زمینه و هدف: کووید-19 یک بیماری ویروسی با شیوع جهانی است که به دلیل جهش¬های مختلفی که در ژنوم ویروس رخ می‏دهد، دارای واریانت¬های متعددی بوده و شدت و تظاهرات بالینی متنوعی دارد. یکی از پروتئین‏های مهم در پاتوژنز و ایمنی زایی ویروس، پروتئین نوکلئوکپسید یا پروتئین N است که دومین‏های مختلفی دارد و ایمونوژن ترین دومین آن جهت ارزیابی جهش‏های موجود در این تحقیق مورد بررسی قرار گرفت. مواد و روش¬ها: در این مطالعه در مجموع از 85 بیمار مبتلا به کرونا در استان زنجان نمونه برداری صورت گرفت، و سپس از این نمونه‏ها RNA ویروسی استخراج شده و cDNA ساخته شد. سپس با انجام PCR برای نقاط Hot Spot پروتئینN محصول PCR توالی یابی گردید. توالی‏ها از نظر وجود جهش مورد غربالگری قرار گرفته و فاکتورهای سرمی IgG و IgM مربوط به پروتئین N به روش الیزا مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج: جهش¬های 28881-2-3GGG>AAC، C28977T،C28932T ، C28854T، G28975T، G28881T، C28830T، C28905T و C28977T در پروتئین N مشاهده شدند، که این جهش¬ها در تشخیص ویروس با روش¬های مولکولی تداخل ایجاد می¬کنند. میزان آنتی بادی¬های سرمی IgM و IgGبا تست الایزا در بیماران بررسی شد. بیشترین میزان جهش در نوکلئوتید C28854T بود که منجر به تبدیل S194L می‏شد. همچنین این موارد جهش یافته تیتر IgG بالاتری داشتند. یک مورد جهش C28830T مشاهده شده در نمونه‏ها از جهش های شناسایی شده در نمونه‏های ایران بوده است، که منجر به تغییر S186F شده است. نتیجه گیری: منطقه مورد بررسی شامل بخشی از ژنوم ویروس بود که دامنه اتصال به RNA ویروسی پروتئین N را شامل می‏شد. این دومین قدرت ایمنی زایی بالایی داشته و می‏تواند در طراحی کیت‏های تشخیص ایمونولوژیک سریع، همچنین در پروب کیت‏های تشخیص مولکولی مورد استفاده قرار گیرد. این پروتئین که توالی آن نسبتا حفاظت شده است، در واریته‏های مختلف ویروس به علت اهمیت عملکردی و با توجه به جهش‏های اختصاصی می‏تواند در طراحی واکسن‏ها با در نظر گرفتن انواع ساب تایپ‏ها مورد استفاده قرار گیرد. پرونده مقاله