-
دسترسی آزاد مقاله
1 - بررسی بیوانفورماتیکی پپتید بتا دفنسین گیاهی و همسانه سازی ژن کد کنندهی این پپتید در وکتور بیانیpAMJ1653 در باکتری لاکتوکوکوس لاکتیس
فاطمه آخوندی قشه توتی محمد هادی سخاوتی مجتبی طهمورث پوراستفاده مکرر و بیش از حد ازآنتیبیوتیکها در صنعت دامپزشکی موجب مقاومت باکتریهای بیماریزا نسبت به انواع آنتی-بیوتیکهای رایج گردیده است. با توجه به این مسئله، محققان به دنبال روشهای جدیدی برای جایگزین کردن آنتیبیوتیکها میباشند که میتوان به پپتیدهای ضدمیکروبی (AMP چکیده کاملاستفاده مکرر و بیش از حد ازآنتیبیوتیکها در صنعت دامپزشکی موجب مقاومت باکتریهای بیماریزا نسبت به انواع آنتی-بیوتیکهای رایج گردیده است. با توجه به این مسئله، محققان به دنبال روشهای جدیدی برای جایگزین کردن آنتیبیوتیکها میباشند که میتوان به پپتیدهای ضدمیکروبی (AMP) اشاره کرد. لذا؛ هدف از مطالعه حاضر بررسی بیوانفورماتیکی اثر افزودن his taq بر فعالیت ضدباکتریایی پپتید بتادفنسین گیاهی و همسانهسازی ژن کدکننده آن در وکتور بیانیpAMJ1653 در باکتری لاکتوکوکوسلاکتیس است. ساختار سوم پپتید بتادفنسین همراه با his-taq از طریق I-TASSER پیش بینی شد و توسط نرم افزارهای SAVE 6 و prosA صحت سنجی گردید. در نهایت داکینگ مولکولی از طریق نرم افزار Cluspro بین بتا دفنسین با و بدون توالی his-taq با آنتیژن LPTD باکتری اشرشیاکلای انجام شد. در بخش آزمایشگاهی، ژن بتادفنسین همراه با توالی his-taq و سیگنال ترشحی در وکتور تکثیری pGEM-DFF و میزبان تکثیری DH5α مورد استفاده قرار گرفت. پس از استخراج پلاسمید و هضم آنزیمی توسط آنزیمهای Sap1 و Sal1ژن بتادفنسین گیاهی به داخل وکتور بیانیpAMJ1653 همسانهسازی گردید و با استفاده از روش الکتروپویشن به داخل باکتری لاکتوکوکوس لاکتیس سویه 1543 انتقال یافت. کلونیهای مثبت حاوی وکتور نوترکیب با روش کلونی PCR بررسی و در نهایت هضم آنزیمی صورت گرفت. در بخش بیوانفورماتیک، ساختار سوم ساختار با صحت قابل قبولی پیش بینی شد. نتایج داکینگ نشان داد پپتید بتادفنسین با و بدون his-taq به آنتیژن LPTDدر موقعیت مناسب در تماس است. در بخش آزمایشگاهی نشان داده شد که ژن کد کننده بتا دفنسین گیاهی با موفقیت در وکتور بیانی pAMJ1653 همسانهسازی شد. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
2 - مطالعه کمّی فعالیت- ساختار، داکینگ و شبیهسازی دینامیک مولکولی تعدادی از ترکیبات هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید به عنوان عاملهای ضد سل جدید
قاسم قاسمی بابک مطهری ربابه صیادی کردآبادیهدف: عامل سل، مایکوباکتریوم توبرکلوزیس است. یکسری از ترکیبات جدید هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید، به عنوان بازدارندههای مایکوباکتریوم توبرکلوزیس گزارش شدهاند. در این راستا، هدف پژوهش حاضر مطالعه QSAR، داکینگ و شبیهسازی دینامیک مولکولی تعدادی از ترکیبات هتروسیکل شامل نی چکیده کاملهدف: عامل سل، مایکوباکتریوم توبرکلوزیس است. یکسری از ترکیبات جدید هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید، به عنوان بازدارندههای مایکوباکتریوم توبرکلوزیس گزارش شدهاند. در این راستا، هدف پژوهش حاضر مطالعه QSAR، داکینگ و شبیهسازی دینامیک مولکولی تعدادی از ترکیبات هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید به عنوان عاملهای ضد سل جدید است.مواد و روشها: الگوریتم رقابت استعماری، PLS، PCR، LASSO و شبیهسازی مونته کارلو در محاسبات QSAR انجام گردید. همچنین محاسبات داکینگ و شبیهسازی دینامیک مولکولی میتوباکتریوم توبرکلوزیس با کد 4XGQ انجام شده است.یافتهها: جرمهای اتمی، الکترونگانیویتی اتمی ساندرسون، شاخص Ghose–Viswanadhan-Wendoloski hyptonic-like و شاخص Ghose–Viswanadhan-Wendoloski antiinfective-like در این بررسی مهم بودند. در برنامه کورال سی، از فایل اسمایل استفاده شد. RMSE برای آموزش و تست در الگوریتم رقابت استعماری، به ترتیب 1395/0 و 2970/0 بودند. در روش مونته کارلو نتایج برای سری آموزش بهصورت 7n=، 9931/0R²=، 9857/0 Q²=و 039/0 MAE=و برای سری تست بهصورت 6n=، 9413/0R²=، 9107/0Q²=و 367/0 MAE=بدست آمد.نتیجهگیری: مولکولهای 10 و 11 ترکیبات پایداری هستند که برای بررسیهای بیشتر از جمله مطالعات آزمایشگاهی کلینیکی پیشنهاد میشوند. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
3 - مطالعه اثر گیاه بومادران بر روی هلیکوباکترپیلوری باکمک روش شبیه سازی داکینگ ملکولی
