دنیای میکروب ها: 1 (42)

دسترسی آزاد مقاله

1 - جداسازی،غربالگری و کارایی جدایه‌های سودوموناس در تشکیل بیوفیلم بر حامل‌های آلی و معدنی و تجزیه فنانترن
مریم ترکاشوند امیر لکزیان امیر فتوت مهدی محمدی

20.1001.1.20083068.1399.13.42.1.3

سابقه و هدف: بیوفیلم های میکروبی یکی از مهمترین فرم های حیات میکروارگانیسم ها در محیط هستند. هدف از این پژوهش استفاده از بیوفیلم باکتری سودوموناس بومی خاک‌های ایران به منظور تجزیه فنانترن بود.مواد و روش ها: از بین 63 سودوموناس جداشده از خاک، جدایه باکتریایی با توان ب چکیده کامل

سابقه و هدف: بیوفیلم های میکروبی یکی از مهمترین فرم های حیات میکروارگانیسم ها در محیط هستند. هدف از این پژوهش استفاده از بیوفیلم باکتری سودوموناس بومی خاک‌های ایران به منظور تجزیه فنانترن بود.مواد و روش ها: از بین 63 سودوموناس جداشده از خاک، جدایه باکتریایی با توان بالا در تولید بیوفیلم و تجزیه نفت خام انتخاب و شناسایی شد. سپس تاثیر حامل‌های معدنی (پومیس خام، پومیس فرآوری شده و پرلیت) و آلی (بیوچار و باگاس) بر تولید بیوفیلم میکروبی بررسی شد و ساختار بیوفیلم ها بوسیله میکروسکوپ الکترونی روبشی بررسی گردید. همچنین تاثیر تیمارهای باکتری سودوموناس آئروجینوزا در دو فرم رشدی پلانکتونی و بیوفیلم بر روی حامل بیوچار بر تولید آنزیم لاکاز و تجزیه فنانترن در محیط مایع بررسی شد.یافته ها: جدایه های خالص سازی شده از نظر تولید بیوفیلم و توان تجزیه نفت خام غربالگری شدند. جدایه B59 (سودوموناس آئروجینوزا) با 56/62% بیشترین درصد تجزیه نفت خام را نشان داد. بیشترین میزان لگاریتم واحد تشکیل کلنی مربوط به بیوفیلم تشکیل شده بر حامل بیوچار و برابر 8/8 و کمترین در حامل پومیس فراوری شده و برابر 9/2 بود. میزان فعالیت آنزیم لاکاز در فرم بیوفیلمی 8/39 و در فرم پلاکتونی1/33 واحد در دقیقه بود. همچنین فرم بیوفیلمی و پلانکتونی به ترتیب موجب تجزیه 17/97% و 37/91 % از فنانترون موجود در محیط شدند.نتیجه گیری: نتایج نشان داد که فرم بیوفیلمی باکتری در مقایسه با فرم پلانکتونی از طریق افزایش معنی‌دار واحد تشکیل کلنی و تولید بیشتر آنزیم لاکاز، موجب تجزیه بیشتر فنانترون در محیط مایع می گردد. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

2 - بهینه سازی تولید پلی هیدروکسی‌بوتیرات سویه جدید باسیلوس سرئوس جدا شده از پساب پتروشیمی
خسرو عیسی‌زاده صبا امیری کجوری زهیر حشمتی پور میرساسان میرپور سعید ضرابی

20.1001.1.20083068.1399.13.42.2.4

سابقه و هدف: پلی هیدروکسی بوتیرات یک بیوپلی مر تولید شده توسط باکتری ها است. این ترکیبات با وجود داشتن خواص فیزیکی و شیمیایی مشابه با پلاستیک های مصنوعی کاملاً زیست تخریب پذیر و سازگار با محیط زیست می باشند. این مطالعه با هدف جداسازی و شناسایی یک سویه بومی تولید کننده چکیده کامل

