سابقه و هدف: باکتری های کمولیتوتروف نقش مهمی را در چرخه عناصر در محیط های طبیعی ایفا می کنند. برای مثال بخش اکسیداتیو چرخه گوگرد توسط باکتری های اکسید کننده گوگرد صورت می گیرد. همچنین این باکتری ها نقش مهمی را در صنایع مختلف از جمله فروشویی زیستی ایفا می کنند. هدف از این پژوهش جداسازی و شناسایی باکتری های کمولیتوتروف اکسید کننده گوگرد از غار نمکدان قشم بود.مواد و روش ها: در این مطالعه مقطعی-توصیفی پس از نمونه برداری از غار نمکدان قشم و انتقال نمونه های آب، نمک و رسوب به آزمایشگاه تلقیح به درون محیط های غنی سازی با سه غلظت از NaCl انجام شد. میزان اسیدیته و دمای نمونه ها اندازه گیری شد. سپس نمونه ها به محیط جامد و محیط دو فاز منتقل شدند. شناسایی تکمیلی سویه های منتخب توسط تکثیر ژن 16S rRNA صورت گرفت. آزمون های مربوط به تشخیص اتوتروف یا هتروتروف بودن انجام شد. سنجش توده سلولی نیز با روش متداول کدورت سنجی انجام پذیرفت.یافته ها: بر اساس تفاوت در ویژگی های اولیه مانند شکل کلنی یا سرعت رشد، 39 جدایه از نمونه های مختلف جداسازی گردید و 5 نمونه برای مطالعه بیشتر انتخاب شدند. بر اساس آنالیزهای فیلوژنتیک این سویه ها به جنس هالوتیوباسیلوس تعلق داشتند. نتیجه گیری: با توجه به شوری 30 درصدی و pH خنثی این غار، جداسازی باکتری های کمولیتوتروف اکسید کننده گوگرد به جنس های معدودی محدود گردید. باکتری های کمولیتوتروف در مقایسه با باکتری های هتروتروف از رشد بسیار کندتری برخوردارند و زمان تقسیم برخی از آن ها به سی روز نیز می رسد. Manuscript profile

سابقه و هدف: با توجه به تنوع بالا، کاربردهای زیست فناوری و نقش موثر میکروارگانیسم ها در ایجاد و حفظ تعادل زیست بوم، کسب اطلاعات و توجه به تنوع زیستی میکروارگانیسم ها بسیار مورد نیاز است. در این میان، باکتری‌ها و آرکی های نمک‌دوست نیز به دلیل اهمیت اقتصادی و شرایط خاص اکولوژیکی زیست بوم شان مورد توجه می باشند. این مطالعه با هدف بررسی تنوع باکتری ها و آرکی های هتروتروف غار نمکدان قشم انجام شد.مواد و روش ها: این پژوهش به صورت مقطعی با نمونه برداری از غار نمکدان قشم در آبان ماه سال 1392 انجام شد. تنوع میکروارگانیسم های هوازی هتروتروف ساکن غار با استفاده از روش کشت مورد بررسی قرار گرفت. باکتری ها و آرکی های هالوفیل و هالوتولرانت در شرایط هوازی به ترتیب در دو محیط کشت Marine Agar و MGM جدا سازی شدند. جدایه ها براساس تفاوت های ریخت شناسی و ویژگی های بیوشیمیایی اولیه تفکیک شدند. در نهایت ژن rRNA 16S برای 32 سویه توالی یابی شد.یافته ها: بین 172 سویه خالص ژن rRNA 16S برای 27 سویه ترادف یابی شد که از نظر فیلوژنتیک آرکی ها در شاخه یوری آرکیوتا و درجنس های هالوباکتریوم، هالوآرکولا، هالوفراکس، هالوکوکوس و باکتری ها در شاخه های فرمی کیوتس و باکتریوئیدس و در جنس های آلیفودینی بیوس، باسیلوس، پارالیوباسیلوس،اکویی باسیلوس، پائنی باسیلوس قرار گرفتند. از بین این سویه ها 11 سویه شباهت کمتر از 98.7 درصد با نزدیک ترین سویه استاندارد داشتند که نقطه مرزی برای ارائه گونه جدید میکروبی محسوب می شود.نتیجه گیری: قرار گرفتن جدایه های شناسایی شده در شاخه ها و جنس های مختلف نشان دهنده تنوع بالای اکوسیستم غار نمکدان قشم از نظر میکروبی است. ارایه میکروارگانیسم های بومی در گونه ها و جنس های جدید و از اکوسیستم های منحصر به فرد با معرفی محتوای ژنتیکی جدید امکان دست یابی به فرایند ها و ژن های جدید بومی را فراهم می کند. Manuscript profile