خدیجه توکلی هفشجانی فاطمه رئیسی سرتیشنیزی الهه صابریچکیده مقاومت هلیکوباکترپیلوری نسبت به آنتی بیوتیکهای رایج علت اصلی پایین بودن درصدریشهکنی این باکتری درکشورهای درحال توسعه میباشد.به همین دلیل نیاز به یک داروی جایگزین برای درمان عفونت هلیکوباکترپیلوری وجود دارد.داروی جدید باید موثر،کم عارضه ،همراه با اثرات خوب برعلی چکیده کاملچکیده مقاومت هلیکوباکترپیلوری نسبت به آنتی بیوتیکهای رایج علت اصلی پایین بودن درصدریشهکنی این باکتری درکشورهای درحال توسعه میباشد.به همین دلیل نیاز به یک داروی جایگزین برای درمان عفونت هلیکوباکترپیلوری وجود دارد.داروی جدید باید موثر،کم عارضه ،همراه با اثرات خوب برعلیه هلیکوباکترپیلوری بوده ودرضمن موجب مقاومت باکتری نسبت به دارو نگردد.استفاده از گیاهان دارویی یکی از راه های حل معضل مقاومت میکروبی به شمار می آید.زیرا ترکیبات ثانویه گیاهان مولکولهای پیچیده ای هستند که تعدادزیادی از آنها دارای فعالیت های بیولوژیک میباشند.توجه محققان به ترکیب های موثر گیاهی ،به عنوان راه حلی برای معضل مقاومت هلیکوباکترپیلوری نسبت به آنتی بیوتیکهای رایج است ویکی ازآن ها گیاه بومادران میباشد که ترکیبات آن سبب ازبین بردن هلیکوباکترپیلوری میشود همچنین مطالعات تجربی نشان داد که آنزیم اورهآز این باکتری سبب حیات آن در معده میشود پس این فرض به وجود آمد که ترکیبات گیاه بومادران ممکن است بر روی آنزیم اوره آز تآثیر داشته باشند مبحث طراحی دارویی گیاهی برای مقابله با هلیکوباکترپیلوری می باشد که با استفاده از شبیه سازی داکینگ مولکولی ونرم افزار اتوداک۴ انجام شد آلفاپنین با انرژی آزاد اتصال(5/15-) وکاریوفلین اکسید با انرژی آزاد اتصال(5/43-) وبیسموت با انرژی آزاد اتصال(4/92-) برای مهار آنزیم اوره آز می توانند استفاده شوند. کاریوفلین اکسید با انرژی اتصال بالامهارکننده بهتری برای آنزیم است. کلمات کلیدی: هلیکوباکتر پیلوری، آنزیم اوره آز، داکینگ ملکولی، آلفاپنین، کاریوفلین اکسید  پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
4 - شبیه سازی برهمکنش آنزیم فومارات ردوکتاز با نیزاتیدین و مقایسه آن با اثر مهارکنندگی تعدادی از ترکیبات گیاه بومادران برای بالا بردن اثر مترانیدازول بر روی Helicobacter pylori در Insilico
خدیجه توکلی هفشجانی علی کاظمی باباحیدری افسانه نیکخواههلیکوباکتر پیلوری یک باکتری میکروآئروفیل و مارپیچی شکل است که در مخاط معده ساکن است و عامل عمده زخم و ورم معده است. بهتازگی اثر چند دارو ازجمله داروی نیزاتیدین در مهار فعالیت FRD در هلیکوباکتر پیلوری نشان داده شده است که رشد سلولی را متوقف میکند و منجر به مرگ سلول می چکیده کاملهلیکوباکتر پیلوری یک باکتری میکروآئروفیل و مارپیچی شکل است که در مخاط معده ساکن است و عامل عمده زخم و ورم معده است. بهتازگی اثر چند دارو ازجمله داروی نیزاتیدین در مهار فعالیت FRD در هلیکوباکتر پیلوری نشان داده شده است که رشد سلولی را متوقف میکند و منجر به مرگ سلول میشود هدف از این مطالعه، مقایسه و ارزیابی اثرات ضد باکتریایی تعدادی از ترکیبات گیاه بومادران بر روی آنزیمFRD با استفاده از داکینگ مولکولی و شبیهسازی دینامیک مولکولی بود. ساختار سهبعدی تعدادی از ترکیبات بومادران با نرمافزارگاوسین کشیده و بهینه شده و نحوهی اتصال این ترکیبات (انرژی اتصال) به آنزیم FRD پس از مدلسازی ساختار سه بعدی آنزیم با نرمافزار مدلر (Modeller10.14) بررسی شد و برای ارزیابی و مقایسه ی نتایج اتصال ترکیبات بومادران روی آنزیم FRD از داروی نیزاتیدین که اثر آن روی FRDثابت شده است در مطالعات داکینگ استفاده شد و سپس از بین ترکیبات بومادران، سه ترکیب که بالاترین انرژی اتصال داشتند برای شبیهسازی دینامیک مولکولی بر روی آنزیم FRD انتخاب شدند. شبیهسازی دینامیک ملکولی با استفاده از کمپلکس با بهترین حالت اتصال بهدست آمده از داکینگ انجام گرفت بعد از ۱۰ نانوثانیه شبیه سازی محاسبات جذرمیانگین مربعات جابجایی (RMSD) اسکلت اصلی آنزیم FRD نشان داد که درکل شبیهسازیها تقریباً مشابه و یکنواخت میباشد که نشان میدهد آنزیم درطی شبیهسازی پایداربوده است؛ ومحاسبه ی فاصله ی مرکزجرم نیز بیان داشت که ترکیب تیمول کمترین فاصله را باآنزیم از بین سه ترکیب دارد وبهترین تأثیر را میگذارد. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
5 - مطالعه داکینگ مولکولی و مکانیک کوانتومی برهمکنش کوئرستین برسطح فولرن B12N12
