بررسی خصوصیات فنوتیپی و تنوع ژنتیکی جدایه هایPseudomonas syringae pv. syringae عامل شانکر باکتریایی بادام در استان خراسان رضوی با استفاده از BOX-PCR
محورهای موضوعی : دو فصلنامه تحقیقات بیماریهای گیاهیحمیده احسنی 1 * , سعید نصرالله نژاد 2 , حشمت ا... رحیمیان 3 , اسفندیار ظهور 4 , میثم تقی نسب 5
1 - دانش آموخته گروه بیماری شناسی گیاهی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان
2 - دانشیار گروه بیماری شناسی گیاهی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان
3 - استاد دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
4 - مربی پژوهش مرکز تحقیقات علوم کشاورزی و منابع طبیعی خراسان رضوی
5 - مربی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان
کلید واژه:
چکیده مقاله :
شانکر باکتریایی که بوسیله پاتوارهای Pseudomonas syringae Van Hallایجاد میشود یکی از مشکلات جدی باغهای درختان میوه هستهدار میباشد. در این تحقیق طی سالهای 1391-1390 نمونه‌های دارای علائم شانکر از باغات بادام در استان خراسان رضوی جمع آوری شده و جداسازی باکتری انجام شد. عامل بیماری براساس آزمونهای گروه LOPAT و GATTa، (Pss)Pseudomonas syringae pv. Syringae شناسایی شد. شانزده جدایه خالص سازی شده و مورد بررسیهای فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی قرار گرفتند. جدایهها براین اساس اختلافات جزئی نشان دادند. تشخیص مولکولی جدایه ها با واکنش زنجیره ای پلیمراز با آغازگرهای اختصاصی D21 و D22 صورت گرفت. به منظور ارزیابی دامنه تنوع ژنتیکی جدایهها، از روش BOX-PCR استفاده شد. از ضریب تشابه جاکارد (Jaccard) برای تعیین تشابه جدایهها و از روش UPGMA و نرم افزار NTYSYS-pc برای آنالیز خوشهای استفاده شد. در آنالیز خوشهای دادهها، جدایهها با آغازگر BOXA1R در سطح تشابه 68 درصد، در 3 گروه قرار گرفتند. نتایج، بیانگر تنوع ژنتیکی جدایههای عامل بیماری شانکر درختان بادام در استان خراسان رضوی است.
Bacterial canker caused by pathovars of Pseudomonas syringae Van Hall is one of the serious problems in stone fruit productions. In this research samples with canker symptoms were collected from Khorasane Razavi province during 2011–2012 and bacterial isolation was performed. The bacterial strains were identified as Pseudomonas syringae pv. syringae (Pss) on basis of LOPAT and GATTa tests and were confirmed as the causal agent of the almond bacterial canker based on the pathogenicity tests. A total of 16 isolates were characterized based on physiological and biochemical tests. The isolates showed a few differences in phenotypic characteristics. Genomic DNA from strains was used in PCR with D21 and D22 primers. To assess genetic diversity among the strains, rep-PCR analysis was performed using BOXA1R primer. Similarity matrix of the strains was calculated using the Jaccard's coefficient and cluster analysis was performed by UPGMA method using NTSYS-pc. The strains were divided into 3 clusters with BOXA1R at 68% similarity level. The results demonstrated considerable genetic diversity among strains causing canker in almond trees.