سابقه و هدف: پلی هیدروکسی بوتیرات یک بیوپلی مر تولید شده توسط باکتری ها است. این ترکیبات با وجود داشتن خواص فیزیکی و شیمیایی مشابه با پلاستیک های مصنوعی کاملاً زیست تخریب پذیر و سازگار با محیط زیست می باشند. این مطالعه با هدف جداسازی و شناسایی یک سویه بومی تولید کننده پلی هیدروکسی بوتیرات با قابلیت تولید مناسب برای اهداف صنعتی انجام شد. مواد و روش ها: در این مطالعه تحلیلی، نمونه برداری از پساب شرکت پتروشیمی انجام شد. وجود پلی هیدروکسی بوتیرات در جدایه ها با رنگ آمیزی سودان سیاه مورد بررسی قرار گرفت. یک جدایه باسیلوس به منظور افزایش تولید پلی هیدروکسی بوتیرات انتخاب شد. این جدایه با روش های بیوشیمیایی و تعیین توالی ژن 16S rRNA شناسایی شد.تأیید نهایی سنتز پلی هیدروکسی بوتیرات توسط آنالیزهای طیف سنجی مادون قرمز و رزونانس مغناطیسی هسته پروتون انجام شد. به منظور تولید بیشتر پلی هیدروکسی بوتیرات تأثیر عوامل مختلف مانند منابع کربن و نیتروژن، pH و دما ارزیابی شدند.یافته ها: در مجموع 8 جدایه باکتریایی تولید کننده پلی هیدروکسی بوتیرات جداسازی شد که از این میان یک سویه جدید باسیلوس سرئوس به عنوان جدایه برتر انتخاب گردید. شرایط بهینه به منظور تولید بیشتر پلی هیدروکسی بوتیرات، استفاده از گلوکز به عنوان منبع کربن، سولفات آمونیوم به عنوان منبع نیتروژن، pH 7 و دمای 30 درجه سلسیوس بود.نتیجه گیری: مطالعه حاضر نتایج ارزشمندی را در مورد شرایط بهینه برای تولید پلی هیدروکسی بوتیرات فراهم آورده است که می تواند در سطح صنعتی برای تولید پلی هیدروکسی بوتیرات به عنوان یک جایگزین سریع پلاستیک های مصنوعی مبتنی بر نفت مورداستفاده قرار گیرد. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

3 - تاثیر رویکرداستفاده از اجوانت ها بر میزان کارآیی و ایمنی زایی واکسن ضد اسهال اشریشیا کلی O157:H7
ناهید حیدری یحیی تهمتن هاجر مولایی

20.1001.1.20083068.1399.13.42.3.5

سابقه و هدف: باکتری اشریشیا کلی انترو هموراژیک از مهمترین عوامل ایجاد اسهال می باشد. با وجود پیشرفت های اخیر، درمان مؤثری برای عفونت ایجاد شده با این باکتری وجود ندارد. توسعه واکسن ساز و کار اولیه ایجاد مقاومت در برابر باکتری محسوب می شود. این پژوهش با هدف ارزیابی نقش ا چکیده کامل

سابقه و هدف: باکتری اشریشیا کلی انترو هموراژیک از مهمترین عوامل ایجاد اسهال می باشد. با وجود پیشرفت های اخیر، درمان مؤثری برای عفونت ایجاد شده با این باکتری وجود ندارد. توسعه واکسن ساز و کار اولیه ایجاد مقاومت در برابر باکتری محسوب می شود. این پژوهش با هدف ارزیابی نقش اجوانت های مختلف به منظور تهیه واکسن این باکتری انجام شد. مواد و روش ها: ابتدا کشت باکتری محیط اختصاصی انجام شد و سپس به منظور تهیه آنتی ژن و تزریق به موش، با افزودن فرمالین غیر فعال گردید. چهار گروه مختلف باکتری غیر فعال شده، همراه اجوانت آلوم(AO)، اجوانت مونتاناید(MO)، بدون اجوانت(O) و کنترل (C) به صورت زیر جلدی به موش آزمایشگاهی ماده Balb/C تزریق گردید. از آزمون الیزا به منظور سنجش عیار آنتی بادی استفاده شد. 28 روز پس از ایمنی زایی، موش ها به چالش کشیده شدند.یافته ها: بیشترین میزان عیار آنتی بادی از تزریق باکتری با اجوانت آلوم به دست آمد، اما اجوانت مونتاناید در ماه اول تیتر آنتی بادی بالاتری داشت. چالش تایید کرد که گروه AO توانایی ایجاد محافظت در 100 درصد موش ها مورد بررسی را دارد.نتیجه گیری: نتایج نشان داد که پادتن تولید شده با اجوانت آلوم ایمنی در حیوان را برای طولانی مدت نگه می دارد. از آنجا که طراحی واکسن برای جلوگیری از بیماری های عفونی نیاز به سیستم تحویل آنتی ژن کارآمد دارد، این تحقیق می تواند راهبرد جدیدی برای تولید واکسن علیه اشریشیا کلی باشد . پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

