فهرس المقالات Molecular markers

• حرية الوصول المقاله
  • صفحة الملخص
  • نص كامل
  
  1 - ارزیابی گلخانه ‎ای و مولکولی مقاومت ارقام ایرانی لوبیا به قارچ Fusarium oxysporum f.sp. phaseoli عامل پژمردگی (زردی) فوزاریومی
  احسان حسنوند صدیقه محمدی
  پژمردگی فوزاریومی لوبیا با عامل Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli یک بیماری مهم است و می‎تواند خسارت شدیدی را به محصول لوبیا در سراسر جهان وارد نماید و باعث کاهش عملکرد شود. از آنجا که روش‎های زراعی برای کنترل بیماری به طور کامل مؤ ثر نیست، ارقام با مقاومت ژنتی أکثر

  پژمردگی فوزاریومی لوبیا با عامل Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli یک بیماری مهم است و می‎تواند خسارت شدیدی را به محصول لوبیا در سراسر جهان وارد نماید و باعث کاهش عملکرد شود. از آنجا که روش‎های زراعی برای کنترل بیماری به طور کامل مؤ ثر نیست، ارقام با مقاومت ژنتیکی برای مبارزه با این بیماری توصیه می گردد. به منظور شناسایی ارقام مقاوم آزمایشی در قالب طرح کاملاً تصادفی با سه تکرار و 12 تیمار (شامل ارقام مختلف لوبیا) با روش تلقیح، ریختن سوسپانسیون اسپور بیمارگر پای بوته انجام شد. در روش ریختن سوسپانسیون اسپور بیمارگر پای بوته به دلیل سالم بودن ریشه‎ها درصد کمتری از اسپورها توانایی نفوذ به ریشه را دارند بنابراین شدت علاﺋﻢ مشاهده شده کمتر بود و واکنش ارقام به صورت مقاوم و متحمل مشاهده گردید. با توجه به این‎که این بیماری باعث زردی و پژمردگی گیاه می‎شود فاکتورهای غلظت کلروفیل a، غلظت کلروفیل b، غلظت کارتنوﺋﯿﺪ و غلظت کل کلروفیل اندازه‎گیری شد که با ارزیابی صفات اندازه‎گیری شده ارقام مقاوم و متحمل شناسایی شدند. براین اساس به ترتیب ارقام صیاد، ناز و E9نسبت به ارقام دیگر مقاومت بیشتری به این بیماری نشان دادند. سپس واکنش ارقام مختلف لوبیا به قارچ Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli با استفاده از نشانگر اختصاصیSCAR ارزیابی گردید. براین اساس ارقام اختر، ناز، صدری، صیاد، E9 و WA با جفت آغازگر SU20 ایجاد باند 750 bp نمودند و دارای ژن مقاوم A55 بودند اما ارقام تلاش، شکوفا، جگری، ایج، خمین و کپسولی با جفت آغازگر اختصاصی SU20 تولید باند نکردند. تفاصيل المقالة
• حرية الوصول المقاله
  • صفحة الملخص
  • نص كامل
  
  2 - بررسی تنوع ژنتیکی نژاد های بومی کرم ابریشم Bombyx mori ایران با استفاده از نشانگر ISSR
  مجتبی زارعی الهام صنعتگر روح الله رجبی حسین شوهانی مهدی ابراهیم‌قلعه سیدی
  نشانگر مولکولی ISSR به منظور جداسازی نژادهای کرم ابریشم Bombyx mori بومی ایران استفاده شد و استخراج DNA با استفاده از روش فنل- کلروفرم صورت گرفت. پس از سنجش کمی و کیفی DNA استخراج شده و رقیق ‌سازی آن، مقادیر حاصل از باندهای به دست آمده روی ژل آگارز 5/1 درصد نمره‌ دهی أکثر

