زمینه و هدف: دیابت از جمله شایع‌ترین ‌و مهم‌ترین بیماری‌های موجود در جهان می‌باشد و مبتلایان خود را در معرض خطر بالایی از نظر ابتلا به عفونت قرار می‌دهد. با توجه به شیوع بسیار زیاد دیابت در جوامع کنونی و خطرات ناشی از عفونت ادراری بررسی عوامل ایجاد کننده عفونت ادراری و راه صحیح درمان آن بشدت احساس می گردد. روش‌ بررسی: در این پژوهش با کشت ادرار 353 بیمار دیابتی و انجام تست های بیوشیمیایی بر روی نمونه های مثبت، تشخیص نوع باکتری پاتوژن صورت پذیرفته و پس از استخراج DNA از باکتری‌های جدا شده از بیماران، آزمون PCR جهت تایید تشخیص دقیق نوع باکتری های عامل عفونت ادراری انجام پذیرفت و با انجام تست آنتی بیوگرام بر روی نمونه های مثبت، درمان مناسب تعیین گردید. یافته ها: ابتلا به عفونت ادراری در مبتلایان به دیابت نوع 2، 3/28% گزارش گردید. باکتریوری بدون علامت1/22% وباکتریوری علامت دار 22/6% گزارش شد. میانگین سن بیماران 15/56 سال بود و شایع ترین باکتری های عامل عفونت ادراری در این بیماران به ترتیب اشریشیا کلی، کلبسیلا پنومونیه، پروتئوس، استافیلوکوکوس ساپروفیتیکوس، اسنیتوباکتر، سیتروباکتر، انتروباکتر، سودوموناس آئروژینوزا و پروویدنسیا بودند. نتیجه گیری:با توجه به این‌که جمعیت باکتریایی عامل عفونت ادراری در بیماران مبتلا به دیابت ملیتوس نوع 2،تقریبا مشابه افراد غیر دیابتی مبتلا به عفونت ادراری در دیگر مطالعات می باشد، در نتیجه درمان آنتی بیوتیکی اولیهجهت بیماران مبتلا به عفونت ادراریدر بیماران دیابتی با بیماران غیر دیابتی یکسان است. بهترین آنتی بیوتیک در این مطالعه نیتروفورانتئین تعیین گردید. Manuscript profile

سابقه و هدف: کلبسیلا پنومونیه از شایع‌ترین باکتری‌های گرم‌منفی در ایجاد عفونت‌های بیمارستانی به ویژه عفونت‌های دستگاه ادراری است که در چند سال اخیر به دلیل مصرف بی‌رویه آنتی‌بیوتیک‌ها در درمان بیماری‌های انسانی و دامی نسبت به اکثر آنتی‌بیوتیک‌ها مقاوم شده‌است. هدف از این مطالعه، تعیین الگوی مقاومت آنتی‌بیوتیکی در شایع‌ترین تیپ‌های کپسولی این باکتری در شهرستان زرین‌شهر اصفهان بود. مواد و روش کار: 29 جدایه کلبسیلا پنومونیه جدا شده از عفونتهای ادراری در بیماران بستری شده در بخشهای مختلف بیمارستان زرین‌شهر در تابستان 1395 تا تابستان 1396 انتخاب و پس از تایید فنوتیپی و ژنوتیپی و تعیین تیپ‌های کپسولی در آن‌ها، الگوی مقاومت آنتیبیوتیکی در جدایهها با استفاده از روش دیسک دیفوژن (Kirby-Bauer) طبق معیار CLSI بر روی محیط کشت مولر هینتون نسبت به 13 آنتیبیوتیک تعیین گردید. فراوانی حضور ژنهای کدکننده مقاومت آنتیبیوتیکی شامل ژنهایtetA، cmlA،Cat1 ، blaSHV،sul1 ،aac(3)-IV ،aadA 1، qnr وCITM ،dfrA1 ،tetB در جدایهها با استفاده از روش PCR تعیین شد. نتایج و نتیجه گیری: تیپ K2 با 74/51 درصد فراوانی شایع‌ترین سروتیپ کپسولی شناخته شده در جدایه‌ها بود. تمام جدایه‌های مورد بررسی دارای مقاومت آنتی‌بیوتیکی چندگانه بودند و علاوه‌ بر پنی‌سیلین، بیش‌ترین مقاومت آنتی‌بیوتیکی آن‌ها نسبت به تتراسایکلین (10/93 درصد) و کم‌ترین میزان مربوط به کلرامفنیکل (44/3 درصد) بود. ژن‌های tetA و sul1 به ترتیب با فراوانی 86/75 و 41/72 درصد شایع‌ترین و دو ژن cat1 و cmlA به ترتیب با فراوانی 89/6 و 34/10 درصد نادرترین ژن‌های کد‌کننده مقاومت آنتی‌بیوتیکی در جدایه‌های کلبسیلا پنومونیه جدا شده از عفونت‌های دستگاه ادراری بودند. Manuscript profile

