به کارگیری سه روش ERIC-PCR, RAPD-PCR, Rep-PCR در دسته بندی ژنتیکی ایزوله های کمپیلوباکتر ژژونی وکمپیلوباکترکولی جدا شده از گوشت خام مرغ
الموضوعات :
مریم هادیان
1
(گروه میکروبیولوژی، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران)
حسن ممتاز
2
(استاد میکروبیولوژی، گروه میکروبیولوژی، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران)
امیر شاکریان
3
(دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهرکرد)
الکلمات المفتاحية: کمپیلوباکترژژونی, کمپیلوباکترکلی, ERIC-PCR, RAPD-PCR, Rep-PCR,
ملخص المقالة :
سابقه و هدف: کمپیلوباکترها به ویژه دو گونه کمپیلوباکترژژونی و کمپیلوباکترکولی با داشتن سویه‌ها و میزبان‌های مختلف، یکی از مهم‌ترین و شایع‌ترین باکتری‌های بیماری‌زای مشترک بین انسان و دام محسوب می‌شوند. مطالعه حاضر با هدف دسته بندی ژنتیکی ایزوله های های کمپیلوباکترژژونی و کمپیلوباکترکولی جدا شده از گوشت خام مرغ انجام شد. مواد وروش ها: این مطالعه مقطعی بر روی 36 ایزوله کمپیلوباکترژژونی و کمپیلوباکترکولی جداشده از گوشت خام مرغ انجام گرفت. به منظور ژنوتایپینگ ایزوله ها از سه روش ERIC-PCR, RAPD-PCR, Rep-PCR استفاده گردید. یافته ها: 36 ایزوله کمپیلوباکتر جدا شده از گوشت خام مرغ در روش ERIC-PCR در 7 پروفایل، در روش RAPD-PCR در 3 پروفایل و در روشREP-PCR در 3 پروفایل قرار گرفتند. نتیجه گیری: تمام جدایه های مورد بررسی دارای الگوی باندی پلی مورفیک بودندکه سرعت بالایی از پلی مورفیسم در ژنوم کمپیلوباکترژژونی و کمپیلوباکترکولی را نشان می دهد. روش های مورد استفاده در این مطالعه هر کدام ابزارهای قدرتمند در دسته بندی کمپیلوباکترژژونی و کمپیلوباکترکولی می باشد ولی طبق یافته های حاصله، روش ERIC-PCR روش مناسب تری نسبت به روش های دیگر برای تایپینگ ودسته بندی جدایه های کمپیلوباکترژژونی و کمپیلوباکترکولی می باشد .
1. Shakrian A, Rukni N, Sharifzadeh A, Al-Agha S, Talebian R. Campylobacter jejuni as a potential pathogen in the liver of slaughtered poultry and poultry meat supply stores in Shahrekord. Iranian Journal of Food Sciences and Technology. 2014;1(4):43-50 [In Persion].
2. Soto-Beltrá n M, Lee BG, Amézquita-López BA, Quiñones B. Overview of methodologies for the culturing, recovery and detection of Campylobacter. International Journal of Environmental Health Research. 2023 Mar 4;33(3):307-23.
3. Feucherolles M, Nennig M, Becker SL, Martiny D, Losch S, Penny C, Cauchie HM, Ragimbeau C. Investigation of MALDI-TOF mass spectrometry for assessing the molecular diversity of Campylobacter jejuni and comparison with MLST and cgMLST: a luxembourg one-health study. Diagnostics. 2021 Oct 20;11(11):1949.
4. Fung F, Wang HS, Menon S. Food safety in the 21st century. Biomed. J., 41 (2): 88-95.
5. Jo Y, Oh HM, Yoon Y, Lee SY, Ha JH, Kim WI, Kim HY, Han S, Kim SR. Enrichment broth for the detection of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli in fresh produce and poultry. Journal of food protection. 2017 Nov 1;80(11):1842-50.