4 - غربالگری باکتری‌های تجزیه‌کننده نفت خام فاضلاب‌های صنعتی شیراز
مهدی حسن شاهیان هاجر مرادی

20.1001.1.20083068.1399.13.42.5.7

سابقه و هدف:آلودگی محیط زیست با نفت و مشتقات آن تهدیدی جدی برای سلامت انسان و محیط زیست می‌باشد. با استفاده از فرایند زیست پالایی، امکان حذف بسیاری از آلاینده‌های زیست محیطی به ویژه فاضلاب‌های صنعتی وجود دارد. این مطالعه با هدف جداسازی و تعیین ویژگی های باکتری های تجزیه چکیده کامل

سابقه و هدف:آلودگی محیط زیست با نفت و مشتقات آن تهدیدی جدی برای سلامت انسان و محیط زیست می‌باشد. با استفاده از فرایند زیست پالایی، امکان حذف بسیاری از آلاینده‌های زیست محیطی به ویژه فاضلاب‌های صنعتی وجود دارد. این مطالعه با هدف جداسازی و تعیین ویژگی های باکتری های تجزیه کننده نفت خام در برخی ازفاضلاب های صنعتی شیراز انجام شد.مواد و روش ها: دراین پژوهش به منظور جداسازی باکتری‌های تجزیه کننده نفت خام نمونه ‌برداری از برخی فاضلاب‌های صنعتی در شیراز انجام شد. به منظور بررسی اثر نفت خام بر روی فراوانی و تنوع جمعیت میکروبی نمونه‌های خاک، نمونه برداری از پساب و لجن نفتی انجام شد. شناسایی و شمارش باکتری‌های تجزیه کننده و هتروتروف با روش‌های رقت تدریجی و بیشترین شمارش احتمالی (MPN) انجام شد. پس از غربالگری مشخص شد که 20 سویه توانایی رشد و تجزیه نفت خام را دارند. شناسایی مقدماتی سویه‌های جداشده بر اساس آزمون های بیوشمیایی انجام شد. سپس ویژگی هایی مانند گسترش قطره، فعالیت امولسیون کنندگی و میزان رشد و تجزیه در این باکتری‌ها بررسی شد.یافته ها: بیشترین گسترش قطره، هیدروفوبیسیته سلولی، فعالیت امولسیون کنندگی در جدایه هایPE3، SN1، DS1 به ترتیب 23، 16 و 22 درصد بود. با استفاده از این نتایج هفت سویه مناسب انتخاب شدند و میزان حذف نفت خام با روش اسپکتروفتومتری و گراویمتری مشخص گردید. سپس با روش مولکولی تعیین هویت سویه سلولومیکروبیوم سلولانس(Cellulosimicrobium cellulans) دارای بیشترین میزان تجزیه نفت خام انجام شد. این سویه بهترین عملکرد در تجزیه(67 درصد) را در غلظت 5/1 درصد نشان داد. با بهینه سازی برخی عوامل موثر بر روی تجزیه نفت خام مانند کشت مخلوط، منبع کربن، منبع ازت و زمان، حداکثر تجزیه نفت خام (100 درصد) حاصل گردید.نتیجه گیری: نتایج نشان داد که با بهینه سازی شرایط میکروارگانیسم های جداشده در این پژوهش، امکان حذف و کنترل آلوگی نفتی وجود دارد. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