محمد تقی بائیجذب و فعالیت آنتی رادیکالی مولکول کوئرستین روی سطح فولرن B12N12 با کمک نظریه تابعیت چگالی(DFT) در روشهای B3PW91-D و M06-2X-D بررسی شده است. مقادیر جذب و تجزیه و تحلیل توپولوژی ها نشان داد که این مولکول به سطح فولرن B12N12 جذب شده است و تغییرات قابل توجهی در خواص الکترون چکیده کاملجذب و فعالیت آنتی رادیکالی مولکول کوئرستین روی سطح فولرن B12N12 با کمک نظریه تابعیت چگالی(DFT) در روشهای B3PW91-D و M06-2X-D بررسی شده است. مقادیر جذب و تجزیه و تحلیل توپولوژی ها نشان داد که این مولکول به سطح فولرن B12N12 جذب شده است و تغییرات قابل توجهی در خواص الکترونیکی فولرن ایجاد میکند. فعالیتهای آنتی اکسیدانی مولکول کوئرستین و کمپلکس B12N12/Que با استفاده از سطح تئوری M06-2X-D بر اساس انتقال اتم هیدروژن (HAT)، انتقال الکترون منفرد و پس از آن انتقال پروتون (SET-PT) و روش SPLET بررسی شده است. برای درک بهتر خواص آنتی اکسیدانی، مقادیر آنتالپی تفکیک پیوند (BDE)، پتانسیل یونیزاسیون (IP)، آنتالپی تفکیک پروتون (PDE)، پروتون خواهی (PA) و آنتالپی انتقال الکترون (ETE) کوئرستین روی سطح فولرن B12N12 در گاز، بنزن، اتانول و آب محاسبه شده است. نتایج نشان داد که در گاز و فازهای حلال، جذب کوئرستین روی B12N12 فولرن باعث افزایش فعالیت آنتی اکسیدانتی کوئرستین شده است،انرژی برهمکنش وثابت مهارکنندگی در روش داکینگ مولکولی نیز این نتایج را تایید میکنند. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
6 - بررسی جذب وخاصیت آنتی اکسیدانتی گالیک اسید روی سطح فولرن B12N12 باروش مکانیک کوانتومی DFT وداکینگ مولکولی
محمد تقی بائی خدیجه توکلی هفشجانیجذب و فعالیت آنتی اکسیدانتی گالیک اسید روی سطح فولرن B12N12 با کمک نظریه تابعیت چگالی(DFT) در روشهای B3PW91-D و M06-2X-D بررسی شده است. مقادیر انرژی جذب و خصوصیات الکترونی نشان داد که این مولکول به سطح فولرن B12N12 جذب شیمیایی شده است و تغییرات قابل توجهی در خواص الکترو چکیده کاملجذب و فعالیت آنتی اکسیدانتی گالیک اسید روی سطح فولرن B12N12 با کمک نظریه تابعیت چگالی(DFT) در روشهای B3PW91-D و M06-2X-D بررسی شده است. مقادیر انرژی جذب و خصوصیات الکترونی نشان داد که این مولکول به سطح فولرن B12N12 جذب شیمیایی شده است و تغییرات قابل توجهی در خواص الکترونیکی فولرن ایجاد گردید. فعالیتهای آنتی اکسیدانی مولکول گالیک اسید و کمپلکس B12N12/Gal با استفاده از سطح تئوری M06-2X-D بر اساس انتقال اتم هیدروژن (HAT)، انتقال الکترون منفرد و پس از آن انتقال پروتون (SET-PT) و روش SPLET بررسی شده است. برای درک بهتر خواص آنتی اکسیدانی، مقادیر آنتالپی تفکیک پیوند (BDE)، پتانسیل یونیزاسیون (IP)، آنتالپی تفکیک پروتون (PDE)، پروتون خواهی (PA) و آنتالپی انتقال الکترون (ETE) گالیک اسید روی سطح فولرن B12N12 در فاز گاز، بنزن، اتانول و آب محاسبه شده است. نتایج نشان داد که فولرن B12N12 باعث افزایش فعالیت آنتی اکسیدانتی گالیک اسید شده است. همچنین نتایج داکینگ نشان داد که انرژی واندروالس بیشترین سهم رادراین برهمکنش داشته وثابت مهارکنندگی نیز نشان دهنده افزایش قدرت فعالیت ضد رادیکالی گالیک اسید دراثر برهمکنش با فولرن بور-نیترید می باشد پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
7 - بررسی داکینگ مولکولی آورانتامید موجود در گیاه دارویی مورینگا الیفرا (Moringa Olifera) بر مهار پروستاگلاندینها
حمیده خواجه زهرا جمعه قاسم ابادیدرد مکانیسمی دفاعی محسوب میشود و هنگامی که بافتی دچار آسیب شود، ایجاد میگردد. گیرندههای درد در پوست و بافتها، انتهای عصبی آزاد هستند. ایجاد درد در بافتها به علت ساخته شدن موادی به نام پروستاگلاندینها که از مهمترین واسطههای التهاب میباشد و مهار ساخت آن توسط دارو چکیده کاملدرد مکانیسمی دفاعی محسوب میشود و هنگامی که بافتی دچار آسیب شود، ایجاد میگردد. گیرندههای درد در پوست و بافتها، انتهای عصبی آزاد هستند. ایجاد درد در بافتها به علت ساخته شدن موادی به نام پروستاگلاندینها که از مهمترین واسطههای التهاب میباشد و مهار ساخت آن توسط داروهای ضد التهاب موجب کاهش آن میشود. گیاه مورینگا الیفرا در صنایع غذا و دارو اهمیت بالایی دارد و دارای ترکیب دارویی نادر به نام آورانتیآمید (Auranti amide) میباشد. این ترکیب به دلیل اثرات ضدالتهابی و ضدروماتیسمی خود، در درمان بیماریهای التهابی مانند آرتروز، روماتوئید و پسوریازیس کاربرد دارد و با ممانعت از تولید پروستاگلاندینها و افزایش تولید گلوتاتیون، کاهش فعالیت آنزیمهای آسپارتاتآمینوترانسفراز و آلانینآمینوترانسفراز و کاهش تولید عامل التهابی TNF-α، عوارض التهابی را کاهش