 تولید شدند. مدل مورد استفاده برای نقشه یابیQTL  برای صفات اندازه­گیری شده، مدل F2 و ناتنی‌ها در نرم افزار QTL express بود. کل افراد نسل F2 (422 پرنده)، والدین آنها )34 پرنده  (F1و لاین‌های خالص (16 پرنده) توسط 2 نشانگر ریزماهواره بر روی کروموزوم 4 ژنوتایپ شدند. بر روی این کروموزوم، با استفاده از مدل ناتنی، QTL معنی‌داری در سطح 05/0 و 01/0 کروموزوم، شناسایی نشد. اما با مدل F2، یک QTL معنی‌دار در سطح 05/0کروموزوم برای وزن بدن در سن 21 و 28 روزگی، وزن لاشه ونرخ رشد روزانه در طی 2-1، 3-2 و 4-3 هفتگی در موقعیت 54cM شناسایی شد. از آنجاکه صفات رشد صفات پیچیده­ای هستند که تحت تأثیر بسیاری از جایگاه‌های مؤثر بر اشتها، جذب غذا، تخصیص مواد مغذی، میزان سوخت و ساز، فعالیت بدنی و غیره می‌باشند، همهQTL های شناسایی شده کمتر از 4 درصد از واریانس فنوتیپی برای صفات مورد نظر توضیح می­دهند. Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  6 - Mapping of QTLs Controlling Egg Quality on Chromosomes 6-8, Z and Three Linkage Groups in Chickens
  S.J. Rosochacki R. Olszewski B. Wardecka K. Jaszczak G. Zieba E. Juszczuk-Kubiak J. Poloszynowicz
  Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  7 - اثر تراکم نشانگری، تعداد QTL و وراثت‌پذیری صفت بر صحت انتخاب ژنومی
  ف. علاء نوشهر س.ع. رأفت ر. ایمانی-نبئی ص. علیجانی ک. روبرت گرنیه
  پیشرفت انتخاب ژنومی به طور گسترده­ای وابسته به وجود عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و QTLها، تعداد QTL و وراثت­پذیری صفت است. وجود عدم تعادل پیوستگی به ساختار ژنتیکی جمعیت و تراکم نشانگری بستگی دارد. این مطالعه جهت تخمین اثر تراکم نشانگر، وراثت­پذیری صفت و تع More

  پیشرفت انتخاب ژنومی به طور گسترده­ای وابسته به وجود عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و QTLها، تعداد QTL و وراثت­پذیری صفت است. وجود عدم تعادل پیوستگی به ساختار ژنتیکی جمعیت و تراکم نشانگری بستگی دارد. این مطالعه جهت تخمین اثر تراکم نشانگر، وراثت­پذیری صفت و تعداد QTL روی صحت ارزش­های اصلاحی ژنومی توسط دو روش آماری GBLUP و بیزA صورت پذیرفت. بنابراین سه صفت (تولید شیر، وزن لاشه و وزن بلوغ) به ترتیب با وراثت­پذیری 1/0، 3/0 و 5/0 با ژنومی شامل 3 کروموزوم، هر کدام به طول 100 سانتی­مورگان در گوسفند شبیه­سازی شد. سه سطح مختلف تراکم نشانگری (1000، 2000 و 3000) با سه سطح متفاوت تعداد QTL شامل 100، 200 و 300 در نظر گرفته شد. داده­ها با دو توزیع متفات اثر QTL شامل توزیع یکنواخت و گاما (66/1=α و 4/0=β) شبیه‌سازی شدند. تراکم نشانگری، تعداد QTL، توزیع اثرات QTL و سطوح مختلف وراثت­پذیری صفت به طور معنی­داری صحت ارزش اصلاحی ژنومی را تحت تأثیر قرار دادند (05/0>P). بیشترین میزان صحت ارزش اصلاحی ژنومی توسط روش بیزA در صفاتی با تعداد QTL پایین و توزیع گاما اثر QTL حاصل شد. بر اساس نتایج حاصل از این شبیه­سازی، وراثت­پذیری صفت همانند تراکم نشانگری می­تواند سبب افزایش عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و QTLها شود که این امر در اجرای موفق انتخاب ژنومی ضروری می­باشد. Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  8 - شناسایی جایگاه های صفات کمی مؤثر بر صفات تولید شیر بر روی کروموزوم 14 در گاوهای شیری هلشتاین
  م. نوری صادق س. انصاری-مهیاری م.پ. اسکندری نسب ف. رفیعی
  هدف از این تحقیق، تعیین جایگاه ­های صفات کمی (QTL) مؤثر بر صفات تولید شیر بر روی کروموزوم 14 گاوی با استفاده از دو روش تجزیه پیوستگی (LA) و عدم تعادل پیوستگی (LDLA) و مقایسه این دو روش در جمعیت هلشتاین ایران بود. تجزیه و تحلیل داده ­ها با آزمون نسبت درست ­نم More

