Molecular dynamics simulation

حرية الوصول المقاله

1 - The Molecular Docking and Molecular Dynamics Simulation of Some HIV-1 protease Inhibitors For the treatment of Coronavirus Disease-19
ghasem ghasemi babak motahary robabe Sayadikordabadi Asghar Alizadehdakhel

10.30495/jptc.2023.65656.1233

In this manuscript; Molecular dynamics simulation was tested on COVID -19 main protease (PDB: 6LU7) with the docking studies have been employed using autodock-vina-1.1.2-4 and autodock- mgltools-1.5.6 (flex) programs to evaluate the interactions. HIV-1 Protease is a pre أکثر

In this manuscript; Molecular dynamics simulation was tested on COVID -19 main protease (PDB: 6LU7) with the docking studies have been employed using autodock-vina-1.1.2-4 and autodock- mgltools-1.5.6 (flex) programs to evaluate the interactions. HIV-1 Protease is a prerequisite for viral replication. In this manuscript; Molecular dynamics simulation was tested on COVID -19 main protease (PDB: 6LU7) with the docking studies have been employed using autodock-vina-1.1.2-4 and autodock- mgltools-1.5.6 (flex) programs to evaluate the interactions. Regular and Flexible docking approaches were run. Molecular dynamics simulation was tested on COVID -19 main protease (PDB: 6LU7) with molecule 7. Drug-likeness descriptors of compounds such as logP (partition coefficient), H-Bond Acceptor (HBA), H-Bond Donor (HBD), number of Rotable Bond (nRB), and nHB calculated by DruLiTo. In the molecular docking study, the maximum binding affinity of -5.9 kcal/mol was obtained between each of COVID -19 main protease (PDB: 6LU7) enzyme systems and the geometric-optimized molecules, representing a strong interaction. The reference molecule PRD_002214 of Mpro forms four hydrogen bonds with Glu 166, Phe 140, Gln 189, His 163, and some hydrophobic bonds. In this study, molecules 7 (Amprenavir) and 15 were presented as the most stable ones that may be introduced for further investigations, including clinical experiments. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

2 - Molecular dynamics simulation of interaction of Melittin and DMPC bilayer: Temperature dependence
F. Kaveh H. Pasdar

The interaction between proteins and membranes has an important role in biological pro-cesses.We have calculated energies of interaction between Melittin and DMPC bilayer in differenttemperatures. We have used the CHARMM software for MD simulation under the canonical (N أکثر

The interaction between proteins and membranes has an important role in biological pro-cesses.We have calculated energies of interaction between Melittin and DMPC bilayer in differenttemperatures. We have used the CHARMM software for MD simulation under the canonical (N,V, E) ensemble at different temperatures. The computations have shown that water moleculeshave more penetration into the bilayer around the transition temperature of DMPC bilayer.Phosalone, malathion and diazinon were analyzed in corn oil using solid phase extraction (SPE)with lanthanum silicate as a new solid sorbent followed by gas chromatography with nitrogen thedetector تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

3 - Gyration Radius and Energy Study at Different Temperatures for Acetylcholine Receptor Protein in Gas Phase by Monte Carlo, Molecular and Langevin Dynamics Simulations
M. Monajjemi A. R. Oliaey

The determination of gyration radius is a strong research for configuration of a Macromolecule. Italso reflects molecular compactness shape. In this work, to characterize the behavior of theprotein, we observe quantities such as the radius of gyration and the average en أکثر

The determination of gyration radius is a strong research for configuration of a Macromolecule. Italso reflects molecular compactness shape. In this work, to characterize the behavior of theprotein, we observe quantities such as the radius of gyration and the average energy. We studiedthe changes of these factors as a function of temperature for Acetylcholine receptor protein in gasphase with native structure, - helix and - sheet conformation by Monte Carlo, Molecular andlangevin dynamics simulations. It was found when the temperature is increased the kinetic energyis increased too, and its diagram is linear. Monte Carlo simulation is a stochastic method andtherefore, is the best method to evaluate gyration radius. Considering the gained values fromMonte Carlo, Molecular and langeving dynamics simulations for - helix conformation and littledeviations from the experimental value, it can be understood that the second structure of thisprotein is the kind in which - helix is more. All the calculations were carried out usingHyperchem 8.0 program package. Gyration radius is calculated using VMD 1.8.6 Software. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

