Genotyping

دسترسی آزاد مقاله

1 - دسته‌بندی ژنتیکی ایزوله‌های استافیلوکوکوس اورئوس جدا شده از گوشت مرغ بر پایه ژن Spa
حسن ممتاز پریسا حیدری

هدف: استافیلوکوکوس اورئوس یکی از شایع‌ترین عوامل مسمومیت غذایی در انسان می‌‌باشد. روش‌‌های مختلفی از جمله ژنوتایپینگ بر اساس پروتئین A (Spa typing) و روش‌‌های مبتنی بر PCR جهت دسته بندی ژنتیکی این باکتری به کار رفته است. در مطالعه حاضر از ردیابی ژن Spa جهت ژنوتایپینگ ای چکیده کامل

هدف: استافیلوکوکوس اورئوس یکی از شایع‌ترین عوامل مسمومیت غذایی در انسان می‌‌باشد. روش‌‌های مختلفی از جمله ژنوتایپینگ بر اساس پروتئین A (Spa typing) و روش‌‌های مبتنی بر PCR جهت دسته بندی ژنتیکی این باکتری به کار رفته است. در مطالعه حاضر از ردیابی ژن Spa جهت ژنوتایپینگ ایزوله‌‌های استافیلوکوکوس اورئوس استفاده شد.مواد و روش‌ها: تعداد 100 نمونه گوشت خام مرغ از مراکز عرضه‌کننده گوشت مرغ در سطح بازار استان چهارمحال و بختیاری، اخذ شد. نمونه‌ها جهت جستجوی باکتری استافیلوکوکوس اورئوس به روش کشت میکروبی و مولکولی آزمایش و حضور ژن Spa در ایزوله‌های جدا شده به روش PCR و هضم آنزیمی جستجو شد.نتایج: از مجموع 23 ایزوله استافیلوکوکوس اورئوس مورد مطالعه، تعداد 6 ایزوله فاقد ژن Spa بودند. در بقیه ایزوله‌ها، قطعه‌ای با اندازه حدوداً 1100 تا 1500 جفت بازی ردیابی شد که بر اساس قطعه ژنی ردیابی شده، 17 ایزوله واجد ژن Spa در چهار ژنوتیپ I تا IV تقسیم‌بندی شدند؛ به طوری که 9 ایزوله در ژنوتیپ SpaI، 3 ایزوله در ژنوتیپ II Spa، 3 ایزوله در ژنوتیپ SpaIIIو 2 ایزوله در ژنوتیپ Spa IV قرار گرفتند.نتیجه‌گیری: وجود تنوع ژنومی بالا در این ایزوله‌ها نشانگر انتقال متقاطع آلودگی بوده و بنابراین، می‌‌توان با اجرای استانداردهای کنترل کیفیت و امنیت مواد غذایی در حین فرآیند تولید از حضور و رشد این باکتری در مواد غذایی جلوگیری کرد. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

2 - بررسی پلی مورفیسم ورود قطعه 96-bp در بخش تنظیمی ژن CYP2E1 در بیماران سرطانی و مقایسه آن با افراد سالم در شهرستان کاشان
حسن احترام محبوبه اصغری فهیمه باغبانی آرانی

10.30495/zisti.2023.1989897.1166

مقدمه: سیتوکروم P450 2E1 (CYP2E1) در مسیر متابولیزه کردن تعداد زیادی از مواد سرطان زا در بدن نقش ایفا می کند و نشان داده شده است که پلی مورفیسم های عملکردی این ژن با ریسک ابتلا به سرطان مرتبط می باشد. هدف: در این پژوهش ارتباط پلی مورفیسم ورود قطعه 96 نوکلئوتیدی به ناحیه چکیده کامل

