بیوانفورماتیک

حرية الوصول المقاله

1 - بررسی داکینگ مولکولی آورانتامید موجود در گیاه دارویی مورینگا الیفرا (Moringa Olifera) بر مهار پروستاگلاندین‌ها
حمیده خواجه زهرا جمعه قاسم ابادی

10.30495/qafj.2023.2002852.1103

درد مکانیسمی دفاعی محسوب می‌شود و هنگامی که بافتی دچار آسیب شود، ایجاد می‌گردد. گیرنده‌های درد در پوست و بافت‌ها، انتهای عصبی آزاد هستند. ایجاد درد در بافت‌ها به علت ساخته شدن موادی به نام پروستاگلاندین‌ها که از مهم‌ترین واسطه‌های التهاب می‌باشد و مهار ساخت آن توسط دارو أکثر

درد مکانیسمی دفاعی محسوب می‌شود و هنگامی که بافتی دچار آسیب شود، ایجاد می‌گردد. گیرنده‌های درد در پوست و بافت‌ها، انتهای عصبی آزاد هستند. ایجاد درد در بافت‌ها به علت ساخته شدن موادی به نام پروستاگلاندین‌ها که از مهم‌ترین واسطه‌های التهاب می‌باشد و مهار ساخت آن توسط داروهای ضد التهاب موجب کاهش آن می‌شود. گیاه مورینگا الیفرا در صنایع غذا و دارو اهمیت بالایی دارد و دارای ترکیب دارویی نادر به نام آورانتی‌آمید (Auranti amide) می‌باشد. این ترکیب به دلیل اثرات ضدالتهابی و ضدروماتیسمی خود، در درمان بیماری‌های التهابی مانند آرتروز، روماتوئید و پسوریازیس کاربرد دارد و با ممانعت از تولید پروستاگلاندین‌ها و افزایش تولید گلوتاتیون، کاهش فعالیت آنزیم‌های آسپارتات‌آمینوترانسفراز و آلانین‌آمینوترانسفراز و کاهش تولید عامل التهابی TNF-α، عوارض التهابی را کاهش می‌دهد. هدف از این مطالعه بررسی اثر مهاری ترکیب دارویی اورانتامید بروی پروستاگلاندین‌ها از طریق داکینگ مولکولی می‌باشد. برای بررسی نحوه اتصال ترکیب دارویی به جایگاه فعال مولکول، ترسیم ساختار شیمیایی دارو، بهینه‌سازی انرژی، مطالعات داکینگ، تجزیه و تحلیل‌های نهایی از پایگاه داده‌های Pub Chem و PDB استفاده شد. میانکنش دارو با رسپتور از طریق داک‌های متفاوت با استفاده از نرم‌افزار‌های Pyrex، Chimera و Viewer Lite انجام شد. نتایج نشان داد که ترکیب مورد نظر قادر به اشغال جایگاه فعال آنزیم بود و در میان نرم‌افزارها بهترین نتیجه با استفاده از نرم‌افزار Pyrex بدست آمد. در واقع این ترکیب دارای منفی‌ترین سطح انرژی اتصال (Kcal mol 5/7-) بود. بنابراین نشان داده شد که بالاترین تمایل به آمینواسیدهای کلیدی جایگاه فعال آنزیم و محل برهمکنش با مولکول کوکریستال است. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

2 - بررسی خصوصیات ساختاری و فیلوژنی پروتئین سیتوکروم P450 در حشرات
ثمین صدیق

آنزیم های سیتوکروم P450 (cyps) منواکسیژناز های حاوی هِم هستند که در متابولیسم مواد داخلی و خارجی دخالت دارند. آن ها شامل یک بالاخانواده از آنزیم ها هستند که در موجودات مختلف مانند پستانداران، گیاهان، باکتری ها و حشرات یافت می شوند. cyp ها متنوع بوده و سوبسترا های زیادی أکثر

