فیلوژنتیک

حرية الوصول المقاله

1 - آنالیز فیلوژنتیک کوکسیلابورنتی جدا شده از شیر گاوداری‌های استان تهران
چنگیز احمدی‌زاده، محمود جمشیدیان، فرهاد موسی‌خانی .

تب کیو بیماری مشترک انسان و دام با انتشار جهانی است که توسط نوعی ریکتزیا به نام کوکسیلابورنتی ایجاد می‌شود. جرم عامل بیماری از طریق جنین سقط شده، ادرار، مدفوع و شیر دام آلوده دفع می‌شود. بنابراین مصرف شیر غیر پاستوریزه آلوده می‌تواند منبع عفونت برای انسان باشد. در این م أکثر

تب کیو بیماری مشترک انسان و دام با انتشار جهانی است که توسط نوعی ریکتزیا به نام کوکسیلابورنتی ایجاد می‌شود. جرم عامل بیماری از طریق جنین سقط شده، ادرار، مدفوع و شیر دام آلوده دفع می‌شود. بنابراین مصرف شیر غیر پاستوریزه آلوده می‌تواند منبع عفونت برای انسان باشد. در این مطالعه از مجموع 50 گاوداری‌های شیری اطراف تهران تعداد 150نمونه شیر از تانک مخزن دریافت گردید و تمامی نمونه‌ها با استفاده از پرایمرهای ژن ترانسپوزان IS1111a اختصاصی کوکسیلا بورنتی, مورد آزمایش PCR قرار گرفتند. که از کل نمونه‌های مورد آزمایش 18 نمونه از نظر کوکسیلابورنتی مثبت بودند که به طور تصادفی 12نمونه انتخاب و برای توالی یابی به شرکت ماکروژن کره ارسال گردید. نتایج این پژوهش نشان داد که شیر گاو یکی از مخازن بالقوه کوکسیلابورنتی در ایران است. هدف از این مطالعه آنالیز فیلوژنتیک کوکسیلابورنتی‌های جدا شده از شیر گاوداری‌های استان تهران بود که پس از کسب توالی ژن مورد نظر باکتری کوکسیلا بورنتی، تمامی توالی‌های به دست آمده با توالی‌های موجود در بانک ژن مقایسه گردید. حاصل این مقایسه نشان داد که ژن ترانسپوزان IS1111A کوکسیلا بورنتی جداشده از شیر گاوهای گاوداری‌های اطراف تهران بیش از 99% با توالی‌های موجود در بانک ژن قرابت دارد. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

2 - جداسازی، شناسایی و انگشت‌نگاری باکتری‌های لاکتوباسیلوس از محصولات لبنی و تخمیری سنتی استان لرستان و تعیین روابط ژنتیکی بین آنها با استفاده از تکنیک RAPD-PCR
صبا دارائی بهروز دوستی کامران سمیعی

10.30495/jftn.2023.74174.11265

باکتریهای اسید لاکتیک (LABs) اجزای اصلی و طبیعی میکرو فلور دستگاه گوارش هستند. شناسایی باکتری های اسید لاکتیک برای مطالعات پایه و کاربرد در صنایع غذایی از اهمیت ویژ‌ه‌ای برخوردار است. جهت جداسازی باکتری‌های اسید لاکتیک طبیعی، نمونه‌های ماست محلی و ترخینه از مناطق مختلف أکثر

باکتریهای اسید لاکتیک (LABs) اجزای اصلی و طبیعی میکرو فلور دستگاه گوارش هستند. شناسایی باکتری های اسید لاکتیک برای مطالعات پایه و کاربرد در صنایع غذایی از اهمیت ویژ‌ه‌ای برخوردار است. جهت جداسازی باکتری‌های اسید لاکتیک طبیعی، نمونه‌های ماست محلی و ترخینه از مناطق مختلف استان لرستان با در نظر گرفتن فواصل جغرافیائی مناسب و شرایط آب و هوائی مختلف جمع‌آوری شد. پس از جداسازی باکتری‌های گرم مثبت و کاتالاز منفی، تعداد 20 باکتری اسید لاکتیک انتخاب و سپس با استفاده از آغازگرهای اختصاصی، ژن 16SrDNA تکثیر و پس از همردیفی و مقایسه با بانک اطلاعاتی NCBI، نوع باکتری تعیین گردید. به منظور برآورد تنوع ژنتیکی بین باکتری‌های مورد مطالعه، از 4 آغازگر نشانگر RAPD استفاده شد. در انتها درخت فیلوژنتیکی بین باکتری‌های مورد مطالعه انجام گرفت. براساس آزمون آنتی‌بیوگرام مشخص شد که باکتری‌های مورد مطالعه به آنتی‌بیوتیک کانامایسین و آمیکاسین مقاوم و به آنتی‌بیوتیک‌های جنتامایسین، ونکومایسین و تتراسایکلین حساس بودند. باکتری‌های جداسازی شده از ترخینه با 97 درصد شباهت و باکتری‌های جداسازی شده از ماست با 89 درصد شباهت در گروه مشابهی قرار گرفتند. دو سویه باکتری جداسازی شده از ماست با 94 درصد به باکتری L.rhamnosus شباهت داشتند. در رابط با دو سویه باکتری جداسازی شده از نمونه ترخینه، نتایج نشان داد که این دو باکتری با شباهت 98 درصد به باکتری‌ گونه L.pentosus شباهت داشتند. براساس نتایج گروه‌بندی توسط نشانگر RAPD، باکتری‌های مورد مطالعه در ضریب تشابه 57 درصد تشکیل 6 گروه دادند و یک ژنوتیپ به تنهایی یک گروه تشکیل داد. در رابطه با فواصل جغرافیائی و گروه‌بندی به دست آمده، نمونه‌های باکتری جداسازی شده از محصولات سنتی مناطق جغرافیائی مشابه، در گروه‌های نزدیک به هم قرار گرفتند. نتایج به طور کلی نشان داد که استفاده از نشانگرهای ژنتیکی می‌تواند در شناسائی دقیق‌تر گونه و سویه باکتری‌های اسید لاکتیک محصولات لبنی و تخمیری بسیار کارا باشد. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