  نشانگر مولکولی ISSR به منظور جداسازی نژادهای کرم ابریشم Bombyx mori بومی ایران استفاده شد و استخراج DNA با استفاده از روش فنل- کلروفرم صورت گرفت. پس از سنجش کمی و کیفی DNA استخراج شده و رقیق ‌سازی آن، مقادیر حاصل از باندهای به دست آمده روی ژل آگارز 5/1 درصد نمره‌ دهی و آنالیز صورت گرفت. نتایج نشان داد که باندهای مشاهده شده بین 1000-200 جفت باز قرار دارند و بیش ترین باندهای مشاهده شده مربوط به گونه بغدادی با 32 باند و کمترین تعداد باند مربوط به خراسانی-لیمویی با 25 باند بوده است. از میان آغازگرها بیش ترین تعداد باند مربوط به آغازگر 2 با 43 باند و کم ترین تعداد باند مربوط به آغازگر 4 با 30 باند بود. آنالیز خوشه‌ای نژاد‌های مورد مطالعه آن ها را در 3 گروه اصلی قرار داد. در گروه اول نژادهای گیلانی-نارنجی، هراتی-زرد و خراسانی- صورتی قرار گرفتند و نژادهای خراسانی- لیمویی و بغدادی هر کدام به تنهایی در گروه‌های جداگانه‌ای قرار گرفتند. در آنالیز خوشه‌ای گیلانی- نارنجی بیشترین شباهت را به هراتی- زرد نشان داد و این دو با نژاد خراسانی- صورتی در گروه اول قرار گرفتند. بیشترین تشابه ژنتیکی بین نژادهای گیلانی- نارنجی و هراتی- زرد و بیش ترین فاصله ژنتیکی بین نژاد بغدادی با هر چهار نژاد دیگر به دست آمد. به نظر می‌ رسد نشانگر ISSR بتواند به خوبی نژاد‌های مختلف کرم ابریشم با منشاء مختلف را از هم جدا سازد. لذا جهت اثبات آن کاربرد بیش از 30 آغازگر برای 14 فرد کرم ابریشم با توجه به 2n= 28 مناسب‌ تر است. تفاصيل المقالة
• حرية الوصول المقاله
  • صفحة الملخص
  • نص كامل
  
  3 - Comparative Expression Analysis of Spermatogonial Stem Cell Markers in Cattle and Sheep
  F. Nasri Ahangar M. Zandi M.R. Sanjabi A. Ghaedrahmati
  Spermatogenesis is supported by stem cells called spermatogonial stem cells (SSCs), which are capable of transmitting information to the next generation. However, little is known on the specific markers of SSCs in farm animals. We investigated the expression of cdh1, cm أکثر

  Spermatogenesis is supported by stem cells called spermatogonial stem cells (SSCs), which are capable of transmitting information to the next generation. However, little is known on the specific markers of SSCs in farm animals. We investigated the expression of cdh1, cmyc, bcl6b, plzf, gfra1, nanog, vasa, thy1 and uchl1, as specific markers of SSCs, in bovine and ovine SSCs. The expression of the studied genes was conducted by real-time polymerase chain reaction method. For this reason, the enzymatic digestion process for two times was used to achieve SSCs from male calves and ram lambs testes. Then, filtration and differential plating techniques increased the SSC number in the cell suspension caused by mechanical and enzymatic digestions. Sertoli cells treated with Mitomycin-C were applied to obtain the feeder layer. Culturing of the stem cells was done on Sertoli cell feeder layer. Our results revealed that the expression of nanog and plzf was similar in bovine and ovine SSCs. Unlike bovine SSC colonies, cdh1 gene was not expressed in colony of ovine SSCs and its use as a specific marker of sheep SSCs is not suggested. The expression of uchl, vasa, thy1 and cdh1 genes was significantly higher in bovine SSCs and the bcl6b and cmyc expression was significantly higher in ovine SSCs compared to each other (P<0.05). From the results of this study nanog, plzf, uchl1, vasa, thy1 and cdh1 are suggested as markers of bovine and nanog, plzf, bcl6b and cmyc genes as markers of ovine SSCs. تفاصيل المقالة
• حرية الوصول المقاله
  • صفحة الملخص
  • نص كامل
  
  4 - شناسایی ارقام مقاوم بادنجان نسبت به بیماری پژمردگی فوزاریومی با عامل فوزاریوم اکسیسپوروم فرم اختصاصی ملونجینی با استفاده از نشانگرهای مولکولی در ایران
  نگین صفی خانی بهار مرید حمیدرضا زمانی زاده شهاب حاج منصور
  سابقه و هدف: بیماری پژمردگی فوزاریومی بادنجان از عوامل مهم کاهش این محصول در سراسر دنیا می باشد. توانایی بقا‍ء این بیمارگر به مدت چند سال متوالی در درون خاک، حتی در شرایط نبودن میزبان، کنترل این بیمارگر را با مشکل مواجه کرده است. مؤثرترین و سازگارترین روش برای کنترل أکثر

