سابقه و هدف: مرجانهای سخت و نرم خلیج فارس دارای جلبک تک سلولی همزیستی به نام زوگزانتله میباشند که نقش مهمی در تأمین مواد آلی مورد نیاز مرجانها ایفا مینماید. آبسنگهای مرجانی این ناحیه از خلیج به دلیل قرار گرفتن در عرضهای جغرافیایی نیمه گرمسیری و وجود دامنه وسیع تغ چکیده کامل
سابقه و هدف: مرجانهای سخت و نرم خلیج فارس دارای جلبک تک سلولی همزیستی به نام زوگزانتله میباشند که نقش مهمی در تأمین مواد آلی مورد نیاز مرجانها ایفا مینماید. آبسنگهای مرجانی این ناحیه از خلیج به دلیل قرار گرفتن در عرضهای جغرافیایی نیمه گرمسیری و وجود دامنه وسیع تغییرات دمای آب و شوری بالا همواره تحت تأثیرتنش های محیطی میباشند. این تنش ها میتواند منجر به تغییر زوگزانتلههای همزیست با آنها گردد. این مطالعه با هدف شناسایی کلادهای Symbiodinium به روش مولکولی و نیز بررسی حضور کلاد D زوگزانتله در مرجانهای نرم و سخت جزیرۀ لارک در خلیج فارس انجام شده است.
مواد و روشها: 3 گونه از مرجانهای نرم شمال و شمال شرق جزیره لارک و 5 گونه مرجان سخت در شمال جزیره جمع آوری گردید. پس از استخراج DNA، زیرواحد بزرگ ریبوزومی S28 با استفاده از واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) تکثیر شد. سپس توالی زیرواحد بزرگ ریبوزومی S28 با استفاده از آنالیز فیلوژنی، مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت.
یافتهها: به دنبال تکثیر قطعهای از ژن زیرواحد بزرگ ریبوزومی S28، توالی bp780 به دست آمد. پس از توالییابی قطعه ژنی تکثیر یافته و مقایسه آن با ترادفهای ژنی موجود در بانک ژنی مشخص گردید که کلادهای همزیست با مرجان های نرم اطراف جزیره لارک، از نوع کلاد D میباشند.
نتیجه گیری: غالب بودن کلاد D به علت درجه حرارت بالای خلیج فارس و نیز شرایط ناپایدار تنگۀ هرمز در مرجانهای نرم و سخت جزیرۀ لارک کاملاً طبیعی میباشد.
پرونده مقاله
سابقه و هدف: سل به عنوان دومین علت مرگ و میر ناشی از عفونت شناخته شده است. روش های مولکولی مانند PCR، تکنیک های مناسبی برای شناسایی مایکوباکتریوم توبرکیلوسیس (MTB) هستند. بروز نتایج متفاوت در آزمایشگاه های مختلف، از معایب این تکنیک مولکولی است. این مطالعه با هدف طراحی، چکیده کامل
سابقه و هدف: سل به عنوان دومین علت مرگ و میر ناشی از عفونت شناخته شده است. روش های مولکولی مانند PCR، تکنیک های مناسبی برای شناسایی مایکوباکتریوم توبرکیلوسیس (MTB) هستند. بروز نتایج متفاوت در آزمایشگاه های مختلف، از معایب این تکنیک مولکولی است. این مطالعه با هدف طراحی، ساخت و کاربرد کنترل داخلی در روش PCR به منظور تشخیص MTB انجام شد.
مواد و روش ها: به منظور ساخت کنترل داخلی ویژه MTB ، ابتدا پرایمرهای ویژه آزمون PCR برای تشخیص مولکولی بهینه و سپس حساسیت و ویژگی آن مشخص گردید. پرایمرهای مرکب (Composite Primer) برای IC-MTB نیز طراحی، تکثیر و سپس کلون شد. IC-MTB تکثیر شده در پلاسمید pTZ57R الحاق و در باکتری اشریشیا کلی JM107 ترانسفورم و کلون گردید. تعداد حداقل IC در هر واکنش PCR از طریق رقیق سازی و همچنین طیف پاسخ PCR همراه با کنترل داخلی مورد بررسی قرار گرفت.
یافته ها: اندازه محصول تشخیصی MTB با پرایمرهای اختصاصی آن برابر با 245 جفت باز و محصول IC-MTB برابر با 660 جفت باز بود. که از نظر اندازه، اختلاف مطلوب را با هم دارند. تعداد حداقل IC در هر واکنش 1000 عدد تعیین شد. حداقل و حداکثر حساسیت روش PCR همراه با IC برای DNA باکتری مایکوباکتریوم توبرکیلوسیس بین 10 میلیون تا 10 باکتری محاسبه گردید. در ارزیابی ویژگی با عوامل مختلف نیز هیچ محصول ناخواسته ای مشاهده نشد.
نتیجه گیری: استفاده از یک کنترل داخلی در روش PCR می تواند خطاها را در آزمون تشخیص مولکولی مایکوباکتریوم توبرکیلوسیس شناسایی نماید. در واقع تکثیر IC نشان دهنده انجام صحیح تمامی مراحل تکثیر و تشخیص می باشد.
