بررسی داکینگ مولکولی آورانتامید موجود در گیاه دارویی مورینگا الیفرا (Moringa Olifera) بر مهار پروستاگلاندین‌ها
محورهای موضوعی : فصلنامه کیفیت و ماندگاری تولیدات کشاورزی و مواد غذایی
حمیده خواجه
1
(کارشناس ارشد پژوهشکده زیست فناوری دانشگاه زابل، زابل ایران)
زهرا جمعه قاسم ابادی
2
(دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشکده کشاورزی دانشگاه زابل، زابل، ایران)
کلید واژه: پروستاگلاندین, داکینگ مولکولی, بیوانفورماتیک, مورینگا, آورانتامید,
چکیده مقاله :
درد مکانیسمی دفاعی محسوب می‌شود و هنگامی که بافتی دچار آسیب شود، ایجاد می‌گردد. گیرنده‌های درد در پوست و بافت‌ها، انتهای عصبی آزاد هستند. ایجاد درد در بافت‌ها به علت ساخته شدن موادی به نام پروستاگلاندین‌ها که از مهم‌ترین واسطه‌های التهاب می‌باشد و مهار ساخت آن توسط داروهای ضد التهاب موجب کاهش آن می‌شود. گیاه مورینگا الیفرا در صنایع غذا و دارو اهمیت بالایی دارد و دارای ترکیب دارویی نادر به نام آورانتی‌آمید (Auranti amide) می‌باشد. این ترکیب به دلیل اثرات ضدالتهابی و ضدروماتیسمی خود، در درمان بیماری‌های التهابی مانند آرتروز، روماتوئید و پسوریازیس کاربرد دارد و با ممانعت از تولید پروستاگلاندین‌ها و افزایش تولید گلوتاتیون، کاهش فعالیت آنزیم‌های آسپارتات‌آمینوترانسفراز و آلانین‌آمینوترانسفراز و کاهش تولید عامل التهابی TNF-α، عوارض التهابی را کاهش می‌دهد. هدف از این مطالعه بررسی اثر مهاری ترکیب دارویی اورانتامید بروی پروستاگلاندین‌ها از طریق داکینگ مولکولی می‌باشد. برای بررسی نحوه اتصال ترکیب دارویی به جایگاه فعال مولکول، ترسیم ساختار شیمیایی دارو، بهینه‌سازی انرژی، مطالعات داکینگ، تجزیه و تحلیل‌های نهایی از پایگاه داده‌های Pub Chem و PDB استفاده شد. میانکنش دارو با رسپتور از طریق داک‌های متفاوت با استفاده از نرم‌افزار‌های Pyrex، Chimera و Viewer Lite انجام شد. نتایج نشان داد که ترکیب مورد نظر قادر به اشغال جایگاه فعال آنزیم بود و در میان نرم‌افزارها بهترین نتیجه با استفاده از نرم‌افزار Pyrex بدست آمد. در واقع این ترکیب دارای منفی‌ترین سطح انرژی اتصال (Kcal mol 5/7-) بود. بنابراین نشان داده شد که بالاترین تمایل به آمینواسیدهای کلیدی جایگاه فعال آنزیم و محل برهمکنش با مولکول کوکریستال است.
Pain is defense mechanism and occurs when tissue is damaged. Pain receptors in the skin and tissues are free nerve endings. The pain in the tissues is due to the production of a substance called proaglandin, which is reduced by anti-inflammatory drugs. Eliphara plant is valuable in the food and herbal medicine industry and has a rare medicinal compound called aurantamide. Due to its anti-rheumatic anti-inflammatory effects in the treatment of diseases like arthritis, rheumatism and psoriasis, and by preventing the production of prostaglandins and increasing the production of glutathione, reducing the activity of aspartate aminotransferase, alanine aminotransferase enzyme and reducing the production of TNF-a factor, it reduces side effects. The aim of this study is to investigate the effect of Orantamide drug combination on prostaglandins with molecular docking. PubChem and PDB databases were used to investigate how the drug binds to the active site of the molecule, draw the chemical structure of the drug, energy optimization, binding studies and final analysis. The drug interaction with the receptor was done through different docks using Pyrex, Chimera and Viewer Lite software. The results showed that the desired compound was able to bind the active site of the enzyme and among the software, the best result was obtained from Pirex software. In fact, this compound had the highest level of negative binding energy (-7.5). Therefore, it was shown that the highest affinity for key amino acids is the active site of the enzyme and the site of interaction with the crystal molecule
_||_