  سابقه و هدف: بیماری پژمردگی فوزاریومی بادنجان از عوامل مهم کاهش این محصول در سراسر دنیا می باشد. توانایی بقا‍ء این بیمارگر به مدت چند سال متوالی در درون خاک، حتی در شرایط نبودن میزبان، کنترل این بیمارگر را با مشکل مواجه کرده است. مؤثرترین و سازگارترین روش برای کنترل این بیماری، تولید و استفاده از ارقام مقاوم می باشد. این مطالعه به منظور شناسایی ارقام مقاوم بادنجان نسبت به بیماری پژمردگی فوزاریومی انجام شد.مواد و روش ها: ابتدا نمونه های برگی ارقام بومی و هیبرید منتخب بادمجان از 28 استان کشور جمع آوری شد. استخراج DNA با استفاده از روش CTAB از برگ‌های جوان این ارقام انجام گردید. از چهار نشانگر CAPS، RAPD،SRAP و SCAR به منظور تعیین ارقام مقاوم استفاده شد. سپس به منظور تایید نتایج، مقاومت و حساسیت این ژنوتیپ ها در شرایط گلخانه ای نیز بررسی شد.یافته ها: در این مطالعه از 20 ژنوتیپ مورد بررسی در 13 مورد نشانگرهای مولکولی CAPS ، RAPD و SRAP باندهای شاخص مقاومت را تولید کردند. اما نشانگر SCAR قادر به تفکیک ارقام مقاوم از حساس نبود. نتایج ارزیابی فنوتیپی مقاومت ارقام بومی و هیبریدهای بادنجان در گلخانه نیز تایید کننده نتایج حاصل از بررسی مولکولی بود.نتیجه گیری: در مجموع استفاده از ارقام مقاوم به دست آمده در این مطالعه با استفاده از نشانگرهای مولکولی، برای کاشت در مناطق دارای بیماری پژمردگی فوزاریومی توصیه می گردد. تفاصيل المقالة
• حرية الوصول المقاله
  • صفحة الملخص
  • نص كامل
  
  5 - بررسی تنوع ژنتیکی ارقام مختلف انگور Vitis vinifera با استفاده ازنشانگر مولکولی ISSR
  عطیه خلخالی حسین عباسپور
  انگور یکی از محصولات مهم باغی در دنیا و ایران به شمار می‌رود و از تنوع ژنتیکی بالایی برخوردار است لذا هدف در این پژوهش بررسی تنوع ژنتیکی و ارزیابی ارقام مطرح انگور (Vitis vinifera) در سطح مولکولی با استفاده از نشانگر ISSR بود. به منظور استخراج DNAاز روش تغییر یافته Doyl أکثر

  انگور یکی از محصولات مهم باغی در دنیا و ایران به شمار می‌رود و از تنوع ژنتیکی بالایی برخوردار است لذا هدف در این پژوهش بررسی تنوع ژنتیکی و ارزیابی ارقام مطرح انگور (Vitis vinifera) در سطح مولکولی با استفاده از نشانگر ISSR بود. به منظور استخراج DNAاز روش تغییر یافته Doyle and Doyle استفاده شد و در گام بعد 12 ژنوتیپ با 12 آغازگر مورد بررسی قرار گرفتند. تجزیه خوشه‌ای با دو نرم‌افزار PopGen32 و SPSS9انجام شد. خوشه‌بندی حاصل با هردو نرم افزار واریته‌ها را در 5 گروه مجزا قرار داد. در تجزیه داده‌ها، درصد پلی‌مورفیسم 49/96 درصد و تعداد لوکوس پلی‌مورف 55 بدست آمدند. ضریب کوفنتیک برای ضریب تشابه جاکارد و نی، 8/0 است که نشان دهنده برازش خوب بین دندروگرام و ماتریس شباهت اصلی است. باندهایی که به طور واضح قابل مشاهده بودند مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج نشان داد که در مجموع 353 باند توسط این نشانگرها تولید شد. اندازه باندها بین 200 تا 3000 جفت باز متغیر بود. در این بین بیشترین تشابه برای واریته‌های 1 (سبز شاه پسند) و 7 (خلیلی بیدانه قوچان) با مقدار 619/0 و کمترین تشابه برای واریته‌های 10(پیر قلی شماره2) و 2 (مال کاشمر) با مقدار 205/0 بود. از آنجا که بیشترین میزان باند توسط آغازگر a (56 باند) مشاهده شد، این آغازگر بهتر از سایر آغازگرها توانست فاصله ژنتیکی واریته‌های مربوط به آغازگر را مشخص کند. تفاصيل المقالة
• حرية الوصول المقاله
  • صفحة الملخص
  • نص كامل
  
  6 - Application of Random Amplified Microsatellite Polymorphism (RAMP) in Prunus Characterization and Mapping
  M. Rasouli P. Martínez-Gómez R. Karimi
  10.22034/jon.2015.515643
  Random amplified microsatellite polymorphism (RAMP) is a PCR-based marker which uses a combination of two classes of markers: Simple sequence repeat (SSR) and Random amplified DNA polymorphism (RAPD) markers. RAMP has been demonstrated to be a potentially valuable molec أکثر