4 - Modifications of Internal Molecular Structures of Asphalt Components Due to Physical Aging
Iffat R. Arisa

The internal structure of a molecule can be presented in terms of intra-molecular (i.e., inter atomic)and inter-molecular energies such as van der Waals, bond and bending, torsion, and inversion energy.In this study, changes in molecular energies of individual asphalt c أکثر

The internal structure of a molecule can be presented in terms of intra-molecular (i.e., inter atomic)and inter-molecular energies such as van der Waals, bond and bending, torsion, and inversion energy.In this study, changes in molecular energies of individual asphalt components are evaluated as afunction of physical aging factors. The factors for physical aging such as temperature and pressureare considered in a molecular dynamics simulation framework. The simulations are carried out byvarying temperatures within the range from -35 ºC to 75 ºC and pressures within the range from 0.95atm to 1.1 atm. The outputs of the simulations give a clear idea about the internal structure ofmolecules in liquid state. Simulation results show that physical aging process causes increase in bondstretching, angle bending, and torsion energy. Application of high temperatures results in highstretching of asphalt atoms. At high temperature intermolecular van der Waals repulsion increases.Pressure variation has negligible effects on intra and inter-molecular energy changes. From inversionenergy values, the geometry of the molecules is found. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

5 - مطالعه کمّی فعالیت- ساختار، داکینگ و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی تعدادی از ترکیبات هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید به عنوان عامل‌های ضد سل جدید
قاسم قاسمی بابک مطهری ربابه صیادی کردآبادی

هدف: عامل سل، مایکوباکتریوم توبرکلوزیس است. یک‌سری از ترکیبات جدید هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید، به عنوان بازدارنده‌های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس گزارش شده‌اند. در این راستا، هدف پژوهش حاضر مطالعه QSAR، داکینگ و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی تعدادی از ترکیبات هتروسیکل شامل نی أکثر

هدف: عامل سل، مایکوباکتریوم توبرکلوزیس است. یک‌سری از ترکیبات جدید هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید، به عنوان بازدارنده‌های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس گزارش شده‌اند. در این راستا، هدف پژوهش حاضر مطالعه QSAR، داکینگ و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی تعدادی از ترکیبات هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید به عنوان عامل‌های ضد سل جدید است.مواد و روش‌ها: الگوریتم رقابت استعماری، PLS، PCR، LASSO و شبیه‌سازی مونته کارلو در محاسبات QSAR انجام گردید. همچنین محاسبات داکینگ و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی میتوباکتریوم توبرکلوزیس با کد 4XGQ انجام شده است.یافته‌ها: جرم‌های‌ اتمی، الکترونگانیویتی اتمی ساندرسون، شاخص Ghose–Viswanadhan-Wendoloski hyptonic-like و شاخص Ghose–Viswanadhan-Wendoloski antiinfective-like در این بررسی مهم بودند. در برنامه کورال سی، از فایل اسمایل استفاده شد. RMSE برای آموزش و تست در الگوریتم رقابت استعماری، به ترتیب 1395/0 و 2970/0 بودند. در روش مونته کارلو نتایج برای سری آموزش به‌صورت 7n=، 9931/0R²=، 9857/0 Q²=و 039/0 MAE=و برای سری تست به‌صورت 6n=، 9413/0R²=، 9107/0Q²=و 367/0 MAE=بدست آمد.نتیجه‌گیری: مولکول‌های 10 و 11 ترکیبات پایداری هستند که برای بررسی‌های بیشتر از جمله مطالعات آزمایشگاهی کلینیکی پیشنهاد می‌شوند. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

6 - A DFT and Molecular Dynamics Study on Inhibitory Action of Three Amine Derivatives on Corrosion of Carbon Steel
Mohammad Hossein Ghorbani Maryam Dehdab

Inhibition efficiencies of three amine derivatives (Diethylenetriamine (I), Triethylenetetramine (II), and Pentaethylenehexamine (III)) have been studied on corrosion of carbon steel using density functional theory (DFT) method in gas phase. Quantum chemical parameters أکثر

