-
دسترسی آزاد مقاله
1 - بررسی فیلوژنتیکی عامل پوسیدگی نرم ارکیده در گلخانه‌های منطقه پاکدشت
طیبه یوسفیه ابوالقاسم قاسمی علی علیزاده علیآبادیارکیده از با ارزش ترین گل های زینتی و پوسیدگی نرم از بیماری های مهم این گیاه می باشد. در بهار سال 1392 از گلخانه های منطقه پاکدشت تهران بازدید و از گیاهان دارای علائم پوسیدگی نرم نمونه برداری شد. جدا سازی باکتری در محیط کشت های NA و EMBA انجام و بیماری زایی جدایه های آن چکیده کاملارکیده از با ارزش ترین گل های زینتی و پوسیدگی نرم از بیماری های مهم این گیاه می باشد. در بهار سال 1392 از گلخانه های منطقه پاکدشت تهران بازدید و از گیاهان دارای علائم پوسیدگی نرم نمونه برداری شد. جدا سازی باکتری در محیط کشت های NA و EMBA انجام و بیماری زایی جدایه های آن در برگ های ارکیده به اثبات رسید. بر اساس ویژگی های مورفولوژیکی، آزمون های فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی، جدایه ها گرم منفی و بی هوازی اختیاری، تولید اندول، احیاء نیترات، حساسیت به اریترومایسین و داشتن فعالیت فسفاتاز، جدایه های مذکور به جنس Dickeya تعلق داشتند. جدایه ها بر اساس تکثیر ژن پکتات لیاز با استفاده از آغازگر ADE1/ADE2 و عدم تکثیر با آغازگر های EXPECCF/R و Y1/Y2، گونه ای از جنس Dickeya شناسایی شد. توالی قطعات تکثیر شده ژن های ریکامبینازآ و RNA پلیمراز زیر واحد بتا تعدادی از جدایه ها به میزان 99 تا 100 درصد با نمونه های Dickeya sp.. موجود در بایگانی NCBI شباهت داشتند ولی با گونه های توصیف شده این جنس متفاوت بودند. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
2 - بررسی برخی خصوصیـات مولکولی جدایه‌های ایرانی ویروس برگ قاشقـی سیب‌زمینی
رضا پوررحیم شیرین فرزادفرویروس برگ قاشقی سیب زمینی (Potato leafroll virus-PLRV) عضو جنس Polerovirus، از مهم ترین ویروس های بیمارگر سیب زمینی است که از غالب مزارع سیب‌زمینی کشور گزارش شده است. در این پژوهش، خصوصیات مولکولی جدایه های ایرانی، با استفاده از ژن پروتئین پوششی مورد بررسی قرار گرفت. بر چکیده کاملویروس برگ قاشقی سیب زمینی (Potato leafroll virus-PLRV) عضو جنس Polerovirus، از مهم ترین ویروس های بیمارگر سیب زمینی است که از غالب مزارع سیب‌زمینی کشور گزارش شده است. در این پژوهش، خصوصیات مولکولی جدایه های ایرانی، با استفاده از ژن پروتئین پوششی مورد بررسی قرار گرفت. برای این منظور از مناطق مهم کشت سیب زمینی در استان های آذربایجان، اردبیل، اصفهان، خراسان و همدان بازدید و نمونه برداری به دو صورت تصادفی و انتخابی انجام شد. نمونه ها از نظر آلودگی به PLRV با استفاده از آنتی بادی اختصاصی و به روش DAS-ELISA مورد آزمون قرار گرفتند. بر اساس نتایج آزمون الایزا این ویروس در تمام استان های مورد نظر با میانگین فراوانی آلودگی 6/9 درصد ردیابی گردید. بیش ترین و کم ترین درصد آلودگی به ترتیب در استان اصفهان (7/23 درصد) و استان اردبیل (9/3) تعیین شد. در این تحقیق تعداد 10 جدایه ایرانی PLRV از پنج استان مورد بررسی انتخاب شده و با استفاده از آغازگر های اختصاصی، ناحیه ژنومی ORF0 این جدایه ها طی واکنش زنجیره ای پلی مراز تکثیر گردید. همردیفی توالی نوکلئوتیدی ژن ORF0 مربوط به 10 جدایه ایرانی PLRV به دست آمده در این تحقیق و 23 توالی ORF0 دیگر جدایه های PLRV از سایر مناطق دنیا، نشان دهنده وجود 2/94 تا 100 درصد همسانی در بین آن ها بود. این مقایسه نشان داد که در بین جدایه های ایرانی، دو جدایه Ar53 و Kh116 دارای بیش ترین درصد همسانی با جدایه ای از کشور هلند (Y07496) بودند. بر اساس مطالعات تبارزایی، جدایه های PLRV به سه گروه تقسیم شدند که جدایه های ایرانی به همراه برخی از جدایه های اروپایی در گروه یک (Group I) قرار گرفتند پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
