شوری خاک یکی از جدی ترین مشکلات در کشت گندم در ایران است که تأثیر زیان آور بر تولید محصول و رشد گیاه دارد. به منظور بررسی ژن‌های مرتبط با پاسخ به تنش شوری در گندم، تجزیه و تحلیل 3567 برچسب‌ توالی بیان شده (EST) از کتابخانه‌های برگ و ریشه گندم متحمل به شوری جمع‌آوری شده از بانک اطلاعاتی دانشگاه هاروارد انجام شد. نرم افزارهای EGassembler، CLCbio و IDEG6 به منظور تجزیه و تحلیل بیان ژن و ابزار طبقه‌بندی مقایسه‌ای GoMapMan به منظور دسته‌بندی کاتالوگ‌های عملکردی استفاده شد. اختلاف آماری معنی‌دار بین ژن‌های دو کتابخانه در 7 گروه کارکردی مشاهده شد. نتایج نشان داد که تبادلگرهای یون NHX1 نقش مهمی در هموستاز یون و تحمل تنش شوری در هر دو بافت برگ و ریشه ایفا می‌کنند. از آنجا که درک کامل سیستم تنظیم رونویسی ژن به تجزیه و تحلیل عملکردی عناصر cis-acting بستگی دارد، بنابراین عناصر تنظیم‌کننده موجود در ناحیه '5 تنظیمی ژن‌های NHX1 با استفاده از پایگاه های داده Plant CARE شناسایی شدند. چندین عنصر تنظیمی مرتبط با فرآیندهای بیولوژیکی، تنظیم هورمونی و پاسخ به تنش‌ها و محرک‌های محیطی شناسایی شدند. این پژوهش بینشی در مورد نقش عناصر cis-acting پروموتر در تنظیم بیان مکان- زمانی ژن NHX1 تحت تنش شوری ارائه می‌دهد. پرونده مقاله

The molecular basis of the plant meristem's dormancy-release is a sophisticated process and poorly understood. To find genes related to the release of the dormancy of the P. abies apical meristem, an expressed sequence tag analysis was used. The preliminary data for two cDNA libraries was gathered using the Harvard University database (Dormancy and dormancy-release libraries with 6987 and 6981 EST, respectively). The EGassembler software was used to assemble all EST sequences in order to find similarity between two libraries. After that, all contigs were processed using CLC bio software's X-blast against a non-redundant protein database. To detect genes with differential expression in two libraries, the IDEG6 software and the Audic-Claverie test were utilized. The GoMapMan comparative classification tool was used to categorize functional catalogs. All unigenes were grouped into 35 functional catalogs, of which 10 significantly different functional catalogs were identified, including major CHO metabolism, hormone metabolism, stress, transport, secondary metabolism, cofactors and vitamins, nucleotide metabolism, redox-regulation, mitochondrial electron transport/ATP synthesis, and fermentation. So far, there has been no report on the role of secondary metabolites in regulating plant meristem dormancy. This study provides insight into the probable function of secondary metabolites as major regulators of the apical meristem's dormancy in P. abies. In addition, redox and epigenetic changes downstream of hormones also appear to be involved in dormancy regulation. The potential of ROS specificity in terms of the spatio-temporal properties that characterize the expression of antioxidant enzymes allows them to be used as biomarkers in major developmental stages to develop a set of features in woody species that promote growth, wood, and fiber attributes. This research also provides information about the molecular mechanisms of the morphogenesis process in Norway spruce. پرونده مقاله