مقدمه: سیتوکروم P450 2E1 (CYP2E1) در مسیر متابولیزه کردن تعداد زیادی از مواد سرطان زا در بدن نقش ایفا می کند و نشان داده شده است که پلی مورفیسم های عملکردی این ژن با ریسک ابتلا به سرطان مرتبط می باشد. هدف: در این پژوهش ارتباط پلی مورفیسم ورود قطعه 96 نوکلئوتیدی به ناحیه پروموتر این ژن با ریسک ابتلا به سرطان در جمعیت شهرستان کاشان بررسی گردید.مواد و روش ها: این مطالعه روی 101 نمونه بیمار مبتلا به چهار نوع سرطان ریه، پستان، معده و کلورکتال و 131 فرد سالم که فاقد علایم سرطان و سابقه ابتلا به این بیماری بودند، به عنوان کنترل انجام پذیرفت. پس از استخراج DNA از نمونه خون بیماران تعیین ژنوتایپ پلی مورفیسم CYP2E1 96-bp insertion با روش ملکولی PCR انجام پذیرفت.نتایج: طبق یافته های بدست آمده، فراوانی ژنوتیپ هموزیگوت i/i در افراد بیمار 66.3% (67 نفر) ، هتروزیگوت I/i 14.9% (نفر15) و هموزیگوت I/I 18.8% (19 نفر) بود. در مقایسه مجموع ژنوتیپ های دارای آلل I ( II/Ii) در لوکوس CYP2E1 در دو گروه بیمار و سالم اختلاف معنی داری دارند (p value:0/011). همچنین مطالعه حاضر نشان داد که بین استعمال سیگار و ابتلا به سرطان ارتباط معنی داری وجود دارد(p value:0/004). در این مطالعه فراوانی آللی I در جمعیت نرمال 16.4% و فراوانی آلل i 85.6% بود. نتیجه گیری: در مجموع مطالعه حاضر برای اولین بار اطلاعاتی پیرامون پلی مورفیسم96-bp insertion در ژن CYP2E1 در جمعیت ایرانی فراهم می کند. مطالعات ملکولی بر روی این آنزیم به بررسی های اپیدمیولوژیک بیشتر در جمعیت های مختلف کمک می کند. و اطلاعاتی پیرامون جهش های عملکردی در ژن هایی که باعث تغییر پاسخ فرد به درمان می شود و یا مار کر های حساسیت به شرایط کلینیکی مختلف و ریسک فاکتور های ابتلا به سرطان که با سبک زندگی افراد مرتبط است، فراهم می کند. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

3 - ژنوتایپینگ سوش‌های هلیکوباکتر پیلوری جدا شده از شیر خام و فرآورده‌های لبنی
سولماز موسوی فرهاد صفرپور دهکردی یوسف ولی زاده

تا کنون راه‌های اتتقال و جنبه‌های اپیدمیولوژیکی هلیکوباکتر پیلوری به خوبی شناسایی نشده است. نقش آب و موادغذایی در انتقال هلیکوباکتر پیلوری به انسان محتمل است. مطالعه حاضر به منظور ژنوتایپینگ سوش‌های هلیکوباکتر پیلوری جدا شده از نمونه‌های شیر خام و فراورده‌های لبنی جمع آ چکیده کامل

تا کنون راه‌های اتتقال و جنبه‌های اپیدمیولوژیکی هلیکوباکتر پیلوری به خوبی شناسایی نشده است. نقش آب و موادغذایی در انتقال هلیکوباکتر پیلوری به انسان محتمل است. مطالعه حاضر به منظور ژنوتایپینگ سوش‌های هلیکوباکتر پیلوری جدا شده از نمونه‌های شیر خام و فراورده‌های لبنی جمع آوری شده از استان اصفهان انجام پذیرفت. در کل 250 نمونه شیر و فراورده‌های لبنی جمع آوری و به آزمایشگاه انتقال داده شد. استخراج DNA انجام و ردیابی ژن 16S rRNA هلیکوباکتر پیلوری با استفاده از آزمون PCR انجام پذیرفت. نمونه‌های مثبت از نظر حضور ژنوتیپ‌های VacA و CagA مورد ارزیابی قرار گرفتند. از کل 250 نمونه شیر و فراورده‌های لبنی، 37 نمونه (8/14 درصد) آلوده به هلیکوباکتر پیلوری بودند. شیر گوسفند بیشترین (25 درصد) و پنیر سنتی (2 درصد) کمترین میزان آلودگی را داشتند. اختلاف معنادار آماری (p <0.05) بین نوع نمونه و میزان شیوع هلیکوباکتر پیلوری دیده شد. VacA s1a (02/27 درصد)، VacA m1a (32/24 درصد) و CagA(62/21 درصد) فراوان‌ترین ژنوتیپ‌های ردیابی شده بودند. ژنوتیپ‌های s1am1a (21/16 درصد) و s1am2 (40/5 درصد) بیشترین فراورانی را در بین ژنوتیپ‌های ترکیبی داشتند. تشابه ژنوتیپی سوش‌های هلیکوباکتر پیلوری نمونه‌های مختلف نشانگر یکسان بودن منبع آلودگی آنهاست. تشابه الگوی ژنوتیپی مطالعه ما و مطالعات انجام پذیرفته روی نمونه‌ها بالینی انسان نشان دهنده انتقال سوش‌های هلیکوباکتر پیلوری از کارکنان آلوده مراکز شیردوشی و فروش شیر و فراورده‌های لبنی به نمونه هاست. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