آنزیم های سیتوکروم P450 (cyps) منواکسیژناز های حاوی هِم هستند که در متابولیسم مواد داخلی و خارجی دخالت دارند. آن ها شامل یک بالاخانواده از آنزیم ها هستند که در موجودات مختلف مانند پستانداران، گیاهان، باکتری ها و حشرات یافت می شوند. cyp ها متنوع بوده و سوبسترا های زیادی را متابولیزه می کنند، اما ساختار آن ها بسیار حفاظت شده است. در این مطالعه، تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی آنزیم های P450 در سی گونه از حشرات متعلق به خانواده های مختلف انجام گرفت. بر اساس موتیف های به دست آمده از ابزار های MEME و MAST، 3 موتیف در تمام حشرات مشترک بود. آنالیز ساختاری هفت گونه از حشرات انتخاب شده توسط ابزار های ProtParam و SOPMA در پایگاه EXPASY انجام شد. ساختار سوم Drosophila melanogaster (شماره دسترسی: NP_525031) به عنوان حشره نمونه و شش گونه دیگر با استفاده از سرور Phyre2 و با استفاده از مدل “c4lxjA” (کد دسترسی: 4lxj) پیش بینی گردید. توالی پروتئین ها با استفاده از الگوریتم ClustalW توسط نرم افزار MEGA 6.06 هم تراز سازی شده و درخت فیلوژنی با استفاده از روش اتصال-همسایگی (NJ) ترسیم گردید. با توجه به نتایج، شباهت زیادی بین پروتئین هـای cyp در گونه های مختلف حشرات وجود دارند به طوری که احتمالا از یک جد مشترک مشتق شده اند. داده های به دست آمده پیش زمینه ای را برای مطالعات بیوانفورماتیکی راجع به عملکرد و تکامل این پروتئین در حشرات فراهم می آورد. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

3 - Sequencing and Bioinformatics Analysis of Kappa-Casein Exon 4 Gene in Iranian Bacterianus and Dromedaries Camels
م. طهمورث‪پور م.ه. سخاوتی ا.ع. کهبیری ع. محمدهاشمی

Kappa-casein, as a major protein component in mammalian milk, plays an essential role in formation and stabilization milk micelles and preventing them from aggregating and therefore, helping to keep calcium phosphate in solution and transfer of calcium and phosphors fro أکثر

Kappa-casein, as a major protein component in mammalian milk, plays an essential role in formation and stabilization milk micelles and preventing them from aggregating and therefore, helping to keep calcium phosphate in solution and transfer of calcium and phosphors from animal milk to consumers. Therefore, the objective of the current study was to investigate genetic and phylogenetic analysis of exon 4 of k-casein (CSN3) gene in Iranian camels using 10 blood samples from Dromedary camels and 5 blood samples from Bacterian camels. After DNA extraction, partial DNA fragment (713 bp) of the k-casein gene was amplified and sequenced using specific primers by PCR reaction. Obtained sequences were edited and subsequently were compared with other k-casein gene sequences which were submitted in NCBI data base. The results showed that there were no significant variations among analyzed sequences. Furthermore, the Neighbor-Joining phylogenetic analysis showed that according to k-casein gene sequence, Iranian Dromedary and Bacterian camels have the lowest genetic distance with Lama species. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

4 - آنالیز بیوانفورماتیکی ژنوم کلروپلاستی گونه‌های دیپلوئید G.longicalyx & G.stocksii و مقایسه آن با گونه‌های تتراپلوئید پنبه
فرشید طلعت ماهرخ غیبی

10.30495/jdb.2023.1959300.1305

پنبه (Gossypium) شامل 5 گونه تتراپلوئید (2n=4x=52) و بیش از 45 گونه دیپلوئید (2n=2x=26) است. گونه‌های تتراپلوئید پنبه از طریق هیبریدیزاسیون بین یک ژنوم A- و یک گونه ژنوم D- شکل گرفته‌‌اند. آنالیز نقشه‌ های ژنتیکی نشان داد که ژنوم‌های دیپلوئید A- و D- سطح بالائی از همتائ أکثر