3 - آنالیزفیلوژنتیکی جمعیتی از گوسفند افشاری با استفاده از توالی HVR-IوcytB میتوکندریDNA
کیان پهلوان افشاریسابقه و هدف: در بین نشانگرهای ژنتیکی، توالی یابی ژنوم میتوکندری یکی از بهترین و رایج ترین روش ها برای طبقه بندی ژنتیکی جمعیت ها و گونه های نزدیک به هم، بررسی امکان اشتقاق گونه های مختلف از یک جد مشترک، مطالعه رابطه فیلوژنی هر موجود با سایر گونه ها و نژادها و دستیابی چکیده کاملسابقه و هدف: در بین نشانگرهای ژنتیکی، توالی یابی ژنوم میتوکندری یکی از بهترین و رایج ترین روش ها برای طبقه بندی ژنتیکی جمعیت ها و گونه های نزدیک به هم، بررسی امکان اشتقاق گونه های مختلف از یک جد مشترک، مطالعه رابطه فیلوژنی هر موجود با سایر گونه ها و نژادها و دستیابی به راهکارهایی برای حفظ ذخایر ژنتیکی می باشد. هدف از این تحقیق تعیین توالی ناحیه HVR1 و CytB از ژنوم میتوکندری گوسفند افشاری می باشد. مواد و روشها: برای انجام این تحقیق تعداد 40 نمونه خون از هر دو جنس از گوسفندان غیر خویشاوند افشاری جمع آوری شد. پس از استخراج DNA، ناحیه HVR1 و CytB توسط پرایمرهای اختصاصی تکثیر شده و تعیین توالی شدند. توالی‌های به‌دست آمده با استفاده از برنامه Chromas Lite 2.01 تجزیه و تحلیل شد. جهت تعیین بالاترین همولوژی توالی گوسفند افشاری از رویه Blast تحت پایگاه NCBI استفاده شد.یافته ها: پس از تعیین توالی، با مقایسه توالی CytB و HVR1 از ژنوم گوسفند افشاری با توالی ناحیه مشابه از ژنوم گوسفندان سایر نژادها از مناطق مختلف جهان به ترتیب 3 هاپلوتیپ و 5 هاپلوتیپ مشاهده شد. علاوه بر این هر دو مقر دارای چندشکلی بالایی بودند.نتیجه گیری: تعیین توالی ژنوم میتوکندری به خوبی می تواند تنوع ژنتیکی و ارتباط خویشاوندی گونه های مختلف گوسفندان را نشان دهد. لذا ابزار قدرتمندی است که می تواند برای بررسی تنوع ژنتیکی سایر نژادهای گوسفندی مورد استفاده قرار گیرد. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
4 - مطالعه مولکولی و تعیین توالی نوکلئوتیدی کلامیدیا آبورتوس جدا شده از جنین‌های سقط شده گوسفندان استان البرز
امیررضا عبادی محمود جمشیدیان فرهاد موسی خانیکلامیدیا جرمی داخل سلولی اجباری و گرم منفی کوکوباسیل است و یکی از عوامل مهم سقط جنین در نشخوارکنندگان به خصوص در میش می‌باشد. این بررسی با هدف مطالعه مولکولی و تعیین توالی نوکلئوتیدی کلامیدیا آبورتوس جدایه از جنین‌های سقط شده گوسفندان استان البرز انجام گرفت. در این مطال چکیده کاملکلامیدیا جرمی داخل سلولی اجباری و گرم منفی کوکوباسیل است و یکی از عوامل مهم سقط جنین در نشخوارکنندگان به خصوص در میش می‌باشد. این بررسی با هدف مطالعه مولکولی و تعیین توالی نوکلئوتیدی کلامیدیا آبورتوس جدایه از جنین‌های سقط شده گوسفندان استان البرز انجام گرفت. در این مطالعه از 100 جنین سقط شده از 32 گله گوسفند مناطق مختلف استان البرز نمونه‌برداری صورت گرفت، سپس استخراج DNAانجام شد. با استفاده از پرایمرهای اختصاصی ژن IGS-Sr- RNA واکنش PCRصورت گرفته و از موارد مثبت جدا شده 10 نمونه به طور تصادفی برای توالی‌یابی به شرکت ماکروژن کره ارسال گردید. در این مطالعه در مجموع 37 نمونه از 100 نمونه سقط جنین از نظر کلامیدیا آبورتوس مثبت بود. بعد از توالی‌یابی نمونه‌های مثبت بیش از 99 درصد با توالی‌های موجود در بانک ژن شباهت داشت. نتیجه توالی‌یابی‌ها نشان می‌دهد که جدایه‌های مورد مطالعه بیشترین شباهت را با جدایه‌های LN554882. 1, CR848038. 1, AF051935. 1موجود در بانک ژن دارا بوده و در یک خوشه قرار دارند. هم‌چنین نتایج این تحقیق نشان می‌دهد که کلامیدیا آبورتوس یکی از عوامل اصلی سقط جنین میش در استان البرز می‌باشد. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