4 - شیوع و ژنوتایپینگ سویه‌های هلیکوباکتر پیلوری جدا شده از نمونه‌های شیر خام
سید محمدحسین حجت محمدحسین مرحمتی زاده

10.30495/jfm.2022.1953544.1768

با وجود اهمیت بالای هلیکوباکتر پیلوری، هنوز منشا اصلی باکتری و راه های انتقال آن به جوامع بشری مشخص نشده است. مطالعه حاضر به منظور ارزیابی شیوع و ژنوتایپینگ ایزوله های هلیکوباکتر پیلوری جدا شده از نمونه های شیر خام انجام پذیرفت. در کل 180 نمونه شیر خام گاو، گوسفند و بز چکیده کامل

با وجود اهمیت بالای هلیکوباکتر پیلوری، هنوز منشا اصلی باکتری و راه های انتقال آن به جوامع بشری مشخص نشده است. مطالعه حاضر به منظور ارزیابی شیوع و ژنوتایپینگ ایزوله های هلیکوباکتر پیلوری جدا شده از نمونه های شیر خام انجام پذیرفت. در کل 180 نمونه شیر خام گاو، گوسفند و بز از استان فارس به صورت تصادفی جمع آوری شد. حضور هلیکوباکتر پیلورری در نمونه های شیر خام با استفاده از کشت میکروبی بررسی شد. DNA ژنومی از جدایه های هلیکوباکتر پیلوری استخراج و فراوانی انواع ژنوتیپ های VacA، CagA، IceA و OipA با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز، ارزیابی شد. در کل 53 نمونه از 180 (44/29 درصد) نمونه شیر خام آلوده به هلیکوباکتر پیلوری بودند. شیوع آلودگی در نمونه های شیر خام گاو، گوسفند و بز به ترتیب 20، 33/38 و 30 درصد بود. VacA s1a (71/69 درصد)، m1a (92/67 درصد)، s2 (26/62 درصد) و m2 (49/58 درصد) و cagA (94/50 درصد) فراوان ترین ژنوتیپ های ردیابی شده بودند. نادرترین ژنوتیپ های ردیابی شده به ترتیب VacA s1c (54/7 درصد)، s1b (98/16 درصد) و m1b (86/18 درصد) و iceA2 (54/7 درصد) بودند. S1am1a (62/39 درصد)، s2m1a (07/32 درصد)، s1am2 (30/28 درصد) و s2m2 (41/26 درصد) فراوان ترین ژنوتیپ های ترکیبی ردیابی شده بودند. شیر خام و خصوصا شیر خام گوسفند به عنوان حاملی برای انتقال سویه های حدت دار هلیکوباکتر پیلوری در نظر گرفته شد. تشابه در الگوی ژنوتایپینگ جدایه ها احتمالا نشان دهنده مشابهت در منبع آلودگی نمونه ها به هلیکوباکتر پیلوری است. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

5 - RFLP Analysis of Beta‐Lactoglobulin Gene in Swamp and Murrah Buffaloes Using a Single Restriction Enzyme
W. Nualchuen K. Srisakwattana S. Chethasing K. Tasripoo S. Usawang R. Hengtrakulsin M. Kamonpatana

An attempt has been made to analyze the distribution of the beta-lactoglobulin genotype in swamp buffaloes and Murrah buffaloes utilizing polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism(PCR-RFLP). Blood samples were taken from 50 swamp buffaloes and 5 چکیده کامل

An attempt has been made to analyze the distribution of the beta-lactoglobulin genotype in swamp buffaloes and Murrah buffaloes utilizing polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism(PCR-RFLP). Blood samples were taken from 50 swamp buffaloes and 50 Murrah buffaloes. The DNA was extracted by the phenol-chloroform method. The PCR-RFLP was performed using beta-lactoglobulin gene primers and a single restriction enzyme, Hae III. The enzyme digested products were separated by electrophoresis on 2.5%agarose gel. All the 100 DNA samples of swamp and Murrah buffaloes resulted in 398 bp product on amplifying beta-lactoglobulin gene. Those PCR products (398 bp fragment) were digested with Hae III produced only one type of restriction pattern yielding five fragments of 113, 99, 89, 73 and 24 bp. One hundred DNA samples of swamp and Murrah buffalo were examined in this study and revealed no polymorphism at the beta-lactoglobulin gene locus. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

6 - Phenotypes, Performance, and Insulin Gene (<i>INS</i>) Single Nucleotide Polymorphism (SNP) C1549T Genotyping of Indonesian Meat-Type Chicken Breed
D.N. Arini M.D. Pratama G.I. Firmansyah I.W.S. Mahardhika A.B.I. Perdamaian B.S. Daryono