سابقه و هدف: سویه‌های اشریشیا کلی عامل عفونت ادراری به گروه اشریشیا کلی بیماری‌زای خارج گوارشی تعلق دارند که فاکتورهای حدت مختلفی را بروز می‌دهند که کلونیزاسیون، تهاجم و متعاقب آن کاهش پاسخ دستگاه ایمنی میزبان را سبب می-شوند. مواد و روش‌ها: در این مطالعه 300 نمونه ادرار بیماران دیابتی مشکوک به عفونت ادراری مراجعه کننده به آزمایشگاه‌های تشخیص طبی شهرستان شهرکرد جمع آوری شد. با استفاده از آزمون‌های بیوشیمیایی استاندارد، 51 جدایه اشریشیاکلی تأیید گردید. جهت بررسی تشکیل بیوفیلم از روش میکروتیتر پلیت استفاده شد. پس از استخراج DNA، حضور ژن‌های فیمبریا afa، pap، sfa، fimH به روش PCR مورد بررسی قرار گرفت. یافته‌ها: از 51 جدایه اشریشیا کلی یوروپاتوژنیک 46 جدایه (16/90%) قادر به تولید بیوفیلم بودند واکنش تولید بیوفیلم مشاهده گردید، فراوانی ژن‌هایfimH ،pap، sfa و afa در جدایه‌هایی که قادر به تولید بیوفیلم قوی می‌باشند به ترتیب 90%، 80%، 80% و 10% ، در جدایه‌هایی که بیوفیلم متوسط تولید می‌کردند، 33/83%، 75%، 15% و 66/41% و در جدایه‌هایی‌که بیوفیلم ضعیف تولید می‌کردند 75%، 66/66%، 83/45% و 33/33% گزارش گردید. بحث: یافته‌های تحقیق نشانگر اهمیت ژن‌های ویرولانس در جدایه‌های تولید کننده بیوفیلم اشریشیا‌کلی یوروپاتوژنیک می‌باشد. نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که شیوع ژن‌های ویرولانس fimH و pap در میان جدایه‌های اشریشیا کلی یوروپاتوژنیک جدا شده از بیماران دیابتی در منطقه ما بالا می باشد. Manuscript profile

آلودگی آبهای زیرزمینی و سطحی به نیترات در بسیاری از مناطق دنیا به‌یک مشکل جدی تبدیل شده است. ایجاد عوارض نامطلوب روی اکوسیستم‌های آبی از مهمترین اثرات غلظت بالای نیترات در محلول‌های آبی است. نانوذرات فلزی آهن‌صفرظرفیتی(Fe0) برای تصفیه ترکیبات سمی از آب بسیار مورد توجه است. هدف از این پژوهش استفاده از نانوساختار فلزی پوشیده شده باکربن‌کوانتوم دات(CQD-Fe0) به‌منظور بررسی نقش آن‌ها در نیترات‌زدایی زیستی تیوباسیلوس دنیتریفیکانس -می‌باشد. به این‌منظور نانوذراتFe0 به‌روش کاهش در فاز مایع سنتز شدند و به‌منظور زیست سازگاری، توزیع یکنواخت و عدم کلوخه شدن،Fe0 با کربن‌کوانتوم‌دات پوشش‌دار شد. مشخصه‌یابی نانوذرات توسط XRD،TEM، FESEM، FTIR و DLS تعیین‌گردید. طیف FTIR، تشکیل پیوند CQD وFe0 را تأیید کرد. قطر متوسط نانوذراتCQD-Fe0 درمحدودهnm 32/38-31/29 مشاهده شد. براساس نتایج با افزایش دما، رشد و فعالیت نیترات زدایی زیستی میکروارگانیسم تیوباسیلوس دنیتریفیکانس افزایش می‌یابد. Manuscript profile

سویه‌های اسینتوباکتر‌بومانی با مقاومت چند‌دارویی عمدتاً به عنوان پاتوژن‌های فرصت‌طلب در ایجاد عفونت‌های بیمارستانی و نیز به عنوان یک آلوده‌کننده در حال ظهور در مواد غذایی با منشاء دامی محسوب می‌شوند. مطالعه حاضر با هدف تعیین الگوی مقاومت آنتی‌بیوتیکی و ژنوتایپینگ ایزوله‌های این باکتری در گوشت خام دام و طیور انجام شد. 22 ایزوله جدا شده از انواع گوشت خام خوراکی با روش تایپینگ ترادف‌یابی چند‌‌جایگاهی و انتشار ساده دیسک آزمایش شدند. بیش‌ترین مقاومت آنتی‌بیوتیکی مربوط به تتراسیکلین با فراوانی 90/90 درصد و کمترین میزان مربوط به دو آنتی‌بیوتیک آزیترومایسین و ایمی‌پنم با 09/9 درصد بود. در 22 ایزوله اسینتوباکتر‌بومانی مورد بررسی 5 پروفایل (کلون=ST) ژنتیکی شامل ST15، ST10، ST12، ST25 وST25 شناسایی شد و 5 ایزوله به عنوان ایزوله‌های غیر قابل تیپ‌بندی معرفی شدند. شناسایی میزان قابل قبولی از تنوع ژنتیکی در بین ایزوله‌ها با استفاده از تکنیک MLST نشان می‌دهد که این روش در مطالعه و تایپینگ ایزوله‌های اسینتوباکتر‌بومانی روش مفیدی به حساب می‌آید و می‌توان ایزوله‌های با منشاء متفاوت را در گروه‌های مختلف تقسیم‌بندی نمود. در این مطالعه مشخص گردید که با استفاده از توالی‌یابی ژن‌های خانه‌دار می‌توان سویه‌های اسینتوباکتر‌بومانی را تایپ‌بندی نمود و این مقدار پلی‌مورفیسم نشان می‌دهد که این تکنیک روش مفیدی برای آنالیز تنوع ژنتیکی سویه‌های اسینتوباکتر‌بومانی در نمونه‌های غذایی با منشاء دامی می‌باشد. Manuscript profile