Inhibition efficiencies of three amine derivatives (Diethylenetriamine (I), Triethylenetetramine (II), and Pentaethylenehexamine (III)) have been studied on corrosion of carbon steel using density functional theory (DFT) method in gas phase. Quantum chemical parameters such as EHOMO (highest occupied molecular orbital energy), ELUMO (lowest unoccupied molecular orbital energy), hardness (η), polarizability (α), dipole moment (μ), electrophilicityindex (ω) totalnegative charges on atoms (TNC) and molecular volume (MV) have been calculated at the B3LYP level of theory with 6-311++G ** basis set. Moreover, adsorption behavior of the inhibitor molecules on Fe (110) surface has been analyzed using molecular dynamics simulation. The binding strength of the concerned inhibitor molecules on Fe (110) surface follows the order III>II>I, which is in good agreement with the experimentally determined inhibition efficiencies. In consistent with experimental data, theoretical results showed that the order of inhibition efficiency is Pentaethylenehexamine (III)>Triethylenetetramine (II)>Diethylenetriamine (I). This study has shown that DFT along with MD can be successfully be used as a reliable approach to screen organic corrosion inhibitors prior to experimental validation. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

7 - Temperature Effect on Mechanical Properties of Top Neck Mollusk Shells Nano-Composite by Molecular Dynamics Simulations and Nano-Indentation Experiments
A Nouroozi Masir A Darvizeh A Zajkani

10.22034/jsm.2019.668662

Discovering the mechanical properties of biological composite structures at the Nano-scale is much interesting today. Top Neck mollusk shells are amongst biomaterials Nano-Composite that their layered structures are composed of organic and inorganic materials. Since the أکثر

Discovering the mechanical properties of biological composite structures at the Nano-scale is much interesting today. Top Neck mollusk shells are amongst biomaterials Nano-Composite that their layered structures are composed of organic and inorganic materials. Since the Nano indentation process is known as an efficient method to determine mechanical properties like elastic modulus and hardness in small-scale, so, due to some limitation of considering all peripheral parameters; particular simulations of temperature effect on the atomic scale are considerable. The present paper provides a molecular dynamics approach for modeling the Nano-Indentation mechanism with three types of pyramids, cubic and spherical indenters at different temperatures of 173, 273, 300 and 373K. Based on load-indentation depth diagrams and Oliver-Far equations, the findings of the study indicate that results in the weakening bond among the bilateral atoms lead to reduced corresponding harnesses. Whenever, the temperature increases the elastic modulus decrease as well as the related hardness. Moreover, within determining the elastic modulus and hardness, the results obtained from the spherical indenter will have the better consistency with experimental data. This study can be regarded as a novel benchmark study for further researches which tend to consider structural responses of the various Bio-inspired Nano-Composites. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

8 - Influences of Small-Scale Effect and Boundary Conditions on the Free Vibration of Nano-Plates: A Molecular Dynamics Simulation
S.F Asbaghian Namin R Pilafkan

This paper addresses the influence of boundary conditions and small-scale effect on the free vibration of nano-plates using molecular dynamics (MD) and nonlocal elasticity theory. Based on the MD simulations, Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator (LA أکثر

This paper addresses the influence of boundary conditions and small-scale effect on the free vibration of nano-plates using molecular dynamics (MD) and nonlocal elasticity theory. Based on the MD simulations, Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator (LAMMPS) is used to obtain fundamental frequencies of single layered graphene sheets (SLGSs) which modeled in this paper as the most common nano-plates. On the other hand, governing equations are derived using nonlocal elasticity and the first-order shear deformation theory (FSDT). Afterwards, these equations solved using generalized differential quadrature method (GDQ). The small-scale effect is applied in the governing equations of motion by nonlocal parameter. The effects of different side lengths, boundary conditions, and nonlocal parameter are inspected for the aforementioned methods. The results obtained from the MD simulations are compared with those of nonlocal elasticity theory to calculate appropriate values for the nonlocal parameter. As a result, for the first time, the nonlocal parameter values are suggested for graphene sheets with various boundary conditions. Furthermore, it is shown that nonlocal elasticity approach using classical plate theory (CLPT) assumptions overestimates the natural frequencies. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

9 - Molecular dynamics simulation study on the drug discovery in covid-19 disease
Pejman Shir Ali Poor Elham Tazikeh-Lemeski

