-
دسترسی آزاد مقاله
1 - تاملی بر رویکرد فقهای امامیه با تاکید برادله مخالفان اقدامات ژنتیکی
سید حسن مرتضوی راد مسعود راعی دهقی رضا عباسیان حمیدرضا نیکیارپیدایش علم ژنتیک و انجام تحقیقات در خصوص ژنوم انسانی و کارکردهای جدیدی که بر این موضوع متفرع شده است زمینه گفتگوهای علمی مختلفی بین متخصصان واز جمله فقهاء بوجود آورده است و از آنجا که علم فقه داعیه دار پاسخ دادن مسائل مورد ابتلای مکلفین می باشد،ضروری می نمود که در خصوص چکیده کاملپیدایش علم ژنتیک و انجام تحقیقات در خصوص ژنوم انسانی و کارکردهای جدیدی که بر این موضوع متفرع شده است زمینه گفتگوهای علمی مختلفی بین متخصصان واز جمله فقهاء بوجود آورده است و از آنجا که علم فقه داعیه دار پاسخ دادن مسائل مورد ابتلای مکلفین می باشد،ضروری می نمود که در خصوص این موضوع نیز دیدگاه فقها مورد توجه قرار گیرد. با رجوع به دیدگاه های ابرازی از سوی فقهاء بدست می آید که اقوال مختلفی اعم از موافقت مطلق تا مخالفت مطلق شکل گرفته است که در این بین ادله ابرازی مخالفان به جهت آثار متفرع بر آن و نوع استدلال ارائه شده از جایگاه ویژه ای برخوردار شده است.آنچه این تحقیق به دنبال پاسخ گویی آن برآمده است از یک سو تبین رویکرد فقها نسبت به این موضوع و از سوی دیگر کشف چرایی مخالفت برخی دیگراز فقهاء با انجام تحقیقات ژنتیکی است. یافته های تحقیق حاکی از آن است که دلایل موافقین علی رغم اختلافاتی که در این بین دارند از جایگاه قوی تری برخوردار است و آنچه به عنوان دلیل مخالفت از سوی مخالفان اقدامات ژنتیکی مطرح شده بیش از آنکه یک دلیل محسوب شود،حاکی از نگرانی فقهی است؛ چرا که انجام تحقیقات در زمینه ژنوم انسانی می تواند با سوء استفاده هایی همراه شود که می تواند کرامت انسانی را با چالش مواجه کند. در عین حال ضرورت تبعیت از ادله فقهی نگاه اکثریت فقها را به سو دیگری سوق داده است که می تواند ضمن تامین وصیانت از کرامت انسانی از سوء استفاده هایی احتمالی نیز جلوگیری کند . پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
2 - مقایسه ساختار و تنوع ژنتیکی اردک سرحنائی( Aythya ferina) با استفاده از ژن میتوکندریایی سیتوکروم ب در مناطق شمالی و جنوبی ایران
شبنم چاوشی جلیل ایمانی حمید رضا رضایی پرگل قوام مصطفویزمینه و هدف: اردک سرحنائی ( Aythya ferina) یکی از گونه های فراوان و با پراکندگی بالا در جهان، بین مرغابی سانان است. هدف از انجام پژوهش حاضر بررسی ساختار و تنوع ژنتیکی این گونه در ایران با استفاده از ژن سیتوکروم ب( Cytochrome b) بوده است. روش بررسی: در این پژوهش نمونه ب چکیده کاملزمینه و هدف: اردک سرحنائی ( Aythya ferina) یکی از گونه های فراوان و با پراکندگی بالا در جهان، بین مرغابی سانان است. هدف از انجام پژوهش حاضر بررسی ساختار و تنوع ژنتیکی این گونه در ایران با استفاده از ژن سیتوکروم ب( Cytochrome b) بوده است. روش بررسی: در این پژوهش نمونه برداری از 10 قطعه اردک سرحنائی که از مناطق شمال و جنوب کشور در سالهای 1399- 1400 برداشت شده بودند، انجام شد. پس از استخراج و تکثیر قطعات DNA تجزیه تحلیل های هاپلوتایپی و نوکلئوتیدی صورت گرفت. یافته ها: به طور کلی، با بررسی 8 قطعه 929 جفت بازی ژن سیتوکروم b اردک سرحنائی، 7 هاپلوتایپ مختلف شناسائی شد. تنوع هاپلو تایپی 818/0، تنوع نوکلئوتیدی 00149/0 محاسبه شد. مقدار Nm یا میزان جریان ژنی بین منطق نمونه برداری برابر 383/1 بود که نشان از جریان ژنی بالا و به بیان دیگر فاصله ژنی بسیار کم بین جمعیت های این گونه و جمعیت های اروپایی و آسیایی آن است. شاخص راجرز- هارپندینگ، شاخص تاجیما و Fu Fs به ترتیب 112/0، 028/0- و 288/1- محاسبه شد، همچنین نمودار توزیع عدم تطابق به صورت تک نمائی رسم شده، که همه آنها نشان دهنده تاریخچه جمعیتی نامعین و شبیه به مدل گسترش ناگهانی بوده است. بحث و نتیجه گیری: با توجه به نتایج به دست آمده از شبکه هاپلوتایپی و درخت تبار شناختی و همین طور تفاوت اندک ژنتیکی بین جمعیتهای بررسی شده، احتمال مهاجرت این پرنده از هر دو منطقه اروپا و شرق آسیا به ایران وجود دارد. با در نظر گرفتن نتایج پژوهش حاضر، باید تالاب های زیستگاهی این گونه در ایران به عنوان مناطق مهم و کلیدی شناخته شده و اقدامات مدیریتی و حفاظتی لازم در این مناطق صورت گیرد. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
