چکیده ویروس برونشیت عفونی (IBV) عامل بیماری ویروسی حاد تنفسی در طیور همراه با رال‌های تنفسی و سرفه و عطسه می‌باشد. کرونا ویروس‌ها طیف گسترده‌ای از بیماری‌های تنفسی، روده‌ای، کبدی، عصبی با حدت‌های مختلف در گربه‌ها، سگ‌ها، خوک‌ها، جوندگان، گاو، پرندگان و انسان ایجاد می‌کنند. ویروس برونشیت عفونی عامل بسیار واگیردار بیماری برونشیت عفونی در طیور می‌باشد. کرونا ویروس‌ها توانایی نوترکیبی و جهش زیادی دارند. توالی‌یابی ژنS1 برای مطالعات اپیدمیولوژی مولکولی و مشخصات ژنوتیپی ویروس برونشیت عفونی کاربرد دارد. به منظور فراهم شدن درک بهتری از اپیدمیولوژی مولکولی ویروس برونشیت عفونی در ایران جدایه‌های ژن S1 ویروس برونشیت عفونی طیور که در مزارع گوشتی در استان اردبیل جمع‌آوری شده بود، در این مطالعه توالی یابی شد. در سال 1395 در محدوده استان اردبیل 30 عدد سواب نای از گله‌های گوشتی به صورت تصادفی برای ردیابی و تعیین ژنوتیپ ویروس جمع‌آوری گردید. سپس RNA آنها با استفاده از کیت تخلیص RNA استخراج گردید. ساخت cDNA با روش RT-PCR صورت گرفت و محصول RT-PCR با روش Nested- PCR با پرایمرهای کد کننده5'UTR، تکثیر شد. این کار جهت شناسایی ویروس برونشیت عفونی صورت گرفت.برای تعیین ژنوتیپ نمونه‌های مثبت (توالی یابی ژن گلیکوپروتئین S) با ارسال به شرکت کره‌ای انجام شد. 70 درصد نمونه‌های نایی مثبت بودند که در ادامه شناسایی سروتیپ‌ها بر اساس پروتکل‌های موجود انجام شد. در این مطالعه مراحل استخراج و RT-PCR بر روی نمونه‌های مشکوک مثبت چندین بار تکرار شد. می‌توان نتیجه گرفت که کرونا ویروس در بین گله‌های گوشتی کشور در حال چرخش است. در طول مراحل آزمایش از دو کنترل منفی شامل کنترل منفی استخراج و کنترل منفی واکنش RT-PCR استفاده گردید. آنالیز ژنتیکی بر اساس توالی نوکلئوتیدی بخش بسیار تغییر پذیر ژن S1 نشان داد که میزان کلی عفونت 65-70% بود و این ژنوتیپ‌ها با این درصد مشخص شد: (واریانت2 (IS/1494), 52.3%، 793/B 33.5% , MASS 9.5%، QX 4.7% ) پرونده مقاله