باکتریوسین‌ها پروتئین‌های تولید شده توسط باکتری‌ها به خصوص باکتری‌های اسید لاکتیک هستند که خاصیت ضد میکروبی دارند و برای نگهداری غذا به کار می‌روند. در سال‌های اخیر توجه ویژه‌ای به این باکتری‌ها در جهت بهره‌گیری از آن‌‌ها به عنوان نگهدارنده‌های مواد غذایی معطوف شده‌است.در این تحقیق تعداد 120 نمونه فراورده شیر سنتی مختلف، پس از جدا‌سازی باکتری و تشخیص قطعی در حضور پرایمرهای اختصاصی مربوط به ژن‌های انتروسین مورد بررسی قرار گرفتند. ژن مربوط به انتروسینA در 14 ایزوله (81/31 درصد)، ژن مربوط به انتروسین P در 13 ایزوله (54/29 درصد)، ژن مربوط به انتروسین As-48 در 9 ایزوله (45/20 درصد). وجود هم‌زمان چند ژن با همدیگر در 6 ایزوله (63/13 درصد) مشاهده گردید به‌طوری‌که ژن مربوط به انتروسین‌هایA وP در 2 ایزوله (54/4 %)، ژن مربوط به انتروسین‌هایA و As48 در 7 ایزوله (09/15درصد)، ژن مربوط به انتروسین‌هایA, P و As48 در 5 ایزوله (36/11 درصد) مشاهده گردید. با توجه به حضور تعداد نسبتا زیادی از ژن‌های انتروسین در ایزوله‌های انتروکوکوس فکالیس جداشده از فراورده‌هایشیر سنتی انجام تحقیقات جهت بررسی خواص ضد میکروبی انتروسین‌های تولید شده توسط این باکتری ضروری به نظر می‌رسد. Manuscript profile

اامروزه روش های مبتنی بر PCR، به منظور تشخیص سویه‌های یرسینیا انتروکولیتیکا و بررسی ژن‌های حدت پلاسمیدی و کروموزومی مورد استفاده قرار می‌گیرند. این روش قادر به ارائه یک توصیف سریع و قابل اطمینان است. در این مطالعه 300 نمونه گوشت بوقلمون به طور تصادفی از فروشگاه‌های عرضه کننده فراورده‌های گوشتی در شهرستان شهرکرد جمع آوری شد. نمونه‌ها با استفاده از آزمون PCR شناسایی شدند و سپس ردیابی ژن‌های حدت در جدایه‌ها صورت پذیرفت. بر اساس نتایج، 55 جدایه سروتیپ O:3 شناسایی شد که شیوع ژن‌های حدت شامل (72/32%)yadA، (100%)inv، (18/38%)ail،(40%)ystA و (27/27%)virF بود. با توجه به افزایش روزمره مصرف گوشت بوقلمون در سطح کشور و احتمال انتقال یرسینیا انتروکولیتیکا به انسان، رعایت دقیق اصول نگهداری و عدم مصرف گوشت بوقلمون به صورت غیربهداشتی و به کارگیری آزمون PCR جهت شناسایی مستقیم آلودگی در مواد غذایی به عنوان یک روش سریع، دقیق و اختصاصی توصیه می‌گردد. کلید واژه ها: آزمون PCR، ژن‌های حدت، گوشت بوقلمون، یرسینیا انتروکولیتیکا Manuscript profile