3 - سیستم CRISPR از مواجهه با یک توالی تکراری مرموز برای تکنولوژی تا ویرایش ژنوم
مجتبی سهرابی زهرا سادات منزوی زهرا عبداللهی حامد سلمانی سمیه دهقانی سانیج عباس مروتیتناوبهایِ کوتاهِ پالیندرومِ فاصله‌دارِ منظمِ خوشه‌ای (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) ، سیستم های CRISPR- Cas ، سیستم های ایمنی به دست آمده شناخته شده است که در آرکیا و باکتری ها گسترده است. نوکلئاز های RNA راهنما از سیستم های CRISPR- Cas در چکیده کاملتناوبهایِ کوتاهِ پالیندرومِ فاصله‌دارِ منظمِ خوشه‌ای (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) ، سیستم های CRISPR- Cas ، سیستم های ایمنی به دست آمده شناخته شده است که در آرکیا و باکتری ها گسترده است. نوکلئاز های RNA راهنما از سیستم های CRISPR- Cas در حال حاضر به عنوان ابزار قابل اعتماد برای ویرایش و مهندسی ژنوم در نظر گرفته شده است. نخستین اشاره به آنها در سال 1987 بود، زمانی که در ژنوم اشرشیا کلای در طول تجزیه و تحلیل ژن های دخیل در متابولیسم فسفات یک توالی DNA تکراری غیر معمول کشف شد ، که پس از آن به عنوان یک CRISPR تعریف شد،. الگوهای توالی مشابه پس از آن در طیف وسیعی از باکتری های دیگر و همچنین در آرکی باکتر های نمک دوست گزارش شده است، که نشان می دهد نقش مهمی برای چنین خوشه های تکاملی حفظ شده از توالی های تکراری دارد. یک گام مهم در جهت مشخص کردن ویژگی سیستمCRISPR-Cas ، شناسایی ارتباط بین CRISPR ها و پروتئین های مرتبط با Cas بود که در ابتدا فرض بر این بود که در تعمیرات DNA درآرکی های گرمادوست دخالت داشته باشد. زیست شناسی ساختاری و بیوشیمی پیشرفته می تواند نه تنها در ویرایش ژنوم بر پایه CRISPR-Cas9 و دیگر سیستم های CRISPR-Cas کلاس II دست به دست هم دهد، بلکه درک منشا و تکامل این سیستم از عناصر متحرک ژنتیکی، نشان دهنده عناصر متحرک ژنتیکی است. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
4 - ساختار ژنتیکی جمعیتهای جغرافیایی پروانه کرم ساقه خوار برنج Chilo suppressalis در شمال ایران براساس ژن سیتوکروم اکسیداز شماره 2 میتوکندری
عباس حیدری علیرضا نظری محمدعلی عشاقی الهام صنعتگرگیاه برنج یکی از مهمترین وقدیمی ترین محصولات زراعی بوده و یکی از سه غذای اصلی در دنیامحسوب می گردد. کرم ساقه خواری برنج Chilo suppressalis از افات درجه اول (کلیدی) برنج می باشد و تا 33 درصد باعث کاهش عملکرد برنج میگردد. شناخت صحیح و بهتر ساختار ژنتیکی این افت می تواند د چکیده کاملگیاه برنج یکی از مهمترین وقدیمی ترین محصولات زراعی بوده و یکی از سه غذای اصلی در دنیامحسوب می گردد. کرم ساقه خواری برنج Chilo suppressalis از افات درجه اول (کلیدی) برنج می باشد و تا 33 درصد باعث کاهش عملکرد برنج میگردد. شناخت صحیح و بهتر ساختار ژنتیکی این افت می تواند در بکارگیری و بهبود روش های کنترل ان موثر واقع شود. هدف از این مطالعه بررسی ساختار ژنتیکی ژن سیتوکروم اکسیداز شماره 2 میتوکندری (mtDNA-COII) کرم ساقه خوار برنج در شمال ایران می باشد. در این مطالعه صید و جمع آوری نمونه های کرم ساقه خوار برنج از دو استان مازندران و گیلان در طول فصل کاشت برنج در سالهای 1395 و 1396 به انجام رسید. ساختار ژنتیکی نمونه های 18 جمعیت جغرافیایی این افت با تکنیک ملکولی PCR ژن COIIو تعیین توالی ژن مشخص شدند. توالی های حاصله با همدیگر و نیز با توالی های موجود در بانک جهانی ژن Genbank مقایسه و مشابهت انها با نمونه های جهانی بدست امد. در مجموع، 312 نمونه از استان گیلان و 676 نمونه از استان مازندران صید گردید. نتایج بررسی ساختار ژنتیکی نماینده هایی از 18 جمعیت شمال ایران نشان داد که همه نمونه ها دارای ساختار ژنتیکی مشابه هم هستند. توالی ژن COII نمونه های ایرانی این افت شباهت زیادی با جمعیت کره جنوبی با شماره دسترسی MK207057 موجود در بانک جهانی ژن (GenBank) دارد. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
