توزیع آللی و ژنوتیپی در چندشکلی تک ‌نوکلئوتیدی (SNP) G.676A>G ژن گیرنده ملانوکورتین-1 (MC1R) در نژادهای بز اندونزی

Subject Areas : Camel

د. ماهارانی ¹ , اس. الیسر ² , آ.جی.اس. بودیساتریا ³ , آ. باتوبارا ⁴ , د.ن.اچ. هاریونو ⁵ , آ.پی.ز.ن.ل. ساری ⁶

1 - Department of Animal Breeding and Reproduction, Faculty of Animal Science, Universitas Gadjah Mada, Jl. Fauna 3, Bulaksumur, Yogyakarta 55281, Indonesia
2 - Indonesian Goat Research Institute Sei Putih, Galang 20585, North Sumatera, Indonesia
3 - Department of Animal Breeding and Reproduction, Faculty of Animal Science, Universitas Gadjah Mada, Jl. Fauna 3, Bulaksumur, Yogyakarta 55281, Indonesia
4 - Indonesian Goat Research Institute Sei Putih, Galang 20585, North Sumatera, Indonesia
5 - Department of Animal Breeding and Reproduction, Faculty of Animal Science, Universitas Gadjah Mada, Jl. Fauna 3, Bulaksumur, Yogyakarta 55281, Indonesia
6 - Department of Animal Breeding and Reproduction, Faculty of Animal Science, Universitas Gadjah Mada, Jl. Fauna 3, Bulaksumur, Yogyakarta 55281, Indonesia

Received: 2018-12-18 Accepted : 2019-02-16 Published : 2019-12-01

Keywords: توزیع الل, بز محلی, ژن MC1R,

Abstract :

ژن گیرنده ملانوکورتین-1 (MC1R) در مطالعات بسیاری در مورد تغییر رنگدانه در گونه‌های مختلف مورد بررسی قرار گرفته است. بر این اساس برای تعیین توزیع آللی و ژنوتیپی آن، ما ژن MC1R بز را از 78 فرد در 10 جمعیت (Gembrong، Senduro، Ettawa Grade، Boerawa، Boerka، Kosta، Samosir، Muara، Boer و Kacang) توالی‌یابی کردیم. روش توالی‌یابی مستقسم برای تشخیص چندشکلی‌های تک ‌نوکلئوتیدی (SNPs) بکار گرفته شد. سه SNPs (g.676A>G، g.748G>T و g.801C>G) در ژن هدف شناسایی شدند. SNP g.676A>G برای ژنوتیپ حیوانات بررسی شده توسط روش PCR-RFLP با آنزیم محدود کننده EarI استفاده شد. در تمامی جمعیت‌های مطالعه شده، آلل A بیشترین فراوانی را داشت (83 درصد) و آلل G کمترین فراوانی را داشت (17 درصد). فراوانی ژنوتیپ هموزیگوس AA در بزهای Kacang بالاترین بود (90 درصد)، اگرچه که ژنوتیپ هتروزیگوس AG در بزهای Senduro و Boer تثبیت شده بود. آنالیز هتروزیگوسیتی مشاهده شده، هتروزیگوسیتی مورد انتظار، هتروزیگوسیتی مورد انتظار Nei’s (1973)، و شاخص شانون به ترتیب 3425/0، 2858/0، 2838/0 و 4578/0 بودند. توزیع ژن MC1R در تمامی نژادها با تعادل هاردی-واینبرگ تأیید شد (05/0<P).

References:

Ditjenpkh. (2017). Livestock and Animal Health Statistics. Directorate General of Livestock and Animal Health Service, Jakarta, Indonesia.

Chen S., Huang Y., Zhu Q., Fontanesi L., Yao Y. and Liu Y. (2009). Sequence characterization of the MC1R gene in yak (Poephagus grunniens) breeds with different coat colors. J. Biomed. Biotechnol. 2009, 1-6.

Fontanesi L., Barreti F., Riggio V., Dall’Olio S., Gonzales E.G., Finocchiaro R., Davoli R., Russo V. and Partolano B. (2009). Missense and nonsense mutations in melanocortin 1 receptor (MC1R) gene of different goat breeds: Association with red and black colour phenotypes but with unpected evidences. BMC Genet. 10, 1-12.

Jackson I.J. (1997). Homologous pigmentation mutations in human, mouse and other model organisms. Hum. Mol. Genet. 6, 1613-1624.

Kijas J.M., Wales R., Tornsten A., Chardon P., Moller M. and Andersson L. (1998). Melanocortin 1 receptor (MC1R) mutations and coat color in pigs. Genetics. 150, 1177-1185.

Li B., He X., Zhao Y., Bai D., Shiraigo W., Zhao Q. and Manglai D. (2017). Regulatory pathway analysis of coat color genes in Mongolian horses. Hereditas. 155, 13-23.

Maharani D., Budisatria I.G.S. and Panjono P. (2016). Identification of single nucleotide polymorphisms and allele distribution of MC1R gene in different head and neck color of Ettawa grade goat. Asian J. Anim. Sci. 10, 219-233.

Nei M. (1973). Analysis of gene diversity in subdivided populations. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 70, 3321-3323.

Rieder S., Taourit S., Mariat D., Langlois B. and Guérin G. (2001). Mutations in the agouti (ASIP), the extension (MC1R), and the brown (TYRP1) loci and their association to coat color phenotypes in horses (Equus caballus). Mamm. Genome. 12, 450-455.

Rouzaud F., Martin J., Gallet P.F., Delourme D., Goulemotleger V., Amigues Y., Menissier F., Levezie H., Julien R. and Oulmouden A. (2000). A first genotyping assay of French cattle breeds based on a new allele of the extension gene encoding the melanocortin-1 receptor (MC1R). Genet. Sel. Evol. 32, 511-520.

Valverde P., Healy E., Jackson I.J., Rees J.L. and Thody A.J. (1995). Variants of the melanocyte stimulating hormone receptor gene are associated with red hair and fair skin in humans. Nat. Genet. 11, 328-330.

Vage D.I., Klungland H., Lu D. and Cone R.D. (1999). Molecular and pharmacological characterization of dominant black coat color in sheep. Mamm. Genome. 10, 39-43.

Wu Z.L., Li X.L., Liu Y.Q., Gong Y.F., Liu Z.Z., Wang X.J., Xin T.R. and Ji Q. (2006). The red head and neck of Boer goats may be controlled by recessive allele of the MC1R gene. Anim. Res. 55, 313-323.

Yeh F.C., Rong-Cai Y. and Tim B. (1999). POPGENE VERSION Microsoft Window-based Freeware for Population Genetic Analysis. University of Alberta and Tim Boyle, Centre for International Forestry Research, Bogo.