مطالعه کمّی فعالیت- ساختار، داکینگ و شبیهسازی دینامیک مولکولی تعدادی از ترکیبات هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید به عنوان عاملهای ضد سل جدید
محورهای موضوعی : شیمی کاربردی
قاسم قاسمی
1
(استادیار، گروه شیمی و مهندسی شیمی، واحد رشت، دانشگاه آزاد اسلامی، رشت، ایران)
بابک مطهری
2
(دانشجوی دکتری، گروه مهندسی کامپیوتر، واحد رشت، دانشگاه آزاد اسلامی، رشت، ایران)
ربابه صیادی کردآبادی
3
(استادیار، گروه شیمی و مهندسی شیمی، واحد رشت، دانشگاه آزاد اسلامی، رشت، ایران)
کلید واژه: شبیهسازی دینامیک مولکولی, QSAR, داکینگ, هتروسیکل, سل, نیتروژن اکسید,
چکیده مقاله :
هدف: عامل سل، مایکوباکتریوم توبرکلوزیس است. یکسری از ترکیبات جدید هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید، به عنوان بازدارندههای مایکوباکتریوم توبرکلوزیس گزارش شدهاند. در این راستا، هدف پژوهش حاضر مطالعه QSAR، داکینگ و شبیهسازی دینامیک مولکولی تعدادی از ترکیبات هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید به عنوان عاملهای ضد سل جدید است.مواد و روشها: الگوریتم رقابت استعماری، PLS، PCR، LASSO و شبیهسازی مونته کارلو در محاسبات QSAR انجام گردید. همچنین محاسبات داکینگ و شبیهسازی دینامیک مولکولی میتوباکتریوم توبرکلوزیس با کد 4XGQ انجام شده است.یافتهها: جرمهای اتمی، الکترونگانیویتی اتمی ساندرسون، شاخص Ghose–Viswanadhan-Wendoloski hyptonic-like و شاخص Ghose–Viswanadhan-Wendoloski antiinfective-like در این بررسی مهم بودند. در برنامه کورال سی، از فایل اسمایل استفاده شد. RMSE برای آموزش و تست در الگوریتم رقابت استعماری، به ترتیب 1395/0 و 2970/0 بودند. در روش مونته کارلو نتایج برای سری آموزش بهصورت 7n=، 9931/0R²=، 9857/0 Q²=و 039/0 MAE=و برای سری تست بهصورت 6n=، 9413/0R²=، 9107/0Q²=و 367/0 MAE=بدست آمد.نتیجهگیری: مولکولهای 10 و 11 ترکیبات پایداری هستند که برای بررسیهای بیشتر از جمله مطالعات آزمایشگاهی کلینیکی پیشنهاد میشوند.
Objectiv: Mycobacterium tuberculosis (Mtb), is agent of tuberculosis. A series of novel N‑Oxide-Containing Heterocycles have been reported as selective Mycobacterium tuberculosis inhibitors. QSAR, Docking, and Molecular Dynamics Simulation studies were investigated.Materials and Methods: Imperialist Competitive Algorithm (ICA), Partial least squares (PLS), Principle Component Regression (PCR), Least Absolute Shrinkage, Selection Operator (LASSO), and Monte-Carlo simulation were used to create QSAR models. The molecular docking and molecular dynamics simulation were carried out on Mycobacterium tuberculosis (Mtb) strain H37Rv (PDB: 4XGQ).Findings: Atomic masses, atomic sanderson electronegativities, Ghose–Viswanadhan-Wendoloski antiinfective-like index and Ghose –Viswanadhan-Wendoloski hyptonic-like index were important in our study. The SMILES files have been used with coralsea software. The root-mean square errors of the training set, and the test set for ICA model, were 0.2970, 0.1395 respectively. The results of the Monte-Carlo method were the following: n=7, R²=0.9931, Q²=0.9857, MAE=0.039 (Training set); n=6, R²=0.9413, Q²=0.9107, MAE=0.367 (Test set).Conclusion: Molecules 10 and 11 were presented as the most stable ones that may be introduced for further investigations, including clinical experiments.
329-338.
_||_
329-338.