  هدف از این تحقیق، تعیین جایگاه ­های صفات کمی (QTL) مؤثر بر صفات تولید شیر بر روی کروموزوم 14 گاوی با استفاده از دو روش تجزیه پیوستگی (LA) و عدم تعادل پیوستگی (LDLA) و مقایسه این دو روش در جمعیت هلشتاین ایران بود. تجزیه و تحلیل داده ­ها با آزمون نسبت درست ­نمایی (LRT) محاسبه و جهت برآورد مؤلفه ­های واریانس و کوواریانس بر اساس میانگین حداکثر احتمال اطلاعات از نرم افزار DMU استفاده و نتایج با آزمون مربع کای مقایسه شده و در نهایت محتمل­ ترین مکان­ ها برای صفات مورد نظر در سطح 5 درصد گزارش گردیدند. در این تحقیق تعیین ژنوتیپ بر مبنای طرح دختری با 232 دختر از 10 خانواده پدری و 10 نشانگر ریزماهواره در فاصله بین 0 تا 63 سانتی­مورگان از نقشه، بین نشانگرهای ILSTS039 و DIK4361 (ILSTS011، DIK2598، DIK4884، DIK5080، CBDIKM002، ILSTS039، BM1508، CSSM066، CBDIKM004 و DIK4361) انجام گردید. برای صفات تولید شیر و تولید چربی در دو روش مورد استفاده به ترتیب، بیشترین معنی­داری برای جایگاه QTL در فاصله­ های، 20 تا 60 و 54 تا 60 سانتی­مورگان (با استفاده از LA) و در فاصله ­های 12 تا 60 و 60 سانتی­مورگان (با استفاده از LDLA) گزارش شد. برای صفت درصد چربی شیر، بیشترین معنی­داری برای جایگاه QTL در نقاط 3، 12، 20، 36، 44 و 50 سانتی­مورگان در روش LA شناسایی شد. اما در روش LDLA برای صفت درصد چربی شیر معنی­ داری مشاهده نگردید. نتایج حاصل از این تحقیق با گزارشات مطالعات قبلی برای QTL های شناسایی شده مطابقت دارد. جهت شناسایی QTL در این تحقیق انتخاب به کمک نشانگر و انتخاب و تأیید ژن ­های کاندیدا مؤثر بر صفات اقتصادی در طرح ­­های اصلاح نژاد گاو شیری می ­تواند مفید باشد. Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  9 - Quantitative Trait Loci Mapping for Growth Curve Variables in Ghezel Sheep
  S. Hosseinzadeh A. Azartash S. Nikbin A. Javanmard M. Ali Abbasi S.A. Rafat M. Ghafari N. Hedayat-Evrigh S. Alijani
  Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  10 - Identification of QTLs related to rice seedling traits under K deficiency stress in Iranian inbred lines population
  Hossein Sabouri Abdollatif Gholizadeh Sharifeh Alegh , Somayyeh Sanchouli Mahnaz Katouzi
  10.30495/ijpp.2022.1948795.1395
  Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  11 - Genetic Mapping of Blooming Time in ‘Marcona’ × ‘Fragness’ Population with Using Molecular Markers
  R. TavakoliBanizi A. Imani M. Zeinalabedini A. Ebrahimi S. Piri
  10.22034/jon.2015.515649
  Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  12 - Identification of DNA Markers Linked to Blooming Time in Almond
  Mousa Rasouli Mohammad Reza Fattahi Moghaddam Ali Imani Zabihollah Zamani Pedro Martínez-Gómez
  10.22034/jon.2018.543679
  Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  13 - Role of chromosomes 1 and 6 in the genetic control of agronomical traits in rice
  Hossein Sabouri Mahnaz Katouzi Rasool Khatami Nejad
  In order to mapping of QTLs related to agronomical traits, an F2:3 population derived from the cross between Shahpasand (indica) and IR28 (indica) was used to mapping agronomic traits in rice. The linkage map constructed by 33 simple sequence repeat (SSR) molecular mark More

  In order to mapping of QTLs related to agronomical traits, an F2:3 population derived from the cross between Shahpasand (indica) and IR28 (indica) was used to mapping agronomic traits in rice. The linkage map constructed by 33 simple sequence repeat (SSR) molecular markers covered a total of about 336 cM rice chromosomes 1 and 6. Mapping population was grown in Gonbad Kavous University. Five QTLs, for biomass (Two QTLs) and harvest index (Three QTLs) were identified. The allele from IR28 parent increased biomass production. The additive effects of all alleles, except the alleles of qHI-1a increased measured traits in the plant. The QTLs related to harvest index were located on chromosomes 1 and 6 where the allele from IR28 at qHI-1b and qHI-6 increased harvest index. Number of filled grains, plant height, and panicle length, number of panicle, grain weight, and panicle weight were mapped. Three QTLs for number of filled grain were detected on chromosome 1(two QTLs) and choromosome 6 (1 QTL). Indeed, three QTLs on chromosomes 1 and 6 for the number of panicles, one QTL for the plant height (chromosome 6), one QTL for the panicle length and grain weight (chromosome 1) were identified. IR28 alleles in qFG-1a, qFG-1b and qFG-6 increased number of filled grains. Among these QTLs, the three major QTLs with very large effects, i.e. qFG-1a for number of filled grain, qLP-6 for panicle length and qWG-1  for grain weight explained 14.33, 12.45 and 11.99% of the total phenotypic variances, respectively. The results reinforced the idea that, new QTLs of this study could play an important role in the developing of rice populations. Manuscript profile