5 - Transcriptome Sequencing of Guilan Native Cow in Comparison with bosTau4 Reference Genome
م. مریدی س.ح. حسینی‌مقدم س.ض. میرحسینیRNA-sequencing is a new method of transcriptome characterization of organisms. Based on identity and relatedness, there are large genetic variations among different cattle breeds. The goal of the current study was to sequence the transcriptome of Guilan native cow and c چکیده کاملRNA-sequencing is a new method of transcriptome characterization of organisms. Based on identity and relatedness, there are large genetic variations among different cattle breeds. The goal of the current study was to sequence the transcriptome of Guilan native cow and compare with available reference genome using RNA-sequencing method. Blood samples were collected from 14 Guilan native cows and then were pooled with same ratios of 3 micrograms per sample. Sequencing of the pooled sample was carried out using Illumina Hiseq 2000 from both end and 100 base pair of reading length. Tophat2 software was used to align the reads with reference genome and identify splice junctions and insertions and deletions. Cufflinks software was used to assemble transcripts and calculate their abundances. Total numbers of sequenced RNA fragments were 28434708 and the overall reading map was 87.4 percent. Total numbers of expressed genes were 24616 genes, which 19994 genes from these were protein coding genes and 3825 genes were non-coding. Adenosine triphosphate synthase 6 (ATP6) and ribosomal protein, large, P1 (RPLP1) genes showed the highest abundances of all expressed genes. The majority of highly expressed genes were involved in ribosomal structures and translational activities; moreover, they were belonging to housekeeping genes. The current study is a report of leukocytes transcriptome sequencing of Guilan native cow which have been not reported, so far. As Guilan native cow has the biggest population among all native populations in Iran, such studies could help to evaluate the genetic potential of this high precise genetic resource in Western Asia. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
6 - Isolation and identification of Lactobacillus species from donkey milk in the Azerbaijan region of Iran using 16S rDNA gene sequencing