3 - بررسی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی در استان بوشهر
طاهره زیارتی کاوس ایازپور

گوجه‌فرنگی یکی از سبزیجات مهم و بیماری پیچیدگی برگ زرد گوجه‌فرنگی از مهمترین بیماریهای گوجه‌فرنگی در سراسر دنیاست. طی فصل‌های زمستان 1391 و بهار 1392، به منظور بررسی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی در استان بوشهر از مزارع کشت گوجه فرنگی واقع در شهرستانهای تنگ ارم، دشتس أکثر

گوجه‌فرنگی یکی از سبزیجات مهم و بیماری پیچیدگی برگ زرد گوجه‌فرنگی از مهمترین بیماریهای گوجه‌فرنگی در سراسر دنیاست. طی فصل‌های زمستان 1391 و بهار 1392، به منظور بررسی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی در استان بوشهر از مزارع کشت گوجه فرنگی واقع در شهرستانهای تنگ ارم، دشتستان و چند بخش مربوط به آن از گیاهان مشکوک به آلودگی نمونه برداری شد. پس از استخراج DNA، واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از آغازگرهای sense و antisense‌ منجر به تکثیر قطعه‌ای با اندازه تقریبی550 جفت باز از ژن پروتئین پوششی و حرکتی ویروس شد. محصول واکنش زنجیره ای پلی مراز متعلق به سه جدایه، برای تعیین ترادف انتخاب و به کره ارسال شدند. ژن‌های توالی یابی شده در بانک ژن جهانی ثبت گردیدند. تجزیه داده ها نیز به دنبال همردیف سازی آنها با بانک ژن جهانی با استفاده از نرم افزار clustalw انجام و درخت فیلوژنتیکی حاصل با نرم افزار mega6 با 1000 bootstrap ترسیم گردید. آنالیز های فیلوژنتیکی نشان داد که جدایه‌های مورد بررسی در دو گروه جداگانه A و B قرار گرفتند. در این تقسیم بندی در گروه A جدایه های دشتستان (KP635447) و تنگ ارم (KP635448) به جدایه های مورد بررسی در کشورهای دیگر از جمله چین (AY594194) و ونزوئلا (EF625895) و به جدایه های مورد بررسی در داخل کشور از جمله شیراز (GU076444) و تهران (KC106648، KC582150) نزدیک بودند. در گروه B جدایه‌ای دیگر از دشتستان (KP635446) به جدایه‌های کشورهای عربی از جمله عربستان (HM590558)، عمان (KF229721، KF229725) و به جدایه داخلی جیرفت (GU076450) نزدیک می‌باشد. نتایج حاصل نشان می‌دهد که ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی در ایران و همچنین در یک منطقه (دشتستان) دارای تنوع ژنتیکی بوده و برای تعیین وجود نژادهای نوترکیب جدید نیاز به تحقیقات بیشتری بر روی جدایه های ایرانی می‌باشد. همچنین علائم متفاوتی با توجه به نوع رقم میزبان، منطقه جمع آوری نمونه و همچنین آلوده شدن گیاه در زمان های متفاوت ایجاد می کنند. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

4 - بررسی اهمیت و خصوصیات مولکولی ویروس موزاییک خیار در گیاهان جالیزی منطقه کوار
فاطمه باقری کاوس ایازپور

ویروس موزاییک خیار (Cucumber Mosaic Virus, CMV) از مهم‌ترین ویروس‌های آلوده کننده کدوئیان در ایران و جهان می‌باشد. به منظور بررسی پراکندگی و اهمیت CMV در منطقه کوار در استان فارس، طی بهار و تابستان 1394 ، از مزارع مختلف کدوئیان ( شامل: هندوانه، خربزه و کدو) نمونه برداری أکثر

ویروس موزاییک خیار (Cucumber Mosaic Virus, CMV) از مهم‌ترین ویروس‌های آلوده کننده کدوئیان در ایران و جهان می‌باشد. به منظور بررسی پراکندگی و اهمیت CMV در منطقه کوار در استان فارس، طی بهار و تابستان 1394 ، از مزارع مختلف کدوئیان ( شامل: هندوانه، خربزه و کدو) نمونه برداری شد. در مجموع 85 نمونه گیاهی با علائم: موزائیک و زردی برگ‌ها، لکه‌های نکروتیک روی رگبرگ‌ها و کوتولگی ، جمع‌آوری شد. بررسی تکمیلی نمونه‌ها با کمک آزمون های الیزای ساندویچ دو طرفه آنتی بادی (DAS-ELISA) و واکنش زنجیره ای پلی مراز با نسخه برداری معکوس (RT-PCR)انجام گردید. در بررسی نمونه‌های مشکوک با آزمون DAS-ELISA، تعداد 40 نمونه خربزه، آلوده به ویروس تشخیص داده شدند. به منظور ردیابی ویروس با استفاده از آزمون RT-PCR، از جفت آغازگرهای P1 و P2 که ژنوم پوشش پروتئینی ویروس را تکثیر می‌کردند، و قطعه‌ای به طول تقریبی 950جفت باز را تشکیل می دادند، استفاده شد. در 30 مورد از نمونه ها (20 مورد مثبت و 10 مورد منفی) واکنش زنجیره ای پلی مراز انجام و نتایج آزمون الیزا تایید شد. محصول PCR سه جدایه به طور تصادفی انتخاب و پس از خالص سازی باند مورد نظر، ترادف‌یابی گردید. برای مقایسه و آنالیز فیلوژنتیکی توالی‌های به‌دست آمده در این پژوهش با سایر نقاط دنیا، از 19 توالی ثبت شده در بانک ژن استفاده گردید. درخت فیلوژنتیکی با کمک نرم‌افزار MEGA6 و به‌روش Neighbor-Joining ترسیم گردید. توالی ها در دو گروه جداگانه قرار گرفتند که نمونه های ایرانی همگی در یک گروه بودند. نتایج این تحقیق بیانگر آلودگی چشمگیر مزارع خربزه به ویروس موزائیک خیار در منطقه کوار و احتمالا خسارت قابل ملاحظه این ویروس بود. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