In this study, drug discovery of SARS-CoV-2 nsp-16 effective in Coronavirus (COVID-19) has been accomplished by pharmacophore-based virtual screening among some analogs (FDA approved drugs) and marine natural plants (MNP). The comparison of the binding energies and the أکثر

In this study, drug discovery of SARS-CoV-2 nsp-16 effective in Coronavirus (COVID-19) has been accomplished by pharmacophore-based virtual screening among some analogs (FDA approved drugs) and marine natural plants (MNP). The comparison of the binding energies and the inhibition constants was determined using molecular docking method. Between selected drugs, three compound were selected for further investigation using the molecular dynamics simulations. The results indicated that Ibrutinib and Idelalisib are oral medications while Kumusine, with proper hydrophilic and solubility properties, is an appropriate candidate for nsp-16 inhibitor and can be effective to control COVID-19 disease. It seems that Kumusine due to its better drug properties including the highest binding, the ability of destroying the secondary structure of the protein can be proposed as the best drug candidate among screened drugs in this research, for further investigations. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

10 - بررسی اثر قطر و دما بر روی خواص مکانیکی نانولوله های تک جداره نیترید بور با استفاده از شبیه سازی دینامیک ملکولی
محمدرضا مصطفایی عبدالحسین فریدون فریدون مسعود درویش گنجی

شبیه سازی دینامیک ملکولی جهت محاسبه خواص مکانیکی نانولوله های تک جداره نیترید بور بکار رفته است.اثر قطر،کایرالیتی و دما بر روی خواص مکانیکی مجموعه مدنظر تخمین زده شده است.نتایج نشان می دهد که نانولوله های نیترید بور زیگزاگ مستحکم تر از نوع آرمیچر در محدوده قطر مشابه هست أکثر

شبیه سازی دینامیک ملکولی جهت محاسبه خواص مکانیکی نانولوله های تک جداره نیترید بور بکار رفته است.اثر قطر،کایرالیتی و دما بر روی خواص مکانیکی مجموعه مدنظر تخمین زده شده است.نتایج نشان می دهد که نانولوله های نیترید بور زیگزاگ مستحکم تر از نوع آرمیچر در محدوده قطر مشابه هستند.همچنین مدول یانگ هر دو نوع نانولوله تک جداره نیترید بور تا قطر مشابهی افزایش داشته و بعد از آن بطور محسوسی کاهش می یابد.ما پی بردیم که تغییرات قطرتاثیر محسوسی بر روی تنش و کرنش نهایی نانولوله های زیگزاگ ندارد.علاوه بر این نتایج نشان میدهد که تمام خواص مکانیکی محاسبه شده با افزایش دما کاهش می یابد.یافته های شبیه سازی ما نه تنها درک کلی ملکولی از نانولوله های نیترید بور را می دهد،بلکه می تواند جهت مهندسین مکانیک و پژوهشگرانی که در زمینه توسعه خواص مکانیکی فعالیت دارند،مفید واقع شود. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

11 - شبیه سازی اتمی بررسی اثر قطر، تعداد دیواره،فاصله بین لایه ای و دما بر روی خواص مکانیکی نانولوله های چند جداره نیترید بور
محمدرضا مصطفایی علایی عبدالحسین فریدون مسعود درویش گنجی

به کمک استفاده از شبیه سازی دینامیک ملکولی، خواص مکانیکی نانولوله های تک جداره،دوجداره و سه جداره نیترید بور محاسبه شده است. اثر قطر،کایرالیتی،فاصله بین لایه‌ای و دما بر روی خواص مکانیکی مجموعه مدنظر تخمین زده شده است.نتایج نشان می دهد که نانولوله های نیترید بور زیگزاگ أکثر

