DNA sequencing

دسترسی آزاد مقاله

1 - بررسی جهش ها در ژن NF1 در بیماران ایرانی مبتلا به نوروفیبروماتوز نوع 1
نیلوفر یاوری فهیمه باغبانی آرانی سحر هنرمند جهرمی

نوروفیبروماتوز نوعی بیماری پوستی-عصبی است و با بروز تومورهایی در اطراف اعصاب مشخص می‌گردد. ژن NF1 حدود 350 کیلو جفت باز طول داشته و شامل ۶۰ اگزون است و پروتئینی به نام نوروفیبرومین را کد می کند. به دلیل اندازه بزرگ ژن NF1 و نیز تنوع انواع جهش‌ها، شناسایی جهش‌های این ژن چکیده کامل

نوروفیبروماتوز نوعی بیماری پوستی-عصبی است و با بروز تومورهایی در اطراف اعصاب مشخص می‌گردد. ژن NF1 حدود 350 کیلو جفت باز طول داشته و شامل ۶۰ اگزون است و پروتئینی به نام نوروفیبرومین را کد می کند. به دلیل اندازه بزرگ ژن NF1 و نیز تنوع انواع جهش‌ها، شناسایی جهش‌های این ژن چالشی بزرگ است بنابراین در این تحقیق به بررسی جهش های ‌ ژن NF1 در 10 بیماران ایرانی مبتلا به نوروفیبروماتوز نوع1 پرداخته شد. پس از خونگیری و استخراجDNA ژنومی 15 اگزون از ژن NF1 با استفاده از تکنیک PCR تکثیر و توالی یابی انجام شد. در نهایت قطعات توالی یابی شده با توالی اگزون های مرجع با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی مقایسه گردید و جهش های موجود شناسایی شد. نتایج نشان داد که در اگزون 40 جهش c.5811-5811 delT، در اگزون 35 جهش c.4537 C>T، و در اگزون های 41-42 جهش c.6259-6260 insA وجود دارد. نتایح این مطالعه ضمن گزارش جهش های رخداده در بیماران ایرانی می تواند در مشاوره ژنتیکی و بررسی های بیشتر این بیماری در ایران کمک کننده باشد. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

2 - آنالیزفیلوژنتیکی جمعیتی از گوسفند افشاری با استفاده از توالی HVR-IوcytB میتوکندریDNA
کیان پهلوان افشاری

10.30495/zisti.2022.1964418.1130

سابقه و هدف: در بین نشانگرهای ژنتیکی، توالی یابی ژنوم میتوکندری یکی از بهترین و رایج ترین روش ها برای طبقه بندی ژنتیکی جمعیت ها و گونه های نزدیک به هم، بررسی امکان اشتقاق گونه های مختلف از یک جد مشترک، مطالعه رابطه فیلوژنی هر موجود با سایر گونه ها و نژادها و دستیابی چکیده کامل

سابقه و هدف: در بین نشانگرهای ژنتیکی، توالی یابی ژنوم میتوکندری یکی از بهترین و رایج ترین روش ها برای طبقه بندی ژنتیکی جمعیت ها و گونه های نزدیک به هم، بررسی امکان اشتقاق گونه های مختلف از یک جد مشترک، مطالعه رابطه فیلوژنی هر موجود با سایر گونه ها و نژادها و دستیابی به راهکارهایی برای حفظ ذخایر ژنتیکی می باشد. هدف از این تحقیق تعیین توالی ناحیه HVR1 و CytB از ژنوم میتوکندری گوسفند افشاری می باشد. مواد و روشها: برای انجام این تحقیق تعداد 40 نمونه خون از هر دو جنس از گوسفندان غیر خویشاوند افشاری جمع آوری شد. پس از استخراج DNA، ناحیه HVR1 و CytB توسط پرایمرهای اختصاصی تکثیر شده و تعیین توالی شدند. توالی‌های به‌دست آمده با استفاده از برنامه Chromas Lite 2.01 تجزیه و تحلیل شد. جهت تعیین بالاترین همولوژی توالی گوسفند افشاری از رویه Blast تحت پایگاه NCBI استفاده شد.یافته ها: پس از تعیین توالی، با مقایسه توالی CytB و HVR1 از ژنوم گوسفند افشاری با توالی ناحیه مشابه از ژنوم گوسفندان سایر نژادها از مناطق مختلف جهان به ترتیب 3 هاپلوتیپ و 5 هاپلوتیپ مشاهده شد. علاوه بر این هر دو مقر دارای چندشکلی بالایی بودند.نتیجه گیری: تعیین توالی ژنوم میتوکندری به خوبی می تواند تنوع ژنتیکی و ارتباط خویشاوندی گونه های مختلف گوسفندان را نشان دهد. لذا ابزار قدرتمندی است که می تواند برای بررسی تنوع ژنتیکی سایر نژادهای گوسفندی مورد استفاده قرار گیرد. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

