List of Articles microsatellite marker

• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  1 - Investigation of polymorphism of Markhoz goat microsatellite markers
  Sajad Badbarin Reza Seyedsharifi Hassan Khamis Abadi Javad Ahmadpanah
  The use of molecular markers, especially microsatellite markers provides very valuable information about the existing genetic structure under study. This information can be used to protect an endangered species or to investigate the location of genes affecting quantitat More

  The use of molecular markers, especially microsatellite markers provides very valuable information about the existing genetic structure under study. This information can be used to protect an endangered species or to investigate the location of genes affecting quantitative traits (QTL). The purpose of this study was to emphasized the importance of microsatellite markers for the study of genetic diversity in Markhoz goats and their use in conservation strategies.In this study, blood samples were taken from 240 Markhz goats in Kurdistan province randomly. DNA extraction from whole blood samples was performed by salting out method. Then, the genetic diversity of 30 microsatellite markers was investigated using polymerase chain reaction (PCR). Alleles of each individual were identified using silver staining method. Genetic parameters related to the genetic structure of Markhoz goat were calculated using POPGENE software.Except for INRA040 marker, all markers used were well amplified. Among the amplified markers, MCM136 showed low polymorphism but other markers had high polymorphism. ILSTS030 markers with 6 alleles and MCM136 markers with 3 alleles produced the highest and lowest number of alleles, respectively. ILSTS030 marker showed the highest (0.7504) and MCM136 marker showed the lowest (0.0158) expected heterozygosity.Microsatellite markers seem to be a useful and reliable tool for identifying goat breeds and their use can be a solution to protect endangered breeds. Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  2 - Investigation of genetic structure of sanjabi sheep using microsatellite markers
  reza sayed sharifi sajad Badbarin nemat hedayat evrigh jamal seif davati sima savar sofla
  Sanjabi sheep is one of the valuable breeds of sheep in the west of the country, which is very important in terms of meat and wool production. Considering the importance of native sheep breeds and their breeding in order to achieve production with more quantity and qual More

  Sanjabi sheep is one of the valuable breeds of sheep in the west of the country, which is very important in terms of meat and wool production. Considering the importance of native sheep breeds and their breeding in order to achieve production with more quantity and quality, identification of genetic structure and estimation of relevant parameters (number of observed and effective alleles, heterozygosity, Shannon index, etc.) The present study was performed. . The study population consisted of 100 sanjabi rams and ewes located in Mehregan station of Kermanshah province that were randomly selected. DNA extraction was performed by salt method. PCR reaction was performed using 10 microsatellite markers. Amplified DNA fragments were stained on acrylamide gel and detected by silver nitrate method. Alleles were scored according to their size and compared to the standard index PUC8 of Fermentase Company. The results of this study showed that all markers were polymorphic. The mean number of observed and effective alleles for all markers was calculated to be 4.5 and 2.9012, respectively. The highest and lowest expected heterozygosity were obtained in OarFCB11 and BMS2721 markers equal to 0.7548 and 0.5619, respectively. The expected heterozygosity for all markers (genetic diversity) was 0.6487. According to the obtained results, it can be said that the studied sheep have a desirable level of diversity and can be achieved by high breeding by breeding and selection of superior livestock. Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  3 - Genetic Variation within and between Three Iranian Goat Populations Using Nine Microsatellite Markers
  P. Gholizadeh M.B. Montazer Torbati A. Javanmard S. Alijani
  Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  4 - آنالیز ژنتیکی جمعیت‌های بُز بومی نیجریه با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره
  اُ.آ. اُجو جی.ن. آکپا م. اُرونمویی آی.آ. آدیینکا م. کبیر سی. آلفونسوس
  این مطالعه با هدف تعیین رابطه ژنتیکی بین چهار جمعیت تاریخی بُز بومی نیجریه صورت گرفته است. 200 بُز از سه نژاد به نام­های ساحل (60)، سوکوتو قرمز (60)، کوتوله غرب آفریقا (60) و سویه قهوه­ای کانو (20) در این مطالعه به کار برده شدند. نمونه­های بافت از گوش حیوانا More

