List of Articles GBLUP

• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  1 - مقایسه حساسیت روش‌های BayesC و (GBLUP) در برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی تحت تفاوت جایگاه صفات کمی مدل مفروض
  M. Shirali S.R. Miraei-Ashtiani A. Pakdel C. Haley P. Navarro R. Pong-Wong
  هدف از این مطالعه، مقایسه صحت ارزش‌های اصلاحی برآورد شده و پیش‌بینی شده، به وسیله دو رویکرد مختلف، GBLUP  و BayesC، با استفاده از داده‌های شبیه سازی شده تحت توزیع‌های متفاوت اثرات جایگاه‌های مؤثر بر صفات کمی (QTL)، بود. داده‌ها با استفاده از سه توزیع متفاوت برای اث More

  هدف از این مطالعه، مقایسه صحت ارزش‌های اصلاحی برآورد شده و پیش‌بینی شده، به وسیله دو رویکرد مختلف، GBLUP  و BayesC، با استفاده از داده‌های شبیه سازی شده تحت توزیع‌های متفاوت اثرات جایگاه‌های مؤثر بر صفات کمی (QTL)، بود. داده‌ها با استفاده از سه توزیع متفاوت برای اثرات QTL، توزیع‌های یکنواخت، نرمال و گاما (66/1 و 4/0)، شبیه سازی شد. برای تعداد QTL مقادیر 5، 10 و 20 فرض شد. در نهایت، 9 سناریوی متفاوت برای مقایسه ارزش‌های اصلاحی برآورد شده حاصل از نشانگرها ایجاد شد و با استفاده از آزمونT  با هم مقایسه شدند. در مقایسات بین GBLUP و BayesC بر روی سناریوهای متفاوت صفات مورد مطالعه، برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی به دست آمد و فارغ از توزیع‌ها و فرضیات به کار رفته، این برآوردها با ارزش‌های اصلاحی واقعی در جمعیت آزمون همبستگی بالایی (80/0r>) را نشان داند. در اکثر صفات شبیه سازی شده، BayesC برآوردهای صحیح‌تری از GBLUP ارائه کرد. در تمامی سناریوها فارغ از توزیع‌های متفاوت اثرات QTL و در همه تعداد QTL، GBLUP همواره صحت بالایی ارائه کرد. BayesC در صفات دارای تعداد کمتر QTL و توزیع گامای اثرات QTL، صحت‌های بالاتری را ارائه کرد. درنتیجه، GBLUP و BayesC در همه سناریوها، همواره صحت‌های بالایی ارائه کردند، هرچند BayesC در صفات دارای تعداد کمتر QTL با توزیع گامای اثرات عملکرد بهتری داشت. Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  2 - Assessment of Alternative Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Weighting Methods for Single-Step Genomic Prediction of Traits with Different Genetic Architecture
  S. Moghaddaszadeh-Ahrabi M. Bazrafshan
  Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  3 - اثر تراکم نشانگری، تعداد QTL و وراثت‌پذیری صفت بر صحت انتخاب ژنومی
  ف. علاء نوشهر س.ع. رأفت ر. ایمانی-نبئی ص. علیجانی ک. روبرت گرنیه
  پیشرفت انتخاب ژنومی به طور گسترده­ای وابسته به وجود عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و QTLها، تعداد QTL و وراثت­پذیری صفت است. وجود عدم تعادل پیوستگی به ساختار ژنتیکی جمعیت و تراکم نشانگری بستگی دارد. این مطالعه جهت تخمین اثر تراکم نشانگر، وراثت­پذیری صفت و تع More

  پیشرفت انتخاب ژنومی به طور گسترده­ای وابسته به وجود عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و QTLها، تعداد QTL و وراثت­پذیری صفت است. وجود عدم تعادل پیوستگی به ساختار ژنتیکی جمعیت و تراکم نشانگری بستگی دارد. این مطالعه جهت تخمین اثر تراکم نشانگر، وراثت­پذیری صفت و تعداد QTL روی صحت ارزش­های اصلاحی ژنومی توسط دو روش آماری GBLUP و بیزA صورت پذیرفت. بنابراین سه صفت (تولید شیر، وزن لاشه و وزن بلوغ) به ترتیب با وراثت­پذیری 1/0، 3/0 و 5/0 با ژنومی شامل 3 کروموزوم، هر کدام به طول 100 سانتی­مورگان در گوسفند شبیه­سازی شد. سه سطح مختلف تراکم نشانگری (1000، 2000 و 3000) با سه سطح متفاوت تعداد QTL شامل 100، 200 و 300 در نظر گرفته شد. داده­ها با دو توزیع متفات اثر QTL شامل توزیع یکنواخت و گاما (66/1=α و 4/0=β) شبیه‌سازی شدند. تراکم نشانگری، تعداد QTL، توزیع اثرات QTL و سطوح مختلف وراثت­پذیری صفت به طور معنی­داری صحت ارزش اصلاحی ژنومی را تحت تأثیر قرار دادند (05/0>P). بیشترین میزان صحت ارزش اصلاحی ژنومی توسط روش بیزA در صفاتی با تعداد QTL پایین و توزیع گاما اثر QTL حاصل شد. بر اساس نتایج حاصل از این شبیه­سازی، وراثت­پذیری صفت همانند تراکم نشانگری می­تواند سبب افزایش عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و QTLها شود که این امر در اجرای موفق انتخاب ژنومی ضروری می­باشد. Manuscript profile