5 - مقایسه کیفی و کمی نتایج مربوط به چند روش استخراج DNA از ژنوم مایکوباکتریوم‌های بیماری‌زا و ساپروفیت
علی نصیری یونس انزابی محمد رضا مشایخیبا توجه به اینکهنخستینمرحلهجهتانجامآزمایش هایمولکولیمانند واکنش زنجیره ای پلی مراز (Polymerase Chain Reaction; PCR)داشتن DNA کافیوباکیفیتمی باشد، هدفازانجاماینمطالعهمقایسهپنج روشمختلفاستخراج DNAژنومی مایکوباکتریوم هابه منظور معرفی بهترین روش بود. بدین منظور از پرگنه ه چکیده کاملبا توجه به اینکهنخستینمرحلهجهتانجامآزمایش هایمولکولیمانند واکنش زنجیره ای پلی مراز (Polymerase Chain Reaction; PCR)داشتن DNA کافیوباکیفیتمی باشد، هدفازانجاماینمطالعهمقایسهپنج روشمختلفاستخراج DNAژنومی مایکوباکتریوم هابه منظور معرفی بهترین روش بود. بدین منظور از پرگنه های خالص مایکوباکتریوم اویوم پاراتوبرکلوزیس به عنوان مایکوباکتریوم بیماری زا و نیز سویه ای از یک مایکوباکتریوم ساپروفیت به نام مایکوباکتریوم فلئی استفاده شد. کمیت و کیفیتDNAهای به دست آمده توسط هریکاز روش ها، به ترتیب بر اساس غلظت DNAاستخراجی (نانوگرم در میکرولیتر) در طول موج 260 نانومتر و نیز بر مبنای نسبت OD در طول موج های 280/260 با استفاده از دستگاه نانودراپ محاسبه و موردارزیابی قرارگرفت. استخراج DNA از ژنوم مایکوباکتریوم هابااستفادهازروش CTAB (Cetyltrimethylammonium bromide) بیشترین میزان و روشمبتنی بر جوشانیدن کمترینمیزانDNAرا حاصل کرد. همچنین مقایسهمیزانخلوصDNAاستخراج شدهدراینروش ها نیزنشانداد که استخراج DNA بااستفادهاز روشCTABبیشترینمیزان وروشمبتنی بر جوشانیدن بازهم کمترین میزانخلوصراداشتهاست. همچنین بین دو نوع باکتری از نظر کیفیت DNAهای استخراج‌شده در هیچ یک از روش های استفاده شده برای استخراج DNA اختلاف معنی داری وجود نداشت. با توجه به نتایج مطالعه حاضر به نظر می رسد که استفادهازروش CTAB یکی از مناسب ترین روش ها جهت استخراج DNAژنومیاز مایکوباکتریوم هاجهتتشخیص مولکولی آنها در نمونه های مختلفمی باشد. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
6 - پروژه ژنوم انسان با رویکردی به دیدگاه اخلاقی و آزادی انسان
امیررضا محمودی عباس تقوایی سیده مهشید میری بالاجورشریدر این تحقیق، نتایج پروژه ژنوم انسانی (HGP) و مشکلات اخلاقی احتمالی که امکان دارد ایجاد نماید، از طریق مثال‌های عینی مورد ارزیابی قرار گرفت. در این مطالعه سعی شده است به‌تفصیل آشکار گردد که چگونه حقوق و آزادی‌های اجتماعی، اخلاق، هنجارهای اجتماعی و ارزش‌های فرد تحت تأثیر چکیده کاملدر این تحقیق، نتایج پروژه ژنوم انسانی (HGP) و مشکلات اخلاقی احتمالی که امکان دارد ایجاد نماید، از طریق مثال‌های عینی مورد ارزیابی قرار گرفت. در این مطالعه سعی شده است به‌تفصیل آشکار گردد که چگونه حقوق و آزادی‌های اجتماعی، اخلاق، هنجارهای اجتماعی و ارزش‌های فرد تحت تأثیر قرار داده و مرزهای خطرات احتمالی که پروژه ژنوم انسانی به همراه دارد، از کجا شروع و به کجا ختم می‌شوند. در مورد این مسئله که مداخلات ژنتیکی فرد می‌تواند مورداستفاده ابزاری قرار بگیرد و به کالا تبدیل شود، بحث شده و متأسفانه مشخص شد که مداخلات در ساختار ژنتیکی می‌تواند به عنوان مداخله در حقوق و آزادی‌های اساسی فرد درنظر گرفته شود. هدف از این مطالعه نشان دادن زمینه‌های استفاده از پروژه ژنوم انسانی و بررسی نتایج این پروژه ازنظر پیامدهای اخلاقی ،تکنیک‌ها و کاربردهای مورداستفاده هست. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