میدهد. هدف از این مطالعه بررسی اثر مهاری ترکیب دارویی اورانتامید بروی پروستاگلاندینها از طریق داکینگ مولکولی میباشد. برای بررسی نحوه اتصال ترکیب دارویی به جایگاه فعال مولکول، ترسیم ساختار شیمیایی دارو، بهینهسازی انرژی، مطالعات داکینگ، تجزیه و تحلیلهای نهایی از پایگاه دادههای Pub Chem و PDB استفاده شد. میانکنش دارو با رسپتور از طریق داکهای متفاوت با استفاده از نرمافزارهای Pyrex، Chimera و Viewer Lite انجام شد. نتایج نشان داد که ترکیب مورد نظر قادر به اشغال جایگاه فعال آنزیم بود و در میان نرمافزارها بهترین نتیجه با استفاده از نرمافزار Pyrex بدست آمد. در واقع این ترکیب دارای منفیترین سطح انرژی اتصال (Kcal mol 5/7-) بود. بنابراین نشان داده شد که بالاترین تمایل به آمینواسیدهای کلیدی جایگاه فعال آنزیم و محل برهمکنش با مولکول کوکریستال است. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
8 - تجزیه و تحلیل ساختاری و مولکولی پروتئین سنبله SARS-CoV-2 بر اثر جهش نقطهای S494P با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی و دینامیک مولکولی
مهرعلی محمودجانلو حسن صاحب جمعی الهام تازیکه لمسکیظهور برخی جهش ها در دامنه اتصال گیرنده ویروس کوید 19 (SARS-CoV-2 (RBD)) می تواند به دلیل تغییرات ساختاری و افزایش پایداری پروتئین سنبله (spike protein)، باعث گسترش و افزایش بیماری زایی در انسان شود. با توجه به شکلگیری سویههای مختلف SARS-CoV-2 توسط جهشها و تأثیر فاجعه چکیده کاملظهور برخی جهش ها در دامنه اتصال گیرنده ویروس کوید 19 (SARS-CoV-2 (RBD)) می تواند به دلیل تغییرات ساختاری و افزایش پایداری پروتئین سنبله (spike protein)، باعث گسترش و افزایش بیماری زایی در انسان شود. با توجه به شکلگیری سویههای مختلف SARS-CoV-2 توسط جهشها و تأثیر فاجعهبار آنها بر سلامت عمومی، مطالعه تأثیر جهش توسط دانشمندان و محققان در سراسر جهان اجتنابناپذیر است. طبق شواهد موجود، نوع S494P در چندین سویه SARS-CoV-2 از میشیگان، ایالات متحده مشاهده شده است. برای بررسی اینکه چگونه جهش طبیعی S494P میل اتصال گیرنده را در RBD تغییر می دهد، ما تجزیه و تحلیل ساختاری پروتئین های سنبله نوع وحشی و جهش یافته را با استفاده از برخی روش های بیوانفورماتیک و ابزارهای محاسباتی انجام دادیم. نتایج نشان می دهد که جهش S494P باعث افزایش پایداری پروتئین سنبله می شود. همچنین، بررسی داکینگ مولکولی با استفاده ازHADDOCK تمایل اتصال بالاتری به hACE2 برای سنبله جهش یافته نسبت به نوع وحشی را نشان می دهد که احتمالاً به دلیل افزایش ساختارهای ثانویه رشته بتا و Turn است که باعث افزایش سطح قابل دسترسی سطح (SASA) و احتمال برهمکنش می شود. تجزیه و تحلیل S494P به عنوان یک جهش مهم RBD ممکن است نظارت مستمر جهش های سنبله را برای کمک به توسعه داروها و واکسن های COVID-19 فراهم کند. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
9 - مطالعه مجازی تعیین مهارکننده های جدید آنزیم سورتاز آ در باکتری استافیلوکوکوس اورئوس
حسن صاحب جمعی مهرعلی محمودجانلومقدمه: مهار آنزیمهای کلیدی در باکتریهایی که فشار تکاملی پایینی اعمال میکنند میتواند یک استراتژی توسعه دارویی برای مقاومت آنتیبیوتیکی باکتریایی باشد. سورتازآ یک ترانس پپتیداز است که به طور گسترده در مطالعات مهاری عفونت باکتریایی مورد استفاده قرار می گیرد. این آنزیم چکیده کاملمقدمه: مهار آنزیمهای کلیدی در باکتریهایی که فشار تکاملی پایینی اعمال میکنند میتواند یک استراتژی توسعه دارویی برای مقاومت آنتیبیوتیکی باکتریایی باشد. سورتازآ یک ترانس پپتیداز است که به طور گسترده در مطالعات مهاری عفونت باکتریایی مورد استفاده قرار می گیرد. این آنزیم یک عملکرد کلیدی در تعاملات بین استافیلوکوکوس اورئوس و میزبان دارد و به عنوان یک هدف امیدوارکننده برای توسعه دارویی باکتری های مقاوم در نظر گرفته شده است. تا به امروز، برخی از مهارکنندههای سورتازآ کشف شدهاند که بیشتر آنها از ترکیبات فلاونوئیدی مانند مایرسیتین مشتق شدهاند. هدف: از آنجایکه روشهای محاسباتی برای نظارت بر رفتار مولکولهای زیستی در سطح میکروسکوپی دقیقتر و مقرون به صرفهتر هستند، لذا در این تحقیق هدف ما اینست که با استفاده از روش های محاسباتی مولکول هایی مشابه اما با قدرت اتصال و مهاری بالاتر نسبت به مایرستین یافته شود. مواد و روش ها: در این مطالعه، ما از روشهای محاسباتی مانند غربالگری مجازی مبتنی بر ساختار، اتصال مولکولی و شبیهسازی MD بهره جستیم. رویکرد اتصال مولکولی برای