در دو دهه اخیر، انتروکوک­ها مقاومت گسترده­ای به تعدادی از آنتی‌بیوتیک‌ها کسب کرده­اند که این امر سبب پیچیدگی در درمان عفونت­های ناشی از این باکتری­ها گردیده است. از آن جایی که گوشت قرمز به‌عنوان یک ماده غذایی پر مصرف مورد استفاده در ایران است و به سهولت با این باکتری آلوده می­شود بر آن شدیم تا فراوانی ژن­های مقاومت آنتی­بیوتیکی درجدایه­های انتروکوکوس فکالیس جدا شده از گوشت قرمز در شهرستان شهرکرد را مورد بررسی قرار دهیم. این تحقیق به‌صورت مقطعی-توصیفی روی 104 نمونه گوشت قرمز در سال 1394 در شهرکرد انجام شد. جداسازی باکتری با استفاده از روش­های بیوشیمیایی و تائید آن بر اساس ردیابی ژن 16srDNA صورت گرفت و مقاومت آنتی‌بیوتیکی جدایه­ها با استفاده از روش کربی بائر و ردیابی مولکولی ژن­های tetM، ant(2'''')-I، ermB و aac(6'')/aph(2'') انجام شد. بیشترین مقاومت میکروبی به استرپتومایسین (2/95 درصد) و بیشترین حساسیت نسبت به وانکومایسین (100 درصد) مشاهده شد. ژن ermB با فراوانی 9/76 درصد و ژن aac(6'')/aph(2'') با فراوانی 40 درصد بیشترین و کمترین ژن­های کد کننده مقاومت آنتی­بیوتیکی در ایزوله انتروکوکوس فکالیس بودند. نتایج مطالعه حاضر نشان داد که تا کنون مقاومت نسبت به ونکومایسین در ایزوله‌های انتروکوکوس فکالیس جدا شده از گوشت قرمز در شهرستان شهرکرد مشاهده نشده اما مقاومت بالایی نسبت به آنتی‌بیوتیک‌های استرپتومایسین، سفوتاکسیم، مروپنم، اریترومایسین، تتراسایکلین مشاهده گردید. هم­چنین مشخص شد که ژن ermB در ایزوله­های انتروکوکوس فکالیس مقاوم به آنتی‌بیوتیک از شیوع نسبتاً بالایی برخوردار است و فراوان‌ترین ژن عامل مقاومت است. Manuscript profile

استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس مقاوم به متی‌سیلین یک پاتوژن مهم است که باعث بیماری‌های عفونی که درمان آن‌ها بسیار مشکل است می‌شود. انتروتوکسین‌های استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس با اثر بروی سلول‌های اپی‌تلیال روده می‌توانند باعث ایجاد مسمومیت غذایی در افراد شوند. هدف از این مطالعه، شناسایی سویه‌های MRSE مرتبط با شیوع مسمومیت غذایی در اصفهان می‌باشد. در یک بازه زمانی 6 ماهه،60 نمونه بالینی جهت جداسازی سویه‌های استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس مورد بررسی قرار گرفتند. پس از شناسایی جدایه‌ها، ایزوله‌های MRSE با روش PCR جداسازی شدند و سپس الگوی مقاومت آنتی‌بیوتیکی آن‌‌ها با استفاده از روشKirby – Bauer تعیین شد. حضور ژن‌های انتروتوکسین sea، seb، sed و sei با روش PCR مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. از 60 نمونه مورد بررسی، 45 ایزوله استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس جداسازی شد که 30 جدایه (6/66 درصد) MRSE بودند. جدایه‌های MRSE بالاترین میزان مقاومت به پنی‌سیلین (80 درصد) و سفوکسیتین (6/56 درصد) را نشان دادند، درحالی‌که کمترین مقاومت را به لووفلوکساسین (3/13 درصد) و ریفامپیسین (6/6 درصد) نشان دادند. علاوه‌ براین شیوع فراوانی ژن‌های انتروتوکسین sea، seb، sed و sei در جدایه‌ها به ترتیب برابر با 60 درصد، 3/63 درصد،3/13 درصد و 6/76 درصد بود. در این مطالعه درصد بالایی از سویه‌های MRSE، مقاوم به آنتی‌بیوتیک بودند و انتروتوکسین تولید کردند. با توجه به این‌که این توکسین‌ها سوپرآنتی‌ژن می‌باشند و می‌توانند عوارض عفونت‌های بالینی و بیمارستانی را شدیدتر نمایند، تشخیص و درمان سریع این عفونت‌ها ضروری می‌باشد Manuscript profile

باکتری اشریشیاکلی O157:H7یکی از مهم ترین سویه های بیماری زای روده ای است که معمولا از طریق آب و غذای آلوده به انسان منتقل می شود. این سویه عامل ایجاد کولیت خونریزی دهنده، سندرم HUS، ترومبوتیک سیتوپنیک پورپورا و در مواردی مرگ است. مخزن اصلی این باکتری نشخوارکنندگان هستند. هدف از این پژوهش دسته بندی ژنتیکی (ژنوتایپینگ) ایزوله های این سویه جدا شده از گوشت خام دام و طیور با روش RAPD-PCR است. 344 نمونه گوشت خام نشخوارکنندگان و طیور از مراکز عرضه گوشت تازه در شهرهای اصفهان و شهرکرد جمع آوری و پس از کشت و جداسازی اشریشیاکلی از آن ها، حضور سروتیپ O157:H7با استفاده از روش PCR تایید شد. جهت دسته بندی ژنتیکی ایزوله های O157:H7 جدا شده از روش RAPD-PCR استفاده شد. از مجموع 344 نمونه گوشت خام مورد مطالعه، 202 جدایه اشریشیاکلی (7/58درصد) جداسازی شد که میزان آلودگی به سویه O157:H7 در آن ها، 8/17 درصد (36 نمونه) بود.دسته بندی ژنتیکی جدایه های اشریشیاکلی O157:H7، 9 پروفایل مختلف را در میان این 36 جدایه نشان داد و قرابتی معادل 7/43 تا 100 درصد در بین ایزوله ها یافت شد. در این پژوهش تشابه مولکولی زیادی بین سویه‌هایاشریشیاکلی O157:H7جدا شده از گوشت حیوانات مختلف در شهرهای اصفهان و شهرکرد دیده شد. همچنین مشخص شد که روش RAPD-PCR روشی ساده، سریع و ارزان جهت توصیف تنوع ژنتیکی سویه های مختلف اشریشیاکلی ازجمله سویه O157:H7می باشد Manuscript profile