به کمک استفاده از شبیه سازی دینامیک ملکولی، خواص مکانیکی نانولوله های تک جداره،دوجداره و سه جداره نیترید بور محاسبه شده است. اثر قطر،کایرالیتی،فاصله بین لایه‌ای و دما بر روی خواص مکانیکی مجموعه مدنظر تخمین زده شده است.نتایج نشان می دهد که نانولوله های نیترید بور زیگزاگ مستحکم تر از نوع آرمیچر در محدوده قطر مشابه هستند.همچنین مدول یانگ هر دو نوع نانولوله دوجداره و سه جداره نیترید بور با افزایش قطر،افزایش می‌یابد..علاوه بر این مدول یانگ نانولوله های نیترید بور دو جداره کوچکتر از سه جداره و بزرگتر از تک جداره می‌باشد. ما نشان دادیم که مدول یانگ نانولوله‌های دوجداره نیترید بور با تعداد لایه مختلف افزایش می‌یابد در زمانیکه فاصله بین لایه‌ای کاهش یابد. یافته‌های شبیه‌سازی ما نه تنها درک کلی ملکولی از نانولوله‌های نیترید بور را می‌دهد،بلکه می تواند جهت مهندسین مکانیک و پژوهشگرانی که در زمینه توسعه خواص مکانیکی فعالیت دارند،مفید واقع شود. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

12 - بررسی اثرسایزصفحه گرافن و دما و طول گردن برروی خواص مکانیکی نانو غنچه گرافن با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی
مرجان خراسانی عبدالحسین فریدون

کربن دارای آرایش های متعددی است. نانو غنچه گرافن از تازه ترین آلوتروپ های کربن است و هنوز به صورت آزمایشگاهی در دسترس نیست. نانو غنچه گرافن از اتصال فولرن و صفحه گرافن به هم تشکیل می شود. شبیه سازی دینامیک مولکولی جهت محاسبه خواص مکانیکی نانو غنچه گرافن استفاده شده است. أکثر

کربن دارای آرایش های متعددی است. نانو غنچه گرافن از تازه ترین آلوتروپ های کربن است و هنوز به صورت آزمایشگاهی در دسترس نیست. نانو غنچه گرافن از اتصال فولرن و صفحه گرافن به هم تشکیل می شود. شبیه سازی دینامیک مولکولی جهت محاسبه خواص مکانیکی نانو غنچه گرافن استفاده شده است.اثر دما و سایز صفحه گرافن و طول گردن در این مجموعه تخمین زده شده است. نتایج نشان میدهد که تا دمای 800 کلوین مدول یانگ تغییرات کمی را با افزایش دما تجربه می کندبه عبارت دیگر با افزایش دما مدول یانگ تغییر چندانی نمی کند و تنها کمی کاهش می یابد. مشاهده شد که در یک دمای ثابت با افزایش سایز صفحه گرافن مدول یانگ نیز افزایش می یابد .یافته های شبیه سازی ما نه تنها درک کلی از نانو غنچه گرافن را افزایش می دهد بلکه می تواند جهت استفاده مهندسین و پژوهشگرانی که در زمینه توسعه خواص مکانیکی کار می کنند نیز مورد استفاده قرار گیرد. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

13 - مطالعه مجازی تعیین مهارکننده های جدید آنزیم سورتاز آ در باکتری استافیلوکوکوس اورئوس
حسن صاحب جمعی مهرعلی محمودجانلو

مقدمه: مهار آنزیم‌های کلیدی در باکتری‌هایی که فشار تکاملی پایینی اعمال می‌کنند می‌تواند یک استراتژی توسعه دارویی برای مقاومت آنتی‌بیوتیکی باکتریایی باشد. سورتازآ یک ترانس پپتیداز است که به طور گسترده در مطالعات مهاری عفونت باکتریایی مورد استفاده قرار می گیرد. این آنزیم أکثر