5 - مقایسه ترادف نوکلئوتیدی و اسید آمینه‌ای ژن پروتئین پوششی ویروس موزاییک پیسک سبز خیار از استان خراسان با سایر جدایه‌های دنیا
زهره مرادی بهروز جعفرپور

ویروس موزاییک پیسک سبز خیار (CGMMV) گونه های زیادی از گیاهان کدوییان را در دنیا آلوده می کند و سبب علائمی از قبیل پیسکی و موزاییک سیستمیک روی برگهای گیاهان کدوییان می شود. در طی یک بررسی ، از 198 نمونه کدوییان مشکوک به آلودگی این ویروس که از مزارع مختلف کدوئیان و گلخانه أکثر

ویروس موزاییک پیسک سبز خیار (CGMMV) گونه های زیادی از گیاهان کدوییان را در دنیا آلوده می کند و سبب علائمی از قبیل پیسکی و موزاییک سیستمیک روی برگهای گیاهان کدوییان می شود. در طی یک بررسی ، از 198 نمونه کدوییان مشکوک به آلودگی این ویروس که از مزارع مختلف کدوئیان و گلخانه های خیار استانهای خراسان رضوی و شمالی جمع آوری گردید، آلودگی 95 نمونه با استفاده از آنتی بادی اختصاصی CGMMV در آزمون DAS-ELISA تایید شد (میزان آلودگی 19.7 درصد بود). واکنش RT-PCR با استفاده از یک جفت آغازگر اختصاصی از ناحیه پروتئین پوششی ((cp منجر به تکثیر قطعه ای در حدود bp486 شد. محصول PCR پس از همسانه سازی در پلازمید p- drive توالی یابی شد و ترادف بدست آمده پس از هم‌ردیف سازی چندگانه با برخی از توالی های موجود در بانک ژن مقایسه گردید. آنالیز فیلوژنتیکی 486 جفت باز از ناحیه ژن پروتئین پوششی این جدایه (با نام کلات) و سایر جدایه های تعیین ترادف شده موجود در بانک ژن نشان داد که همه جدایه های ویروس پیسک سبز خیار می توانند در دو گروه قرار بگیرند: گروه 1 و 2. گروه یک خود به 2 زیرگروه تقسیم شده و جدایه ایرانی (کلات) در زیرگروه IA قرار می گیرد و حداکثر شباهت نوکلئوتیدی را با سایر جدایه های این گروه دارد (بیشترین شباهت نوکلئوتیدی تا 97.9 درصد می رسد). همچنین درخت فیلوژنتیکی بر اساس توالی اسیدهای آمینه ای نیز ترسیم شد که بر اساس آن بیشترین شباهت اسید آمینه ای جدایه 98.1 درصد بود. نتایج این بررسی اولین گزارش از تعیین ترادف نوکلئوتیدی، تعیین جایگاه تکاملی و مقایسه ترادف نوکلئوتیدی و اسید آمینه ای جدایه ایرانی CGMMV با سایر جدایه های دنیا می باشد. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

6 - ارزیابی توالی نوکلئوتیدی و پروتئینی آنزیم‌های سیتو‌کرمP450 در قارچ بیمارگر حشرات Beauveria bassiana
مریم راشکی مجتبی مرتضوی

توالی نوکلئوتیدی و پروتئینی و روابط فیلوژنتیکی بین ژن های کد کنندة هفت آنزیم سیتو‌کرمP450 متعلق به قارچ بیمارگر حشرات Beauveria bassiana جدایة ATCC90517 موجود در بانک ژن مورد ارزیابی قرار گرفت. براساس نتایج BLASTN، بیشترین میزان شباهت هفت توالی مورد بررسی با ژن ‌های B. أکثر

توالی نوکلئوتیدی و پروتئینی و روابط فیلوژنتیکی بین ژن های کد کنندة هفت آنزیم سیتو‌کرمP450 متعلق به قارچ بیمارگر حشرات Beauveria bassiana جدایة ATCC90517 موجود در بانک ژن مورد ارزیابی قرار گرفت. براساس نتایج BLASTN، بیشترین میزان شباهت هفت توالی مورد بررسی با ژن ‌های B. bassiana جدایة ARSEF (84-100درصد) و سپس قارچ‌ های Cordyceps militaris و Isaria fumosorosea (76-89 درصد) مشاهده شد که مطابق نتایج BLASTP بود. محاسبة میزان درصد شباهت توالی‌ ها با یکدیگر با استفاده از برنامه SIAS نشان داد که تنها توالی اسید‌آمینه‌ پروتئین‌ های مربوط به دو ژن CYP52X1 وCYP52G11 بالای 47 درصد شباهت نشان دادند که در یک خانواده (CYP52) قرار گرفتند توالی های مرتبط با خانواده‌های مختلف شباهت کمتر از 44 درصد داشتند. درخت ‌های فیلوژنتیکی رسم شده با استفاده از نرم‌افزار IQ-tree v.1.6بر مبنای نوکلئوتید و اسید آمینه نشان دادند که CYP53A26 و CYP617N1 با بیشترین میزان شباهت به یکدیگر در یک گروه جداگانه قرار گرفتند. سایر ژن‌ های P450 نیز با هم در یک گروه بودند. تعیین ویژگی‌ های پروتئینی و نواحی حفاظت شده در هفت آنزیم سیتوکرم P450 در قارچ B. bassiana به دلیل نقش آن‌ ها در اتصال به آهن بسیار مهم و ضروری است. حضور اسید آمینه‌ های متنوع با خصوصیات مختلف در نواحی حفاظت شده توانسته دامنة میزبانی این قارچ را در کنترل حشرات آفت افزایش دهد. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