6. Marotta F, Di Marcantonio L, Janowicz A, Pedonese F, Di Donato G, Ardelean A, Nuvoloni R, Di Giannatale E, Garofolo G. Genotyping and antibiotic resistance traits in Campylobacter jejuni and coli from pigs and wild boars in Italy. Frontiers in cellular and infection microbiology. 2020 Oct 15;10:592512.
7. Marotta F, Garofolo G, Di Marcantonio L, Di Serafino G, Neri D, Romantini R, Sacchini L, Alessiani A, Di Donato G, Nuvoloni R, Janowicz A. Antimicrobial resistance genotypes and phenotypes of Campylobacter jejuni isolated in Italy from humans, birds from wild and urban habitats, and poultry. PloS one. 2019;14(10):e0223804.
8. Shakir ZM, Alhatami AO, Ismail Khudhair Y, Muhsen Abdulwahab H. Antibiotic resistance profile and multiple antibiotic resistance index of Campylobacter species isolated from poultry. Archives of Razi Institute. 2021;76(6):1677-86.
9. Salimi H, Owlia P, Yakhchali B, Rastegar Lari A. Characterization of Pseudomonas aeruginosa in burn patients using PCR– restriction fragment length polymorphism and random amplified polymorphic DNA analysis. Iranian Journal of Medical Sciences. 2010;35(3):236-41.
10. Wolska K, Kot B, Jakubczak A, Rymuza K. BOX-PCR is an adequate tool for typing of clinical Pseudomonas aeruginosa isolates. Folia Histochemica et Cytobiologica. 2011;49(4):734-8.
11. Hadiyan M, Momtaz H, Shakerian A. Prevalence, antimicrobial resistance, virulence gene profile and molecular typing of Campylobacter species isolated from poultry meat samples. Veterinary Medicine and Sciences. 2022;8(6):2482-93.
12. Rahimi E, Momtaz H, Bonyadian M. PCR detection of Campylobacter sp. from turkey carcasses during processing plant in Iran. Food Control. 2010;21(5):692-4.
13. Rahimi E, Momtaz H, Ameri M, Ghasemian-Safaei H, Ali-Kasemi M. Prevalence and antimicrobial resistance of Campylobacter species isolated from chicken carcasses during processing in Iran. Poultry science. 2010;89(5):1015-20.
14. Bardoň J, Pudova V, Koláčková I, Karpíšková R, Röderová M, Kolář M. Virulence and antibiotic resistance genes in Campylobacter spp. in the Czech Republic. Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie: casopis Spolecnosti pro epidemiologii a mikrobiologii Ceske lekarske spolecnosti JE Purkyne. 2017;66(2):59-66.
15. BaniSharif GR, Karimi S, Momtaz H. Determining the pattern of virulence factors and antibiotic resistance in Campylobacter jejuni and Campylobacter coli strains isolated from the liver of meat halves slaughtered in Chaharmahal and Bakhtiari province. New finding in Veterinary Microbiology. 2019;2(1):15-25 [In Persian].
16. Staji H, Birgani SF, Raeisian B. Comparative clustering and genotyping of Campylobacter jejuni strains isolated from broiler and turkey feces by using RAPD-PCR and ERIC-PCR analysis. Annals of microbiology. 2018;68(11):755-62.
17. Yadav R, Yadav J, Gahlot K, Purva M, Deora A, Kumar P, Nathawat P, Rathore NS, Maherchandani S, Kashyap SK. Repetitive extragenic palindromic-PCR (REP-PCR) typing of Campylobacter jejuni isolated from poultry. Veterinary Practitioner. 2017;18(2).160-2.
18. Heras J, Domínguez C, Mata E, Pascual V, Lozano C, Torres C, Zarazaga M. GelJ–a tool for analyzing DNA fingerprint gel images. BMC bioinformatics. 2015;16(1):1-8.