مقدمه: مهار آنزیم‌های کلیدی در باکتری‌هایی که فشار تکاملی پایینی اعمال می‌کنند می‌تواند یک استراتژی توسعه دارویی برای مقاومت آنتی‌بیوتیکی باکتریایی باشد. سورتازآ یک ترانس پپتیداز است که به طور گسترده در مطالعات مهاری عفونت باکتریایی مورد استفاده قرار می گیرد. این آنزیم یک عملکرد کلیدی در تعاملات بین استافیلوکوکوس اورئوس و میزبان دارد و به عنوان یک هدف امیدوارکننده برای توسعه دارویی باکتری های مقاوم در نظر گرفته شده است. تا به امروز، برخی از مهارکننده‌های سورتازآ کشف شده‌اند که بیشتر آنها از ترکیبات فلاونوئیدی مانند مایرسیتین مشتق شده‌اند. هدف: از آنجایکه روش‌های محاسباتی برای نظارت بر رفتار مولکول‌های زیستی در سطح میکروسکوپی دقیق‌تر و مقرون به صرفه‌تر هستند، لذا در این تحقیق هدف ما اینست که با استفاده از روش های محاسباتی مولکول هایی مشابه اما با قدرت اتصال و مهاری بالاتر نسبت به مایرستین یافته شود. مواد و روش ها: در این مطالعه، ما از روش‌های محاسباتی مانند غربالگری مجازی مبتنی بر ساختار، اتصال مولکولی و شبیه‌سازی MD بهره جستیم. رویکرد اتصال مولکولی برای درک برهم‌کنش‌های پروتئین- لیگاند و ثابت مهار از نظر میل ترکیبی مورد استفاده قرار گرفت. برای نظارت بر تغییرات ساختاری آنزیم Srt A ، از تکنیک‌ شبیه سازی MD استفاده شد. پس از مطالعات شبیه‌سازی MD، رویکرد MM-PBSA برای تفسیر انرژی اتصال آزاد استفاده شد. نتایج: ابتدا کتابخانه شیمیایی Chemspider را به روش جستجوی مشابه که در آن مایرسیتین به عنوان مولکول مرجع قرار داده شد، غربال گردید. مرحله دوم غربالگری با استفاده از نرم افزار PyRx صورت گرفت بطوریکه 10 ترکیب برتر بر اساس پتانسیل بازدارندگی آنها از مجموعه لیگاندهای حاصل از مرحله قبل به دقت انتخاب شدند. این ترکیبات در معرض Autodock4.2 برای داکینگ مولکولی قرار گرفتند. که در نتیجه آن مشاهده گردید که ترکیب Chemspider ID=73945561 از قدرت مهاری بالاتری نسبت به مایرستین برخوردار است. برای بررسی پایداری و کارایی حالت اتصال لیگاند، Srt A آزاد، کمپلکس‌های آن با مایرستین و بهترین ترکیب منتخب، تحت شبیه‌سازی دینامیک مولکولیns 50 قرار گرفتند. نتایج شبیه‌سازی MD نشان داد که ترکیب 73945561 پروفایل‌ها و برهمکنش اتصال بهتری نسبت به مایرستین به‌عنوان یک بازدارنده مرجع دارد، و رفتار ناپایدار پیوسته در کمپلکس داکینگ مشاهده شد. نتیجه گیری: در مجموع، ترکیب 73945561 ممکن است به عنوان یک بازدارنده جدید عمل کند یا دارای داربستی برای بهینه سازی بیشتر به سمت طراحی مهارکننده های SortA قوی تر باشد. پیشنهاد می گردد که توسعه این مهارکننده می تواند یک استراتژی اساسی برای مهار باکتریهای مقاوم باشد. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

14 - مطالعات QSAR، داکینگ مولکولی و شبیه سازی دینامیک مولکولی روی بازدارنده های اپیژنی
قاسم قاسمی بابک مطهری ربابه صیادی کردآبادی امید علیزاده

توسعه QSAR و داکینگ مولکولی کلید ارزیابی پاتومکانیسم بیماری های اپی ژنی هستند. QSAR، داکینگ مولکولی و شبیه سازی دینامیک مولکولی روی تعدادی از مدولاتور اصلاح شده کروماتین پروتیینی به عنوان عوامل ضد سرطان انجام شده است. الگوریتم رقابت استعماری، PLS، PCR، MLR و شبیه سازی م أکثر

توسعه QSAR و داکینگ مولکولی کلید ارزیابی پاتومکانیسم بیماری های اپی ژنی هستند. QSAR، داکینگ مولکولی و شبیه سازی دینامیک مولکولی روی تعدادی از مدولاتور اصلاح شده کروماتین پروتیینی به عنوان عوامل ضد سرطان انجام شده است. الگوریتم رقابت استعماری، PLS، PCR، MLR و شبیه سازی مونته کارلو در مدل های QSAR استفاده شده است. توصیف کننده های انتخاب شده شامل جرم اتمی ،حجم واندروالس ، شکل و ساختار ژیومتری ترکیبات بودند.سپس بررسی های داکینک مولکولی با برنامه اتوداک وینا با دقت بالا انجام شد. بر اساس تعداد پیوند هیدروژنی، طول پیوند، افینیتی و RMSD بهترین کمپلکس ها انتخاب شدند. بر اساس مطالعات QSAR ,داکینگ مولکولی و شبیه سازی دینامیک مولکولی ترکیبات 9 و 14 برای داروهای ضد سرطان پیشنهد می شوند. توصیف کننده های Drug-likeness از ترکیبات با برنامه DruLiTo محاسبه شدند. در مطالعات داکینگ بالاترین افینیتی 9 کیلوکالری بر مول بود که بین سیستم آنزیمی PDB: 3MXF و مولکول های بهینه شده بوده که نشان از برهمکنش قوی دارد. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

