شبه قارچ عامل بیماری پوسیدگی ریشه و ساقه فلفل Phytophthora capsiciیکی از مخرب‌ترین عوامل کاهنده عملکرد گیاه فلفل در مناطق تحت کشت این محصول در دنیا می‌باشد. این بیمار گر می تواند در تمام مراحل رشدی به ریشه ها و طوقه گیاه حمله کند و سبب پژمردگی یا مرگ گیاه گردد. در این تحقیق، جدایه های شبه قارچ بیمار گر از مزارع و گلخانه های فلفل مناطق مختلف شهرستان ورامین از گیاهان بیمار دارای علائم مرگ گیاهچه، پوسیدگی ریشه و طوقه و بوته‌میری جمع آوری شد. نمونه‌ها پس از شستشو و ضدعفونی سطحی، در محیط کشت نیمه انتخابی (CMA+ PARPH) کشت گردیدند. تشخیص گونه‌ بر اساس خصوصیات مورفولوژیک و کلید های شناسایی اروین وریبیرو (1996) انجام گرفت. بیماری‌زایی گونه‌ها روی گیاهان میزبان مربوطه به اثبات رسید و تفاوت بیماری زایی جدایه پس از مایه زنی روی فلفل رقمPlato تعیین گردید. بر اساس نتایج به دسـت آمده از کل نمونه‌بـرداری‌ها از مناطـق مختلف، جمعاً 10 جدایـه خالص P. capsici به دست آمد. جدایه Ph-pi-51 جمع آوری شده از روی فلفل از منطقه پیشوا با شاخص شدت بیماری 6/91 درصد در گروه آماری a با بیش ترین میزان بیماری زایی به عنوان قوی ترین بیمار گر قرار گرفت. به ترتیب، جدایه کریم آباد Ph-ka-21، با شاخص شدت بیماری6/88 در گروه آماری ab با بیشترین بیماری زایی بعد از جدایه پیشوا بوده است و همچنین جدایه های Ph-ta-16و Ph-dv-44 با شاخص شدت بیماری 8/48 و3/33 کم ترین میزان بیماری زایی روی فلفل داشته است و در گروه بیمار گر های با بیماری زایی ضعیف قرار گرفتند. پرونده مقاله