7 - همراهی فیتوپلاسما Candidatus در درختان میوه هسته دار استان گلستان: گزارش یک مطالعه تشخیصی
محمدرضا زرهون سعید نصرالله نژاد الهام محمودی آتنا زاهدی طبرستانی

10.30495/plant.2023.704984

در بازدید های بهار، تابستان و پاییز سال های 1400و 1401 از باغات درختان میوه هسته دار استان گلستان، علائم مشکوک به بیماری فیتوپلاسمایی مانند زردی، زوال، قرمز شدن و ریز برگی مشاهده شد و 28 نمونه از برگ میزبان های مختلف درختان میوه هسته دار جمع‌آوری گردید. از آغاز گر های أکثر

در بازدید های بهار، تابستان و پاییز سال های 1400و 1401 از باغات درختان میوه هسته دار استان گلستان، علائم مشکوک به بیماری فیتوپلاسمایی مانند زردی، زوال، قرمز شدن و ریز برگی مشاهده شد و 28 نمونه از برگ میزبان های مختلف درختان میوه هسته دار جمع‌آوری گردید. از آغاز گر های عمومی P1/P7 برای آزمون PCR عمومی و آغاز گر های R16F2n/ R16R2 برای آزمون PCR آشیانه‌ای استفاده شد. نمونه‌های آلوده قطعات 1800 جفت‌باز را در PCR عمومی و قطعه 1250 جفت‌باز را در PCR آشیانه‌ای تکثیر کردند که از بین 28 نمونه جمع آوری شده، 3 نمونه از درختان هلو دارای باند در ناحیه مد نظر بودند؛ سپس محصول PCR آشیانه‌ای پس از توالی یابی در بانک جهانی ژن با شـماره دسترسی های OQ945143 و OP055811 ثبت شدند. همزمان پیوند بر روی گیاه محک پروانش با هدف مخزن ذخیره ژن و مشاهده علائم فیتوپلاسما صورت گرفت. مقایسه توالی‌های به‌دست‌آمده با توالی‌های موجود در سایت NCBI توسط نرم‌افزار بر خط بلاست، بیشترین شباهت را به فیتوپلاسما های Aster yellows phytoplasma نشان داد و آنالیز فیلوژنتیک توالی مد نظر با الگوریتم تخمین درست نمایی بیشینه در مقایسه با زیر گروه‌های مختلف فیتوپلاسمای گزارش شده در ایران نیز نتایج حاصل از بلاست را تأیید کرد. همچنین مقایسه نقوش حاصل از RFLP مجازی، مشابه ترین الگوی مرجع گروه 16SrI، زیرگروه AD (دسترسی GenBank: DQ286577)، با ضریب شباهت 77/0 را مشخص کرد که این موضوع نـشان داد که ایـن سـویه ممـکن اسـت نـشان دهنده یـک گروه جـدید باشـد. نتایج این مطالعه حضور فیتوپلاسما را در درختان هلو استان گلستان برای اولین بار تأییـد نمـوده و نشـان از حـضور گـونه فیـتوپلاسمایی نزدیک به Candidatus phytoplasma asteris در استان گلستان دارد. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

8 - تعیین ردیف نوکلئوتیدی و قرابت فیلوژنتیکی ژن Tax ویروس لوسمی گاو در ایران
حسن ممتاز پوریا امینی بهنام عباسیان

ویروس لوسمی گاو (BLV) از خانواده رتروویریده،دون خانواده ارتورتروویرینه و جنس دلتارتروویروس واجد 3 ژن ساختمانی اصلی env، pol،gag و تعدادی ژن تنظیم کننده همانند سازی از جمله Tax، Rex، IIIR وC IVمی باشد. به منظور تعیین قرابت فیلوژنی ژن Tax ویروس BLV در نمونه های آلوده به أکثر

ویروس لوسمی گاو (BLV) از خانواده رتروویریده،دون خانواده ارتورتروویرینه و جنس دلتارتروویروس واجد 3 ژن ساختمانی اصلی env، pol،gag و تعدادی ژن تنظیم کننده همانند سازی از جمله Tax، Rex، IIIR وC IVمی باشد. به منظور تعیین قرابت فیلوژنی ژن Tax ویروس BLV در نمونه های آلوده به این ویروس در ایران در ابتدا قطعه 927 جفت بازی ژن Tax از چهار نمونه آلوده در سیستم PCR تکثیر و جهت تعیین ردیف نوکلئوتیدی سکانس گردید. نتایج حاصل از مقایسه ردیف نوکلئوتیدی تعیین شده در این مطالعه با سکانس شناخته شده ژن Tax ویروس BLV در سایر کشورها نشانگر وجود 4/3 تا 7/7 درصد تنوع ژنتیکی در این ژن بود که در این میان بیشترین قرابت با ردیف نوکلئوتیدی ژن Tax در آمریکا )سکانس (AY700378.1 با 6/96 درصد تشابه و بیشترین تفاوت مربوط به جدایه این ویروس در استرالیا (سکانس AY700379.1) و ژاپن (سکانس AY700381.1) با 3/92 درصد قرابت مشاهده شد. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

9 - آنالیز فیلوژنتیک مایکوباکتریوم آویوم تحت‌گونه‌ پاراتوبرکلوزیس جدا شده از گاوداری‌های استان تهران
بهبود جعفری محمود جمشیدیان فرهاد موسی خانی

بیماری یون یا پاراتوبرکلوزیس نوعی التهاب روده شدید، مزمن و پیش رونده در نشخوارکنندگان با عامل مسبب مایکوباکتریوم آویوم تحت گونه پاراتوبرکلوزیس می باشد که خسارات اقتصادی فراوانی به صنعت دامپروری به ویژه گاوداری های شیری وارد می کند. از سوی دیگر آن را عامل ایجاد کننده بی أکثر

