آنالیز بیوانفورماتیکی ژنوم کلروپلاستی گونه‌های دیپلوئید G.longicalyx & G.stocksii و مقایسه آن با گونه‌های تتراپلوئید پنبه

الموضوعات :

فرشید طلعت ¹ (استادیار، بخش تحقیقات علوم زراعی و باغی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی آذربایجان غربی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج)
ماهرخ غیبی ² (کارشناس ارشد زیست فناوری (بیوتکنولوژی)، دانشگاه آزاد اسلامی واحد ارومیه، ایران)

تاريخ الإرسال : 21 الأحد , شوال, 1443 تاريخ التأكيد : 24 الثلاثاء , جمادى الثانية, 1444 تاريخ الإصدار : 29 الإثنين , رجب, 1444

الکلمات المفتاحية: بیوانفورماتیک, آنالیز ساختاری, کلروپلاست پنبه, G.longicalyx, G.stocksii,

ملخص المقالة :

پنبه (Gossypium) شامل 5 گونه تتراپلوئید (2n=4x=52) و بیش از 45 گونه دیپلوئید (2n=2x=26) است. گونه‌های تتراپلوئید پنبه از طریق هیبریدیزاسیون بین یک ژنوم A- و یک گونه ژنوم D- شکل گرفته‌‌اند. آنالیز نقشه‌ های ژنتیکی نشان داد که ژنوم‌های دیپلوئید A- و D- سطح بالائی از همتائی با ژنوم‌های At- و Dt- در پنبه تتراپلوئید دارند. دو گونه دیپلوئید G.stocksii) و (G.longicalyx متعلق به زنومD در گیاه پنبه می‌باشند که نقش بسیار مهمی به عنوان منبع زیستی در برنامه‌های تحقیقاتی و اصلاحی پنبه دارد. این مطالعه به منظور مقایسه توالی ژنوم کلروپلاستی، تعداد نوکلئوتیدها، نواحی بین‌ژنی ، توالیهای تکراری و آنالیز کاربرد کدونی بین دو گونه دیپلوئید G.stocksii) و (G.longicalyx و دو گونه تتراپلوئید پنبه G.hirsutum) و (G. barbadense صورت گرفت. ژنوم کامل کلروپلاست G.longicalyx دارای 160،248 جفت‌ باز است که بلندتر از G.stocksii و کوتاهتر از دو گونه تتراپلوئید بوده، ژنوم کامل کلروپلاست G.stocksii دارای 159،039 جفت‌ باز است که کوتاه‌تر از G.longicalyx و دو گونه تتراپلوئید بوده همچنین در هر دو گونه دو ناحیه تک نسخه‌‌ای توسط دو ناحیه تکرار معکوس جدا شده‌‌اند. ژ‌ن‌های کد شده توسط کلروپلاست G.longicalyx و G.stocksii شامل 79 ژن کدکننده پروتئین، 4 ژن rRNA، 30 ژن tRNA، 113 ژن تک و 20 ژن مضاعف در IR قرار گرفته ‌اند. در دو گونه دیپلوئید مورد بررسی 5 ژن با عملکرد ناشناخته ژن‌های ycf کشف شدند که برای گیاهان ضروری در نظر گرفته شده و در میان گونه‌ ها بسیار محافظت شده هستند.