15 - Simulation of Fabrication toward High Quality Thin Films for Robotic Applications by Ionized Cluster Beam Deposition
Esmaeil Zaminpayma

The most commonly used method for the production of thin films is based on deposition of atoms or molecules onto a solid surface. One of the suitable method is to produce high quality metallic, semiconductor and organic thin film is Ionized cluster beam deposition (ICBD أکثر

The most commonly used method for the production of thin films is based on deposition of atoms or molecules onto a solid surface. One of the suitable method is to produce high quality metallic, semiconductor and organic thin film is Ionized cluster beam deposition (ICBD), which are used in electronic, robotic, optical, optoelectronic devices. Many important factors such as cluster size, cluster energy, impact angle and substrate temperature have important effects on the quality of final thin film such as cluster implanted atoms, substrate sputtering atoms and surface roughness. In this paper, molecular dynamics (MD) simulation of nano-Si cluster impact on Si(100) substrate surface has been carried out for energies of 1-5 eV/atom. The 3-body Stillinger-Weber potential (SW) was used in this simulation. Si cluster sizes of 30, 70, and 160 atoms were deposited on a Si (100) substrate whose temperatures were set around 300 K. Our results illustrate that the maximum substrate temperature, heat transferred time, the cluster implantation and sputtering atoms from the surface increase with increasing the cluster size and energy of the clusters. We found that small nano-clusters with high kinetic energy can produce flatter surface. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

16 - Molecular Dynamics Investigation of The Elastic Constants and Moduli of Single Walled Carbon Nanotubes
Mohammad Mahdi Zaeri Saeed Ziaei-Rad

10.22034/jna.2017.01.008

Determination of the mechanical properties of carbon nanotubes is an essential step in their applications from macroscopic composites to nano-electro-mechanical systems. In this paper we report the results of a series of molecular dynamics simulations carried out to pre أکثر

Determination of the mechanical properties of carbon nanotubes is an essential step in their applications from macroscopic composites to nano-electro-mechanical systems. In this paper we report the results of a series of molecular dynamics simulations carried out to predict the elastic constants, i.e. the elements of the stiffness tensor, and the elastic moduli, namely the Young’s and shear moduli, of various single walled carbon nanotubes. Poisson’s ratios were also calculated. Three different methods were used to run the simulations: applying a predetermined strain and reading the resulted stress, applying forces and constraints to the end atoms and calculating the moduli by assuming an equivalent continuum tube, and lastly applying a predetermined stress and reading the consequent deformation. In each case, the effect of nanotube chirality and diameter was studied. In addition, loading conditions were altered in each method to study the effect of nonlinearity of interatomic interactions. The result of the three methods are compared, with each other as well as with the literature, and discussed to obtain reasonable concluding remarks. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

17 - Effects of Colliding Particle Size and Velocity on Mechanical Properties of AZ31 after Surface Mechanical Attrition Treatment: Molecular Dynamics Simulation
Ali Kazemi Ali Heidari Kamran Amini Farshid Aghadavoudi Mohsen Loh-Mousavi

In this study, the molecular dynamics method is used to simulate the SMAT process in the AZ31 workpiece. Molecular dynamics calculations in LAMMPS software have been used to investigate the effect of size, number, and velocity parameters of carbon steel particles on the أکثر

In this study, the molecular dynamics method is used to simulate the SMAT process in the AZ31 workpiece. Molecular dynamics calculations in LAMMPS software have been used to investigate the effect of size, number, and velocity parameters of carbon steel particles on the mechanical and physical properties of the surface including residual stress, hardness, and surface roughness in AZ31 matrix has been investigated at the atomic scale. The simulation results during the SMAT process show that the residual stress in the AZ31 matrix increases with increasing the diameter of carbon steel particles and the particle velocity in the SMAT process has a significant effect on improving the mechanical properties of the simulated magnesium matrix. The highest residual stress and the largest increase in Vickers hardness in the SMAT process were calculated for the largest colliding particle. The maximum surface temperature of AZ31 decreases after SMAT with the increasing size of carbon steel particles. The results show that the roughness parameter increases with increasing colliding particle size. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