  این مطالعه با هدف تعیین رابطه ژنتیکی بین چهار جمعیت تاریخی بُز بومی نیجریه صورت گرفته است. 200 بُز از سه نژاد به نام­های ساحل (60)، سوکوتو قرمز (60)، کوتوله غرب آفریقا (60) و سویه قهوه­ای کانو (20) در این مطالعه به کار برده شدند. نمونه­های بافت از گوش حیوانات با استفاده از پانچ گوش آلفلکس جمع­آوری گردیده و در لوله­های پلاستیکی حاوی ماده نگهدارنده بافت آلفلکس قرار داده شدند. استخراج DNA تکثیر و توالی­یابی در موسسه بین­المللی تحقیقات حیوانات اهلی (ILRI) نایروبی کنیا انجام شد. آنالیز ژنتیکی DNA با استفاده از 25 نشانگر پیشنهاد شده مشترکاً توسط سازمان خواربار و کشاورزی ملل متحد (FAO) و انجمن بین­المللی ژنتیک حیوانی (ISAG) انجام شد. نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که بالاترین هتروزیگوتی به ترتیب در بُزهای قهوه­ای کانو (04/0±68/0) و سوکوتو قرمز (04/0±64/0) دیده شده و کمترین مقدار نیز در کوتوله غرب آفریقا (05/0±58/0) دیده می­شود. در کُل جمعیت بُزها، همخونی اندکی مشاهده گردیده و میانگین Fis و Fit به ترتیب 105/0 و 129/0 بود. همان­گونه که انتظار می­رفت، جمعیت­های سوکوتو قرمز و قهوه­ای کانو بالاتری قرابت ژنتیکی را داشتند (فاصله ژنتیکی برابر با 022/0). این موضوع تأیید می­کند که قهوه­ای کانو یک سویه از نژاد سوکوتو قرمز است. جریان ژنی (Nm) نقش مهمی در یکنواختی ژنتیکی در جمعیت­هایی که از نظر جغرافیایی همسایگی نزدیکی داشتند، ایفا می­کرد (868/14). دندروگرام نیز درجه مطابقت قابل توجهی با منشا جغرافیایی در این کشور داشت. اطلاعات حاصل از این مطالعه در توسعه، کاربرد و حفاظت از بُزهای بومی نیجریه مفید واقع می­شوند. Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  5 - تنوع ژنتیکی بین گاوهای Bali (Bos javanicus) و هیبریدهای آن‌ها با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره
  ج. جاکاریا ا. آلیاه ف. سپوترا م. بیهقی ر.ر. نور
  هدف از این مطالعه ارزیابی تنوع ژنتیکی گاوهای Bali و گاوهای هیبرید با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره بود. نمونه‌های خون (192n=) از نژادهای گاو متفاوت جمع­آوری شد، برای نمونه Bali (n=96)، Madura (n=46)، وPeranakan Ongole (PO) Kebumen (n=48). جایگاه ژنی ریزماهواره است More

  هدف از این مطالعه ارزیابی تنوع ژنتیکی گاوهای Bali و گاوهای هیبرید با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره بود. نمونه‌های خون (192n=) از نژادهای گاو متفاوت جمع­آوری شد، برای نمونه Bali (n=96)، Madura (n=46)، وPeranakan Ongole (PO) Kebumen (n=48). جایگاه ژنی ریزماهواره استفاده شده برای دست‌یابی به تنوع ژنتیکی INRA035، ILSTS006، ETH225 و HEL9 بود، اگرچه پروفایل ژنتیکی با استفاده از برنامه‌های GenAlEX، Cervus، MEGA6، structure و R توضیح داده شدند. به عنوان یک نتیجه، 46 آلل در چهار لوکوس ریزماهواره مطالعه­شده یافت شد. تنوع ژنتیکی گاوهای Bali از جزیره Bali (H0=0.337) و جزیره Nusa Penida (H0=0.375) پایین‌تر از هیبریدها رکوردبرداری شدند، برای نمونه گاوهای نژاد Madura (H0=0.474) و PO Kebumen (H0=0.567). اختصاصاً، ما یافتیم 283 جفت باز (لوکوس ILST006)، 194 جفت بازی (لوکوس ETH225)، 147 جفت بازی و 151 جفت بازی (لوکوس HEL9) نشان دهنده آلل‌های متمایز برای گاوهای Bali. همچنین، داده‌های آزمایشگاهی ما نشان داد که نشانگرهای ریزماهواره استفاده شده اجازه می‌دهد به ما برای تولید یک تفرق آشکار از خوشه گاوها بین گاوهای Bali و هیبریدها، که برای برنامه‌های اصلاح نژادی آینده گاوها معنی‌دار بود. Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  6 - Searching for Possible Association between Six Microsatellite Markers and Suppression of Mite Reproduction (SMR) Trait in Honey Bees
  M. Elmi S.A. Rafat S. Alijani A. Javanmard G. Elyasi V. Danesh S. Shirmohammadi L. Ahmadzadeh-Gavahan
  Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  7 - تعیین خصوصیات ژنتیکی جمعیت بز هامرا در دو منطقه مختلف موروکو با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره
  ب. هیلال آی. بوجنانه اس. ال اوتمانی م. چنتوف م. پیرو
  در این مطالعه، تنوع ژنتیکی دو جمعیت مختلف نژاد بز هامرا در موروکو روی 60 نمونه مختلف (30 نمونه از منطقه بِنی­آروس و 30 نمونه از منطقه رومانی) با استفاده از 15 نشانگر ریزماهواره مورد مطالعه قرار گرفته است. مجموعاً 145 آلل شناسایی گردید و تعداد متوسط آلل به ازای هر جا More

