تبیین هستی شناختی فطرت ارتباط مستقیمی با مسئله‌ی اصالت وجود یا ماهیت دارد. به‌گونه‌ای که متأثر از هرکدام نقش آن در تکامل انسان و تحقق معنای انسانیت متفاوت است. بسیاری از فلاسفه‌ی اسلامی پس از سهروردی بنا را بر اصالت وجود گذاشتند. ملاصدرا در این بحث پیشگام است.و مبنای اصلی حکمت متعایه بر اصالت وجود و اعتباریت ماهیت قرار گرفته است. اگر ماهیت اعتباری و ساخته‌وپرداخته‌ی ذهن است و اگر فطرت انسان همان ماهیت انسان است فلذا طبق مبانی اصالت وجود نمی‌توان برای فطرت اصالتی قائل شد؛ بنابراین یا باید از اصالت وجود دست کشید یا فطرت را انکار کرد و یا راه‌حلی ارائه داد که میان ماهیت و فطرت اثبات تغایر کرد.از فطرت نمیتوان دست کشید و اثبات تغایر نیز ممکن نیست پس در هر صورت بر اساس مبانی فلسفی حکمت متعایه هیچ تبیین معقول وجود شناختی از فطرت نمیتوان ارایه داد و باید در این مبانی تجدید نظر شود. پرونده مقاله