مطالعه حاضر به منظور ارزیابی میزان آلودگی و الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی سویه های انتروکوکوس فکالیس جدا شده از نمونه های ماهی و میگو صید شده از خلیج فارس انجام شد. در کل 240 نمونه آبزیان صید شده از خلیج فارس شامل 120 نمونه ماهی و 120 نمونه میگو از استان بوشهر جمع آوری شد. حضور انتروکوکوس فکالیس با استفاده از کشت میکروبی و آزمون های بیوشیمیایی تایید شد. الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی جدایه های انتروکوکوس فکالیس با استفاده از روش دیسک انتشاری مورد ارزیابی قرار گرفت. پنجاه و چهار نمونه از کل 240 (50/22 درصد) نمونه های مورد مطالعه، آلوده به انتروکوکوس فکالیس بودند. آلودگی به انتروکوکوس فکالیس در نمونه های ماهی و میگو به ترتیب 30 و 15 درصد بود. جدایه های انتروکوکوس فکالیس جدا شده از نمونه های ماهی و میگو بیشترین میزان مقاومت را نسبت به آنتی بیوتیک های جنتامایسین (100 درصد)، تتراسایکلین (100 درصد)، اریترومایسین (100 درصد)، سفازولین (74/90 درصد) و تری متوپریم-سولفامتوکسازول (88/88 درصد) داشتند. مقاومت نسبت به کلرامفنیکل در هیچکدام از جدایه ها دیده نشد. نتایج مطالعه نشان داد که ماهی و میگو می توانند به عنوان منابع احتمالی انتروکوکوس فکالیس مقاوم به آنتی بیوتیک در نظر گرفته شوند. بنابراین پخت کامل غذاهای دریایی قبل از مصرف، رعایت بهداشت در مراکز صید و فروش آبزیان می تواند از بروز عفونت های گوارشی ایجاد شده بوسیله سویه های مقاوم به آنتی بیوتیک انتروکوکوس فکالیس جلوگیری کند. Manuscript profile

انتروکوکها از جمله میکروارگانیسم‌هایی هستند که عمدتاً در روده‌ها یافت می‌شوند. حضور زیاد آن‌ها در مواد غذایی می‌تواند دلیلی بر آلودگی مدفوعی باشد و از انواع مواد غذایی مانند سبزیجات، گوشت و غیره جدا شده‌اند. از بین مواد غذایی همبرگر از جمله محصولاتی است که به‌صورت دست‌ساز و به‌طورگسترده توسط اقشار مختلف مردم استفاده می‌شود. در این تحقیق تعداد 50 نمونه همبرگر با روش‌های بیوشیمیایی و مولکولی از نظر وجود انتروکوکوس فکالیس مورد بررسی قرار گرفتند. به‌منظور ردیابی ژن‌های ویرولانس در حضور زوج پرایمرهای اختصاصی با رعایت برنامه دمایی واکنش PCR صورت گرفت. از سویه استاندارد انتروکوکوس فکالیس ATCC 29212 به‌عنوان کنترل مثبت استفاده گردید. در این تحقیق از مجموع 50 نمونه مورد مطالعه تعداد 33 نمونه (66 درصد) آلوده به باکتری انتروکوکوس فکالیس تشخیص داده شدند. از 33 ایزوله انتروکوکوس فکالیس جدا شده از همبرگر، ژن efaA در8 ایزوله (24/24 درصد (، ژن cylA در 15 ایزوله (45/45 درصد(، ژن gel E در 9 ایزوله (27/27 درصد (، ژنesp در 2 ایزوله (06/6 درصد(، ژن agg در2 ایزوله (06/6 درصد)، و ژن‌های aca, asaو cylB در هیچ یک از ایزوله ها مشاهده نگردید. انتروکوک‌ها و کلی فرم‌ها به‌عنوان دو شاخص مهم بهداشتی مطرح هستند. با توجه به این‌که حضور زیاد انتروکوک‌ها در مواد غذایی می‌تواند دلیلی بر آلودگی مدفوعی باشد، نتایج حاصل از این تحقیق نشان دهنده آلودگی زیاد همبرگرهای عرضه شده در شهرستان شهرکرد می‌باشد Manuscript profile

