روند ارزیابی و پذیرش مقالات در نشریه "آاکوسیستم های طبیعی ایران" به شرح زیر است
1- بررسی اولیه مقاله توسط اعضای هیات تحریریه و سردبیر
2- ارسال مقاله جهت ارزیابی به 2داور در صورت تائید محتوا
3- ارسال جواب داوران به نویسنده جهت انجام اصلاحات مورد نظر داوران در متن مقاله و نامه پاسخ به سوالات در صورت لزوم
4- ارسال نسخه اصلاح شده به داور تطبیق کننده
5- در صورت تایید مقاله توسط داور تطبیق، طرح مقاله در جلسه اعضای هیات تحریریه جهت تایید نهایی
6- ارسال نامه پذیرش برای نویسنده مسئول در صورت پذیرش مقاله توسط اعضای هیات تحریه و تعیین نوبت چاپ مقاله
7- چاپ مقاله در زمان مقرر
8- در صورت عدم تایید مقاله توسط داور تطبیق، ارسال مجدد به نگارنده مسئول جهت اصلاحات تکمیلی و تکرار مراحل 5 و 6 و 7