18 - مطالعه اثر وزن مولکولی پلی دی ال-لاکتیک اسید بر پارامترهای حافظه شکلی به کمک شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
محمد امینی عباس منتظری

پلیمرهای حافظه دار زیرمجموعه‌ای از مواد هوشمند هستند که می‌توانند شکل اولیه‌شان را بعد از تغییر شکل موقت بازیابی نمایند. این دسته از پلیمرها دارای کاربردهای فراوانی بوده و در سال های اخیر نظر بسیاری از صنایع (به‌خصوص پزشکی) را به خود جلب کرده‌اند. هدف اصلی این مطالعه، ب أکثر

پلیمرهای حافظه دار زیرمجموعه‌ای از مواد هوشمند هستند که می‌توانند شکل اولیه‌شان را بعد از تغییر شکل موقت بازیابی نمایند. این دسته از پلیمرها دارای کاربردهای فراوانی بوده و در سال های اخیر نظر بسیاری از صنایع (به‌خصوص پزشکی) را به خود جلب کرده‌اند. هدف اصلی این مطالعه، بررسی تأثیر وزن مولکولی بر پارامترهای مختلف حافظه شکلی پلیمر می‌باشد. علاوه بر این، مکانیزم های حاکم بر رفتار حافظه‌داری پلیمرها مورد مطالعه قرار می‌گیرد. محاسبه‌ی دمای انتقال شیشه ای و تأثیر این پارامتر بر رفتار حافظه شکلی پلیمر از دیگر اهداف این پژوهش می باشند. در این مطالعه، همه مدل‌ها با نرم‌افزار متریالز استودیو ساخته شده و تمامی شبیه‌سازی‌ها با استفاده از نرم‌افزار لمپس انجام شده است. طبق نتایج حاصل، دمای انتقال شیشه‌ای پلیمر با افزایش درجه پلیمریزاسیون افزایش می‌یابد. ادامه‌ی مطالعات در راستای دستیابی به ریزساختاری بهینه نشان داد که با افزایش وزن مولکولی از g/mol 36000 به g/mol108000، پارامتر تثبیت شکل از 90% به 94% افزایش می‌یابد. برخلاف تثبیت شکل، پارامتر بازیابی شکل روندی نزولی را با افزایش وزن مولکولی دنبال می‌کند. این روند کاهشی، ناشی از افزایش نسبت فاز ثابت به فاز بازگشت‌پذیر با افزایش وزن مولکولی پلیمر است. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

19 - Study Effect of Deformation Nanochannel Wall Roughness on The Water-Copper Nano-Fluids Poiseuille Flow Behavior
محمد میثم امراللهی پورشیرازی داود طغرایی احمدرضا عظیمیان

In the nanochannel flow behavior with respect to expand their applications in modern systems is of utmost importance. According to the results obtained in this study, the condition of nonslip on the wall of the nanochannel is not acceptable because in the nano dimension أکثر

In the nanochannel flow behavior with respect to expand their applications in modern systems is of utmost importance. According to the results obtained in this study, the condition of nonslip on the wall of the nanochannel is not acceptable because in the nano dimensions, slip depends on different parameters including surface roughness. In this study, keeping the side area roughness, deformation effects on fluid flow behavior is investigated. Modeling software open source LAMMPS with equilibrium molecular dynamics simulations have been carried out. Unlike previous studies, existence fluid in laboratory conditions as water-copper nanofluids used. The results showed that rectangular was the most effective and triangular was least effective roughness on flow behavior, resulting in a rough triangular nanochannel slip occurs with more intensity.Existence roughness on the surface increases the number of oscillations in the fluid layer but amplitude near the wall is smooth to rough increased. Nanoparticles also increase the impact on the flow properties تفاصيل المقالة

فهرس المقالات Molecular dynamics simulation

سند

الروابط

المراكز ذات الصلة

دعامة

الصفحات الرسمية