پنبه (Gossypium) شامل 5 گونه تتراپلوئید (2n=4x=52) و بیش از 45 گونه دیپلوئید (2n=2x=26) است. گونه‌های تتراپلوئید پنبه از طریق هیبریدیزاسیون بین یک ژنوم A- و یک گونه ژنوم D- شکل گرفته‌‌اند. آنالیز نقشه‌ های ژنتیکی نشان داد که ژنوم‌های دیپلوئید A- و D- سطح بالائی از همتائی با ژنوم‌های At- و Dt- در پنبه تتراپلوئید دارند. دو گونه دیپلوئید G.stocksii) و (G.longicalyx متعلق به زنومD در گیاه پنبه می‌باشند که نقش بسیار مهمی به عنوان منبع زیستی در برنامه‌های تحقیقاتی و اصلاحی پنبه دارد. این مطالعه به منظور مقایسه توالی ژنوم کلروپلاستی، تعداد نوکلئوتیدها، نواحی بین‌ژنی ، توالیهای تکراری و آنالیز کاربرد کدونی بین دو گونه دیپلوئید G.stocksii) و (G.longicalyx و دو گونه تتراپلوئید پنبه G.hirsutum) و (G. barbadense صورت گرفت. ژنوم کامل کلروپلاست G.longicalyx دارای 160،248 جفت‌ باز است که بلندتر از G.stocksii و کوتاهتر از دو گونه تتراپلوئید بوده، ژنوم کامل کلروپلاست G.stocksii دارای 159،039 جفت‌ باز است که کوتاه‌تر از G.longicalyx و دو گونه تتراپلوئید بوده همچنین در هر دو گونه دو ناحیه تک نسخه‌‌ای توسط دو ناحیه تکرار معکوس جدا شده‌‌اند. ژ‌ن‌های کد شده توسط کلروپلاست G.longicalyx و G.stocksii شامل 79 ژن کدکننده پروتئین، 4 ژن rRNA، 30 ژن tRNA، 113 ژن تک و 20 ژن مضاعف در IR قرار گرفته ‌اند. در دو گونه دیپلوئید مورد بررسی 5 ژن با عملکرد ناشناخته ژن‌های ycf کشف شدند که برای گیاهان ضروری در نظر گرفته شده و در میان گونه‌ ها بسیار محافظت شده هستند. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

5 - طراحی بیوانفورماتیکی و بهینه سازی تولید آنزیم گلوکزاکسیداز نوترکیب بیان شده در مخمر یارروویا لیپولیتیکا
فاطمه خدیوی درخشان فرشاد درویشی مهروز دزفولیان کاترین مادزاک

سابقه و هدف: آنزیم گلوکزاکسیداز کاربرد فراوانی در صنایع پزشکی، دارویی، غذایی، نساجی و محیطی دارد. بیان هترولوگ این آنزیم در میزبان های مخمری به دلیل برخی از محدودیت های تولید صنعتی این آنزیم توسط آسپرژیلوس نایجر بررسی شده است. این مطالعه با هدف بررسی ویژگی های بیوانفورم أکثر

سابقه و هدف: آنزیم گلوکزاکسیداز کاربرد فراوانی در صنایع پزشکی، دارویی، غذایی، نساجی و محیطی دارد. بیان هترولوگ این آنزیم در میزبان های مخمری به دلیل برخی از محدودیت های تولید صنعتی این آنزیم توسط آسپرژیلوس نایجر بررسی شده است. این مطالعه با هدف بررسی ویژگی های بیوانفورماتیکی گلوکزاکسیداز در سویه نوترکیب مخمر یارروویا لیپولیتیکا Po1g-GOX و بهینه سازی شرایط تولید این آنزیم به روش تاگوچی صورت گرفت.مواد و روش ها: توالی پروتئین، ساختارهای اول، دوم، سوم و میزان گلیکوزیلاسیون آنزیم نوترکیب گلوکزاکسیداز با نرم افزارهای بیوانفورماتیکی بررسی شد. بهینه سازی تولید آنزیم نوترکیب برای گلوکز، پپتون، عصاره مخمر و pH در محیط YPD دارای تیامین در 4 سطح برای نرم افزار Qualitek-4 تعریف شد. میزان تولید آنزیم سنجش و با نرم افزار تجزیه و تحلیل شد.یافته ها: گلوکزاکسیداز نوترکیب دارای 605 اسیدآمینه بوده که ساختار دوم آن دارای 29 درصد مارپیچ آلفا، 16 درصد صفحه بتا و 54 درصد کویلاست که با ساختار دوم توالی اسیدآمینه گلوکزاکسیداز طبیعی آسپرژیلوس نایجر تشابه زیادی را نشان داد. 8 جایگاه گلیکوزیلاسیون در این پروتئین نوترکیب قرار دارد و ساختار سوم دارای یک دومین است و تشابه بالایی با گلوکزاکسیداز طبیعی دارد. بیشترین تولید آنزیم گلوکزاکسیداز نوترکیب در شرایط بهینه در محیط کشت حاوی 30 گرم در لیتر گلوکز، 5 گرم در لیتر عصاره مخمر، 15 گرم در لیتر پپتون و pH حدود 7 به دست آمد.نتیجه گیری: گلوکز اکسیداز نوترکیب یارروویا به دلیل شباهت بالا با گلوکزاکسیداز طبیعی پتانسیل مناسبی به منظور کاربرد در صنایع دارویی و غذایی دارد. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

