مطالعات QSAR، داکینگ مولکولی و شبیه سازی دینامیک مولکولی روی بازدارنده های اپیژنی
الموضوعات : کاربرد شیمی در محیط زیستقاسم قاسمی 1 , بابک مطهری 2 , ربابه صیادی کردآبادی 3 , امید علیزاده 4
1 - دپارتمان شیمی و مهندسی شیمی، شاخه رشت، دانشگاه آزاد اسلامی، رشت، ایران
2 - دپارتمان مهندسی کامپیوتر شاخه رشت دانشگاه ازاد اسلامی رشت ایران
3 - دپارتمان شیمی و مهندسی شیمی شاخه رشت دانشگاه ازاد اسلامی رشت ایران
4 - دپارتمان شیمی و مهندسی شیمی شاخه رشت دانشگاه ازاد اسلامی رشت ایران
الکلمات المفتاحية: شبیه سازی دینامیک مولکولی, الگوریتم رقابت استعماری, داکینگ مولکولی, QSAR پروتین های کروماتین اصلاح شده,
ملخص المقالة :
توسعه QSAR و داکینگ مولکولی کلید ارزیابی پاتومکانیسم بیماری های اپی ژنی هستند. QSAR، داکینگ مولکولی و شبیه سازی دینامیک مولکولی روی تعدادی از مدولاتور اصلاح شده کروماتین پروتیینی به عنوان عوامل ضد سرطان انجام شده است. الگوریتم رقابت استعماری، PLS، PCR، MLR و شبیه سازی مونته کارلو در مدل های QSAR استفاده شده است. توصیف کننده های انتخاب شده شامل جرم اتمی ،حجم واندروالس ، شکل و ساختار ژیومتری ترکیبات بودند.سپس بررسی های داکینک مولکولی با برنامه اتوداک وینا با دقت بالا انجام شد. بر اساس تعداد پیوند هیدروژنی، طول پیوند، افینیتی و RMSD بهترین کمپلکس ها انتخاب شدند. بر اساس مطالعات QSAR ,داکینگ مولکولی و شبیه سازی دینامیک مولکولی ترکیبات 9 و 14 برای داروهای ضد سرطان پیشنهد می شوند. توصیف کننده های Drug-likeness از ترکیبات با برنامه DruLiTo محاسبه شدند. در مطالعات داکینگ بالاترین افینیتی 9 کیلوکالری بر مول بود که بین سیستم آنزیمی PDB: 3MXF و مولکول های بهینه شده بوده که نشان از برهمکنش قوی دارد.
_||_
