ژنوتایپینگ ایزوله¬های سالمونلا انتریتیدیس جدا شده از مواد غذایی به روش RAPD-PCR
محورهای موضوعی : میکروبیولوژیفاطمه پارسا 1 , منوچهر مومنی شهرکی 2 , فاطمه خداوردی پور 3
1 - گروه زیست شناسی، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران
2 - مرکز تحقیقات تغذیه و محصولات ارگانیک، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران
3 - مرکز تحقیقات تغذیه و محصولات ارگانیک، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران.
کلید واژه: سالمونلا انتریتیدیس, ژنوتایپینگ, مواد غدایی, RAPD-PCR,
چکیده مقاله :
سالمونلوز بیماری مشترک در انسان و حیوانات است. یکی از سرووارهای مهم از لحاظ بیماری‌زایی در انسان، دام و طیور، سالمونلا انتریتیدیس است که عامل رایج بیماری‌های منتقله از طریق غذا نیز میباشند. روشهای تایپینگ مولکولی نظیر RAPD-PCR الگوهای متفاوت برای تمایز گونههای سالمونلا ایجاد میکنند. هدف از این مطالعه تفریق و تمایز و تعیین قرابت بین جدایههای سالمونلا انتریتیدیس به وسیله روش RAPD-PCR بود. در سال1397 در مجموع 350 نمونه ماده غدایی شامل گوشت قرمز و مرغ، سبزی خوردن، سالاد ماکارانی و سالاد الویه از مراکز تولید و اغذیه فروشی‌های شهرستان شهرکرد جمع آوری گردید و در کوتاه‌ترین زمان ممکن و در شرایط استریل به آزمایشگاه میکربیولوژی دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهرکرد منتقل گردید. پس از جداسازی و تایید تشخیص به روش PCR جهت ژنوتایپینگ ایزولههای سالمونلا انتریتیدیس بهروش RAPD-PCR از پرایمر P1254 با توالی CCGCAGCCAA استفاده شد. تعداد 30 ایزوله سالمونلا انتریتیدیس جداسازی گردید. در سطح تشابه 76 درصد ایزولههای مورد مطالعه دارای 21 زیرگروه بودند که خود نشانگر تنوع ژنتیکی بالا در بین ایزولههای مورد مطالعه است
Salmonellosis is a common disease in humans and animals. One of the most important pathogens in humans, livestock and poultry is Salmonella enteritidis, a common cause of foodborne diseases. Conventional culture, biochemical and serological methods have shown little value for molecular analysis and subtraction, but molecular typing techniques such as RAPD-PCR provide different patterns for differentiating Salmonella species. The purpose of this study was to differentiate and distinguish between isolates of Salmonella enteritidis by RAPD-PCR. In 2018, 350 samples of red meat and chicken, vegetable, salad dressing and salad dressing were collected from Shahrekord's food and grocery centers. In the shortest possible time and in sterile conditions, the microbiology laboratory of Shahrekord Islamic Azad University It was transmitted. PCR isolation and confirmation were used to genotype isolates of Salmonella enteritidis using RDPD-PCR primer P1254 CCGCAGCCAA primer. 28 isolates of Salmonella enteritidis were isolated. At the level of similarity, 52% of the isolates studied had 17 subtypes with a similarity level of 76%. The number of subgroups was 24 subgroups, and the number of subgroups increased 95% to 15 subgroups, indicating a high genetic diversity among the isolates studied. In this way, 30 isolates are studied in 24 profiles
1. Rasschaert G, Houf K, Imberechts H, Grijspeerdt K, DeZutter L, Heyndrickx M. Comparison of five repetitive sequence-based PCR typing methods for molecular discrimination of Salmonella enterica isolates. J Clin Microbiol .2005; 43:3615–3623.
2. Crump JA, Luby SP, Mintz ED. The global burden of typhoid fever. Bull World Health Organ. 2004; 82: 346–353.
3. Johnson JR, Clabots C, Azar M. Molecular analysis of hospital cafeteria- associated salmonellosis outbreak usingmodified repetitive lement PCR fingerprinting. J Microbiol. 2001; 39 (10):3452–3460.