3 - ‏ بررسی مقاومت جمعیت‌های خردل وحشی (‏Sinapis arvensis L.‎‏)‏‎ ‎به علف‌کش ‏تری بنورون متیل
مهدی افشاری علی قنبری مهدی راستگو جاوید قرخلو گودرز احمدوند

تری بنورون متیل از علف کش های رایج برای کنترل علف های هرز پهن برگ در مزارع گندم می باشد. در این آزمایش واکنش علف های هرز مشـکوک به مقـاومت مزارع گنـدم، 38 مزرعه از استـان کرمانشاه در سال 1392-1391 مورد بررسی قرار گرفت. بذور خردل وحشی مشکوک به مقاومت از مزارع جمع آوری و چکیده کامل

تری بنورون متیل از علف کش های رایج برای کنترل علف های هرز پهن برگ در مزارع گندم می باشد. در این آزمایش واکنش علف های هرز مشـکوک به مقـاومت مزارع گنـدم، 38 مزرعه از استـان کرمانشاه در سال 1392-1391 مورد بررسی قرار گرفت. بذور خردل وحشی مشکوک به مقاومت از مزارع جمع آوری و در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با 3 تکرار مورد آزمایش قرار گرفتند. در جهت تشخیص سریع بروز مقاومت جمعیت ها با مصرف دز تفکیک کننده علف کش تری بنورون متیل غربال اولیه شدند. تعیین درجه مقاومت سپس به کمک آزمون زیست سنجی با استفاده از منحنی های دز-پاسخ انجام گردید. برای بررسی مکانیزم مقاومت از روش های مولکولی، به ویژه از کلون ژن ALS با ناقلPJET1.2/blunt استفاده شد. طبق نتایج آزمایش تفکیک دز، 4/10 گرم ماده مؤثر در هکتار، جمعیت های حساس خردل وحشی را به میزان 90 درصد کنترل کرد. در آزمایش های غربال گری نیز 50 درصد از جمعیت ها به عنوان جمعیت مقاوم شناسایی شدند که بر اساس روش بکی و تاردیف، 8/57 درصد از آنها دارای درجه مقاومت خیلی بالا، 5/31 درصد از آنها به عنوان جمعیت هایی با درجه مقاومت بالا و 5/10 درصد دارای مقاومت کم شناسایی شدند. همچنین، GR50 علف های هرز مقاوم در مقایسه با علف هرز حسـاس افزایش یافت که بیـانگر وجـود مقاومت در این استـان می باشـد، به طوری که برای کنترل جمعیت مقـاوم Z15، این مقدار به 1309 گرم ماده مؤثر در هکتار افزایش یافت. توالی یابی DNA خردل وحشی نیز نشان داد که جهش در موقعیت آلانین 122 با جایگزینی اسید آمینه پرولین سبب بروز مقاومت از نوع جهش مبتنی بر محل هدف شده است. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

4 - بررسی تبارشناسی ژن کلروپلاستی matK برخی از گونه‌های متعلق به قبیله Mentheae از تیره نعناع با تاکید بر گیاه دارویی Zhumeria majdae Rech. F. & Wendelbo.
حامد خدایاری الهام خلیلی فروغ سنجریان یونس عصری

هدف از این تحقیق، بررسی موقعیت تاکسونومیکی و تبارزایی قبیله Mentheae با تاکید بر گیاه دارویی مورخوش با نام علمی .Zhumeria majdae Rech. F. & Wendelbo با استفاده از توالی‌یابی ژن کلروپلاستی matk می‌باشد، گیاه مورخوش متعلق به تیره نعناع و از گونه‌های‌ انحصاری استان هرم چکیده کامل