Mohammad Ghorbani Mohammad reza AsgharzadehThe use of donkey milk is increasing due to its nutritional properties and lack of allergenic proteins. The present research was conducted with the aim of identifying native Lactobacillus bacteria. 3 samples of donkey milk were collected from Benab, Maragheh, and Naqdeh چکیده کاملThe use of donkey milk is increasing due to its nutritional properties and lack of allergenic proteins. The present research was conducted with the aim of identifying native Lactobacillus bacteria. 3 samples of donkey milk were collected from Benab, Maragheh, and Naqdeh cities of the Azerbaijan region randomly and in heed with sterile conditions. The samples were cultured in MRS agar and specific tests were performed on the grown colonies to identify Lactobacillus. Molecular identification of the isolates was done based on the amplification of the 16S rDNA gene using specific primers and polymerase chain reaction. Lactobacillus species were analyzed by sequencing the 16S rDNA gene and drawing a phylogenic tree. Based on PCR results, 3 isolates of Lactobacillus were detected. The results of sequence analysis showed that two isolates are highly similar to Lactobacillus plantarum and one isolate to Lactobacillus fermentum. Therefore, it can be concluded that Lactobacillus plantarum is the dominant species in donkey milk in the Azerbaijan region of Iran. Due to the probiotic potential of lactobacillus isolates from donkey milk, it is suggested to be used in the production of probiotic milk products. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
7 - تجزیه و تحلیل مولکولی جمعيتي از بز نجدي با استفاده از توالی HVR1 ژنوم میتوکندری
روح الله خادمی سیده ام البنین قاسمیان حمید رضا سیدآبادی امین کاظمی زادهاین مطالعه با هدف تعیین توالی ناحیه HVR1 ژنوم میتوکندری بز نجدي انجام گرفت. برای انجام این تحقیق تعداد 30 عدد نمونه خون از هر دو جنس از بزهاي غير خويشاوند جمع¬آوری شد. پس از استخراج DNA، ناحیه مورد نظر توسط پرایمرهای اختصاصی با تکنیک PCR تکثیر شد و تعیین توالی شد. براي چکیده کاملاین مطالعه با هدف تعیین توالی ناحیه HVR1 ژنوم میتوکندری بز نجدي انجام گرفت. برای انجام این تحقیق تعداد 30 عدد نمونه خون از هر دو جنس از بزهاي غير خويشاوند جمع¬آوری شد. پس از استخراج DNA، ناحیه مورد نظر توسط پرایمرهای اختصاصی با تکنیک PCR تکثیر شد و تعیین توالی شد. براي مقايسه، فیلوژنی توالي ناحيه HVR1 بدست آمده از بز نجدي با سایر نژادها در جهان برای تعیین گروه هاپلوتیپی رسم گردید. درخت فيلوژنتيكي ترسيم شده براي نمونهها نشان داد كه همگي از يك جمعيت منشأ گرفتهاند و تعداد 5 هاپلوتیپ مختلف بر اساس 20 نوكلئوتيد چند شكل (SNP) براي ناحيه HVR1 موجود در توالیها تعیین گردید. همچنين توالي ناحيه HVR1 نمونه مورد بررسي با 11 توالي ثبت شده از 6 گروه هاپلوتیپی از کشورهای مختلف موجود در پایگاه NCBI نشان داد که بز نجدي جز گروه هاپلوتیپی A می باشد. مقایسه توالي ناحيه HVR1 با توالی‌های موجود در بانک ژن میتواند به اطلاعات ما درباره نژادهای بز نجدی کمک کند و زمینه را برای استفاده بهتر از آنها در برنامههای اصلاحی باز کند. بر اساس نتایج بدست آمده تنوع ژنتیکی بز نجدی در طی سالهای متمادی افزایش یافته است، که این افزایش تنوع ژنتیکی میتواند به دلیل آمیختهگری این نژاد با نژادهای دیگر باشد که میتواند در آینده منجر به انقراض بز نجدی گردد، که نیازمند توجه بیشتر به این موضوع می‌باشد. پرونده مقاله
سکوی نشر دانش
سند یا سکوی نشر دانش ،سامانه ای جهت مدیریت حوزه علمی و پژوهشی نشریات دانشگاه آزاد می باشد
پیوندهای سایت
مراکز مرتبط
پشتیبانی
صفحات رسمی
حقوق این وب‌سایت متعلق به سامانه مدیریت نشریات دانشگاه آزاد اسلامی است.
حق نشر © 1403-1400