Pelung chicken, as one of the Indonesian indigenous chicken breeds, is known for its distinct characteristics. Pelung chicken has been an object of selective breeding programs due to its slow-growing performance, particularly in live weight gain. Through selective breed چکیده کامل

Pelung chicken, as one of the Indonesian indigenous chicken breeds, is known for its distinct characteristics. Pelung chicken has been an object of selective breeding programs due to its slow-growing performance, particularly in live weight gain. Through selective breeding, the backcross and its reciprocal generations have been produced. This study was aimed to identify the phenotypes, performance in live weight gain, and insulin gene (INS) single-nucleotide polymorphism (SNP) C1549T genotyping. The phenotypes consisted of morphometrics and morphological traits. The tetra-primeramplificationrefractory mutation system polymerase chain reaction (T-ARMS-PCR) method was used to detect the SNP C1549T of the INS gene. The live weight gain of reciprocal backcross (RBC1) outperformed the first backcross (BC1) chickens. Morphometrics and morphological traits of BC1 and RBC1 indicated a directional selection effect towards pelung chicken. The transition mutation of SNP C1549T was only detected in RBC1 chickens as CT genotype (44.44%) and TT genotype (55.56%). The presence of SNP C1549T might have a significant association with the live weight gain of RBC1. T-ARMS-PCR method is suitable for the rapid detection of single nucleotide polymorphisms. Additional studies are required to confirm the association of INS gene polymorphism and live weight gain with a larger population size. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

7 - تنوع ژنوتیپی سویه های مقاوم مایکوباکتریوم توبرکلوزیس جداشده از بیماران مسلول مرکز آذربایجان شرقی با روش MIRU-VNTR
علی آفاقی قراملکی سیدرضا مؤدب مجتبی داربویی خلیل انصارین شهرام حنیفیان

سابقه و هدف: بیماری سل به دلیل گسترش مقاومت، به یکی از جدی ترین بیماری ها تبدیل شده است. مطالعات اپیدمیولوژی مولکولی سل با تعیین تنوع ژنتیکی سویه های مورد گردش در جوامع به منظور برنامه های کنترلی این بیماری اهمیت دارد. این مطالعه با هدف بررسی اپیدمیولوژی مولکولی سل مقاو چکیده کامل

سابقه و هدف: بیماری سل به دلیل گسترش مقاومت، به یکی از جدی ترین بیماری ها تبدیل شده است. مطالعات اپیدمیولوژی مولکولی سل با تعیین تنوع ژنتیکی سویه های مورد گردش در جوامع به منظور برنامه های کنترلی این بیماری اهمیت دارد. این مطالعه با هدف بررسی اپیدمیولوژی مولکولی سل مقاوم به دارو در بین بیماران دو کشور ایران و جمهوری آذربایجان انجام گرفت.مواد و روش ها: جدایه های حاصل از بیماران مسلول شهر تبریز و کشور جمهوری آذربایجان به مدت یک سال مورد بررسی قرار گرفتند. تمامی جدایه ها با روش های بیوشیمیایی به عنوان مجموعه مایکوباکتریوم توبرکلوزیس تشخیص داده شدند و با روش نسبی برای داروهای ایزونیازید، ریفامپسین، استرپتومایسین و اتامبوتول تعیین حساسیت شدند. پس از استخراج DNA، لوکوس های MIRU تکثیر شدند و تعداد تکرارهایشان در مقایسه با سویه استاندارد H37Rv تعیین گردید. تعیین ژنوتیپ بر اساس الگوی تعداد تکرارهای مجموعه لوکوس های 15 گانه مورد مطالعه، با استفاده از سایت مرجع MIRU-VNTRplus انجام گرفت.یافته ها: از مجموع 119 جدایه مورد بررسی، مقاومت حداقل به یک دارو و مقاومت چند دارویی (MDR) به ترتیب در 27.73 و 6.72 درصد موارد شناسایی شد. همچنین خانواده های ژنوتیپی شناخته شده شامل Uganda I ،Uganda II ، LAM ، TUR ، Delhi/CAS ، Bovis ، Beijing ، NEW-1 و Cameron بودند.نتیجه گیری: نتایج نشان داد که میزان و الگوی مقاومت دارویی و نیز خانوادههای ژنوتیپی در بین مردم تبریز و کشور آذربایجان تفاوت دارند، اما این شاخص ها برای جمهوری آذربایجان نسبت به تبریز متنوع تربودند. پرونده مقاله

فهرست مقالات Genotyping

سکوی نشر دانش

پیوندهای سایت

مراکز مرتبط

پشتیبانی

صفحات رسمی