سابقهوهدف: بررسی ساختار جمعیت باکتریایی زیست بوم های پرشور و شناسایی گونه های جدید هالوفیل می تواند از نظر زیست فناوری و اکولوژی حائز اهمیت باشد. این تحقیق با هدف بررسی ساختار جمعیت باکتریایی رسوبات تالاب نمکی جنوب تپه های حلقه دره انجام شد.مواد و روش ها: این پژوهش به صورت مقطعی با نمونه برداری از تالاب نمکی جنوب حلقه دره در خرداد 97 انجام شد. جداسازی باکتری های هتروتروف با استفاده از محیط کشت R2A آگار انجام شد. پس از تفکیک جدایه ها بر اساس خصوصیات مورفولوژیک و بیوشیمیایی، تعیین هویت و ارتباطات فیلوژنتیک جدایه های منتخب با توالی یابی ژن 16S rRNA و بر اساس اطلاعات موجود در بانک ژنی NCBI و توسط نرم افزار های بیوانفورماتیک انجام شد. همچنین از توالی یابی نسل جدید ایلومینا به عنوان روش غیر وابسته به کشت به منظور بررسی تنوع باکتریایی استفاده شد.یافته ها: جدایه ها شامل 13 گونه در 8 جنس باسیلوس (25/31)، هالوموناس(25%)، گراسیلی باسیلوس (50/12%)،ویرجی باسیلوس (25/6%)، استرپتومایسس (25/6%)، نیتراتی رداکتر(25/6%)، استافیلوکوکوس(25/6%)و پلانوکوکوس (25/6) بودند. همچنین نتایج ایلومینا حاکی از غالبیت گونه های آنورینی باسیلوس میگولانس و پانی باسیلوس پلی میکسا بود.نتیجه گیری: نتایج نشان داد که جمعیت میکروبی تالاب مورد مطالعه با سایر تالاب های پرشور گزارش شده در سایر نقاط دنیا مشابه است و بیشتر جدایه ها مربوط به گونه های هالوتولرانت و هالوفیل بودند. حضور گونه های متنوع می تواند نشان دهنده وجود گروه های جدید تاکسونومیک و غنای بالای ژنی در این اکوسیستم پرشور باشد که می تواند در پژوهش های تکمیلی مورد بهره برداری قرار گیرد. Manuscript profile

سابقه و هدف: خلیجنایبند به دلیل مجاورت با منطقه صنعتی عسلویه در معرض آلایندههای نفتی است. قرار گرفتن طولانی مدت در معرض آلایندهها بر جمعیت میکروبی تأثیر میگذارد و جمعیت را به سمت میکروبهای تجزیه کننده نفت سوق میدهد. در این مطالعه به بررسی تنوع میکروبی در آب‌های خلیج نایبند و پیش‌بینی ژن‌های عمکلردی موثر در تجزیه هیدروکربن‌های آروماتیک تحت شرایط هوازی و بی‌هوازی می‌پردازیم.مواد و روشها: برای استخراج DNA از نمونه آب خلیجنایبند از روش استاندارد فنلکلروفرم استفاده شد. توالی یابیDNA استخراج شده با تکنیک توالییابی نسل جدید انجام شد. سپس قطعه مبتنی بر ژن 16S rRNAتجزیه وتحلیل شد. همچنین پیش‌بینی ژن‌های عملکردی موثر در تخریب هیدروکربن‌های آروماتیک تحت شرایط هوازی و بیهوازی انجام شد.یافتهها: آلودگی هیدروکربن‌های آروماتیک در آب خلیجنایبند منجر به غالبشدن اعضای اشنوسپیرالسOceanospirillales (24/67%)، سلویبریونالس Cellvibrionales (28/95%)، سار11-کلد SAR11 clade (20/97%)، رودوباکتریالسRhodobacterales (6/17%)، رودواسپیرالس Rhodospirillales (7/12%) و فلاووباکتریالس Flavobacteriales (5/5%) شده است. ردههای آلفاپروتئوباکتریا Alphaproteobacteria (26/18%) و گاماپروتئوباکتریا Gammaproteobacteria (42/23%) بیشترین فراوانی را داشتند. با توجه به آنالیز دادهها (PICRUSt) ژن‌های موثر در تجزیه نفتالین در شرایط بی‌هوازی بیشترین فراوانی را در نمونه داشتند.نتیجهگیری: قرار گرفتن طولانی مدت در معرض آلودگی نفتی بر جمعیت میکروبی تأثیر میگذارد. جمعیت میکروبی منطقه نایبند نیز به دلیل مجاورت با منطقه نفتی پارس جنوبی و ورود آلایندههای نفتی به آب در جهت غالب شدن اعضای تجزیه کننده هیدروکربنها پیش رفته است. Manuscript profile

