تاثیر ارتفاع بر روی تنوع و فروانی جمعیت باکتریایی نمونه های خاک کوه قلعه کاظم خان دریاچه ارومیه
محورهای موضوعی : میکروب شناسی محیطی
فاطمه غفارنژاد مقدم
1
(گروه میکروبیولوژی، واحد کرج، دانشگاه آزاد اسلامی، کرج، ایران.)
محمود شوندی
2
(استادیار گروه میکروبیولوژی و بیوتکنولوژی، پژوهشگاه صنعت نفت)
اعظم حدادی
3
(گروه میکروبیولوژی، واحد کرج، دانشگاه آزاد اسلامی، کرج، ایران.)
محمد علی آموزگار
4
(دانشیار گروه میکروبیولوژی دانشکده علوم دانشگاه تهران)
کلید واژه: تنوع باکتریایی, NGS, ارتفاع جغرافیایی, محیط نمکی,
چکیده مقاله :
سابقه و هدف: با توجه به شرایط بحرانی دریاچه ارومیه، شناسایی باکتری هایی که توانایی زیستن در محیط های افراطی را داشته باشند، به لحاظ کاربرد های میکروبی و تحمل پذیری شرایط زیستی موجود، جالب توجه بوده و به درک هر چه بهتر ما از محیط پیرامون کمک می نماید. در این مطالعه فراوان ترین شاخه باکتریایی موجود در نمونه های خاک از سه ارتفاع 10، 150 و 250 متریِ کوه قلعه کاظم خان در ساحل دریاچه فوق شور ارومیه بررسی شده است. مواد و روش ها: نمونه های خاک جمع آوری شده و برای شناسایی و طبقه بندی رده های زیر مجموعه Proteobacteria از توالی یابی S rRNA16 به روش توالی یابی نسل بعد (NGS) استفاده شد و با بکارگیری نرم افزار ژنتیکی FLASH و نیز الگوریتم UCHIME توالی های بهدست آمده شناسایی شدند. یافته ها: تغییر ارتفاع بر فراوانی و تنوع سویه های شناسایی شده در شاخه proteobacteria مشهود بود به شکلی که درصد فراوانی Alphaproteobacteria با ارتفاع رابطه مستقیم داشت و برعکس، درصد فراوانی Betaproteobacteria با کاهش ارتفاع افزایش یافت. این تغییر در تنوع سویه های مربوط به هر یک از رده ها نیز مشاهده می شود. نتیجه گیری: در بررسی های اجمالی نمونه ها، درصد فراوانی Proteobacteria رابطه معکوسی با افزایش ارتفاع دارد ولی در بررسی مجزای رده های میکروبی، ارتباط معناداری بین افزایش و کاهش فراوانی و ارتفاع نمونه برداری، مشاهده می گردد. همچنین دو تیره ناشناخته و طبقه بندی نشده در ردهDeltaproteobacteria نیز در نمونه ها شناسایی شدند که دارای درصد فراوانی بالایی (18-27 درصد) در بین داده های مربوط به سه نمونه بودند.
Background & Objectives: Considering the critical conditions of Lake Urmia, identifying bacteria with the ability to live in extreme environments is valuable in terms of microbial applications and tolerance of the existing biological conditions, and it helps us to better understand the surrounding environment. In this study, the most abundant microbial branch in the soil samples obtained from three different heights of 10, 150 and 250 meters of Qale Kazem Khan Mountain, which is located on the shore of a very salty lake in Urmia, has been investigated. Materials & Methods: The soil samples were collected to identify and classify Proteobacteria subgroups using 16S rRNA sequencing using Next Generation Sequencing (NGS) as well as FLASH genetic software and UCHIME algorithm to identify the obtained sequences. Results: Altitude change affects the abundance of Alphaproteobacteria and Betaproteobacteria. The abundance percentage of Alphaproteobacteria has a direct relationship with altitude, while the abundance percentage of Betaproteobacteria increased with the decrease in altitude. Conclusion: in the overview the percentage of Proteobacteria abundance the samples has an inverse relationship with the increase in height, whereas in the separate examination of the microbial groups, a significant relationship between the increase and decrease in abundance and the height of sampling is observed. Also, two unknown and unclassified genera in the Deltaproteobacteria order were also identified which a very high frequency percentage (18-27%) among the data had related to the three samples.
_||_