بیماری یون یا پاراتوبرکلوزیس نوعی التهاب روده شدید، مزمن و پیش رونده در نشخوارکنندگان با عامل مسبب مایکوباکتریوم آویوم تحت گونه پاراتوبرکلوزیس می باشد که خسارات اقتصادی فراوانی به صنعت دامپروری به ویژه گاوداری های شیری وارد می کند. از سوی دیگر آن را عامل ایجاد کننده بیماری کرون در انسان می شناسند. این مطالعه با هدف آنالیز فیلوژنتیک مایکوباکتریوم پاراتوبرکلوزیس جداشده از گاوداری های استان تهران انجام گردید. در این مطالعه از تعداد 100 نمونه مدفوع گاوهای مشکوک به بیماری یون، استخراج DNAانجام شد سپس با استفاده از پرایمرهای اختصاصی ژن IS900واکنش Nested PCRصورت گرفت و از موارد مثبت جدا شده، 14 نمونه به طور تصادفی برای توالی یابی به شرکت ماکروژن کره ارسال گردید. در این مطالعه در مجموع 28 نمونه از 100 نمونه مدفوعی از نظر وجود باکتری مایکوباکتریوم آویوم تحت گونه پاراتوبرکلوزیس مثبت بود. بعد از توالی یابی نمونه‌های مثبت ملاحظه گردید که بیش از 99 درصد با توالی های موجود در بانک ژن شباهت وجود دارد. همچنین نتایج مطالعه حاضر نشان داد که سویه های KJ629114 وAE016958 بیشترین شباهت و سویه CP000325 بیشترین تفاوت را با جدایه های حاصل از این مطالعه در ژن GyrAدارند. در مورد ژن GyrBنیز بیشترین شباهت مربوط به سویه های AE016985 ،CP005928 وCP009614 و بیشترین تفاوت هم مربوط به سویه GU143884می باشد. نتایج مطالعه نشان داد که تکنیک Nested PCRمی تواند روش ارزشمندی برای شناسایی مایکوباکتریوم آویوم تحت گونه پاراتوبرکلوزیس در حیوانات باشد. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

10 - مطالعه شیوع و بررسی فیلوژنتیک لیستریا مونوسیتوژنز جدا شده از فیله دو نوع ماهی پرورشی در شهرکرد در سال 1397
اسماعیل پیرعلی خیرآبادی سیده صدیقه موسوی حسن ممتاز فرزانه نیکوخواه سید پژمان حسینی شکرابی مهدی رئیسی

باکتری لیستریامونوسیتوژنز می تواند ماهی و سایر آبزیان را به صورت مستقیم و غیرمستقیم آلوده کرده و درنتیجه ماهی و فرآورده های آن به عنوان یک حامل برای انتقال بیماری ناشی از این باکتری تلقی می‌شوند. از این رو مطالعه حاضر به بررسی آلودگی ماهیان پرواری قزل آلای رنگین کمان و أکثر

باکتری لیستریامونوسیتوژنز می تواند ماهی و سایر آبزیان را به صورت مستقیم و غیرمستقیم آلوده کرده و درنتیجه ماهی و فرآورده های آن به عنوان یک حامل برای انتقال بیماری ناشی از این باکتری تلقی می‌شوند. از این رو مطالعه حاضر به بررسی آلودگی ماهیان پرواری قزل آلای رنگین کمان و کپور معمولی به این باکتری و شناسایی فیلوژنتیک ایزوله‌های جدا شده با استفاده از روش PCR پرداخته است. در مجموع 50 نمونه ماهی تازه پرورشی شامل قزل آلای رنگین کمان (Oncorhynchus mykiss) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) طی تیرماه تا شهریورماه سال 1397 از مراکز عرضه ماهی در شهرستان شهرکرد جمع آوری شد. بر اساس آزمایشات مولکولی، از جمع 50 نمونه مورد مطالعه، 18 نمونه (36 درصد) آلوده به باکتری لیستریا مونوسیتوژنز بودند که 26 و 10 درصد از نمونه‌های آلوده به ترتیب متعلق به قزل آلا رنگین کمان و کپور معمولی بود. از جمع 18 ایزوله‌ی مورد بررسی 12 نمونه (66/66 در صد) مربوط به سروتیپ 4b، یک نمونه مربوط به سروتیپ و 5 نمونه‌ی دیگر متعلق به سروتیپ بود. با توجه به نتایج مطالعه حاضر، مبنی بر آلودگی ماهیان پرورشی به باکتری لیستریا مونوسیتوژنز و اهمیت آن در بهداشت عمومی، لزوم اعمال نظارت های بهداشتی مداوم و دقیق ضروری به نظر می‌رسد. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

11 - رابطه فیلوژنتیکی و خصوصیات پروبیوتیکی جدایه‌های لاکتیکی غالب خمیرترش آرد کامل جو
مریم ابراهیمی علیرضا صادقی بلال صادقی

هدف از این مطالعه، ارزیابی خواص پروبیوتیکی و رابطه فیلوژنتیکی جدایه های لاکتیکی غالب خمیرترش آرد کامل جو بود. ابتدا باکتری های اسید لاکتیک جدا شده به کمک PCR دارای پرایمر اختصاصی شناسایی گردیدند. سپس ویژگی های پروبیوتیکی آنها شامل زنده مانی در شرایط شبیه سازی شده دستگاه أکثر

