ژنوتاپینگ سویه های هلیکو باکترپیلوری جدا شده از نمونه های بیوپسی در شهرستان شهرکرد به روش RAPD PCR
محورهای موضوعی : میکروبیولوژیحسین آقاجانی 1 * , حسین خدابنده شهرکی 2
1 - گروه میکروبیولوژی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهرکرد، شهرکرد، ایران
2 -
کلید واژه: بیوپسی, ژنوتایپینگ, هلیکوباکتر پیلوری, RAPD-PCR,
چکیده مقاله :
هلیکوباکتر پیلوری از عوامل مهم بیماریهای گوارشی میباشد. از آنجا که تنوع ژنتیکی درون جمعیت هلیکوباکتر پیلوری به میزان زیاد رخ میدهد، با روشهایی مانند RAPD-PCR رابطه ی احتمالی بین ژنوتیپهای ویژه ی هلیکوباکتر پیلوری و بیماریهای مختلف معده را تعیین کرد. در این تحقیق الگوی ژنتیکی سویه های هلیکوباکتر پیلوری جدا شده از بیماران مختلف دچار سو هاضمه با روش RAPD-PCR بررسی شدند. طی این مطالعه نمونه های بیوبسی 40 بیمار شامل 20 بیمار طبیعی، 16 بیمار دچار زخم و 4 بیمار دچار سرطان، با استفاده از کیت استخراج DNA ساخت شرکت سیناژن، استخراج DNA آنها صورت گرفت و در حضور پرایمر 16srRNA تشخیص قطعی سویه ها انجام شد و ژنوتایپینگ سویه ها به روش RAPD-PCR صورت گرفت. در این تحقیق پس از انجام آزمون PCR به منظور تشخیص قطعی هلیکوباکتر پیلوری تمامی نمونه ها با داشتن باند 109 جفت بازی مثبت تشخیص داده شدند. در دندروگرام بهدست آمده در آزمون RAPD-PCR در 40 سویه هلیکوباکتر پیلوری مورد بررسی در نمونه های بیوپسی بهطور کلی قرابتی بین 54 تا 98 درصد در میان جدایهها مشهود است. تمامی جدایهها در 9 خوشه اصلی از یکدیگر متمایز شدند. در ضریب تشابه 80 درصد مجموعاً 30 پروفایل شامل 9 خوشه و 21 نقطه جداگانه شناسایی شد. در بررسی قطعات DNA الکتروفورتیک اشکال زیر مشاهده گردید که نتایج بهدست آمده از نظر ژنتیکی متنوع و ناهمگن است. نتایج به دست آمده بر روی 20 سویه جدا شده از بیماران طبیعی نشان داد که هر یک از سویه ها الگوی انگشت نگاری ژنتیکی مخصوص به خود را دارند.
Helicobacter pylori is an important cause of gastrointestinal diseases. Since genetic diversity within the Helicobacter pylori population occurs in large quantities, methods such as RAPD-PCR were used to determine the possible relationship between specific Helicobacter pylori genotypes and various gastric diseases. In this study, the genetic pattern of Helicobacter pylori strains isolated from different patients with dyspepsia was investigated by RAPD-PCR.
During this study, biopsy samples from 40 patients, including 20 normal patients, 16 ulcer patients, and 4 cancer patients, were extracted using a DNA extraction kit manufactured by Cinagene Company, and the strains were identified in the presence of 16srRNA primers.
In this study, after performing the determined in the presence of specific primers and the strains were genotyping was performed by RAPD-PCR. PCR test for the definitive diagnosis of Helicobacter pylori, all samples were detected positive with a band of 109 base pairs. The vacA gene was detected in 30 samples (70%) and the cagA gene in 2 samples. In the dendrogram obtained in the RAPD-PCR test in 40 Helicobacter pylori strains examined in biopsy samples, a general affinity between 54 and 98% among the isolates is evident. All isolates were distinguished from each other in 9 main clusters. At a similarity coefficient of 80%, a total of 30 profiles including 9 clusters and 21 separate points were identified.
In the examination of electrophoretic DNA fragments, the following patterns were observed, indicating that the results obtained are genetically diverse and heterogeneous. The results obtained on 20 strains isolated from normal patients showed that each of the strains has its own genetic fingerprint pattern.
1. Israel DA, Salama N, Arnold CN, Moss SF, Ando T, Wirth HP, Tham KT, Camorlinga M, Blaser MJ, Falkow S, Peek RM Jr. Helicobacter pylori strain-specific differences in genetic content, identified by microarray, influence host inflammatory responses. J Clin Invest 2001; 107: 611-620
2. Yakoob J, Hu GL, Fan XG, Yang HX, Liu SH, Tan DM, Li TG, Zhang Z. Diversity of Helicobacter pylori among Chinese persons with H pylori infection. APMIS 2000; 108: 482-486.
3. Israel DA, Salama N, Krishna U, Rieger UM, Atherton JC, Falkow S, Peek RM Jr. Helicobacter pylori genetic diversity within the gastric niche of a single human host. Roc Natl Acad Sci USA. 2001; 98: 14625-14630.
4. Jafari F, Shokrzadeh L, Dabiri H, Baghaei K, Yamaoka Y, Zojaji H, Molaei M, Zali MR. vacA genotypes of Helicobacter pylori in relationship to cagA status and clinical outcomes. Jpn J Infect Dis. 61(7): 2008; 290-293
5. Mohammadi M, Oghalaei A, Mohajerani N,Masserat S, Nasiri M, Colding H, Anderson LP. Prevalance of Helicobacter pylori vaculating cytotoxin and its allelic musaism as a predictive marker for Iranian dyspeptic patients. Bull Soc Pathol Exot. 2003; 96 (1): 31-38.
6. Kabir S. Detection of Helicobacter pylori DNA in feces and saliva by polymerase chain reaction: areview. Helicobacter. 2004; 9 (7):115–23.
7. Konno M, Fujii N, Yokota S, Sato K, Takahashi M, Sato K et al. Five-year follow up study of mother-to-child transmission of Helicobacter pylori infection detected by a random amplified polymorphic DNA fingerprinting method. J Clin Microbiol. 2005; 43(5)2246–2250
8. Akopyanz N, Bukanov NO, Westblom TU et al. DNA diversity among clinical isolates of Helicobacter pylori detected by PCR-based RAPD fingerprinting. Nucleic Acids Res. 1992; 20: 5137-42
9. Mansour-Ghanaei F, Yousefi M, Joukar F. Prevalence of Helicobacter pylori infection among children in Rasht, Northern Iran.Mid East j dig dis. 2009;1(2): 84-88.
10. Govorun VM, Lokhov PG, Moshkovskii SA, Momynaliev KT, Selesnyova OV, Kudryavtseva LV et al. Comparative analysis of different typing methods for Helicobacter pylori clinical isolates. Biochemistry. 2004; 69(5):536-4111.
11. Zhou L, Sung JJ, Lin S. A five-year follow-up study on the pathological changes of gastric mucosa after H. pylori eradication. Chin Med J. 2003; 116: 11-4.
12. Welsh J, McClelland M. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers. Nucleic Acids Res. 1990; 24: 7213-7218.
13. Kidd M, Atherton JC, Lastovica AJ et al. Clustering of South African Helicobacter pylori isolates from peptic ulcer disease patients is demonstrated by repetitive extragenic palindromic-PCR Kid fingerprinting. J Clin Microbiol. 2001; 39: 1833-1839.