In this manuscript; Molecular dynamics simulation was tested on COVID -19 main protease (PDB: 6LU7) with the docking studies have been employed using autodock-vina-1.1.2-4 and autodock- mgltools-1.5.6 (flex) programs to evaluate the interactions. HIV-1 Protease is a prerequisite for viral replication. In this manuscript; Molecular dynamics simulation was tested on COVID -19 main protease (PDB: 6LU7) with the docking studies have been employed using autodock-vina-1.1.2-4 and autodock- mgltools-1.5.6 (flex) programs to evaluate the interactions. Regular and Flexible docking approaches were run. Molecular dynamics simulation was tested on COVID -19 main protease (PDB: 6LU7) with molecule 7. Drug-likeness descriptors of compounds such as logP (partition coefficient), H-Bond Acceptor (HBA), H-Bond Donor (HBD), number of Rotable Bond (nRB), and nHB calculated by DruLiTo. In the molecular docking study, the maximum binding affinity of -5.9 kcal/mol was obtained between each of COVID -19 main protease (PDB: 6LU7) enzyme systems and the geometric-optimized molecules, representing a strong interaction. The reference molecule PRD_002214 of Mpro forms four hydrogen bonds with Glu 166, Phe 140, Gln 189, His 163, and some hydrophobic bonds. In this study, molecules 7 (Amprenavir) and 15 were presented as the most stable ones that may be introduced for further investigations, including clinical experiments. Manuscript profile

هدف: عامل سل، مایکوباکتریوم توبرکلوزیس است. یک‌سری از ترکیبات جدید هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید، به عنوان بازدارنده‌های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس گزارش شده‌اند. در این راستا، هدف پژوهش حاضر مطالعه QSAR، داکینگ و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی تعدادی از ترکیبات هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید به عنوان عامل‌های ضد سل جدید است.مواد و روش‌ها: الگوریتم رقابت استعماری، PLS، PCR، LASSO و شبیه‌سازی مونته کارلو در محاسبات QSAR انجام گردید. همچنین محاسبات داکینگ و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی میتوباکتریوم توبرکلوزیس با کد 4XGQ انجام شده است.یافته‌ها: جرم‌های‌ اتمی، الکترونگانیویتی اتمی ساندرسون، شاخص Ghose–Viswanadhan-Wendoloski hyptonic-like و شاخص Ghose–Viswanadhan-Wendoloski antiinfective-like در این بررسی مهم بودند. در برنامه کورال سی، از فایل اسمایل استفاده شد. RMSE برای آموزش و تست در الگوریتم رقابت استعماری، به ترتیب 1395/0 و 2970/0 بودند. در روش مونته کارلو نتایج برای سری آموزش به‌صورت 7n=، 9931/0R²=، 9857/0 Q²=و 039/0 MAE=و برای سری تست به‌صورت 6n=، 9413/0R²=، 9107/0Q²=و 367/0 MAE=بدست آمد.نتیجه‌گیری: مولکول‌های 10 و 11 ترکیبات پایداری هستند که برای بررسی‌های بیشتر از جمله مطالعات آزمایشگاهی کلینیکی پیشنهاد می‌شوند. Manuscript profile

توسعه QSAR و داکینگ مولکولی کلید ارزیابی پاتومکانیسم بیماری های اپی ژنی هستند. QSAR، داکینگ مولکولی و شبیه سازی دینامیک مولکولی روی تعدادی از مدولاتور اصلاح شده کروماتین پروتیینی به عنوان عوامل ضد سرطان انجام شده است. الگوریتم رقابت استعماری، PLS، PCR، MLR و شبیه سازی مونته کارلو در مدل های QSAR استفاده شده است. توصیف کننده های انتخاب شده شامل جرم اتمی ،حجم واندروالس ، شکل و ساختار ژیومتری ترکیبات بودند.سپس بررسی های داکینک مولکولی با برنامه اتوداک وینا با دقت بالا انجام شد. بر اساس تعداد پیوند هیدروژنی، طول پیوند، افینیتی و RMSD بهترین کمپلکس ها انتخاب شدند. بر اساس مطالعات QSAR ,داکینگ مولکولی و شبیه سازی دینامیک مولکولی ترکیبات 9 و 14 برای داروهای ضد سرطان پیشنهد می شوند. توصیف کننده های Drug-likeness از ترکیبات با برنامه DruLiTo محاسبه شدند. در مطالعات داکینگ بالاترین افینیتی 9 کیلوکالری بر مول بود که بین سیستم آنزیمی PDB: 3MXF و مولکول های بهینه شده بوده که نشان از برهمکنش قوی دارد. Manuscript profile