هدف از این مطالعه، ارزیابی خواص پروبیوتیکی و رابطه فیلوژنتیکی جدایه های لاکتیکی غالب خمیرترش آرد کامل جو بود. ابتدا باکتری های اسید لاکتیک جدا شده به کمک PCR دارای پرایمر اختصاصی شناسایی گردیدند. سپس ویژگی های پروبیوتیکی آنها شامل زنده مانی در شرایط شبیه سازی شده دستگاه گوارش، اثر آنتاگونیستی در برابر استافیلوکوکوس اورئوس، لیستریا منوسیتوژنز، اشرشیا کلی و سالمونلا انتریکا به عنوان شاخص های باکتریایی غذازاد، قابلیت تجمعی در برابر اشریشیا کلی و سالمونلا انتریکا به عنوان عوامل عفونی روده و همچنین مقاومت این جدایه ها در برابر برخی از آنتی بیوتیک های رایج مورد بررسی قرار گرفت. برای تعیین رابطه قرابتی جدایه های لاکتیکی نیز از ترسیم درخت فیلوژنتیکی بر اساس روش بیشترین درست نمایی استفاده شد. توالی یابی محصولات PCR، منجر به شناسایی لاکتوباسیلوس برویس، لاکتوباسیلوس کوریا، پدیوکوکوس پنتازاسئوس و ویسلا سیباریا به عنوان باکتری های اسید لاکتیک غالب خمیرترش آرد کامل جو شد. لاکتوباسیلوس برویس در مقایسه با جدایه های لاکتیکی دیگر به شکل معنی داری (05/0>P) از زنده مانی بیشتری در 2=pH و نمک صفراوی 3/0% برخوردار بود. بیشترین قطر هاله عدم رشد هر چهار شاخص باکتریایی نیز تحت تاثیر پدیوکوکوس پنتازاسئوس ایجاد شد. همچنین قابلیت تجمعی پدیوکوکوس پنتازاسئوس در برابر اشریشیا کلی و سالمونلا انتریکا از سه جدایه لاکتیکی دیگر به شکل معنی داری (05/0>P) بیشتر بود و هر چهار جدایه لاکتیکی در برابر ونکومایسن از خود مقاومت نشان دادند. آنالیز درخت فلیوژنتیکی توالی‌های همردیف شده نیز نشان داد که لاکتوباسیلوس کوریا و پدیوکوکوس پنتازاسئوس دارای قرابت فیلوژنتیکی بسیار زیادی به یکدیگر بودند در حالی که بیشترین فاصله ژنتیکی نیز بین لاکتوباسیلوس برویس و ویسلا سیباریا مشاهده گردید. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

12 - An Evolutionary and Phylogenetic Study of the <i>BMP15</i> Gene
م. مهدوی غ.ر. داشاب

DNA sequence data contains a wealth of biologically useful information. Recent innovations in DNA sequencing technology have greatly increased our capacity to determine massive amounts of nucleotide sequences. These sequences can be used to specify the characteristics o أکثر

DNA sequence data contains a wealth of biologically useful information. Recent innovations in DNA sequencing technology have greatly increased our capacity to determine massive amounts of nucleotide sequences. These sequences can be used to specify the characteristics of different regions, interpret the evolutionary relationships between categorized groups, likelihood of performing multiple comparisons between an unidentified sequence and millions of specified sequences existing in DNA information gene banks. This study focuses on bioinformatics analysis of molecular genetic variation of the BMP15 gene of some selected mammalian species with a view to providing relevant genetic information for breeding and selection programs in the studied species using computational methods. A total of twenty-three BMP15 nucleotide sequences and amino acids sequences were retrieved from the NCBI gene bank. Sequence alignment, pair and multi-alignment comparison of the BMP15 gene of the various species were done with MEGA6. High degree of polymorphism of the BMP15 gene was observed among the studied species. Despite high polymorphism in BMP15 similarity between sequences was greater than 98% and differences existing in fertility rates among species may be species-specific due to differences in the processing of BMP15. The mean diversity among populations and the scattering coefficient of evolution in the BMP15 position were calculated to be 2.15 and 1.25 bp, respectively and the mean divergence was calculated to be 1.7 bp. Also, the mean divergence within the species was 4.1, 0.4 and 2.1 bp in sheep, cows and goats, respectively. Bases substitution rate and pattern in BMP15 showed that cows and goats have the minimum genetic distance and human has the maximum genetic distance with sheep. In addition to existing variation in DNA and amino acids sequences between BMP15 in different species, this study highlighted specific segments significantly more conserved in BMP15 from mono-ovulating as compared to super-ovulating species. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

13 - Genetic Diversity and Molecular Phylogeny of Iranian Sheep Based on Cytochrome b Gene Sequences
س. ساور سفلی ح.ر. سیدآبادی ع. جوانروح علی‌آباد ر. سید شریفی

Phylogenetic relationships and genetic variation between two Iranian sheep breeds were analyzed using cytochrome b (cyt-b) gene sequences. The genomic DNA was isolated by salting out method and amplified cytochrome b gene using polymerase chain reaction restriction (PCR أکثر

Phylogenetic relationships and genetic variation between two Iranian sheep breeds were analyzed using cytochrome b (cyt-b) gene sequences. The genomic DNA was isolated by salting out method and amplified cytochrome b gene using polymerase chain reaction restriction (PCR) method with a pair of primer. A partial sequence of cyt-b gene of Iranian sheep is 780 bp and contained 13 variable sites and 11 haplotypes. Phylogenetic analysis of haplotype in the combination with the sheep from GenBank showed that Iranian sheep made a separated cluster. This study is provided useful information for understanding relationships between breeds from different parts of the world. This study may simplify the future researchers and breeders for better understanding the genetic structure and breed differentiation for designing future breeding strategies to the conservation of animal genetic resources. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

14 - Mitochondrial Diversity and Phylogenetic Structure of Marghoz Goat Population
ح.ر. سیدآبادی ک. پهلوان افشاری م. عبدالمالکی

The genetic diversity and phylogenetic structure was analyzed in Marghoz goat population by mitochondrial DNA sequences. Phylogenetic analysis was carried out using hyper variable region 1 (968 bp) obtained form 40 animals. Marghoz goat proved to be extremely diverse (a أکثر

The genetic diversity and phylogenetic structure was analyzed in Marghoz goat population by mitochondrial DNA sequences. Phylogenetic analysis was carried out using hyper variable region 1 (968 bp) obtained form 40 animals. Marghoz goat proved to be extremely diverse (average haplotype diversity of 0.999) and the nucleotide diversity values 0.022. A total of 40 Marghoz goats were grouped into six haplotypes and the large majority of haplotypes were present in 15 animals. All Marghoz haplotypes were classiﬁed into C haplogroup and revealed remarkably high genetic distances within the population when compared with other Asian goat populations, indicating high genetic variation in the Marghoz goat. These results indicate high-divergence status of the Marghoz goat and will influence breeding and conservation strategies adopted for this breed. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

