راه‌اندازی روش real-time PCR به منظور شناسایی مستقیم حساسیت به کلاریترومایسین در هلیکوباکتر پیلوری
محورهای موضوعی : میکروب شناسی مولکولی
صادق قربانی دالینی
1
,
محمد کارگر
2
,
عباس دوستی
3
,
پژمان عباسی
4
,
نگار صعود
5
1 - دانشگاه آزاد اسلامی، واحد جهرم، باشگاه پژوهشگران جوان
2 - دانشگاه آزاد اسلامی، واحد جهرم، گروه میکروبیولوژی
3 - مرکز تحقیقات بیوتکنولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهرکرد
4 - دانشگاه آزاد اسلامی، واحد جهرم، گروه میکروبیولوژی
5 - دانشگاه آزاد اسلامی، واحد جهرم، باشگاه پژوهشگران جوان
کلید واژه: Real-time PCR, هلیکوباکتر پیلوری, کلاریترومایسین,
چکیده مقاله :
سابقه و هدف: مقاومت هلیکوباکتر پیلوری به کلاریترومایسین تا حد قابل توجهی باعث کاهش اثرات درمانی داروی مذکور گردیده است. هدف از این پژوهش ارزیابی روش مستقیم real-time PCR و مقایسه آن با روش دیسک دیفیوژن برای شناسایی مقاومت به کلاریترومایسین در هلیکوباکتر پیلوری می باشد. مواد و روش‌ها: این پژوهش به‌صورت تجربی برروی 45 نمونه بیوپسی تهیه شده از بیماران دارای اختلالات گوارشی انجام شد. در تمامی نمونه‌های مورد بررسی وجود هلیکوباکتر پیلوری با کشت، RUT و PCR معمولی تایید گردید. همچنین مقاومت به کلاریترومایسین با استفاده از روش CLSI (Clinical and Laboratory Standard Institute) و real-time PCR با استفاده از پروب اختصاصی ناحیه پپتیدیل ترانسفراز ژن 23S rRNA هلیکوباکتر پیلوری انجام شد. یافته‌ها: با استفاده از روش دیسک دیفیوژن، 20 نمونه حساس (44/44%) و 25 نمونه مقاوم (56/55%) به کلاریترومایسین شناسایی گردید. اما با استفاده از روش real-time PCR در 20 نمونه ژنوتیپ مقاوم (44/44%)، 5 نمونه ژنوتیپ مخلوط (11/11%) و در 20 نمونه ژنوتیپ حساس (44/44%) به کلاریترومایسین شناسایی گردید. همچنین نتایج نشان داد که حساسیت این تکنیک برابر 40 باکتری یا 80 کپی از ژن 23S rRNA می باشد. نتیجه گیری: نتایج نشان داد که روش real-time PCR دارای حساسیت و دقت مناسبی برای شناسایی مقاومت به کلاریترومایسین در کمترین زمان ممکن است.
Background and Objectives: The increasing rate of clarithromycin resistance in H. pylori is recognized as a significant contributing factor for treatment failure. The aim of this study was to representing a real-time PCR assay in comparison with disk diffusion method for detection of clarithromycin resistance in H. pylori. Materials and Methods: This Experimental study was performed on 45 H. pylori specimens isolated from gastrointestinal disorders patients. In all samples, presence of H. pylori was confirmed by using culture, rapid urease test and conventional PCR. Also, clarithromycin resistance were assessed by using CLSI (Clinical and Laboratory Standard Institute) protocol and real-time PCR using specific primers and probe for H. pylori peptidylteransferas region of 23S rRNA gene. Results: Disk diffusion method identified 20 (44.44%) samples as susceptible and 25 (55.56%) samples as resistance to clarithromycin. But, real time PCR were identified samples as 20 (44.44%) with susceptible genotype, 5 (11.11%) with mix genotype and 20 (44.44%) as resistance to clarithromycin genotype. Also results showed that sensitivity of this assay was equal to 40 bacteria or 80 copy number of 23S rRNA gene. Conclusion: Results showed that Real-time PCR assay has high accuracy for identifying clarithromycin resistance in short time.
Fast and Accurate Quantitative Detection of Helicobacter pylori and Identification of Clarithromycin Resistance Mutations in H. pylori Isolates from Gastric Biopsy Specimens by Real-Time PCR,Prevalence of A2143G mutation of H. pylori-23S rRNAin Chinese subjects with and without clarithromycin use history,Evaluation of metronidazole resistance Helicobacterpylori strains isolated from Shahrekord,Evaluation of the Novel Helicobacter pylori ClariRes Real-Time PCR Assay for Detection and Clarithromycin Susceptibility Testing of H. pylori in Stool Specimens from Symptomatic Children,Real-Time PCR Assay for Rapid and Accurate Detection of Point Mutations Conferring Resistance to Clarithromycin in Helicobacter pylori,Real-Time PCR Assay Using Allele- Specific TaqMan probe for Detection of Clarithromycin Resistance and Its Point Mutations in Helicobacter Pylori,Role of Helicobacter pylori infection and nonsteroidal anti-inflammatory drugs in peptic-ulcer disease: a meta-analysis,The disease spectrum of Helicobacter pylori: the immunopathogenesis of gastroduodenal ulcer and gastric cancer,PCR-Based Diagnosis of Helicobacter pylori Infection and Real-Time Determination of Clarithromycin Resistance Directly from Human Gastric Biopsy Samples,Novel Real-Time PCR Assay for Detection of Helicobacter pylori Infection and Simultaneous Clarithromycin Susceptibility Testing of Stool and Biopsy Specimens,Rapid Detection of Mutations in the 23S rRNA Gene of Helicobacter pylori That Confers Resistance to Clarithromycin Treatment to the Bacterium,Direct Detection and Identification of Clarithromycin Resistance Point Mutations in Helicobacter pylori Strains Isolated from Biopsy Specimens by Real-Time PCR Assay,Detection of Clarithromycin-Resistant Helicobacter pylori in Stool Samples,Prevalence of A2143G, A2142G and A2142C mutations in producing Helicobacter pylori strains resistance to clarithromycin in Charmahal and Bakhtiari Province