5 - ارزیابی نقش اسپیرولینا پلاتنسیس برکاهش جذب کادمیم در موش هایC57
علی شریف زاده سعید نظارتی زاده

20.1001.1.20083068.1399.13.42.6.8

کادمیم یکی از مهمترین فلزات سنگین خاک است که گذشته از اهمیت زیست محیطی می تواند عوارض متعددی را برای سلامتی انسان ودام ایجاد کند. هدف از این مطالعه بررسی تاثیر سیانوباکتر اسپیرولینا پلاتنسیس (آرتروسپیرا پلاتنسیس)بر کاهش تجمع کادمیوم در بافت های کبد و کلیه موش های C57 می چکیده کامل

کادمیم یکی از مهمترین فلزات سنگین خاک است که گذشته از اهمیت زیست محیطی می تواند عوارض متعددی را برای سلامتی انسان ودام ایجاد کند. هدف از این مطالعه بررسی تاثیر سیانوباکتر اسپیرولینا پلاتنسیس (آرتروسپیرا پلاتنسیس)بر کاهش تجمع کادمیوم در بافت های کبد و کلیه موش های C57 می باشد. در این بررسی تعداد16 سر موش C57 به طور تصادفی در 4 گروه شاهد و تیمار تقسیم شدند . گروه شاهد با سرم فیزیولوژی و گروه ها ی تیمار با 1000 میکروگرم در میلی لیتر کلرید کادمیم ، یک درصد اسپیرولینا و مخلوط مساوی اسپیرولینا و کادمیم مواجه گردیدند. موش ها در روز 24 پس از بی هوشی با اتر کشته شدند و میزان کادمیوم در مدفوع، کبد و کلیه با روش اسپکترفوتومتری جذب اتمی اندازه گیری گردید. نتایج نشان داد که سیانوباکتر اسپیرولینا پلاتنسیس موجب افزایش دفع کادمیوم از طریق مدفوع و کاهش تجمع این فلز سنگین درکبد و کلیه موش های C57 می گردد. از این رو به نظر می رسد که استفاده از این باکتری به عنوان مکمل غذایی به دلیل دارا بودن پروتین بالا و اثر قابل توجه در کاهش جذب گوارشی کادمیوم می تواند در ارتقای بهره وری موثر باشد. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

6 - مدل سازی و تعیین ساختار و ویژگی‌های آنزیم‌های سیتوکروم P450 در قارچ بیمارگر حشرات بووریا بازیانا
مریم راشکی مجتبی مرتضوی

20.1001.1.20083068.1399.13.42.4.6

سابقه و هدف: آنزیم‌های سیتوکروم P450خانواده بزرگی از پروتین‌های دارای آهن هستند و نقش مهمی در متابولیسم ترکیبات مختلف دارند.قارچ بیمارگر حشرات، بووریا بازیانا نیز حاوی این آنزیم‌ها برای هدف‌گیری آلکان‌ها در حشرات است. هدف از این پژوهش، بررسی ویژگی‌ها و ساختار پروتینی هف چکیده کامل

