هیستامین یکی از شاخص های مهم فساد باکتریایی در مواد غذایی است که می تواند موجب مسمومیت در مصرف‌ کنندگان شود. بنابراین شناسایی و اندازه گیری مقدار هیستامین در مواد غذایی از اهمیت به‌سزایی برخوردار است. در این تحقیق، دو روش کروماتوگرافی مایع با عملکرد بالا (HPLC) به‌عنوان روش مرجع و الکتروفورز موئینه ای با آشکار ساز جذبی (CZE) برای اندازه گیری مقدار هیستامین تولیدی در محیط کشت TSB با هم مقایسه شدند. برای این منظور محیط کشت با سوش استاندارد مولد هیستامین استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس TYH1 و دو سوش استافیلوکوکوس کاپیتیس و استافیلوکوکوس کارنوسوس دارای ژن هیستیدین دکربوکسیلاز تلقیح شد. زمان مهاجرت در روش CZE و زمان بازداری در روش HPLC برای هیستامین به‌ترتیب 4/5 و 0/12 دقیقه به‌دست آمد. منحنی استاندارد در محدوده µg/ml 200- 25/6 به‌صورت خطی با هر دو با معادله رگرسیون y=0.000004x (r2=0.999) به‎دست آمد. مقدار هیستامین تولید شده توسط سه سوش باکتری و اندازه گیری شده با دو روش مذکور تفاوت آماری معنی داری نداشت و ضریب همبستگی بین یافته های به‌دست ‌آمده از دو روش 99/0 بود. با توجه به یافته های مشابه دو روش، روش CZE به‌دلیل عدم نیاز به آماده‌سازی نمونه، سادگی، حساسیت و کم‌هزینه بودن، به‌عنوان روشی مناسب برای اندازه گیری مقدار هیستامین در محیط های کشت میکروبی پیشنهاد می گردد. پرونده مقاله