درک برهمکنشهای پروتئین- لیگاند و ثابت مهار از نظر میل ترکیبی مورد استفاده قرار گرفت. برای نظارت بر تغییرات ساختاری آنزیم Srt A ، از تکنیک شبیه سازی MD استفاده شد. پس از مطالعات شبیهسازی MD، رویکرد MM-PBSA برای تفسیر انرژی اتصال آزاد استفاده شد. نتایج: ابتدا کتابخانه شیمیایی Chemspider را به روش جستجوی مشابه که در آن مایرسیتین به عنوان مولکول مرجع قرار داده شد، غربال گردید. مرحله دوم غربالگری با استفاده از نرم افزار PyRx صورت گرفت بطوریکه 10 ترکیب برتر بر اساس پتانسیل بازدارندگی آنها از مجموعه لیگاندهای حاصل از مرحله قبل به دقت انتخاب شدند. این ترکیبات در معرض Autodock4.2 برای داکینگ مولکولی قرار گرفتند. که در نتیجه آن مشاهده گردید که ترکیب Chemspider ID=73945561 از قدرت مهاری بالاتری نسبت به مایرستین برخوردار است. برای بررسی پایداری و کارایی حالت اتصال لیگاند، Srt A آزاد، کمپلکسهای آن با مایرستین و بهترین ترکیب منتخب، تحت شبیهسازی دینامیک مولکولیns 50 قرار گرفتند. نتایج شبیهسازی MD نشان داد که ترکیب 73945561 پروفایلها و برهمکنش اتصال بهتری نسبت به مایرستین بهعنوان یک بازدارنده مرجع دارد، و رفتار ناپایدار پیوسته در کمپلکس داکینگ مشاهده شد. نتیجه گیری: در مجموع، ترکیب 73945561 ممکن است به عنوان یک بازدارنده جدید عمل کند یا دارای داربستی برای بهینه سازی بیشتر به سمت طراحی مهارکننده های SortA قوی تر باشد. پیشنهاد می گردد که توسعه این مهارکننده می تواند یک استراتژی اساسی برای مهار باکتریهای مقاوم باشد. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
10 - داکینگ مولکولی و پیشبینی ADMET ترکیبات فعال در عسل توالنگ علیه گلوبولین متصل به هورمون جنسی (SHBG) به منظور درمان ناباروری در مردان
حامد شهریارپور مصطفی قادری زفرهایمقدمه: گلوبولین متصل به هورمون جنسی (SHBG) پروتئینی است که توسط سلولهای کبدی سنتز میشود و به هورمونهای جنسی برای تنظیم سطح و فراهمی زیستی آنها متصل میشود. اتصال آن به تستوسترون باعث کاهش تستوسترون زیستی در دسترس میشود و باعث بیماریهای دستگاه تناسلی مردان مانند نا چکیده کاملمقدمه: گلوبولین متصل به هورمون جنسی (SHBG) پروتئینی است که توسط سلولهای کبدی سنتز میشود و به هورمونهای جنسی برای تنظیم سطح و فراهمی زیستی آنها متصل میشود. اتصال آن به تستوسترون باعث کاهش تستوسترون زیستی در دسترس میشود و باعث بیماریهای دستگاه تناسلی مردان مانند ناباروری، اختلال نعوظ و سرطان پروستات میشود. هدف: در این پژوهش به صورت in silico، پتانسیل چندین ترکیب موجود در عسل توالنگ علیه پروتئین SHBG به منظور درمان ناباروری بررسی شده است. مواد و روشها: شش ترکیب موجود در عسل توالنگ که شامل کاتچین، اتیل اولئیت، فیستین، هسپرتین، کائمفرول و لوتئولین از پژوهشها پیشین و پایگاه داده دارویی PubChem به دست آمدند. با استفاده از داکینگ مولکولی اتصال این ترکیبات به پروتئین SHBG از لحاظ انرژی اتصال و نوع میانکنشهای پروتئین-لیگاند بررسی شد. از نرمافزار AutoDock Vina نسخه 1.1.2 برای انجام داکینگ مولکولی و از نرمافزار Discovery Studio نسخه 21.1.0.289 برای تجزیه و تحلیل نتایج داکینگ مولکولی استفاده شد. سپس از وب سرورهای SwissADME و admetSAR 2.0 برای ارزیابی خواص فارماکوکینتیک این ترکیبات از طریق پیشبینیهای ADMET استفاده شد. نتایج: انرژی اتصال به دست آمده از داکینگ مولکولی نشان داد که ترکیب لوتئولین با امتیاز 10- کیلوکالری بر مول به پروتئین SHBG متصل میشود، و میانکنشهای هیدروژنی و آبگریز بیشتری نسبت به سایر ترکیبات مورد بررسی و همچنین ترکیباتی که در مقالات اخیر روی آنها کار شده، دارد. ترکیبات کاتچین و فیستین نیز نتیجه قابل قبولی نشان دادند. بررسی ADMET و رادار فراهمی زیستی نشان داد، اگرچه این ترکیبات خواص فیزیکی و شیمیایی برای استفاده به عنوان دارو دارند، اما پتانسیل مهار بعضی از سیتوکرومها و سمیت برای بعضی از ارگانهای بدن و DNA یا سایر موارد ژنتیکی در بدن را دارند که در استفاده از این ترکیبات به عنوان دارو باید مد نظر قرار گرفته شوند. بحث و نتیجهگیری: با استفاده از این مطالعه in silico، چند مولکول مناسب با منشاء طبیعی علیه پروتئین SHBG شناسایی شد که توانایی بالقوهای برای درمان ناباروری در مردان از خود نشان دادند. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
11 - مطالعات QSAR، داکینگ مولکولی و شبیه سازی دینامیک مولکولی روی بازدارنده های اپیژنی