هدف از این تحقیق، بررسی موقعیت تاکسونومیکی و تبارزایی قبیله Mentheae با تاکید بر گیاه دارویی مورخوش با نام علمی .Zhumeria majdae Rech. F. & Wendelbo با استفاده از توالی‌یابی ژن کلروپلاستی matk می‌باشد، گیاه مورخوش متعلق به تیره نعناع و از گونه‌های‌ انحصاری استان هرمزگان می‌باشد. در طب سنتی از عصاره گیاه مورخوش جهت درمان ناراحتی‌های گوارشی، اسهال، نفخ، دل درد، ترشی معده، سوزش معده، رفع سرماخوردگی، سردرد و التیام زخم مورد استفاده قرار می‌گیرد. در این تحقیق از نمونه‌های گیاهی، استخراج DNA صورت گرفت و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی بررسی مولکولی قطعه ای از ژن matk به روش PCR-Sequencing، تکثیر و توالی‌‌یابی گردید. برای بازسازی روابط فیلوژنی، تحلیل توالیDNA با استفاده از نرم‌افزارFINTCH TV و تحلیل‌های فیلوژنی با استفاده از نرم‌افزار PAUP انجام گرفت. در آنالیز کلادوگرام، سه درخت به طول 20 گام و شاخص‌های آماری ضریب سازگاری (Ci;Consistensive index) برابر با 950/0 و ضریب نگهداری (Retention index; Ri) برابر با 963/0 مشاهده گردید. نتایج حاصل از تحلیل‌های فیلوژنتیکی توالیmatK نشان داد که قبیله Mentheae متشکل از 3 تبار تک‌نیای مجزا شامل زیر طایفه‌های Salviinae،Menthinae و Nepetinae است و گیاه مورخوش همراه باSalvia aegyptiaca یک گروه خواهری را در زیرطایفه Salviinae تشکیل می‌دهد. نتایج حاصل از این مطالعه با داده‌های حاصل از مطالعات قبلی با استفاده از صفات ریزریخت شناسی بذر و دانه گرده، در ارتباط با جایگاه جنس Zhumeria در بین سایر جنس‌های قبیله Mentheae مطابقت دارد. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

5 - Single Nucleotide Polymorphisms of <i>Mc4R</i> Gene and Their Associations with Growth Traits in Karacabey Merino Lambs
S. Sevim O. Karaca

Mc4R gene regulates feed intake, live weight, and energy balance in animals. It is one of growth and development candidate genes, as indicated by its role in energy balance and feed intake. The goal of the research was to analyze the polymorphisms of the Mc4Rxgene and t چکیده کامل

Mc4R gene regulates feed intake, live weight, and energy balance in animals. It is one of growth and development candidate genes, as indicated by its role in energy balance and feed intake. The goal of the research was to analyze the polymorphisms of the Mc4Rxgene and their relations with growth characteristics in KaracabeyxMerino lambs. 300 Karacabey Merinoxlambs reared at the Bandırma Sheep Breeding Research Institute in Balıkesir, Turkiye, served as the research's animal subjects. The total of 1291 bp long exon and 3’UTR regions of Mc4Rigene was amplified. PCR products were analysed by DNA sequencing. A total of 6 SNP of Mc4R (g.9.T>C, g.12.G>C, g.93.G>A, g.381. G>A, g.681.G>C and g.1016. G>A) gene were identified. These SNP’s have not been inducing changes sequence of amino acids. The single nucleotide polymorphisms (SNPs) of Mc4R gene were found significant associations between muscle depth, skin thickness, back fat thickness, average daily gain and live weight. The Mc4R gene was shown to be a potential genetic marker in selection programs on sheep to improve growth traits of lambs. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

6 - Isolation and identification of Lactobacillus species from donkey milk in the Azerbaijan region of Iran using 16S rDNA gene sequencing
Mohammad Ghorbani Mohammad reza Asgharzadeh