سابقه و هدف: آنزیم‌های سیتوکروم P450خانواده بزرگی از پروتین‌های دارای آهن هستند و نقش مهمی در متابولیسم ترکیبات مختلف دارند.قارچ بیمارگر حشرات، بووریا بازیانا نیز حاوی این آنزیم‌ها برای هدف‌گیری آلکان‌ها در حشرات است. هدف از این پژوهش، بررسی ویژگی‌ها و ساختار پروتینی هفت آنزیم سیتوکروم P450در این قارچ و پیش‌بینی ساختار سه بعدی این آنزیم‌ها با روش‌ مدلسازی هومولوژی بود.مواد و روش‌ها: برای پیش‌بینی احتمال حضور و موقعیت سایت‌های برشی پپتیدهای سیگنال در توالی‌های اسید‌آمینه از برنامه SignalP4.1 استفاده شد. برخی پارامترهای فیزیکی و شیمیایی پروتین‌های مورد نظر با برنامه ProtParam و مدل سازی در پایگاه Modebase انجام شد.یافته‌ها: در تمامی توالی‌ها یک ناحیة حفاظت‌شده با حدود 200 اسیدآمینه‌ مرتبط با P450شناسایی شد. این ناحیة حفاظت‌شده در توالی 45-96 تا حدود 477-520 قرار داشت. پروتئین‌های CYP539B5 و CYP52G11 پایدارند. CYP584Q1 بیشترین و CYP617N1 کمترین میزان اسید‌آمینه آب دوست را داشت. از بین مدل های انتخاب شده مدلی که دارای کمترین ارزش e و بالاترین پوشش بود، به عنوان بهترین مدل انتخاب شد. CYP5337A1 و CYP52G11 فاقد مارپیچ و CYP617N1 دارای دو مارپیچ بود. تعداد اسیدهای‌آمینه تخمین‌زده‌شده در مارپیچ، در تمام موارد به جز CYP584Q1، CYP5337A1 و CYP52G11 بیشتر از 18 بود. اما هیچ سیگنال پپتیدی شناسایی نشد.نتیجه‌گیری: در این تحقیق، برای اولین بار ساختار‌های سه بعدی هفت آنزیم سیتوکروم P450در قارچ بووریا بازیانا مدل سازی شد. پایداری آنزیم‌ها و مقاومت آن‌ها در مقابل عوامل نامطلوب محیطی مانند دما و اشعة ماورای بنفش می‌تواند میزان بیمارگری قارچ را علیه آفات افزایش دهد. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

7 - پتانسیل ضد میکروبی، بیوسنتز ژن های پلی کتاید سنتتاز تیپ یک (PKS-I)و پپتید سنتتاز غیر ریبوزومی (NRPS) در برخی از اکتینومیست های دریایی
فاطمه شایسته نور سوهانا ذکریا گیرس یوسف اسمت احمد

20.1001.1.20083068.1399.13.42.7.9

سابقه و هدف: اکتینومیست ها به عنوان منابع متابولیت های ثانویه با فعالیت های بیولوژیکی متنوع شناخته می شوند. این مطالعه با هدف شناسایی برخی از اکتینومیست های جدا سازی شده از محیط دریایی در مالزی، بررسی ژن های پلی کتاید سنتتاز تیپ I (PKS-I) و پپتید سنتتاز غیر ریبوزومی (NR چکیده کامل

سابقه و هدف: اکتینومیست ها به عنوان منابع متابولیت های ثانویه با فعالیت های بیولوژیکی متنوع شناخته می شوند. این مطالعه با هدف شناسایی برخی از اکتینومیست های جدا سازی شده از محیط دریایی در مالزی، بررسی ژن های پلی کتاید سنتتاز تیپ I (PKS-I) و پپتید سنتتاز غیر ریبوزومی (NRPS) و همچنین بررسی ویژگی های ضد میکروبی آنها انجام گرفت.مواد و روش ها: اکتینومیست های انتخاب شده به وسیله روش های مورفولوژیکی و مولکولی شناسایی شدند. وجود ژن هایNRPS و PKS-I به وسیله پرایمرهای اختصاصی بررسی گردید و همچنین فعالیت ضد میکروبی سویه های انتخاب شده به روش دیسک گذاری بررسی شد.یافته ها: جدایه های انتخاب شده بر اساس خصوصیات مورفولوژیکی کلنی، شکل زنجیره اسپورها و نوع میسیلیوم های رویشی و هوایی متفاوت بودند. بر اساس تجزیه و تحلیل ژن 16S rRNAسویه های Sdstm3k و Sdtm108وSdts4 شباهت زیادی به Streptomyces sp. نشان دادند (95%) در صورتی که سویه های ‌ Bvpd17eوSctgJI به ترتیب بیشترین شباهت را با Micrococcus sp. M2-19 (99%) و Micrococcus leteus(95%) نشان دادند. در حالی که سویه های Sdsb2k1a و Sdts46 ناشناس بودند. با بررسی ژن هایNRPS و PKS-I مشخص گردید که فقط سویه های SctgJI و Sdsb2k1a دارای هر دو ژن می باشند. سویه های Sdst3k1 وSdts4 قوی ترین و وسیع ترین فعالیت ضد میکروبی را در برابر 10 پاتوژن انسانی مورد بررسی نشان داد.نتیجه گیری: بر اساس مطالعه حاضر مشخص گردید که اکتینومیست های جداسازی شده از محیط زیست دریایی در مالزی می تواند به عنوان یکی از منابع مناسب کشف ترکیبات زیست فعال جدید باشد.واژگان کلیدی: باکتری دریایی،اکتینومیست، ژن هایNRPS وPKS-I ، خاصیت ضد میکروبی. پرونده مقاله

