تشخیص و درمان مناسب ورم پستان تحت بالینی کاندیدیایی می تواند تأثیر بسزائی در سلامت گاوهای شیری و محصولات لبنی داشته باشد. اما عوارض جانبی داروهای ضد قارچی، به عنوان اصلی ترین محدودیت درمانی در حوزه دامپزشکی شناخته شده است. لذا هدف از مطالعه حاضر، شناسایی مولکولی گونه های کاندیدیایی در شیر گاوهای مبتلا به عفونت تحت بالینی و ارزیابی اثر ضد قارچی عصاره میوه آستراگالوس کرناتوس و صمغ گیاه خارشتر (ترنجبین) ایرانی می باشد. در این مطالعه از 70 شیر خام، 32 نمونه براساس افزایش تعداد سلولهای سوماتیک انتخاب شدند. سپس شناسایی اولیه و قطعی گونه های کاندیدا به ترتیب با استفاده از محیط کروموژنیک و PCR-RFLP انجام شد. درنهایت، اثر عصاره های اتانولی و متانولی (غلظت 1000، 500 و 250 mg/ml) هر دو گیاه، توسط روشهای چاهک و دیسک گذاری ارزیابی شدند. یافته ها نشان داد که از 15 نمونه مثبت، گونه های غیرآلبیکنس شامل کاندیدا کفیر، کاندیدا فاماتا و مخلوط آنها، فراوانی بیشتری (33/93%) نسبت به کاندیدا آلبیکنس (67/6%) داشتند. براساس سنجش خاصیت ضد قارچی، میانگین اثر مهاری نیستاتین بر کاندیدا فاماتا (6/28 میلیمتر)، آلبیکنس (7/26 میلیمتر) و کفیر (8/25 میلیمتر) نشان دهنده حساسیت هر سه گونه بدون تفاوت معنا دار (171/0= P-value) بود. درحالیکه، غلظتهای تهیه شده از هر دو عصاره، دارای اثر قابل توجهی در مقایسه با نیستاتین نبودند. با توجه به تنوع عوامل دخیل در کیفیت و میزان اثر ترکیبات گیاهی بر پاتوژنهای حیوانی، شناسایی گسترده تر بر روی فاکتورهای محیطی و ترکیبات ضد قارچی مستخرج از میوه آستراگالوس کرناتوس و صمغ ترنجبین ایرانی ضروری می باشد.