مقدمه: ناکارآمدی ارتباطات بین دانشگاه‌ علوم پزشکی و بیمارستان‌های آموزشی وابسته آن، می‌تواند در مدیریت بیمارستان و کارکردهای مختلف آن مانند ارائه خدمات، آموزش و پژوهش مشکلاتی ایجاد کند. این مطالعه به‌منظور درک دقیق این ارتباطات و نیز چالش‌های موجود از دیدگاه ذی‌نفعان مختلف در یکی از دانشگاه‌های علوم پزشکی مستقر در شهر تهران، انجام شد. روش پژوهش: در این مطالعه کیفی، برای جمع‌آوری داده‌ها، ۳۳ مصاحبه حضوری نیمه‌ساختارمند و یک بحث گروهی متمرکز انجام شد. شرکت‌کنندگان از طریق نمونه‌گیری هدفمند و گلوله برفی، از بیمارستان‌های آموزشی و واحدهای ستادی انتخاب شدند. برای تحلیل داده‌های مصاحبه‌ها از روش تحلیل محتوای قراردادی و نرم‌افزار تحلیل کیفی MAXQDA استفاده شد. کدزنی و طبقه‌بندی کدها توسط دو پژوهشگر به صورت مستقل انجام شد. یافته‌ها: از چالش‌های موجود در ارتباطات بیمارستان‌ها و واحدهای مختلف ستادی دانشگاه، ۱۲۷۵کد به دست آمد که پس از دسته‌بندی‌های مفهومی، به ۱۴ ساب‌تم و ۴ تم اصلی تصمیم‌گیری و سیاست‌گذاری، تأمین منابع، نظارت و ارزیابی و جریان اطلاعات طبقه‌بندی شدند که همه این تم‌ها زیرمجموعۀ یک تم محوری به نام یکپارچگی قرار گرفتند. نتیجه‌گیری: تحلیل وضعیت موجود و چالش‌های ناشی از آن، لزوم بازنگری ارتباطات بین بیمارستان‌های آموزشی با واحدهای ستادی دانشگاه را نشان داد. این بازنگری باید به سمت کاهش تمرکزگرایی و افزایش قدرت تصمیم‌گیری در بیمارستان‌ها در ابعاد مختلف باشد. بدیهی است با توجه به مسئولیت اجتماعی و لزوم پاسخگویی دانشگاه و بیمارستان‌ها به انتظارات آموزشی و نیازهای درمانی جامعه، باید نقش حاکمیتی و نظارتی ستاد دانشگاه به خوبی مشخص و به درستی اجرا گردد. پرونده مقاله