  در این مطالعه، تنوع ژنتیکی دو جمعیت مختلف نژاد بز هامرا در موروکو روی 60 نمونه مختلف (30 نمونه از منطقه بِنی­آروس و 30 نمونه از منطقه رومانی) با استفاده از 15 نشانگر ریزماهواره مورد مطالعه قرار گرفته است. مجموعاً 145 آلل شناسایی گردید و تعداد متوسط آلل به ازای هر جایگاه، 67/8 و 07/8 آلل به ترتیب در بزهای منطقه بِنی­آروس و منطقه رومانی بوده است. شاخص اطلاعات شانون بین 58/1 در بزهای رومانی تا 66/1 در بزهای بِنی­آروس متغیر بود. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده کُل جایگاه­ها از 62/0 تا 72/0 در بزهای رومانی و 64/0 تا 75/0 در بزهای بِنی­آروس متغیر بود. شش نشانگر در بزهای بِنی­آروس و پنج نشانگر در بزهای رومانی انحراف معنی­دار از تعادل هاردی - واینبرگ نشان دادند. مقادیر FIS برای بزهای بِنی­آروس و رومانی به ترتیب 110/0 و 108/0 بود. مقادیر FST حاکی از وجود مقادیر اندک تمایز ژنتیکی بین دو گروه بز مزبور بوده است. فاصله ژنتیکی نِی بین دو گروه 046/0 بوده و نشان دهنده پایین بودن تمایز ژنتیکی است. آنالیز واریانس مولکولی (AMOVA) نیز موید این موضوع بوده و نشان می­دهد که 15/99 درصد از تنوع در داخل گروه­های ژنتیکی توزیع گردیده است. حضور دو خوشه (2=K) برای نشانگرهای ریزماهواره نشان دهنده سطح بالای اختلاط این دو جمعیت است. از نتایج حاصل اینطور نتیجه­گیری می­شود که هر دو گروه (بِنی­آروس و رومانی) از شباهت بالایی برخوردار بوده و می­توان آنها را متعلق به یک جمعیت تلقی نمود. Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  8 - The Genetic Diversity of Some Citrus Varieties from North of Iran Using Microsatellite Molecular Markers
  Babak Babakhani Yalda Naghashi Seyed Afshin Hosseini Boldaji Mahdieh Hoshani
  AbstractThe genetic diversity of 29 varieties of citrus, including varieties of orange, mandarin, bergamot, pomelo, and natural types through using eight microsatellite primers were evaluated. Genomic DNA extracted from the samples using the amplification was reproduced More

  AbstractThe genetic diversity of 29 varieties of citrus, including varieties of orange, mandarin, bergamot, pomelo, and natural types through using eight microsatellite primers were evaluated. Genomic DNA extracted from the samples using the amplification was reproduced and products using polyacrylamide gel were electrophoresed. A total of 97 bands were scored for marker ISSR, 78 bands were polymorphic bands of 80.22 percent. The highest and the lowest percentage of polymorphic were ISSR-8 primers with 90% and polymorphic ISSR-5 with 73% band, respectively. The average value of PIC was 0.18 in this test. The most of the PIC was reported by primer ISSR-6 and ISSR-8 with 0.27 and the lowest primer was also reported by ISSR-1 with 0.12. Based on the study, dendrogram of cluster resulted from the analysis of UPGMA method with simple matching coefficient; the cultivars were classified into five main groups. In this study, Pomelo was in a separate cluster. The ISSR molecular marker of Satsuma mandarin and clementine Suji Yama were grouped into two distinct groups. Therefore, this molecular marker presents the different levels of diversity at the genome level which can be useful in germplasm management and hereditary stocks. Genetic diversity analysis and kinship relationships in citrus provide useful information for breeding programs, selection, and registration of new varieties. Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  9 - The Study of Molecular and Population Diversity of Rutilus frisiikutum in Anzali Lagoon and Shirud River by Using of Molecular Genetic Method
  فریدون چکمه دوز قاسمی شهرام بهمنش مهتاب یارمحمدی محمد حسن زاده صابر
  Anzali Lagoon and Shirud River are two important spawning areas in south Caspian Sea for kutum. Due to the economically valuable of this fish, molecular and population genetic structure of this fish was investigated using microsatellite markers.For this purpose, 100 sam More

  Anzali Lagoon and Shirud River are two important spawning areas in south Caspian Sea for kutum. Due to the economically valuable of this fish, molecular and population genetic structure of this fish was investigated using microsatellite markers.For this purpose, 100 samples from two regions were collected and DNA was extracted. Ten pairs microsatellite primer was used for PCR which all made polymorphic patterns. Data resulted: 191 alleles were observed. The maximum numbers of alleles (18) were found in two loci (Ca1 and Ca3) and the minimum number of alleles (2) was found in MFW1 locus. The differences between samples of two regions were not statistically significant (P>0.05) neither for average number of alleles per locus nor for observed heterozygosity. The calculated Fst was 0.056 and significant (P Manuscript profile