اصول اخلاقی مورد توجه در مجله خردنامه قرآن و حدیث به شرح ذیل است:
1. مقالات نباید قبلا در نشریه ای به چاپ رسیده باشند یا همزمان به نشریه دیگری ارسال شده باشند و در صورت پذیرش در مجله نباید در جای دیگری ارائه یا چاپ شوند.
2. مقاله باید عاری از عمل غیراخلاقی و خلاف هنجارهای علمی شامل جعل داده، تحریف واقعیات، سرقت علمی در ارائه تحلیل یا اجرای آزمایش و بررسی آرای دیگران، یا در بیان نتایج تحقیق باشد.
3- در صورتی که اعضای هیئت تحریریه در خصوص رعایت امور اخلاقی پرسشی داشته باشند، نویسنده تعهد به پاسخگویی و حق دفاع به حکم شواهد و درخواست رسیدگی دقیق و سریع دارد.
4- ذکر فرد مسئول و همکاران در مقاله و دقت در عدم وجود اسامی نامرتبط ضروری است. فرد مسئول مقاله کسی است که در تهیه، آماده سازی، طراحی و اجرای مقاله سهم عمده را به عهده داشته است.
5- اطلاعات شخصی نویسندگان مقالات برای تمام افرادی که به آن دسترسی دارند، شامل سردبیر، اعضای تحریریه، مدیر داخلی و اجرایی نشریه محرمانه است و در هر زمانی از آن محافظت می شود.
6- در صورت استفاده از تحقیقات سایر افراد با ذکر منبع در مقاله آورده شود.
7- تصمیم گیری درباره مقالات زیر نظر هیئت تحریریه و از طریق تعیین داوران حایز شرایط صورت می گیرد.
8- داوری تمام مقالات دریافتی توسط چند داور و بدون اطلاع آنها از نام نویسندگان انجام می شود. نظرهای داوران پس از جمع بندی به نویسنده اعلام می شود.
9- استفاده از نتایج تحقیق سایرین باید با ارجاع دهی و اجازه کتبی و صریح از نویسنده انجام شود.
10- اعضای هیئت تحریریه نباید در تصمیم گیری درباره آثار و مقالات خود مشارکت داشته باشند.