7 - Estimation of Effective Population Size and Genomic Inbreeding Coefficients in Baluchi Sheep Using Genome-Wide Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs)
م. پسندیده م. قلی زاده ق. رحیمی میانجیThe aim of this study was to estimate the effective population size (Ne) and genomic inbreeding coefficients in 96 Baluchi sheep genotyped using Illumina OvineSNP50 BeadChip. Using NEESTIMATOR software, the estimation of contemporary Ne based on heterozygote-excess and چکیده کاملThe aim of this study was to estimate the effective population size (Ne) and genomic inbreeding coefficients in 96 Baluchi sheep genotyped using Illumina OvineSNP50 BeadChip. Using NEESTIMATOR software, the estimation of contemporary Ne based on heterozygote-excess and linkage disequilibrium (LD) methods was obtained 15 and 25, respectively. The historical Ne estimated with SNeP software showed a fast decreasing trend over the last 1000 generations. The Ne estimate for the previous 4 generations was ranged from 48 to 75. Three estimates of inbreeding coefficients including genomic relationship matrix (FGRM), excess of homozygosity (FHOM) and correlation between uniting gametes (FUNI) were calculated using GCTA software. The values of FGRM, FHOM and FUNI were calculated the same at -0.017. The average expected and observed heterozygosity using PLINK software were calculated as 0.374 and 0.383, respectively. Our results showed a considerable genetic variation in Baluchi sheep, however the low values of Ne emphasize that measures should be taken to avoid a further reduction in the effective population size. The results of this study provide guidance for future sheep breeding to increase the conservation activities of the native sheep breeds. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
8 - The Complete Mitochondrial Genome from Iraqi Meriz Goats and the Maternal Lineage Using Whole Genome Sequencing Data
S.I. Mustafa J.S. Heslop-Harrison T. SchwarzacherMeriz goat is a native goat breed found along the northern boundary of the Iraqi Kurdistan region near the center of species diversity and domestication. This economically important breed is distinguished by its production of fine hair, high persistence, and ability to چکیده کاملMeriz goat is a native goat breed found along the northern boundary of the Iraqi Kurdistan region near the center of species diversity and domestication. This economically important breed is distinguished by its production of fine hair, high persistence, and ability to thrive in harsh environmental conditions. Although the phenotype and productive traits of the Meriz goat have been described, the complete mitochondrial genome, maternal lineage, and genetic diversity of the breed have yet to be identified. Therefore, the whole genome sequencing data and bioinformatics analysis were used to assemble the complete mitochondrial genome, generate a maternal phylogeny, and identify some mitogenomic diversity features of Meriz goats Meriz goat is a native goat breed found along the northern boundary of the Iraqi Kurdistan region near the center of species diversity and domestication. This economically important breed is distinguished by its production of fine hair, high persistence, and ability to thrive in harsh environmental conditions. Although the phenotype and productive traits of the Meriz goat