قاسم قاسمی بابک مطهری ربابه صیادی کردآبادی امید علیزادهتوسعه QSAR و داکینگ مولکولی کلید ارزیابی پاتومکانیسم بیماری های اپی ژنی هستند. QSAR، داکینگ مولکولی و شبیه سازی دینامیک مولکولی روی تعدادی از مدولاتور اصلاح شده کروماتین پروتیینی به عنوان عوامل ضد سرطان انجام شده است. الگوریتم رقابت استعماری، PLS، PCR، MLR و شبیه سازی م چکیده کاملتوسعه QSAR و داکینگ مولکولی کلید ارزیابی پاتومکانیسم بیماری های اپی ژنی هستند. QSAR، داکینگ مولکولی و شبیه سازی دینامیک مولکولی روی تعدادی از مدولاتور اصلاح شده کروماتین پروتیینی به عنوان عوامل ضد سرطان انجام شده است. الگوریتم رقابت استعماری، PLS، PCR، MLR و شبیه سازی مونته کارلو در مدل های QSAR استفاده شده است. توصیف کننده های انتخاب شده شامل جرم اتمی ،حجم واندروالس ، شکل و ساختار ژیومتری ترکیبات بودند.سپس بررسی های داکینک مولکولی با برنامه اتوداک وینا با دقت بالا انجام شد. بر اساس تعداد پیوند هیدروژنی، طول پیوند، افینیتی و RMSD بهترین کمپلکس ها انتخاب شدند. بر اساس مطالعات QSAR ,داکینگ مولکولی و شبیه سازی دینامیک مولکولی ترکیبات 9 و 14 برای داروهای ضد سرطان پیشنهد می شوند. توصیف کننده های Drug-likeness از ترکیبات با برنامه DruLiTo محاسبه شدند. در مطالعات داکینگ بالاترین افینیتی 9 کیلوکالری بر مول بود که بین سیستم آنزیمی PDB: 3MXF و مولکول های بهینه شده بوده که نشان از برهمکنش قوی دارد. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
12 - تجزیه و تحلیل in silico پتانسیل ممانعت کنندگی داروهای ضد التهابی غیر استروئیدی اصلی علیه مسیر Las کروم سنسینگ در سودموناس آئروژینوزا
حسین زحمتکش بهنام راستیظهور مقاومت دارویی، شکست درمانی و توسعه عفونت های سودوموناس آئروژینوزا در درجه اول به تشکیل بیوفیلم و عوامل حدت وابسته به سیستم سنجش حد نصاب نسبت داده می شود. پتانسیل ضد میکروبی برخی از داروهای ضد التهاب غیر استروئیدی مانند ایبوپروفن در مطالعات آزمایشگاهی مشخص شده است چکیده کاملظهور مقاومت دارویی، شکست درمانی و توسعه عفونت های سودوموناس آئروژینوزا در درجه اول به تشکیل بیوفیلم و عوامل حدت وابسته به سیستم سنجش حد نصاب نسبت داده می شود. پتانسیل ضد میکروبی برخی از داروهای ضد التهاب غیر استروئیدی مانند ایبوپروفن در مطالعات آزمایشگاهی مشخص شده است. در اینجا، یک تجزیه و تحلیل داکینگ برای بررسی برهمکنش میان هفت داروی ضد التهاب غیر استروئیدی و پروتئین های سیستم Las انجام شد. در ابتدا، ساختار سه بعدی NSAID های منتخب (دیکلوفناک سدیم، ایبوپروفن، کتوپروفن، مفنامیک اسید، ملوکسیکام، ناپروکسن و تنوکسیکام) و لیگاند طبیعی LasR (3-oxo-C12-HSL) از پایگاه داده PubChem دریافت شد. همچنین ساختارهای کریستالی LasI Synthase و پروتئین فعال کننده رونویسی LasR از بانک داده پروتئین به دست آمد. سپس، تجزیه و تحلیل اتصال مولکولی با استفاده از نرم افزار AutoDock Vina برای بررسی توانایی NSAID های انتخاب شده برای مهار گیرنده LasI/LasR مورد استفاده قرار گرفت. بر اساس یافتههای ما، اکثر NSAIDهای انتخاب شده برهمکنشهای مطلوبی با پروتئینهای LasI/R نشان دادند. علاوه بر این، کتوپروفن قویترین برهمکنشها را با هر دو پروتئین نشان داد. به طور خلاصه، این کار نشان می دهد که NSAID ها، به ویژه کتوپروفن و ناپروکسن، پتانسیل امیدوارکننده ای به عنوان کاندید برای تحقیقات بیشتر آزمایشگاهی و درون تنی برای مهار مدارهای کروم سنسینگ در سودوموناس آئروژینوزا را دارند پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
13 - آنالیز این-سیلیکو از فضای برهمکنش شیمیایی ایجاد شده توسط دیکلوفناک سدیم و رسپتورهای کوروم سنسینگ Las در سودوموناس آئروژینوزا
شیرین شاهنگیانبیشتر خصوصیات بیماری زایی سودوموناس آئروژینوزا که یک باکتری گرم منفی فرصت طلب است، توسط سیستم های سنجش حد نصاب آن کنترل می شود. بنابراین، مسدود کردن مسیرهای سنجش حد نصاب می تواند به عنوان یک استراتژی مناسب برای مقابله با سودوموناس آئروژینوزا استفاده شود. داروهای ضد الته چکیده کاملبیشتر خصوصیات بیماری زایی سودوموناس آئروژینوزا که یک باکتری گرم منفی فرصت طلب است، توسط سیستم های سنجش حد نصاب آن کنترل می شود. بنابراین، مسدود کردن مسیرهای سنجش حد نصاب می تواند به عنوان یک استراتژی مناسب برای مقابله با سودوموناس آئروژینوزا استفاده شود. داروهای ضد التهاب غیر استروئیدی از جمله محبوب ترین مواد شیمیایی مورد استفاده در درمان عفونت های میکروبی هستند. در مطالعه حاضر، فضای برهمکنش شیمیایی دیکلوفناک سدیم، یک داروی ضدالتهاب