پرونده مقاله
سابقه و هدف: شناسایی بیماری هپاتیت B یکی از مشکلات اساسی مراکز همودیالیز محسوب می‌شود. هدف از این پژوهش راه‌اندازی و بهینه‌سازی روش مولکولی تکثیر هم‌دمایی به‌واسطه حلقه (LAMP) برای ارزیابی شیوع ویروس هپاتیت B در نمونه‌های سرمی افراد همودیال چکیده کامل
سابقه و هدف: شناسایی بیماری هپاتیت B یکی از مشکلات اساسی مراکز همودیالیز محسوب می‌شود. هدف از این پژوهش راه‌اندازی و بهینه‌سازی روش مولکولی تکثیر هم‌دمایی به‌واسطه حلقه (LAMP) برای ارزیابی شیوع ویروس هپاتیت B در نمونه‌های سرمی افراد همودیالیزی است. مواد و روش‌ها: این پژوهش به‌صورت مقطعی-توصیفی بر روی سرم 136 بیمار مراجعه کننده به 3 مرکز همودیالیز بیمارستان مصطفی خمینی (53 نمونه)، بیمارستان چمران (54 نمونه) و بیمارستان عرفان (31 نمونه) انجام شد. پس از استخراج DNA با استفاده از 6 پرایمر اختصاصی ژن HBsAg شرایط واکنش و غلظت مواد برای تشخیص HBV بهینه سازی گردید. همچنین محصولات واکنش با استفاده از روش ژل الکتروفورز با استفاده از اتیدیوم بروماید و سایبرگرین ارزیابی گردید. یافته ها: در این مطالعه حساسیت روش بهینه‌سازی شده LAMP، 4 ذره ویروسی بود. همچنین این روش ویژگی بسیار بالایی داشت. از افراد مراجعه کننده به بیمارستان مصطفی خمینی 13 مورد به‌وسیله تکنیک LAMP و 7 مورد به‌وسیله PCR و از افراد مراجعه کننده به بیمارستان چمران 4 مورد به‌وسیله تکنیک LAMP و 2 مورد به‌وسیله PCR مثبت بودند. اما میزان شناسایی ویروس در افراد مراجعه کننده به بیمارستان عرفان با استفاده از هر دو تکنیک یکسان (2 مورد) بود. نتیجه گیری: برای شناسایی ویروس هپاتیت B، روش LAMP در مقایسه با روش PCR معمولی بسیار سریع‌تر، مقرون به صرفه‌تر و دقیق‌تر است.
پرونده مقاله
هلیکوباکتر پیلوری عامل مهمی در ایجاد زخم های پپتیک و سرطان معده در انسان است. هنگامی که این باکتری در درون آب قرار می گیرد به فرم زنده اما غیرقابل کشت کوکوئید در می آید. این امر می تواند یکی از عوامل مهم انتقال آلودگی محسوب گردد. این مطالعه با هدف ارزیابی میزان بقای فرم چکیده کامل
هلیکوباکتر پیلوری عامل مهمی در ایجاد زخم های پپتیک و سرطان معده در انسان است. هنگامی که این باکتری در درون آب قرار می گیرد به فرم زنده اما غیرقابل کشت کوکوئید در می آید. این امر می تواند یکی از عوامل مهم انتقال آلودگی محسوب گردد. این مطالعه با هدف ارزیابی میزان بقای فرم های کوکوئید هلیکوباکتر پیلوری در نمونه های آب توسط روش های کشت و PCR انجام شد. این پژوهش به صورت تجربی بر روی 10 سویه هلیکوباکتر پیلوری جدا شده از نمونه های بالینی انجام گرفت. سویه های جدا شده به آب اضافه و در دماهای 4، 22 و 37 درجه سلیسیوس و به فواصل زمانی 1 و 2 ماه گرماگذاری شدند. در هر بار، نمونه ها بر روی محیط بروسلا بلاد آگار کشت داده شدند. پس از استخراج DNA، به منظور تکثیر ژن glmM از روش PCR استفاده گردید. همچنین حساسیت و اختصاصیت روش PCR مورد ارزیابی قرار گرفت. در مطالعه حاضر با استفاده از روش کشت در دمای 4 درجه در ماه اول هیچ فرم کوکوئیدی از باکتری در محیط کشت مشاهده نشد. اما درصد شناسایی باکتری در دمای 22 و 37 درجه سلیسیوس برابر با 10% و 20% بود. در ماه دوم نتیجه مثبتی تشخیص داده نشد. با استفاده از روش PCR مشخص گردید که این روش با حساسیت بیشتر نسبت به کشت در ماه اول و در دماهای 22، 4 و 37 درجهسلیسیوس به ترتیب قادر به شناسایی فرم های کوکوئید در 10%، 30% و 40% موارد هلیکوباکتر پیلوری بود. این گزارش در ماه دوم به صورت 0%، 20% و 30% بود. یافته های این مطالعه نشان می دهد که فرم های کوکوئید غیرقابل کشت هلیکوباکترپیلوری در آب، توسط روش های حساس، دقیق و اختصاصی مانند PCR قابل شناسایی می باشند.
پرونده مقاله