have been described, the complete mitochondrial genome, maternal lineage, and genetic diversity of the breed have yet to be identified. Therefore, the whole genome sequencing data and bioinformatics analysis were used to assemble the complete mitochondrial genome, generate a maternal phylogeny, and identify some mitogenomic diversity features of Meriz goats from the Iraqi Kurdistan region. The complete mitochondrial genome of the two individuals was assembled with lengths of 16641 and 16639 bp, respectively (MH165338 and MH165339). The mitogenome comprises13 protein-coding genes (PCGs), 2 ribosomal RNA (rRNA), 22 transfer RNA (tRNA) genes and one non-coding control region. In addition, our data revealed that the mitogenome copy number is greater in female goats than in males. Integration into a phylogenetic tree with other goat breeds showed that Meriz goats belong to the most predominant maternal haplogroup A (HPGA). Furthermore, nucleotide diversity and mitogenomic analysis indicated that Meriz goats have a high level of mitogenomic similarity to Chinese Cashmere goats and Turkish Angora goats within the same maternal lineage. The molecular data reported here provide useful insights into the evolutionary relationships and mitogenomic diversity of domestic and wild goats from the center of diversity of animal species in the Middle East. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
9 - Spermatozoa Molecules in Relation to Bulls Fertility
اس.آ. لون ر. سینها آ. رحیم ب.آ. جانایی آ. سینق ن. شاهBull fertility may be defined as the process by which spermatozoa fertilize and activate the ovum and then support embryonic development. Bull fertility is a complex trait having relatively low heritability and plays a vital role for efficient production and reproductio چکیده کاملBull fertility may be defined as the process by which spermatozoa fertilize and activate the ovum and then support embryonic development. Bull fertility is a complex trait having relatively low heritability and plays a vital role for efficient production and reproduction of bovine. Various mechanisms involved in regulating bull fertility associated phenotype and reliable biomarkers are poorly defined. Primary spermatozoa physiology indicators namely sperm molecules and epigenetic factors may play a vital role in predicting sperm physiology and fertility. Spermatozoa and their fingerprints or patterns can play a pivotal role in prediction of fertility in bovine. No reliable tests exist despite genomic selection for evaluating quality of semen and fertility of bull. This review focuses on various molecules related to bull fertility viz., sperm RNAs, seminal plasma proteins, sperm proteins and sperm epigenome. In combination with single-nucleotide polymorphism (SNP), microarrays or sperm molecules and epigenome markers can be used to determine sperm quality and to predict bull fertility. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
10 - Genome Wide Association Studies, Next Generation Sequencing and Their Application in Animal Breeding and Genetics: A Review