غیراستروئیدی معروف، در مقابله با دو گیرنده اصلی سیستم سنجش حد نصاب در سودوموناس آئروژینوزا (LasI و LasR) بررسی شده است. ساختارهای بهینه شده لیگاندها و گیرندهها با استفاده از AutoDock Vina که بخشی از نرمافزار PyRx است، تحت شبیهسازی داکینگ مولکولی قرار گرفتند. نتایج به دستآمده از داکینگ مولکولی و تحلیل فضای برهمکنشی، انرژیهای اتصال مناسبی را برای دیکلوفناک سدیم در مقابله با هر دو گیرنده نشان داد. اگرچه، انرژی اتصال دیکلوفناک سدیم برای گیرنده LasR منفی تر بود که نشان دهنده میل ترکیبی بالاتر دیکلوفناک سدیم برای این گیرنده است. در نهایت، بر اساس نتایج بدست آمده، پیشنهاد میشود که دیکلوفناک سدیم پتانسیل خوبی برای اتصال به هر دو گیرنده دارد، که این به نوبه خود می تواند با کاهش بیان برخی از ژن های مربوط به فاکتورهای بیماری زایی همراه باشد. بنابراین، دیکلوفناک سدیم را می توان به عنوان یک مهارکننده بالقوه برای سیستم حد نصاب در سودوموناس آئروژینوزا در نظر گرفت. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
14 - سنتز ترکیبهای دیهیدروپیرانوکربونیتریل بر پایه کوجیک اسید متصل به حلقه 3،2،1-تریآزول با روش شیمی کلیک و ارزیابی آنها بهعنوان مهارکنندههای آنزیم تیروزیناز
زهرا نجفی سهیلا اسمعیلی سعید بابایی بهنام خالصه غلامعباس چهاردولی مهدی خوشنویس زاده تهمینه اکبرزادهدر این پژوهش، سنتز ترکیب های دی هیدروپیرانوکربونیتریل بر پایه کوجیک اسید متصل به حلقه 3،2،1- تری آزول با روش شیمی کلیک و ارزیابی آن ها به عنوان مهارکنندههای آنزیم تیروزیناز انجام شد. حلقه زایی تری آزول در ترکیب های هدف با روش کلاسیک شارپلس و درحضور کاتالیست مس انجام چکیده کاملدر این پژوهش، سنتز ترکیب های دی هیدروپیرانوکربونیتریل بر پایه کوجیک اسید متصل به حلقه 3،2،1- تری آزول با روش شیمی کلیک و ارزیابی آن ها به عنوان مهارکنندههای آنزیم تیروزیناز انجام شد. حلقه زایی تری آزول در ترکیب های هدف با روش کلاسیک شارپلس و درحضور کاتالیست مس انجام شد. ترکیب ها شامل سه گروه مشتق های کوجیک اسید دارای حلقه ۳،۲،۱-تری آزول بودند که برمبنای ۴-هیدروکسی بنزآلدهید، ۳-هیدروکسی بنزآلدهید و ۴-هیدروکسی-۳-متوکسی بنزآلدهید (وانیلین) سنتز شدند. ارزیابی برونتنی اثر مهارکنندگی آنزیم تیروزیناز همه ترکیب ها انجام شد. اکثر ترکیب ها قدرت مهاری متوسط را از خود نشان دادند و در نهایت نتیجه ها به صورت درصد مهار گزارش شدند. از میان آن ها، ترکیب های 8d ، 8f، و 8n بهترین درصد فعالیت مهاری آنزیم تیروزیناز با درصدهای به ترتیب ۸۸/۲ ± ۱۲/۴۰، ۰۵/۳ ± ۵۳/۴۵، و ۰۵/۲ ± ۵۲/۴۲ را نسبت به کوجیک اسید به عنوان شاهد استاندارد μM) ۱1/۲ ± ۶۹/ ۱۹) نشان دادند. مطالعه های داکینگ نشان داد که ترکیب ها با آمینو اسیدهای اطراف مکان فعال آنزیم تیروزیناز برهم کنش دارند. همچنین، بررسی ویژگی های دارونمایی و جنبش شناسی دارویی برای ترکیب های منتخب، محاسبه شد و در گستره قابل قبول قرار گرفتند. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
15 - تهیه و شناسایی نانوذرات نقره عاملدارشده با 4-بنزنسولفونامیدتیوفنل و بررسی پیوند آن با دیاکسیریبونوکلوئیک اسید(DNA) و سرم آلبومین انسانی (HSA) و سرم آلبومین گاوی (BSA) به روشهای متفاوت طیفنورسنجی
فرشته امیری مرضیه صادقی طاهره شکرینانوذه های نقره عامل‎دار‎شده با 4-بنزن‎سولفونامیدتیوفنل (BSATP-AgNPs) تهیه و تشکیل نانوذرات BSATP-AgNPs با روش‎های طیف سنجی فروسرخ تبدیل فوریه (FTIR‎)، طیف های رزونانس مغناطیسی (1H NMR)، میکروسکوپی عبوری الکترونی (TEM) و طیف‎نورسنجی UV-Vis شناسای چکیده کاملنانوذه های نقره عامل‎دار‎شده با 4-بنزن‎سولفونامیدتیوفنل (BSATP-AgNPs) تهیه و تشکیل نانوذرات BSATP-AgNPs با روش‎های طیف سنجی فروسرخ تبدیل فوریه (FTIR‎)، طیف های رزونانس مغناطیسی (1H NMR)، میکروسکوپی عبوری الکترونی (TEM) و طیف‎نورسنجی UV-Vis شناسایی شد. برهم کنش نانوذرات با دی‎اکسی‎ریبونوکلوئیک اسید (DNA) و سرم آلبومین انسانی (HSA ) و سرم آلبومین (BSA‎) گاوی با روش های طیف‎نورسنجی UV-Vis، طیف سنجی فلورسانس، طیف دورنگ‎نمایی دورانی (CD)، اندازه‎گیری گران‎روی و داکینک مولکولی بررسی شد. داده‎های طیفی دورنگ‎نمایی دورانی نشان داد که پیوند نانوذرات با DNA منجر به تغییر در ساختار DNA می‎شود که نشان‎دهنده حالت پیوند شیار جزیی است. در فلورسانس نانوذره های BSATP-AgNPs در حضور مقادیر متفاوت DNA کاهش شدت مشاهده شد. عامل‎های ترمودینامیکی نشان داد که پیوند یونی نقش اصلی را در