نشانگر مولکولی ISSR به منظور جداسازی نژادهای کرم ابریشم Bombyx mori بومی ایران استفاده شد و استخراج DNA با استفاده از روش فنل- کلروفرم صورت گرفت. پس از سنجش کمی و کیفی DNA استخراج شده و رقیق ‌سازی آن، مقادیر حاصل از باندهای به دست آمده روی ژل آگارز 5/1 درصد نمره‌ دهی و آنالیز صورت گرفت. نتایج نشان داد که باندهای مشاهده شده بین 1000-200 جفت باز قرار دارند و بیش ترین باندهای مشاهده شده مربوط به گونه بغدادی با 32 باند و کمترین تعداد باند مربوط به خراسانی-لیمویی با 25 باند بوده است. از میان آغازگرها بیش ترین تعداد باند مربوط به آغازگر 2 با 43 باند و کم ترین تعداد باند مربوط به آغازگر 4 با 30 باند بود. آنالیز خوشه‌ای نژاد‌های مورد مطالعه آن ها را در 3 گروه اصلی قرار داد. در گروه اول نژادهای گیلانی-نارنجی، هراتی-زرد و خراسانی- صورتی قرار گرفتند و نژادهای خراسانی- لیمویی و بغدادی هر کدام به تنهایی در گروه‌های جداگانه‌ای قرار گرفتند. در آنالیز خوشه‌ای گیلانی- نارنجی بیشترین شباهت را به هراتی- زرد نشان داد و این دو با نژاد خراسانی- صورتی در گروه اول قرار گرفتند. بیشترین تشابه ژنتیکی بین نژادهای گیلانی- نارنجی و هراتی- زرد و بیش ترین فاصله ژنتیکی بین نژاد بغدادی با هر چهار نژاد دیگر به دست آمد. به نظر می‌ رسد نشانگر ISSR بتواند به خوبی نژاد‌های مختلف کرم ابریشم با منشاء مختلف را از هم جدا سازد. لذا جهت اثبات آن کاربرد بیش از 30 آغازگر برای 14 فرد کرم ابریشم با توجه به 2n= 28 مناسب‌ تر است. پرونده مقاله