دسترسی آزاد مقاله

8 - ویژگی های آنتی ژنی پروتین L و پیلین تایپ 4 (PilA) باکتری فاینگولدیا ماگنا (Finegoldia magna) به منظور طراحی درون‌ رایانه‌ای واکسن پپتیدی چند اپی توپی
حسین جاوید

20.1001.1.20083068.1399.13.42.8.0

سابقه و هدف: فاینگولدیا مگنا پاتوژنی فرصت طلب بوده و شایع ترین گونه بیماری زای کوکسی های بی هوازی گرم مثبت است و عامل ایجاد 5 تا 12 درصد تمام عفونت های بی هوازی. سوپر آنتی ژن پروتئین L و Pilin PilA نوع 4 آن جهت طراحی واکسن های پپتیدی چند اپیتوپی ارزشمند است. مواد و روش چکیده کامل

سابقه و هدف: فاینگولدیا مگنا پاتوژنی فرصت طلب بوده و شایع ترین گونه بیماری زای کوکسی های بی هوازی گرم مثبت است و عامل ایجاد 5 تا 12 درصد تمام عفونت های بی هوازی. سوپر آنتی ژن پروتئین L و Pilin PilA نوع 4 آن جهت طراحی واکسن های پپتیدی چند اپیتوپی ارزشمند است. مواد و روش ها: ابزارهای ایمونولوژی محاسباتی برای پیشبینی اپیتوپ ها به کار برده شدند. اپیتوپ ها از نظر خاصیت آنتی‌ژنیستی و آلرژی‌زایی و انرژی اتصال به الل های HLA بررسی شده و سپس به وسیله توالی های GPGPG و EAAAK به هم متصل شدند. زیر واحد B سم باکتری ویبریو کلرا به عنوان ادجوانت به انتهای آمینی و جهت خالص سازی و شناسایی پروتئین، توالی 6×HisTag به انتهای کربوکسیلی اضافه گردید و کدون ها جهت بیان آتی در اشریشیا کلی بهینه سازی شدند. پیشبینی ساختار 3D واکسن و اصلاح ساختاری انجام گرفت. ارزیابی ساختار بوسیله تحلیل نمودار راماچاندران صورت گرفت. خصوصیات فیزیکی-شیمیایی واکسن، انحلال پذیری و پایداری آن نیز بررسی شد. یافته ها:اپی توپ های انتخابی دارای خاصیت آنتی‌ژنیستی بالا و بدون آلرژی‌زایی بوده و همچنین دارای قدرت اتصال بالا به الل های HLA پیشنهادی اند. ساختار سه بعدی واکسن پایداری، انحلال پذیری و نیمه عمر بالایی در میزبان بیانی اشریشیا کلی دارد. نتیجه گیری:در این مطالعه، پروتئین L و Pilin PilA نوع 4 باکتری فاینگولدیا مگنا با موفقیت در طراحی درون رایانه ای واکسن مورد استفاده قرار گرفت. بررسی آتی برون تنی و درون تنی این واکسن پیشنهاد می شود. پرونده مقاله

XML

فهرست مقالات