10.30495/jbcvm.2023.1980303.1040

The use of donkey milk is increasing due to its nutritional properties and lack of allergenic proteins. The present research was conducted with the aim of identifying native Lactobacillus bacteria. 3 samples of donkey milk were collected from Benab, Maragheh, and Naqdeh چکیده کامل

The use of donkey milk is increasing due to its nutritional properties and lack of allergenic proteins. The present research was conducted with the aim of identifying native Lactobacillus bacteria. 3 samples of donkey milk were collected from Benab, Maragheh, and Naqdeh cities of the Azerbaijan region randomly and in heed with sterile conditions. The samples were cultured in MRS agar and specific tests were performed on the grown colonies to identify Lactobacillus. Molecular identification of the isolates was done based on the amplification of the 16S rDNA gene using specific primers and polymerase chain reaction. Lactobacillus species were analyzed by sequencing the 16S rDNA gene and drawing a phylogenic tree. Based on PCR results, 3 isolates of Lactobacillus were detected. The results of sequence analysis showed that two isolates are highly similar to Lactobacillus plantarum and one isolate to Lactobacillus fermentum. Therefore, it can be concluded that Lactobacillus plantarum is the dominant species in donkey milk in the Azerbaijan region of Iran. Due to the probiotic potential of lactobacillus isolates from donkey milk, it is suggested to be used in the production of probiotic milk products. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

7 - تجزیه و تحلیل مولکولی جمعيتي از بز نجدي با استفاده از توالی HVR1 ژنوم میتوکندری
روح الله خادمی سیده ام البنین قاسمیان حمید رضا سیدآبادی امین کاظمی زاده

10.22034/ascij.2023.1999044.1550

این مطالعه با هدف تعیین توالی ناحیه HVR1 ژنوم میتوکندری بز نجدي انجام گرفت. برای انجام این تحقیق تعداد 30 عدد نمونه خون از هر دو جنس از بزهاي غير خويشاوند جمع¬آوری شد. پس از استخراج DNA، ناحیه مورد نظر توسط پرایمرهای اختصاصی با تکنیک PCR تکثیر شد و تعیین توالی شد. براي چکیده کامل

این مطالعه با هدف تعیین توالی ناحیه HVR1 ژنوم میتوکندری بز نجدي انجام گرفت. برای انجام این تحقیق تعداد 30 عدد نمونه خون از هر دو جنس از بزهاي غير خويشاوند جمع¬آوری شد. پس از استخراج DNA، ناحیه مورد نظر توسط پرایمرهای اختصاصی با تکنیک PCR تکثیر شد و تعیین توالی شد. براي مقايسه‎، فیلوژنی توالي ناحيه HVR1 بدست آمده از بز نجدي با سایر نژادها در جهان برای تعیین گروه هاپلوتیپی رسم گردید. درخت فيلوژنتيكي ترسيم شده براي نمونه‎ها نشان داد كه همگي از يك جمعيت منشأ گرفته‎اند و تعداد 5 هاپلوتیپ مختلف بر اساس 20 نوكلئوتيد چند شكل (SNP) براي ناحيه HVR1 موجود در توالی‎ها تعیین گردید. همچنين توالي ناحيه HVR1 نمونه مورد بررسي با 11 توالي ثبت شده از 6 گروه هاپلوتیپی از کشورهای مختلف موجود در پایگاه NCBI نشان داد که بز نجدي جز گروه هاپلوتیپی A می باشد. مقایسه توالي ناحيه HVR1 با توالی‎های موجود در بانک ژن می‎تواند به اطلاعات ما درباره نژادهای بز نجدی کمک کند و زمینه را برای استفاده بهتر از آن‎ها در برنامه‎های اصلاحی باز کند. بر اساس نتایج بدست آمده تنوع ژنتیکی بز نجدی در طی سال‎های متمادی افزایش یافته است، که این افزایش تنوع ژنتیکی می‎تواند به دلیل آمیخته‎گری این نژاد با نژادهای دیگر باشد که می‎تواند در آینده منجر به انقراض بز نجدی گردد، که نیازمند توجه بیشتر به این موضوع می‎باشد. پرونده مقاله

فهرست مقالات DNA sequencing

سکوی نشر دانش

پیوندهای سایت

مراکز مرتبط

پشتیبانی

صفحات رسمی