ح. خانزاده ن. قوی حسین-زاده ش. قوتیRecently genetic studies have been revolutionized by next generation sequencing (NGS) technology, and it is expected that the use of this technology will largely eliminate defects in the methods of association studies. The NGS technology is becoming the premier tool in چکیده کاملRecently genetic studies have been revolutionized by next generation sequencing (NGS) technology, and it is expected that the use of this technology will largely eliminate defects in the methods of association studies. The NGS technology is becoming the premier tool in genetics. However, at the moment the use of this method is limited especially in the livestock due to high cost and computational problems. But it is expected that the development of sequencing and computing technologies and reducing the cost will have significant impacts on the livestock health and production. This study reviews the literature on genetic association studies, NGS technologies and their application in animal breeding. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
11 - Predicting CpG Islands and Their Relationship with Genomic Feature in Cattle by Hidden Markov Model Algorithm
A. برازنده م.ر. محمدآبادی م. قادری ح. نظام آبادی پورCattle supply an important source of nutrition for humans in the world. CpG islands (CGIs) are very important and useful, as they carry functionally relevant epigenetic loci for whole genome studies. As a matter of fact, there have been no formal analyses of CGIs at the چکیده کاملCattle supply an important source of nutrition for humans in the world. CpG islands (CGIs) are very important and useful, as they carry functionally relevant epigenetic loci for whole genome studies. As a matter of fact, there have been no formal analyses of CGIs at the DNA sequence level in cattle genomes and therefore this study was carried out to fill the gap. We used hidden markov model algorithm to detect CGIs. The total number of predicted CGIs for cattle was 90668. The number of detected CGIs and CGI densities downwardly varied across chromosomes. Chromosome 25 had the largest number of CGIs (4556) and the highest CGI density (106.20 CGIs/Mb).A significant positive correlation observed among CGI densities with guanine-cytosine (GC) content, ObsCpG/ExpCpG, recombination rate and gene density. When the size of chromosomes increased, the CGI densities decreased and a trend of higher CGI densities in the telomeric regions observed. This feature may be the reason of a positive correlation between CGI density and recombination rate. To detect information on CGI density differences between cattle and other vertebrate genomes, CGI density was also scanned in eleven vertebrate genomes. The CGI densities varied greatly among genomes. These discoveries may contribute to a better understanding of epigenomic role of CGIs and their molecular evolution in the cattle. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
12 - Genetic Analysis of Three Structural Proteins in Iranian Infectious Bronchitis Virus Isolate
M. Nosrati M. Tahmorespoor M.R. NassiryInfectious bronchitis virus (IBV) is a contagious pathogen in fowl that results in economic loss in the poultry industry. In this study, the amino acids sequences of three structural proteins M, N, and S1 for five Iranian IBV isolated during 1998-2011 have been analyzed چکیده کاملInfectious bronchitis virus (IBV) is a contagious pathogen in fowl that results in economic loss in the poultry industry. In this study, the amino acids sequences of three structural proteins M, N, and S1 for five Iranian