بررسی برخی خصوصیـات مولکولی جدایه‌های ایرانی ویروس برگ قاشقـی سیب‌زمینی

محورهای موضوعی : آفات گیاهی

رضا پوررحیم ¹ ( بخش تحقیقات ویروس‌شناسی گیاهی، موسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، تهران، ایران )
شیرین فرزاد‌فر ² ( بخش تحقیقات ویروس‌شناسی گیاهی، موسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، تهران، ایران )

تاریخ دریافت : 1394/02/29 تاریخ پذیرش : 1394/08/28 تاریخ انتشار : 1394/09/01

کلید واژه: ایران, پراکنش, تعیین توالی, : ویروس برگ قاشقی سیب‌‌زمینی, ORF0,

چکیده مقاله :

ویروس برگ قاشقی سیب زمینی (Potato leafroll virus-PLRV) عضو جنس Polerovirus، از مهم ترین ویروس های بیمارگر سیب زمینی است که از غالب مزارع سیب‌زمینی کشور گزارش شده است. در این پژوهش، خصوصیات مولکولی جدایه های ایرانی، با استفاده از ژن پروتئین پوششی مورد بررسی قرار گرفت. برای این منظور از مناطق مهم کشت سیب زمینی در استان ‌های آذربایجان، اردبیل، اصفهان، خراسان و همدان بازدید و نمونه ‌برداری به دو صورت تصادفی و انتخابی انجام شد. نمونه ‌ها از نظر آلودگی به PLRV با استفاده از آنتی ‌بادی اختصاصی و به روش DAS-ELISA مورد آزمون قرار گرفتند. بر اساس نتایج آزمون الایزا این ویروس در تمام استان های مورد نظر با میانگین فراوانی آلودگی 6/9 درصد ردیابی گردید. بیش ترین و کم ترین درصد آلودگی به ترتیب در استان اصفهان (7/23 درصد) و استان اردبیل (9/3) تعیین شد. در این تحقیق تعداد 10 جدایه ایرانی PLRV از پنج استان مورد بررسی انتخاب شده و با استفاده از آغازگر های اختصاصی، ناحیه ژنومی ORF0 این جدایه‌ ها طی واکنش زنجیره ‌ای پلی مراز تکثیر گردید. همردیفی توالی نوکلئوتیدی ژن ORF0 مربوط به 10 جدایه‌ ایرانی PLRV به دست آمده در این تحقیق و 23 توالی ORF0 دیگر جدایه ‌های PLRV از سایر مناطق دنیا، نشان ‌دهنده وجود 2/94 تا 100 درصد همسانی در بین آن ها بود. این مقایسه نشان داد که در بین جدایه‌ های ایرانی، دو جدایه Ar53 و Kh116 دارای بیش ترین درصد همسانی با جدایه ‌ای از کشور هلند (Y07496) بودند. بر اساس مطالعات تبارزایی، جدایه های PLRV به سه گروه تقسیم شدند که جدایه های ایرانی به همراه برخی از جدایه های اروپایی در گروه یک (Group I) قرار گرفتند

چکیده انگلیسی:

Potato leaf roll virus (PLRV), a species of Polerovirus gunes, causes one of the most important viral diseases in potato crop. Molecular characterizations of Iranian PLRV isolates have been studied using ORF0. Main potato cultivation areas in Azarbaijan, Ardabil, Isfahan, Khorasan, and Hamadan were visited and sampling conducted randomly and symptomatically. The samples were tested by DAS-ELISA method by using specific antibodies from Bioreba Co (Switzerland). ELISA results showed that on average, 9.6 % of the randomly collected samples were infected by PLRV, indicating wide distribution of PLRV in potato fields of Iran. Also, samples from Isfahan and Ardabil provinces showed highest and lowest infection with PLRV with 23.7% and 3.9%, respectively. Ten Iranian PLRV isolates have been selected and the ORF0 region of genome amplified by polymerase chain reaction using specific primers and sequenced. Comparing the nucleotide sequence alignment of 10 sequences obtained in this study with 23 other PLRV sequences showed 94.2 up to 100 % identity. Two Iranian isolates, Ar53 and Kh116 had the most identity with an isolate from Netherlands (Y07496). Phylogenetic analysis showed that PLRV isolates clustered in three groups which Iranian isolates fall in group with some European PLRV isolates.