4. Karns JS, Van Kessel JS, McCluskey BJ and Perdue M.L. Prevalence of Salmonella enterica in Bulk Tank Milk from US Dairies as Determined by Polymerase Chain Reaction. J Dairy Sci. 2005; 88: 3475–3479.
5. Lampel KA, Keasler SP, Hanes DE. Specific detection of Salmonella enterica serotype Enteritidis using the polymerase chain reaction. Epidemiol Infect. 1996; 116: 137-145.
6. Albufera U, Bhugaloo-Vial P, Issack M, Jaufeerally-Fakim Y. Molecular characterization of Salmonella isolates by REP-PCR and RAPD analysis. Infect. Genet Evol. 2009; 9 (3):322-327.
7. Sangari P, Amini K, Moradli GH, Evaluation of genetic diversity of Salmonella enterica serovar enteritidis isolated from human and animals samples by eric-pcr. J Urmia Univ Med Sci. 2016; 27 (5): PP. 411- 418.
8. Ogunremi D, Kelly H, Dupras AA, Belanger S, Devenish J. Development of a new molecular subtyping tool for Salmonella enterica serovar Enteritidis based on single nucleotide polymorphism genotyping using PCR. J Clin Microbiol. 2014; 52(12):4275-4285.
9. رنجبر ر، ناغونی ع. مقاومت پادزیستی مرتبط با اینتگرون کلاس 1 درایزوله های بالينی سالمونلا انتریکا. مجله میکروب شناسی پزشکی ایران. 1392: 7 (4): 23-16.
10. Saxena MK, Singh VP, Lakhcharua BD, Sharma B. Strain differentiation of Indian isolates of Salmonella by ERIC-PCR. J Res Vet Sci. 2002; 73:313- 314.
11. Madalena VP, Mario G, Rogerio T, Concelicao M. Evaluation of PCR-based fingerprinting comparatively to the RFLP-PFGE for discrimination of Salmonella sp. Isolated from slaughtered pork polymerase chain reaction identification of Salmonella serotypes. J Food Drug Analys. 2008; 16: 88-95.
12. Gong J, Zhang J, Xu M, Zhu C, Yu Y, Liu X. Prevalence and fimbrial genotype distribution of poultry Salmonella isolates in China (2006 to 2012). Appl Environment Microbiol. 2014; 80(2):687-693.
13. Chang YC, Scaria J, Ibraham M, Doiphode S, Chang YF, Sultan A. Distribution and factors associated with Salmonella enterica genotypes in a diverse population of humans and animals in Qatar using multi-locus sequence typing (MLST). J Infect Public Health. 2016; 9(3):315-323.
14. Kang MS, Lee D.Y, Jeong OM, Choi BK. Public health significance of major genotypes of Salmonella enterica serovar Enteritidis present in both human and chicken isolates in Korea. Res Vet Sci. 2017; 112125-112131.
15. Moghadam A, Nazarian S. Molecular Typing Isolates of Salmonella Enterica Serovar Infantis Using Eric-PCR Method. Iran South Med J. 2017; 20 (5):426-436.
16. Geranmayeh A, Hoseini F, Rafiei Tabatabaei R. Comparison of Genomic Polymorphisms and Genetic Relation of Clinical Salmonella Enterica Serovar Typhimurium Isolates in Kerman Province by ERIC-PCR and Box-PCR Methods. SSU-Journals. 2017; 25(7): 564-571.
17. Oliveira SD, Bessa MC, Santos LR, Cardoso MR, Brandelli AC, Canal CW. Phenotypic and genotypic characterization of Salmonella enteritidis isolates. Braz J Microbiol. 2007; 38:720-728.
18. Nath G, Maurya P, Gulati AK. ERIC PCR and RAPD based fingerprinting of Salmonella Typhi strains isolated over a period of two decades. Infection, genetics and evolution. 2010; 10(4): 530-536.
19. Mezal EH, Sabol A, Khan MA, Ali N. Stefanova R. Khan AA. Isolation and molecular characterization of Salmonella enterica serovar Enteritidis from poultry house and clinical samples during 2010. Food Microbiol. 2014; 3867-3874.