IBV isolated during 1998-2011 have been analyzed. Conserved and variable regions, hydrophobic characteristics and identity matrix were determined after alignment by Bioedit ver 7.0.4.1. The phylogenetic tree was obtained by using the neighbor-joining method within MEGA4. Similarity for M and S1 protein was lowest for IR-3654-VM and TW2575 / 98 isolate (0.862) and IR1061-PH and Georgia 1998 isolate / strain (0.41), respectively. For the N protein, highest similarity was found between Ur1 / 09 and Arkansas DPI (0.948). Four conserved regions for M and N proteins were recognized. In the S1 protein three hypervariable regions were detected in 52-90, 124-150 and 265-315 residues. In a phylogeny analysis all proteins were distributed in three clusters. Iranian IBV belonged to Mass cluster in phylogeny tree of M and N proteins. But S1 protein showed a close relationship with the California serotype and was distantly related to Mass serotype. The results showed that the Iranian IBV isolate was probably diverted from Mass strain that might be brought to Iran as a vaccine strain. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
13 - ویژگی های ژنومی و آنالیز فیلوژنتیک سویه ایرانی با دامنه میزبانی محدود زانتوموناس سیتری زیرگونه سیتری NIGEB-88
امیر جلالی سید مهدی علوی محمد حسین سنگتراشسابقه و هدف: باکتری زانتوموناس سیتری زیرگونه سیتری (Xcc) عامل بیماری شانکر در مرکبات است. نتایج به دست آمده از آزمون های تشخیصی اولیه، نشان دهنده وجود سویه هایی با دامنه میزبانی گسترده (فرم بیماری زای A) و محدود (فرم های بیماری زای A* و Aw) در ایران است. با این حال، آنا چکیده کاملسابقه و هدف: باکتری زانتوموناس سیتری زیرگونه سیتری (Xcc) عامل بیماری شانکر در مرکبات است. نتایج به دست آمده از آزمون های تشخیصی اولیه، نشان دهنده وجود سویه هایی با دامنه میزبانی گسترده (فرم بیماری زای A) و محدود (فرم های بیماری زای A* و Aw) در ایران است. با این حال، آنالیزهای تفکیکی جدید انجام شده در سال 2014 بر مبنای نتایج MLVA-14 وMLVA-31 نشان می دهد که این سویه ها از نظر ژنتیکی تنها به فرم بیماری زای A* تعلق دارند. این مطالعه با هدف بررسی ویژگی های ژنومی و آنالیز فیلوژنتیک سویه XccA* NIGEB-88 باکتری زانتوموناس سیتری زیرگونه سیتری با دامنه میزبانی محدود انجام شد.مواد و روش ها: در این مطالعه به منظور به دست آوردن اطلاعات بیشتر درباره ویژگی های ژنتیکی و روابط فیلوژنتیک سویه های ایرانی باکتری زانتوموناس سیتری، با استفاده از روش Illumina ژنوم سویه ایرانی NIGEB-88 به طور کامل تعیین توالی و به وسیله نرم افزارهای مختلف بررسی شد.یافته ها: مشخصات کلی ژنوم مانند اندازه، تعداد پلاسمیدها، میانگین محتوای GC، تعداد مناطق کد کننده پروتئینی و ساختار RNA سویه ایرانی مورد مطالعه، مشابه با سویه های فرم های بیماری زای دیگر باکتری Xcc بود. همچنین مطالعه عوامل بیماری زای بالقوه و عوامل شرکت کننده در تعیین دامنه میزبانی، مانند افکتورهای سیستم ترشحی تایپ 3، اجزای سیستم ترشحی تایپ 4 و لیپوپلی ساکاریدهای سطحی نشان داد که شباهت زیادی با سویه های دو فرم بیماری زای A و Aw وجود دارد.نتیجه گیری: نتایج آنالیزهای فیلوژنتیکی و بررسی ژن های بیماری زایی و تعیین دامنه میزبانی نشان داد که سویه ایرانی XccA*NIGEB-88 ، شباهت زیادی به سویه ایرانی XccA*NIGEB-386 و سویه های فرم بیماری زای A* با دامنه میزبانی محدود دارد. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
14 - تجزیه و تحلیل مولکولی جمعيتي از بز نجدي با استفاده از توالی HVR1 ژنوم میتوکندری