6 - مطالعه بیوانفورماتیک پپتید ضد باکتریایی آتاسین a1 از حشرهTenebrio molitor
محمدحسین کریمی گرجی مهدی گلستانی نسب شکیبا درویش علیپور

10.30495/jmw.2022.1958619.2020

سابقه و هدف: امروزه پپتید های ضد میکروبی تولید شده از حشرات بهدلیل تاثیر ضد باکتری‌ های بیماری‌ زا با اثرات جانبی کمتر، مورد توجه هستند. هدف از این مطالعه، بررسی خواص فیزیکی-شیمیایی آتاسین 1a بهعنوان ترکیب ضد باکتریایی برای انجام پژوهش‌ های آزمایشگاهی بر پایه‌ ی تولید أکثر

سابقه و هدف: امروزه پپتید های ضد میکروبی تولید شده از حشرات بهدلیل تاثیر ضد باکتری‌ های بیماری‌ زا با اثرات جانبی کمتر، مورد توجه هستند. هدف از این مطالعه، بررسی خواص فیزیکی-شیمیایی آتاسین 1a بهعنوان ترکیب ضد باکتریایی برای انجام پژوهش‌ های آزمایشگاهی بر پایه‌ ی تولید حامل‌ های دارو رسانی و طراحی واکسن، با استفاده از روش‌ های بیوانفورماتیک است.مواد و روش‌ ها: در این پژوهش توالی ژن کد کننده پپتید ضد میکروبی آتاسین 1a تولید شده از حشره T. molitor، از پایگاه داده NCBI، با نشانی www.ncbi.nlm.nih.gov، در فرمت FASTA دریافت شد. وزن مولکولی، میزان مشابهت و تفاوت میان توالی‌ های آتاسین1a با سایر پپتید‌‌ های همولوگ، و مشخصات فیزیکی-شیمیایی مولکول بررسی گردید. همچنین ساختار دوم و شکل فضایی پپتید آتاسین1a، با استفاده از نرم افزار‌های بیوانفورماتیک پیشگویی و میزان عملکرد و ایمنی زایی پپتید مطالعه شد.یافته ها: توالی آمینو اسیدی پپتید آتاسین1a، با پپتید های مشابه در 10 عضو از زیر راسته Polyphaga، در نواحی مرکزی و انتهایی (-cترمینال) مشابه است. ویژگی‌ های ساختاری و بیوشیمیایی آتاسین1a، 51% آمینو اسید های غیر قطبی با شاخص بی نظمی %61 و انعطاف پذیری 53% را نشان می‌ دهد. ساختار دوم آتاسین1a، شامل 52/60% پیچ های تصادفی، 1/43% صفحات بتا و 21/43% مارپیچ آلفا است. پیشگویی ساختار سوم در پایگاه Phyre2، 32% هم‌ پوشانی و 31/1% اعتبار سنجی به پروتین متعلق به بتا شبه ایمونوگلوبولین (d2aw2a1) را نشان می دهد. این پپتید توانایی بالایی در تحریک سیستم ایمنی ندارد.نتیجه گیری: فراوانی صفحات بتا در ساختار آتاسین 1a، دلیلی بر پایداری مولکول و افزایش توانایی آن در عبور از غشای سلولی باکتری‌ ها است. تفاصيل المقالة

فهرس المقالات بیوانفورماتیک

سند

الروابط

المراكز ذات الصلة

دعامة

الصفحات الرسمية