انتروکوک‌ها گروه مهم و متنوعی از باکتری‌ها هستند که به‌عنوان باکتری مقاوم به بیشتر آنتی‌بیوتیک‌های مصرفی در درمان بیماری‌ها شناخته شده‌اند. در این مطالعه مقطعی- توصیفی 104 نمونه گوشت قرمز و 1000 نمونه ادرار مشکوک به عفونت دستگاه ادراری در شهرستان کرمانشاه جهت بررسی انتروکوکوس فکالیس مورد بررسی قرار گرفتند. پس از تایید نمونه‌ها با روش‌های بیوشیمیایی و مولکولی به‌منظور بررسی توانایی تولید بیوفیلم از روش میکروتیتر پلیت و برای تعیین حساسیت آن‌-ها نسبت به آنتی ‌بیوتیک‌ها، از روش کربی- بایر استفاده گردید. در نمونه‌های انسانی آلودگی به انتروکوکوس فکالیس 5 درصد و در نمونه گوشت مورد بررسی 38/40 درصد گزارش گردید. در جدایه‌های جدا شده از گوشت قرمز بیشترین مقاومت نسبت به استرپتومایسین و کمترین مقاومت نسبت به ونکومایسین گزارش شد. در جدایه‌های انسانی بیشترین مقاومت نسبت به کوتریموکسازول و کمترین مقاومت نسبت به نیتروفورانتئین گزارش گردید. در جدایه‌های انتروکوکوس فکالیس جدا شده از گوشت قرمز، ژن ebp A (43/71 درصد)، ebp B (52/59 درصد) و ebp C (28/64 درصد) گزارش گردید که ارتباط آماری معنادار بین ژن‌های ebp وتولید بیوفیلم در این جدایه‌ها مشاهده نگردید. در صورتی‌که در جدایه‌های جدا شده از ادرار بین ژن‌هایebp و تولید بیوفیلم ارتباط معنی‌دار مشاهده شد. هم‌چنین در تجزیه و تحلیل آماری بین نوع گوشت و نوع ژن ویرولانس رابطه معنی دار آماری مشاهده نگردید. در صورتی‌که بین فراوانی ژن‌های efa A، gel E، ace و esp در جدایه‌های انتروکوکوس فکالیس جدا شده از ادرار و تولید بیوفیلم ارتباط معنی‌دار مشاهده شد. Manuscript profile

باکتری استافیلوکوکوس اورئوس یک بیماری زای فرصت طلب در انسان و حیوان است که می تواند با آلوده ساختن لبنیات، علاوه بر خسارت های اقتصادی، صدمات جسمی قابل توجهی به وجود آورد. در این تحقیق تعداد 250 فراورده ی لبنی سنتی شامل کره، ماست، پنیر، کشک و خامه از نقاط مختلف شهرستان شهرکرد تهیه و در ظروف استریل در کنار یخ به آزمایشگاه میکروبیولوژی دانشگاه آزاد شهرکرد منتقل شد. جداسازی باکتری استافیلوکوکوس اورئوس مطابق با پروتکل های استاندارد و روش مولکولی صورت گرفت. ارزیابی ژنتیکی بیوفیلم با روش PCR جهت ردیابی شایع‌ترین ژن‌های کد کننده بیوفیلم (icaA، icaB، icaC، icaD، bap، fnbA، fnbB،clfB, clfA) انجام شد. از مجموع 250 نمونه ی مورد بررسی، 50 نمونه (20 درصد) از نظر استافیلوکوکوس اورئوس مثبت بودند. آلودگی در کشک 26، در کره 24، در پنیر 22، در خامه 16 و در ماست 12 درصد گزارش شد. فراوانی ژن های مذکور به ترتیب: 74 درصد، 68، 64، 76، 30، 96، 90، 32 و 28 درصد گزارش شد. در روش میکروتیتر پلیت در 30 ایزوله (60 درصد) واکنش بیوفیلم مشاهده شد که در20 ایزوله ( 66/66 درصد) بیوفیلم قوی و در 10 ایزوله بیوفیلم ضعیف (33/33 درصد) مشاهده شد. در 5 ایزوله (66/16 درصد) واکنش بیوفیلم مشاهده نگردید. براساس آزمون دقیق فیشر بین ژن های مورد بررسی و واکنش بیوفیلم قوی و متوسط رابطه آماری معنی دار گزارش شد. Manuscript profile