15 - ارزیابی تنوع ژنتیکی و روابط فیلوژنتیکی جمعیت‌های کرفس زراعی (Apium graveolense) وکرفس کوهی(Kelussia odoratissima) به روش SDS-PAGE
فاطمه محمودی کردی اردشیر جودمند سارا غفاریان

10.30495/jdb.2023.1973660.1341

مطالعه پروتئین‌ها ابزاری مناسب برای برآورد تنوع ژنتیکی و میزان شباهت بین ژنوم های مختلف است. با توجه به اهمیت دارویی و غذایی کرفس زراعی و کوهی ، در این پژوهش تنوع ژنتیکی و روابط فیلوژنتیکی 15 جمعیت کرفس زراعی و شش جمعیت کرفس کوهی بر مبنای پروتئین‌های ذخیره‌ای بذر کرفس ز أکثر

مطالعه پروتئین‌ها ابزاری مناسب برای برآورد تنوع ژنتیکی و میزان شباهت بین ژنوم های مختلف است. با توجه به اهمیت دارویی و غذایی کرفس زراعی و کوهی ، در این پژوهش تنوع ژنتیکی و روابط فیلوژنتیکی 15 جمعیت کرفس زراعی و شش جمعیت کرفس کوهی بر مبنای پروتئین‌های ذخیره‌ای بذر کرفس زراعی و کوهی و پروتئین‌های برگ کرفس زراعی در سه مرحله 30، 45 و 60 روز پس از کشت با استفاده از روش SDS-PAGE مورد مطالعه قرار گرفت. حضور و عدم حضور نوار به ترتیب با یک و صفر امتیازدهی و سپس تعداد کل نشانگرهای ایجاد شده، تعداد نشانگرهای چندشکل، درصد چند شکلی نشانگرها، تعداد آلل مشاهده شده ، تعداد آلل موثر، متوسط هتروزیگوسیتی، شاخص‌ اطلاعات شانون و شاخص تنوع ژنی نی برآورد شد. همچنین تجزیه واریانس مولکولی، تجزیه به بردارهای اصلی و گروهبندی جمعیت‌ها بر اساس الگوریتم‌ Minimum Evolution و ضریب فاصلهP-Distance انجام گرفت. نتایج حاصل از این مطالعه نشان دهنده تنوع ژنتیکی بالا در هر دو جمعیت کرفس کوهی و زراعی ، متوسط هتروزیگوسی بالای بذرهای کرفس زراعی در مقایسه با بذرهای کرفس کوهی و تنوع درون جمعیتی در هر دو گیاه در مقایسه با تنوع بین جمعیتی سطح بالاتری داشت. داده های این پژوهش نشان داد در کرفس زراعی تنوع ژنتیکی از تنوع جغرافیایی تبعیت نمی کند. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

16 - اهمیت و ویژگی های مولکولی ویروس موزائیک خیار مزارع جالیزی جهرم
کاووس ایازپور سیده زهرا ساجدی

سابقه و هدف: ویروس موزاییک خیار( (CMV یک کوکوموویروس با انتشار جهانی و یکی از ویروس های مهم کدوئیان و سایر محصولات است که سبب کاهش قابل توجه محصول می گردد. این پژوهش به منظور به دست آوردن اطلاعاتی در مورد انتشار، اهمیت و ویژگی مولکولی CMV در مزارع جالیزی منطقه جهرم انجا أکثر

سابقه و هدف: ویروس موزاییک خیار( (CMV یک کوکوموویروس با انتشار جهانی و یکی از ویروس های مهم کدوئیان و سایر محصولات است که سبب کاهش قابل توجه محصول می گردد. این پژوهش به منظور به دست آوردن اطلاعاتی در مورد انتشار، اهمیت و ویژگی مولکولی CMV در مزارع جالیزی منطقه جهرم انجام شد.مواد و روش ها: 147 نمونه گیاهی مشکوک به علایم CMV از برگ های بوته های ارقام مختلف خیار، کدو، هندوانه و خربزه از مزارع مختلف کدوئیان و گلخانه های خیار شهرستان جهرم جمع آوری و با استفاده از آزمون سرولوژیکی الایزا(DAS-ELISA) و آزمون مولکولی RT-PCR مورد بررسی قرار گرفتند. محصولات PCR مربوط به دو جدایه از روستاهای قطب آباد و هورموج تعیین توالی و با 18 توالی NCBI مقایسه شدند. سپس درخت فیلوژنتیکی با کمک نرم افزار های ClustalW و MEGA6 با روش Neighbor-Joining ترسیم گردید.یافته ها: با استفاده از آزمون الیزا 59 نمونه آلوده به CMV تشخیص داده شد. واکنش RT-PCR نیز آلودگی ها را تأیید نمود. آنالیز توالی ها نشان داد که دو جدایه CMV-JS1و CMV-JS2شهرستان جهرم همراه با جدایه های M21464.1، AJ242585، AJ866272.1،L40953.1 به ترتیب از استرالیا، چین، هند و آفریقای جنوبی در یک زیر گروه قرار می گیرند.نتیجه گیری: نتایج نشان داد که آلودگی قابل توجهی به ویروس موزائیک خیار در مزارع جالیزی منطقه جهرم وجود دارد که می تواند کاهش محسوس محصول را به دنبال داشته باشد. به دلیل دامنه میزبانی وسیع CMV و امکان انتقال به وسیله شته ها، از این رو توصیه می گردد که علاوه بر کنترل علف های هرز در مزارع مبارزه با شته ها نیز انجام شود. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

17 - تعیین گروه های فیلوژنتیک سویه های اشریشیا کلی عامل عفونت دستگاه ادراری درجنوب ایران
سارا اسعدی کاووس صلح جو محمد کارگر عباسعلی رضائیان