  Random amplified microsatellite polymorphism (RAMP) is a PCR-based marker which uses a combination of two classes of markers: Simple sequence repeat (SSR) and Random amplified DNA polymorphism (RAPD) markers. RAMP has been demonstrated to be a potentially valuable molecular marker for the study of genetic relationships in cultivated plant species. The objective of this study was to optimize the application of RAMP markers for the molecular characterization of a F1 almond progeny from the cross between ‘Tuono’ and ‘Shahrood-12’ cultivar. In this first study, genomic DNA was extracted from young leaf tissues and PCR reactions were done using two nuclear SSR markers (assaying forward and reverse primers) and two selected RAPD primers. In addition, to check the transferability of these RAMP markers across Prunus genus, a F1 apricot progeny from the cross between the North American cultivar ‘Goldrich’ and the Spanish ‘Currot’ was assayed. Results showed the dominant nature of these markers with a great abundance and transferability although with a reduced polymorphism. تفاصيل المقالة
• حرية الوصول المقاله
  • صفحة الملخص
  • نص كامل
  
  7 - Optimization of the Analysis of Almond DNA Simple Sequence Repeats (SSRs) Through Submarine Electrophoresis Using Different Agaroses and Staining Protocols
  M. Rasouli A. Mousavi B. Mohammadparast P. Martínez-Gómez
  10.22034/jon.2012.515718
  Simple sequence repeat (SSR markers or microsatellites), based on the specific PCR amplification of DNA sequences, are becoming the markers of choice for molecular characterization of a wide range of plants because of their high polymorphism, abundance, and codominant i أکثر

  Simple sequence repeat (SSR markers or microsatellites), based on the specific PCR amplification of DNA sequences, are becoming the markers of choice for molecular characterization of a wide range of plants because of their high polymorphism, abundance, and codominant inheritance. Different methods have been used for the analysis of the SSR amplified fragments being submarine agarose electrophoresis the more suitable method for the routine application. In this work we have performed a comparative study of the utilization of four different types of low melting (Metaphor®, Sea Kem®, and MS-8®) and regular (LD-2®) agaroses and two different staining protocols using Ethidium Bromide and Gel Red Nucleic Acid Gel Sating®. Almond cultivars assayed included the Spanish cultivars ‘Antoñeta’, ‘Marta’, ‘Penta’, ‘Tardona’ ‘Desmayo’ and ‘Guara’, the French cultivars ‘Ferragnés’ and ‘R1000’, the USA cultivar ‘Mission’, the Tunisian cultivar ‘Achaak’, the Italian cultivar ‘Tuono’ and the Australian cultivar ‘Chellaston’. SSR detection using Metaphor® agarose gel electrophoresis was the most efficient with higher resolution and would be able to resolve most of allelic variation in comparison with the other three agaroses assayed. In addition, gel staining using Ethidium Bromide showed similar results than the GelRedTM Nucleic Acid Gel Stain® although it is much more toxic. The use of MetaPhor® agarose and GelRedTM Nucleic Acid Gel Stain® appears good indicated for molecular characterization of mapping of population due to its good resolution in comparison with the rest of agaroses, less toxicity in comparison with the use of Ethidium Bromide, and lower cost and easier routine application in comparison with the automatic capillary sequencing. تفاصيل المقالة
• حرية الوصول المقاله
  • صفحة الملخص
  • نص كامل
  
  8 - Genetic Mapping of Blooming Time in ‘Marcona’ × ‘Fragness’ Population with Using Molecular Markers
  R. TavakoliBanizi A. Imani M. Zeinalabedini A. Ebrahimi S. Piri
  10.22034/jon.2015.515649
  Flowering time is an important horticultural trait in almond since it is essential to avoid the late frosts that affect production in early flowering cultivars. Evaluation of this complex trait is a long process because of the prolonged juvenile period of trees and the أکثر

  Flowering time is an important horticultural trait in almond since it is essential to avoid the late frosts that affect production in early flowering cultivars. Evaluation of this complex trait is a long process because of the prolonged juvenile period of trees and the influence of environmental conditions affecting gene expression year by year. In this research flowering time was studied in an F1 almond progeny of 90 seedlings from the cross between the Marcona and the Fragness. In addition, a set of 63 co-dominant microsatellites or simple-sequence repeat (SSR) markers developed from peach, cherry and almond were used for the molecular characterization of the progeny. A genetic linkage map was created with 17 of these SSRs. Molecular studies at the DNA level confirmed this polygenic nature by identifying several genome regions (Quantitative Trait Loci, QTL) involved. QTL mapping detected two loci for flowering time (Ft-Q1 and Ft Q4) in Linkage groups 1 and 4 that close with BPPCT011 and UDP96-021 respectively. Finally, the development of efficient MAS strategies applied to almond and other Prunus breeding programs are also discussed. تفاصيل المقالة