معرفی روش ساده و آسان برای استخراج DNA ژنومی در قارچهای رشتهای
محورهای موضوعی : دو فصلنامه تحقیقات بیماریهای گیاهی
سعید غفوری هرات
1
(دانش آموخته کارشناسی ارشد، گروه بیماری شناسی گیاهی، واحد مرودشت، دانشگاه آزاد اسلامی، مرودشت، ایران.)
طاهره بصیر نیا
2
(استادیار، گروه بیماری شناسی گیاهی، واحد مرودشت، دانشگاه آزاد اسلامی، مرودشت، ایران.)
سید محمد رضا موسوی
3
(استادیار، گروه بیماری شناسی گیاهی، واحد مرودشت، دانشگاه آزاد اسلامی، مرودشت، ایران.)
کلید واژه: گریندر, قارچ های رشته ای, C-TAB, PCR, استخراج DNA, ITS,
چکیده مقاله :
امروزه روشهای مولکولی لازمه انجام بسیاری از تحقیقات میباشد. اساس کار اکثر این آزمایشات و تحقیقات مولکولی بر پایه استخراج DNA میباشد، از این رو انتخاب و کشف روش جدیدی که در عین نتیجه بخش بودن، کم هزینه، ساده، کم خطر و سریع نیز باشد بسیار حائز اهمیت است. تکنیکهای معمولی که در بخش کشاورزی جهت استخراج DNA قارچهای رشتهای مورد استفاده قرار میگیرد شامل C-TAB، فنل کلروفرم و کیتهای آزمایشگاهی استخراج DNA میباشد که هر کدام مزایا و معایب خاص خود را دارند، در این مقاله روشی جهت استخراج DNA از قارچهای رشتهای پادزیست، گندرو و بیماریزای گیاهی معرفی میگردد که تلفیقی از روشهای مذکور به منظور تسهیل و عدم استفاده از ازت مایع و فنل جهت استخراج DNA میباشد که در مورد مخمرها نیز استفاده می شود. این روش، روش خرد کردن با گریندر نام دارد که ایمنتر، کم هزینهتر و سریعتر بوده و DNA حاصله از درجه خلوص نسبتا بالایی برخوردار است. خلوص و کیفیتDNA استخراج شده توسط این روش به کمک اسپکتروفتومتر بررسی گردید و به کمک آغازگرهای اختصاصی و PCR، ناحیهی ITS از DNA ریبوزومی و ژن β-tubulin در DNA استخراج شده، تکثیر گردید. با توجه به نتایج به دست آمده از اسپکتروفتومتر و کیفیت باندهای حاصل از محصول PCR در ژل آگاروز، میتوان این روش را بهعنوان یک روش عملی و مناسب جهت استخراج DNA قارچهای رشته ای بکار برد.
Today, the application of molecular methods is a common and necessary part of many routine researches. DNA extraction is the foundation for most of such research studies. As a result, it is of great significance to discover and select proper techniques that are productive, inexpensive, straightforward, safe and rapid at the same time. Agricultural research and experiments are no exception in this respect. C-TAB, phenol-chloroform and DNA extraction kits are conventional techniques in agriculture for extracting DNA from filamentous fungi. Each of these methods has its advantages and disadvantages. In this study, we have developed a novel, straightforward and effective method to extract the DNA from antagonistic-, saprophytic- and plant pathogenic-filamentous fungi. This method is a composition of the aforementioned techniques and is used to avoid the application of liquid nitrogen and phenol. It is called squish with grinder and is a safer, more affordable and quicker method that results in relatively pure DNAs. The purity of obtained DNA was assessed by spectrophotometry. The ITS region and β-tubuline gene was amplified by PCR. The results of this assessment justify this method as a practical and reliable technique to extract filamentous fungal genomic DNA.
_||_