سابقه و هدف: آلودگی فلزات سنگین در سراسر جهان رو به افزایش است. پاکسازی این فلزات با روش های مرسوم میکروبیولوژی در محیط های شور مؤثر نبوده و بنابراین استفاده از باکتری های نمک دوست و تحمل کننده نمک برای پاکسازی این محیط ها مورد نیاز است. هدف از این مطالعه جداسازی و شناسایی باکتری های نمک دوست و تحمل کننده نمک مقاوم به فلزات سنگین از کویر لوت بود.مواد و روش ها: پس از نمونه برداری، باکتری های نمک دوست و تحمل کننده نمک با استفاده از محیط کشت Moderate Halophilic جداسازی شدند. مشخصات مورفولوژیک و بیوشیمیایی بررسی و مقاومت سویه ها به فلزات سنگین با استفاده از روش رقت آگار برای تعیین کم ترین غلظتی از فلز سنگین که از رشد جلوگیری می نماید(MIC) سنجیده شد. سپس شانزده سویه به صورت تصادفی انتخاب و با تعیین ترادف ژن 16S rRNA شناسایی شدند.یافته ها: سلنیت و آرسنات کمترین و جیوه بیشترین سمیت را بر روی ۷۴ جدایه داشتند. حداکثر مقاومت به کادمیم، مس و کروم تقریبا یکسان بود، اما حساسیت به روی بسیار بیش تر بود. مقاومت شایان توجهی نسبت به سرب، سلنیت و آرسنات در برخی سویه ها گزارش شد. مطالعات فیلوژنتیک مشخص نمود که اکثر سویه ها از خانواده باسیلاسه و جنس باسیلوس بودند.نتیجه گیری: با توجه به مقاومت قابل ملاحظه برخی از سویه های نمک دوست به فلزات سنگین میتوان در مطالعات آتی از آن ها در بررسی عوامل مقاومت و یا پاکسازی محیط های شور آلوده استفاده نمود. Manuscript profile

سابقه و هدف: با توجه به شرایط بحرانی دریاچه ارومیه، شناسایی باکتری هایی که توانایی زیستن در محیط های افراطی را داشته باشند، به لحاظ کاربرد های میکروبی و تحمل پذیری شرایط زیستی موجود، جالب توجه بوده و به درک هر چه بهتر ما از محیط پیرامون کمک می نماید. در این مطالعه فراوان ترین شاخه باکتریایی موجود در نمونه های خاک از سه ارتفاع 10، 150 و 250 متریِ کوه قلعه کاظم خان در ساحل دریاچه فوق شور ارومیه بررسی شده است. مواد و روش ها: نمونه های خاک جمع آوری شده و برای شناسایی و طبقه بندی رده های زیر مجموعه Proteobacteria از توالی‌ یابی S rRNA16 به روش توالی‌ یابی نسل بعد (NGS) استفاده شد و با بکارگیری نرم افزار ژنتیکی FLASH و نیز الگوریتم UCHIME توالی های بهدست آمده شناسایی شدند. یافته ها: تغییر ارتفاع بر فراوانی و تنوع سویه های شناسایی شده در شاخه proteobacteria مشهود بود به ‌شکلی که درصد فراوانی Alphaproteobacteria با ارتفاع رابطه مستقیم داشت و برعکس، درصد فراوانی Betaproteobacteria با کاهش ارتفاع افزایش یافت. این تغییر در تنوع سویه های مربوط به هر یک از رده ها نیز مشاهده می شود. نتیجه‌ گیری: در بررسی های اجمالی نمونه ها، درصد فراوانی Proteobacteria رابطه معکوسی با افزایش ارتفاع دارد ولی در بررسی مجزای رده های میکروبی، ارتباط معناداری بین افزایش و کاهش فراوانی و ارتفاع نمونه برداری، مشاهده می گردد. همچنین دو تیره ناشناخته و طبقه بندی نشده در ردهDeltaproteobacteria نیز در نمونه ها شناسایی شدند که دارای درصد فراوانی بالایی (18-27 درصد) در بین داده های مربوط به سه نمونه بودند. Manuscript profile