سابقه و هدف: اشریشیا کلی عامل بیش از 80% از عفونت های ادراری در تمام گروه‌های سنی جامعه است. سویه های اشریشیاکلی به چهار گروه فیلوژنتیک تقسیم می شوند. اغلب جدایه های های بیماریزای خارج روده ای متعلق به گروه B2 وD هستند. هدف از این پژوهش، تعیین گروه های فیلوژنتیک اشریشیا أکثر

سابقه و هدف: اشریشیا کلی عامل بیش از 80% از عفونت های ادراری در تمام گروه‌های سنی جامعه است. سویه های اشریشیاکلی به چهار گروه فیلوژنتیک تقسیم می شوند. اغلب جدایه های های بیماریزای خارج روده ای متعلق به گروه B2 وD هستند. هدف از این پژوهش، تعیین گروه های فیلوژنتیک اشریشیاکلی جدا شده از بیماران با عفونت ادراری در جنوب ایران بود. مواد و روش‌ها: این پژوهش به صورت مقطعی _ توصیفی بر روی اشریشیاکلی جداشده از کشت ادرار بیماران مراجعه کننده به آزمایشگاه بیمارستان پیمانیه جهرم در سال 1389 انجام شد. از آزمون های بیوشیمیایی برای تعیین هویت باکتری های جداشده استفاده شد. سپس طبقه بندی گروه های فیلوژنتیک سویه های اشریشیاکلی با استفاده ازپرایمرهای اختصاصی ChuA وyjaA وTspE4.C2 و آزمون PCR انجام شد. یافته ها: از60 باکتری اشریشیاکلی شناسایی شده، 47 مورد (34/78%) مربوط به زنان و 13 مورد (76/21%) مربوط به مردان بود. شایع ترین گروه های فیلوژنتیک شناسایی شده D ،A و B1 به ترتیب با فراوانی70% ،3/23% و7/6 % بودند. اما درهیچ کدام از نمونه های مورد بررسی گروه B2 شناسایی نشد.همچنین بین گروه فیلوژنتیکی و متغیرهای سن، جنس، سابقه عفونت ادراری، سابقه مصرف آنتی بیوتیک و سابقه بستری شدن در بیمارستان ارتباط معناداری مشاهده نشد. نتیجه گیری: اشریشیاکلی جدا شده از عفونت های دستگاه ادراری در این منطقه، بیشتر متعلق به گروه فیلوژنتیک D بودند که در مقایسه با سایر مناطق از نظر نوع گروه فیلوژنتیکی متفاوت می باشند. تفاصيل المقالة

حرية الوصول المقاله

18 - بررسی فیلوژنتیک پنج گونه از کپور ماهیان دریای خزر با استفاده ازتوالی یابی ژن سیتوکروم b میتوکندریایی
مهتاب قریب خانی محمد پورکاظمی لیلا عزیززاده فریبا فلاح باقری مصطفی تاتینا

خانواده کپورماهیان بزرگترین خانواده ماهیان آب شیرین محسوب می شود. تجزیه و تحلیل های سیستماتیک قبلی که جنس ها و گونه های مختلف خانواده کپورماهیان را مورد بررسی قرار می دادند بیشتر بر پایه خصوصیات ظاهری متکی بوده اند. اما امروزه از داده های مولکولی به طور گسترده ای برای ا أکثر

خانواده کپورماهیان بزرگترین خانواده ماهیان آب شیرین محسوب می شود. تجزیه و تحلیل های سیستماتیک قبلی که جنس ها و گونه های مختلف خانواده کپورماهیان را مورد بررسی قرار می دادند بیشتر بر پایه خصوصیات ظاهری متکی بوده اند. اما امروزه از داده های مولکولی به طور گسترده ای برای این منظور استفاده می شود. هدف از این بررسی تعیین روابط فیلوژنی و خویشاوندی 5 گونه از کپورماهیان دریای خزر شامل: سیاه کولی(Vimba vimba persa)، ماهی سفید (Rutilus frisii kutum)، سس ماهی سر بزرگ (Barbus capito)، کلمه خزری (Rutilus rutilus caspicus) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) با توالی یابی ژن سیتوکروم b(cytb) میتوکندریایی می باشد. بدین منظور تعداد 3 عدد نمونه بالغ از هر یک از گونه های ذکر شده از تالاب انزلی جمع آوری گردید. از هر ماهی حدود 2 گرم از بافت نرم باله پشتی جدا و در الکل 96 درصد نگهداری گردید. DNAژنومی هر یک از نمونه ها استخراج و واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) با استفاده از یک جفت پرایمر ژن سیتوکروم bانجام گرفت. پس از الکتروفورز، محصولPCRهمراه با پرایمرهای مورد نظر برای توالی یابی به شرکت ژن فناوران فرستاده شد. جهت تمایز ژنتیکی و بررسی روابط فیلوژنی توالی های ژن سیتوکروم bنمونه های ماهیان ذکر شده از نرم افزار Mega 4استفاده گردید. نتایج این بررسی نشان داد که نمونه های کپور معمولی و کلمه خزری هر دو در یک کلاستر قرار گرفته اند و فاصله تکاملی نمونه های این دو گونه بسیار کم است. نمونه های ماهی سفید نیز با دارا بودن فاصله ژنتیکی قدری بیشتر، بر روی کلاستر مجزایی قرار دارند. به همین ترتیب سیاه کولی و سس ماهی سر بزرگ با دارا بودن فواصل تکاملی بیشتر بر روی کلاسترهای مجزایی قرار گرفته اند. از سوی دیگر تمامی این پنج گونه با فاصله تکاملی زیاد از گونه سوف سفید قرار گرفته اند که این امر می تواند تأیید کننده وجود جد مشترک برای این پنج گونه و به عبارت دیگر قرار داشتن آنها در یک خانواده مشترک باشد. از این رو نتایج این بررسی نشان داد که استفاده از روش توالی یابی ژن سیتوکروم bروشی مناسب و قابل اعتماد در تمایز گونه های کپورماهیان ایران است. تفاصيل المقالة

فهرس المقالات فیلوژنتیک

سند

الروابط

المراكز ذات الصلة

دعامة

الصفحات الرسمية