روح الله خادمی سیده ام البنین قاسمیان حمید رضا سیدآبادی امین کاظمی زادهاین مطالعه با هدف تعیین توالی ناحیه HVR1 ژنوم میتوکندری بز نجدي انجام گرفت. برای انجام این تحقیق تعداد 30 عدد نمونه خون از هر دو جنس از بزهاي غير خويشاوند جمع¬آوری شد. پس از استخراج DNA، ناحیه مورد نظر توسط پرایمرهای اختصاصی با تکنیک PCR تکثیر شد و تعیین توالی شد. براي چکیده کاملاین مطالعه با هدف تعیین توالی ناحیه HVR1 ژنوم میتوکندری بز نجدي انجام گرفت. برای انجام این تحقیق تعداد 30 عدد نمونه خون از هر دو جنس از بزهاي غير خويشاوند جمع¬آوری شد. پس از استخراج DNA، ناحیه مورد نظر توسط پرایمرهای اختصاصی با تکنیک PCR تکثیر شد و تعیین توالی شد. براي مقايسه، فیلوژنی توالي ناحيه HVR1 بدست آمده از بز نجدي با سایر نژادها در جهان برای تعیین گروه هاپلوتیپی رسم گردید. درخت فيلوژنتيكي ترسيم شده براي نمونهها نشان داد كه همگي از يك جمعيت منشأ گرفتهاند و تعداد 5 هاپلوتیپ مختلف بر اساس 20 نوكلئوتيد چند شكل (SNP) براي ناحيه HVR1 موجود در توالیها تعیین گردید. همچنين توالي ناحيه HVR1 نمونه مورد بررسي با 11 توالي ثبت شده از 6 گروه هاپلوتیپی از کشورهای مختلف موجود در پایگاه NCBI نشان داد که بز نجدي جز گروه هاپلوتیپی A می باشد. مقایسه توالي ناحيه HVR1 با توالیهای موجود در بانک ژن می‌تواند به اطلاعات ما درباره نژادهای بز نجدی کمک کند و زمینه را برای استفاده بهتر از آنها در برنامههای اصلاحی باز کند. بر اساس نتایج بدست آمده تنوع ژنتیکی بز نجدی در طی سالهای متمادی افزایش یافته است، که این افزایش تنوع ژنتیکی می‌تواند به دلیل آمیختهگری این نژاد با نژادهای دیگر باشد که می‌تواند در آینده منجر به انقراض بز نجدی گردد، که نیازمند توجه بیشتر به این موضوع میباشد. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
15 - Genome-Wide Scanning for Signatures of Selection Revealed Karakul Sheep Breed in Compared to other Iranian Breeds
A. Mirzapour-Abibagloo N. Hedayat R. Khalkhali-Evrigh R. Seyedsharifi H. Abdi-Benemar R. Hassanzadeh A. Tanveer HussainKarakul (KAR) is one of the resistant sheep breeds to harsh desert conditions, which is also known for its excelent lamb pelt quality. This study was performed to identify the signature of selections in the KAR breed using whole-genome sequencing data (WGS) compared wit چکیده کاملKarakul (KAR) is one of the resistant sheep breeds to harsh desert conditions, which is also known for its excelent lamb pelt quality. This study was performed to identify the signature of selections in the KAR breed using whole-genome sequencing data (WGS) compared with five other Iranian native sheep. Three methods, including population differentiation index (Fst), nucleotide diversity (π), and cross-population extended haplotype homozygosity (XP-EHH) applied to detect the genomic signature of selection. Data analysis leads to identifying 38 shared genes among three methods as positively selected genes for the KAR breed. The most of mentioned genes were associated with coat color (KIT, DVL3, YPEL3, ERBB4, ZNF451, and CTSO), fat and energy metabolism (GDPD3, STARD13, ZNF106, MAPK3, RGS6, PHYH, AP2M1, SPAG9, DNAH9, NDUFAF6, and ARSK), muscle function (MYOCD and MCTP1), growth (CPNE4), altitude adaptation (DNAH9 and SERGEF), and reproduction (TBX6, PHYH, SPAG9, and ARSK). Based on our results, these candidate genes may have a positive effect on the adaptation of the KAR breed to a desert environment. پرونده مقاله
سکوی نشر دانش
سند یا سکوی نشر دانش ،سامانه ای جهت مدیریت حوزه علمی و پژوهشی نشریات دانشگاه آزاد می باشد
پیوندهای سایت
مراکز مرتبط
پشتیبانی
صفحات رسمی
حقوق این وب‌سایت متعلق به سامانه مدیریت نشریات دانشگاه آزاد اسلامی است.
حق نشر © 1403-1400