ﺑﻪ ﻃﻮر ﻣﻌﻤﻮل ﻏﺬاﻫﺎی آﻟﻮده از ﻋﻮاﻣﻞ اﺻلی ﻋﻔﻮﻧﺖﻫﺎی اﻧﺴانی ﺑﻮده و در اﯾﻦ ﺑﯿﻦ گوﺷﺖ ﻃﯿﻮر و گوﺷﺖ گوسفند از منابع مهم ﺑﻪ ﺣﺴﺎب می آﯾﻨﺪ. سویه‌های انتروباکتر کلوآکه با داشتن عوامل حدت مختلف و مقاومت آنتی‌بیوتیکی چندگانه، عمدتاً به‌عنوان یک بیماری‌زای فرصت‌طلب محسوب می‌شوند. در این تحقیق جداسازی انتروباکتر کلوآکه 384 گوشت مرغ و گوسفند به صورت تصادفی در سال 1399 درشهرستان شهرکرد به روش‌های میکروبی و مولکولی انجام شد. تعیین الگوی مقاومت آنتی‌بیوتیکی به روش انتشار دیسک صورت گرفت و به منظور بررسی تولید بیوفیلم از روش میکروتیتر پلیت استفاده شد. توانایی تولید آنزیم‌های بتالاکتاماز وسیع الطیف از طریق فنوتیپی و ژنوتیپی بررسی شد. از 384 نمونه ی مورد بررسی، انتروباکتر کلوآکه در 25 نمونه (51/6 درصد) به عنوان انتروباکتر کلوآکه شناسایی شدند که در بررسی مولکولی در حضور ژن hsp60، نیز تایید شدند. از این بین 18 نمونه مربوط به گوشت مرغ (72 درصد) و 7 نمونه (28 درصد) مربوط به گوشت گوسفند بودند. در بین جدایه ها بیش‌ترین مقاومت آنتی‌بیوتیکی نسبت به کوتریموکسازول و سفوتاکسیم در20 ایزوله ( درصد) و کم‌ترین مقاومت نسبت به نیتروفورانتئین در 15 جدایه (8/23 درصد) گزارش شد. در روش میکروتیتر. 15 ایزوله (60 درصد) واکنش بیوفیلم قوی، 10 ایزوله (40 درصد) واکنش بیوفیلم متوسط را نشان دادند. مطالعه حاضر حاکی از آن است که سویه های انتروباکتر کلوآکه مولد ESBL نسبتا از شیوع بالایی برخوردارند. افزایش میزان این سویه‌ها غالبا ناشی از تجویز غیر منطقی آنتی‌بیوتیک‌ها است که رفع این مشکل مستلزم به‌کارگیری عوامل ضد میکروبی جدید می‌باشد. Manuscript profile

سابقه و هدف: بورخولدریا مالئی عامل مشمشه و یکی از قدیمی ترین بیماری های عفونی واگیردار و مشترک بین انسان و حیوان است که اغلب تک سمی ها (اسب، الاغ، قاطر و گورخر) را مبتلا می نماید. همگام با پیشرفت در مطالعه ژنوم باکتری های بیماری زا در سال های اخیر، روش های مولکولی به منظور مطالعه مقایسه ای و اپیدمیولوژی بورخولدریا مالئی توسعه یافته اند. این مطالعه برای اولین بار با هدف بهینه سازی روش آنالیز متکی بر واحدهای پشت سر هم تکرار شونده (VNTR) بر پایه چهار لوکوس BM140 ، BM1367، BM2065 وBM2971 به منظور تایپینگ مولکولی بورخولدریا مالئی انجام شد. مواد و روش ها: در این مطالعه، سویه بورخولدریا مالئی Razi 325 به عنوان سویه استاندارد از آرشیو میکروارگانیسم های موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی تهیه شد. پس از استخراج ژنوم و انجام PCR برای هر 4 لوکوس، نتایج مربوطه برای هر لوکوس به صورت مستقل و تجمیعی مورد بازبینی قرار گرفت. یک دستورالعمل واحد قابل اجرا از نظر دما و غلظت اجزای مهم متغیر سازنده ( کلرایدمنیزیم و پرایمرها) برای همه لوکوس ها تنظیم شد. یافته ها: مقایسه توالی جدایه با سویه های مرجع، پلی مورفیسم را در هر 4 لوکوس مورد مطالعه نشان داد. نتیجه گیری: شاخص ترین یافته کاربردی این تحقیق، توسعه یک دستورالعمل واحد PCR بود که هم از نظر اجزا و هم از نظر دما امکان اجرای چهار واکنش متفاوت را به صورت هم زمان در یک دور فعالیت ماشین PCR فراهم نمود. Manuscript profile

سابقه و هدف: استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس یکی از اصلی ترین عوامل عفونت مجاری ادراری و دومین عامل عفونت های تنفسی در انسان است. این مطالعه با هدف ژنوتایپینگ جدایه های استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس جدا شده از عفونت های بیمارستانی و شناسایی کلون های ژنتیکی این باکتری با استفاده از روش ترادف یابی چند جایگاهی (MLST) انجام شد. مواد و روش ها: در این مطالعه مقطعی-توصیفی در 16 جدایه انتخاب شده بیمارستانی استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس، محصول PCR به دست آمده از تکثیر 7 ژن خانه دار تعیین توالی گردید. سپس توالی های نوکلئوتیدی هرجدایه در بانک اطلاعاتی MLST آنالیز گردید و علاوه بر تعیین کلون های مختلف، آلل های مربوط به هر ژن در هر کدام از انواع ST‌ شناخته شده تعیین گردید. یافته ها: در مجموع 3 کلون ST22، ST88، ST153 در 16 جدایه مورد مطالعه شناخته شد که در 2 خوشه ژنتیکی A و B قرار داشتند. کلون های شناسایی شده در جدایه ها به ترتیب ST22 (فراوانی 50 درصد)، ST88 (31.25 درصد) و ST153 (18.75 درصد) بودند. غالب ترین پروفایل شناخته شده در بین 16 جدایه استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس کلون ST22 شناسایی گردید. نتیجه گیری: آنالیز دندروگرام حاصل از تایپینگ نشان داد که تمام جدایه های مورد بررسی با آلل های قبلی گزارش شده مشابهت دارند. همچنین نتایج این پژوهش، تنوع ژنتیکی جدایه های مورد بررسی را نشان داد. Manuscript profile