پیوند نانوذرات به DNA دارند. مطالعه های داکینگ مولکولی نیز حاکی از وجود شیار جزئی پیوند است. با توجه به نتایج و داده‎های آزمایشی، برهم کنش قابل‎توجهی بین نانوذرات BSATP-AgNPs با HSA و BSA مشاهده شد. نتایج داده‎های CD نشان داد که صورتبندی مولکول‎های HSA و BSA به‎طور قابل‎توجهی در حضور نانوذرات BSATP-AgNPs تغییر می‎کند. مقادیر ΔH0 منفی و ΔS0 مثبت نشان داد که برهم کنش عمده بین نانوذرات و HSA پیوند های هیدروژنی و نیروهای ضعیف واندروالس است. افزون‎براین، با توجه به داده‎های ترمودینامیکی (آنتالپی منفی و تغییرات آنتروپی مثبت)، آب‎گریزی نقش پایه‎ای در پیوند نانوذرات به BSA ایفا کرده است. نتایج آزمایش های رقابتی نشان‎دهنده های جایگاه پیوند تایید کرد که نانوذرات BSATP-AgNPs به سرم آلبومین انسانی در مکان I زیرگروه IIA و به BSA در مکان II پیوند شده است. نانوذه های نقره عامل‎دار‎شده با 4-بنزن‎سولفونامیدتیوفنل (BSATP-AgNPs) تهیه و تشکیل نانوذرات BSATP-AgNPs با روش‎های طیف سنجی فروسرخ تبدیل فوریه (FTIR‎)، طیف های رزونانس مغناطیسی (1H NMR)، میکروسکوپی عبوری الکترونی (TEM) و طیف‎نورسنجی UV-Vis شناسایی شد. برهم کنش نانوذرات با دی‎اکسی‎ریبونوکلوئیک اسید (DNA) و سرم آلبومین انسانی (HSA ) و سرم آلبومین (BSA‎) گاوی با روش های طیف‎نورسنجی UV-Vis، طیف سنجی فلورسانس، طیف دورنگ‎نمایی دورانی (CD)، اندازه‎گیری گران‎روی و داکینک مولکولی بررسی شد. داده‎های طیفی دورنگ‎نمایی دورانی نشان داد که پیوند نانوذرات با DNA منجر به تغییر در ساختار DNA می‎شود که نشان‎دهنده حالت پیوند شیار جزیی است. در فلورسانس نانوذره های BSATP-AgNPs در حضور مقادیر متفاوت DNA کاهش شدت مشاهده شد. عامل‎های ترمودینامیکی نشان داد که پیوند یونی نقش اصلی را در پیوند نانوذرات به DNA دارند. مطالعه های داکینگ مولکولی نیز حاکی از وجود شیار جزئی پیوند است. با توجه به نتایج و داده‎های آزمایشی، برهم کنش قابل‎توجهی بین نانوذرات BSATP-AgNPs با HSA و BSA مشاهده شد. نتایج داده‎های CD نشان داد که صورتبندی مولکول‎های HSA و BSA به‎طور قابل‎توجهی در حضور نانوذرات BSATP-AgNPs تغییر می‎کند. مقادیر ΔH0 منفی و ΔS0 مثبت نشان داد که برهم کنش عمده بین نانوذرات و HSA پیوند های هیدروژنی و نیروهای ضعیف واندروالس است. افزون‎براین، با توجه به داده‎های ترمودینامیکی (آنتالپی منفی و تغییرات آنتروپی مثبت)، آب‎گریزی نقش پایه‎ای در پیوند نانوذرات به BSA ایفا کرده است. نتایج آزمایش های رقابتی نشان‎دهنده های جایگاه پیوند تایید کرد که نانوذرات BSATP-AgNPs به سرم آلبومین انسانی در مکان I زیرگروه IIA و به BSA در مکان II پیوند شده است. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
16 - بررسی تاثیر ترانسچالکون بر روی فیبریلاسیون پروتئین انسولین
ماریا امیدی شاهسوندی پریچهره یغمایی شهین احمدیان آزاده ابراهیم حبیبیفیبریل های آمیلوئیدی تجمعات رشته مانندی هستند که از باز شدن ساختار طبیعی و بدتاخوردگی انواع مختلف پپتیدها و پروتئین ها بوجود می آیند. این تجمعات آمیلوئیدی با برخی از بیماری ها نظیر بیماری های تحلیل برنده عصبی و سیستماتیک از قبیل آلزایمر، پارکینسون و دیابت نوع دو در ارتب چکیده کاملفیبریل های آمیلوئیدی تجمعات رشته مانندی هستند که از باز شدن ساختار طبیعی و بدتاخوردگی انواع مختلف پپتیدها و پروتئین ها بوجود می آیند. این تجمعات آمیلوئیدی با برخی از بیماری ها نظیر بیماری های تحلیل برنده عصبی و سیستماتیک از قبیل آلزایمر، پارکینسون و دیابت نوع دو در ارتباط می باشند. هدف از این مطالعه بررسی اثرات مهاری ترانسچالکون در مهار فرایند فیبریلاسیون انسولین (پروتئین مدل) می باشد. در مرحله اول با استناد به مطالعات انجام شده، شرایط مناسب برای تشکیل فیبریل های آمیلوئیدی برای پروتئین مدل مد نظر ما فراهم شد. سپس پپتید انسولین در حضور و عدم حضور ترانسچالکون به مدت 24 ساعت در شرایط تشکیل تجمعات آمیلوئیدی انکوبه شد و فیبریل های تشکیل شده با تکنیک های مختلف از جمله مطالعه تغییرات جذب نوری کنگورد با تکنیک اسپکتروسکوپی، تصاویر حاصل از میکروسکوپ الکترونی گذاره (TEM) و تصویربرداری و آنالیز تجمعات آمیلوئیدی با میکروسکوپ فلورسان بررسی شدند در نهایت، با استفاده از روش داکینگ مولکولی توسط نرم افزار AutoDock برهمکنش های احتمالی ترکیب ترانسچالکون با پپتید انسولین تحلیل شد. نتایج حاصل از پژوهش، کاهش قابل ملاحظه تجمعات آمیلوئیدی را در نمونه تغییر داده شده نسبت به نمونه شاهد نشان داد. پرونده مقاله