مقایسه خصوصیات ژنوتیپی سویه های Pseudomonas syringae pv. syringae از میزبان های مختلف با استفاده از rep-PCR
محورهای موضوعی : دو فصلنامه تحقیقات بیماریهای گیاهی
گیلدا نجفی پور
1
(استادیار، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد جهرم، گروه گیاهپزشکی، جهرم، ایران.)
سید محسن تقوی
2
(استاد، بخش گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران)
کلید واژه: ERIC-PCR, ترجیح میزبانی, P. syringae pv. syringae, Rep-PCR,
چکیده مقاله :
Pseudomonas syringae pv. syringae (Pss) با دارا بودن بیش از 180 میزبان، بعنوان یکی از مهمترین بیمارگرهای گیاهی تلقی شده و سالیانه خسارات قابل توجهی را در سراسر دنیا به محصولات مختلف وارد می کند. به منظور بررسی خصوصیات ژنوتیپی باکتری مذکور، 58 جدایه از میزبان های مختلف شامل هسته داران، غلات، دانه داران، برخی علف های هرز و گیاهان زینتی در استان های فارس، کهگیلویه و بویراحمد، چهارمحال و بختیاری و اصفهان با استفاده از آغازگرهای ERIC و REP انتخاب و مورد ارزیابی قرار گرفتند. با استفاده از این آغازگرها قطعاتی با وزن مولکولی bp 250 تا bp1500 تکثیر شد. در آزمون rep-PCR، با استفاده از آغازگر ERIC سویه ها به پنج گروه تقسیم شدند که در این گروه ها ترجیح میزبانی قابل مشاهده نبود. این نتایج نشان می دهد که با استفاده از آغازگر مذکور نمی توان سویه ها را بر اساس میزبان از یکدیگر تفکیک نمود. در آزمون rep-PCR با استفاده از آغازگر REP نیز سویه ها به پنج گروه تقسیم شدند. در این گروه بندی علیرغم پراکندگی سویه های درختان میوه هسته دار در گروه های مختلف، بسیاری از آن ها به همراه سویه های رز، شمعدانی و پنیرک در یک گروه قرار گرفتند. اغلب سویه های غلات و سویه های درختان میوه دانه دار در گروه های جداگانه واقع شدند. این نتایج تا حدودی تأییدی بر وجود مزیت میزبانی در میان سویه های Pss می باشد. در این پژوهش استفاده از آغازگر REP در روش rep-PCR نشان داد که روش مذکور ابزار مولکولی مفیدی به منظور تمایز نسبی سویه های مختلف باکتری Pss میباشد. آنالیز خوشه ای روش سه گانه rep-PCR با استفاده از داده های قبلی حاصل از انجام BOX-PCR و دادههای حاصل از انجام ERIC-PCR و REP-PCR درمطالعه حاضر، نشان داد که آنالیز ترکیبی این سه روش توانایی بیشتری در نمایش ترجیح میزبانی نسبی در میان سویه های مختلف Pss دارد.
Pseudomonas syringae pv. syringae (Pss) is one of the most important pathogens, which infects over than 180 hosts and annually causes significant loss in various plants throughout the world. To investigate the genetic features of the bacterium, 58 isolates from different hosts including pome fruits, grains, stone fruits, some weeds and ornamental plants in Fars, Kohgiluyeh and Boyer Ahmad, Char Mahal-o-Bakhtiari and Isfahan provinces, were selected and evaluated, by ERIC and REP primers. Using these primers, 250-1500 bp DNA fragments were amplified. Analysis of ERIC-PCR fingerprint showed that five clusters exist within Pss strains, but any host preferences, were not visible. This result showed that using ERIC-PCR, we cannot differentiate various isolates of Pss from different hosts. In REP-PCR analysis Pss strains used in this study were divided into the five clusters. Although these isolates were distributed in several clusters, some host specialization could be seen in this heterogenous pathovar. Thus it seems that REP primer is a suitable molecular tool for discrimination of Pss strains which are isolated from different hosts. Cluster analysis of rep-PCR demonstrated that this method is reliable for showing host preference within Pss strains.
_||_