سابقه و هدف: عفونت دستگاه تنفسی یکی از شایع ترین بیماری های عفونی در جهان است که در اثر التهاب حاد دستگاه تنفس فوقانی توسط حمله باکتری هایی مانند استافیلوکوکوس اورئوس به این قسمت ایجاد می گردد. هدف از این مطالعه بررسیپلی مورفیسم ژن کواگولاز استافیلوکوکوس اورئوس جدا شده از عفونت های دستگاه تنفسی در شهرکرد می باشد. مواد و روش ها: این مطالعه مقطعی- توصیفی بر روی 200 نفر از افراد مشکوک به عفونت های دستگاه تنفس فوقانی مراجعه کننده به کلینیک امام علی شهرستان شهرکرد صورت گرفت. از محیط های بلاد آگار و مانیتول سالت آگار برای کشت نمونه ها استفاده شد. کلنی های مشکوک توسط آزمون های میکروب شناسی شناسایی شدند. در نهایت پس از استخراج DNA، محصول PCR در حضور آنزیم AluI مورد هضم آنزیمی واقع گردید و ژنوتیپ ژن کواگولاز به روش RFLP تعیین شد. یافته ها: در مجموع 60 نفر (30 %) از افراد مورد بررسی به استافیلوکوکوس ‌اورئوس آلوده بودند. 42 جدایه دارای باند 970 جفت بازی و 18 جدایه دارای باند 730 جفت بازی بودند. پس از هضم محصول PCR با آنزیم AluI ، در 42 جدایه سه باند 160، 320 و 490 جفت باز (ژنوتیپ I)، در 16 جدایه دو باند 240 و 490 جفت باز (ژنوتیپ VIII) و در 2 جدایه دو باند 320 و 410 جفت باز (ژنوتیپ IX) مشاهده گردید. نتیجه گیری: نتایج به دست آمده نشان می دهد که جدایه های استافیلوکوکوس اورئوس کواگولاز مثبت جدا شده از عفونت دستگاه تنفسی در شهرکرد بیشتر متعلق به ژنوتیپ نوع I می باشند که می تواند منبع بالقوه ای برای انتشار این ژنوتیپ در جامعه محسوب گردد. Manuscript profile

سابقه و هدف: استافیلوکوکوس اورئوس یکی از عوامل مهم در ایجاد عفونت های بیمارستانی و جامعه به شمار می رود. امروزه مقاومت به آنتی بیوتیک ها به دلیل مصرف بیش از حد در حال افزایش می باشد و این مساله موجب نگرانی در سرتاسر جهان شده است. مطالعه حاضر با هدف ردیابی ژن های کدکننده مقاومت آنتی بیوتیکی در سویه های استافیلوکوکوس اورئوس جدا شده از عفونت های بالینی در انسان و تعیین الگوی حساسیت آنتی بیوتیکی این باکتری انجام شده است. مواد و روش ها: در این مطالعه مقطعی- توصیفی 100 سویه استافیلوکوکوس اورئوس کوآگولاز مثبت از بیماران مبتلا به عفونت های ادراری و زخم در بیمارستان امام رضا (ع) کرمانشاه در سال 1391 جمع آوری گردید. این سویه ها با استفاده از روش های استاندارد آزمایشگاهی و کشت در محیط اختصاصی انتخاب شدند. به منظور ارزیابی الگوی حساسیت آنتی بیوتیکی سویه ها، از روش انتشار دیسک استفاده گردید. همچنین حضور پنج ژن کد کننده مقاومت آنتی بیوتیکی شامل mecA،aacA-D، tet K ، tetM، msrA و ermA در سویه های مورد مطالعه با روش multiplex-PCR مورد بررسی قرار گرفتند. یافته ها: ارزیابی فنوتیپی الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی سویه های استافیلوکوکوس اورئوس نشان داد که بیشترین مقاومت نسبت به آنتی بیوتیک های پنی سیلین (90%)، تتراسایکلین (76%)، متی سیلین (64%) و آمپی سیلین (55%) و کمترین مقاومت نسبت به آنتی بیوتیک های نیتروفورانتوئین (8%) و ونکومایسین (14%) وجود دارد. بررسی مولکولی نشان دهنده حضور 89 درصدی ژن tetM در سویه ها بود. به دنبال آن بیشترین فراوانی مربوط به حضور ژن های mecA (58%)، ermA (40%)، msrA (36%)، aacA-D (24% و ( tetK (13% بودند. نتیجه گیری: نتایج حاصل از این تحقیق مقاومت بالای آنتی بیوتیکی را در سویه های بیمارستانی استافیلوکوکوس اورئوس نشان می دهد. بنابراین به منظور جلوگیری از افزایش مقاومت نسبت به آنتی بیوتیک های رایج باید از تجویز بدون نسخه و استفاده غیر ضروری از آنتی بیوتیک های در دسترس اجتناب نمود. Manuscript profile