19. Hormeno L, Palomo G, Ugarte-Ruiz M, Porrero MC, Borge C, Vadillo S, Piriz S, Dominguez L, Campos MJ, Quesada A. Identification of the main quinolone resistance determinant in Campylobacter jejuni and Campylobacter coli by MAMA-DEG PCR. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 2016;84(3):236-9.
20. Kovalenko K, Roasto M, Liepinš E, Mäesaar M, Hörman A. High occurrence of Campylobacter spp. in Latvian broiler chicken production. Food control. 2013;29(1):188-91.
21. Banisharif G, Momtaz H. Genotyping of Pseudomonas aeroginusa isolated from hospital infections. Journal of Microbial World. 2016;9(2):96-107 [In Persion].
22. Igwaran A, Okoh AI. Molecular determination of genetic diversity among Campylobacter jejuni and Campylobacter coli isolated from milk, water, and meat samples using enterobacterial Repetitive intergenic consensus PCR (ERIC-PCR). Infection Ecology & Epidemiology. 2020;10(1):1830701.
23. Ammar AM, El-Naenaeey ES, El-Malt RM, El-Gedawy AA, Khalifa E, Elnahriry SS, Abd El-Hamid MI. Prevalence, antimicrobial susceptibility, virulence and genotyping of Campylobacter jejuni with a special reference to the anti-virulence potential of Eugenol and beta-resorcylic acid on some multi-drug resistant isolates in Egypt. Animals. 2020;11(1):3.
24. Zimmer M, Barnhart H, Idris U, Lee MD. Detection of Campylobacter jejuni strains in the water lines of a commercial broiler house and their relationship to the strains that colonized the chickens. Avian diseases. 2003;47(1):101-7.
25. Workman SN, Mathison GE, Lavoie MC. Pet dogs and chicken meat as reservoirs of Campylobacter spp. in Barbados. Journal of clinical microbiology. 2005;43(6):2642-50.
26. Stabler RA, Larsson JT, Al‐Jaberi S, Nielsen EM, Kay E, Tam CC, Higgins CD, Rodrigues LC, Richardson JF, O'Brien SJ, Wren BW. Characterization of water and wildlife strains as a subgroup of C ampylobacter jejuni using DNA microarrays. Environmental microbiology. 2013;15(8):2371-83.
27. Chuma IS, Nonga HE, Mdegela RH, Kazwala RR. Epidemiology and RAPD-PCR typing of thermophilic campylobacters from children under five years and chickens in Morogoro Municipality, Tanzania. BMC infectious diseases. 2016;16:1-1.
28. García-Sánchez L, Melero B, Diez AM, Jaime I, Canepa A, Rovira J. Genotyping, virulence genes and antimicrobial resistance of Campylobacter spp. isolated during two seasonal periods in Spanish poultry farms. Preventive veterinary medicine. 2020;176:104935.
29. Healy M, Huong J, Bittner T, Lising M, Frye S, Raza S, Schrock R, Manry J, Renwick A, Nieto R, Woods C. Microbial DNA typing by automated repetitive-sequence-based PCR. Journal of clinical microbiology. 2005;43(1):199-207.
30. Behringer M, Miller WG, Oyarzabal OA. Typing of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli isolated from live broilers and retail broiler meat by flaA-RFLP, MLST, PFGE and REP-PCR. Journal of microbiological methods. 2011;84(2):194-201.
31. Ghorbanalizadgan M, Bakhshi B, Najar-Peerayeh S. PCR-RFLP provides discrimination for total flaA sequence analysis in clinical Campylobacter jejuni isolates. Japanese Journal of Infectious Diseases. 2016;69(5):373-7.
32. Loeb M. Host genomics in infectious diseases. Infection & chemotherapy. 2013;45(3):253-9.
33. Strakova N, Michova H, Shagieva E, Ovesna P, Karpiskova R, Demnerova K. Genotyping of Campylobacter jejuni and prediction tools of its antimicrobial resistance. Folia Microbiologica. 2023;10:1-3.
