پرندگان دستگاه تنفسی گسترده‌ای دارند و به دلیل همین گستردگی عوامل عفونی متعددی می‌توانند آن‌ها را مورد تأثیر قرار دهند. طیور صنعتی نیز از این مسئله مستثنی نبوده و بیماری‌های بسیار مهمی باعث درگیری این دستگاه در پرندگان می‌شوند.عوامل ویروسی به طور عمده تخریب گسترده‌‌تری نسبت به عوامل دیگر دارند و همچنین شیوع و واگیری بالای آن‌ها باعث شده که از مهم‌ترین عوامل تهدیدکننده‌ی این صنعت به حساب بیایند. از میان تمام عوامل ویروسی، ویروس‌های آنفلوانزا و نیوکاسل به دلیل کشندگی و شیوع بالا از عوامل بحرانی مرغداری‌های صنعتی در ایران و جهان به شمار می‌آیند. برای پیشگیری از این موارد از واکسیناسیون گسترده در تمامی انواع طیور استفاده می‌شود ولی به دلیل جهش در محتوای ژنومی و شکست در واکسیناسیون، همچنان بروز بیماری مشاهده می شود. در این راستا دراین مطالعه شیوع مولکولی ویروس‌های آنفلوانزا و نیوکاسل را در گله‌های گوشتی هشت استان کشور بررسی شد. ما از 90 مزرعه طیور گوشتی در بازه‌ی زمانی شهریور 1399 تا پایان دی ماه 1399 نمونه‌برداری کردیم و آن‌ها با آزمون RT-PCR مورد مطاله قرار دادیم. نتایج ما نشان داد که استان خراسان رضوی (50%) و کرمان (30%) به ترتیب بیشترین شیوع نیوکاسل و آنفلوانزا را در کل هشت استان داشتند. پایش دائمی موارد رخ داده و بررسی برنامه‌های واکسیناسیون گله‌های مبتلا در هر سال از اقدامات لازم برای کنترل استراتژیک سندرم تنفسی در جوجه‌های گوشتی است. قابل ذکر است که انجام مطلعات اپیدمیولوژیک بر روی عوامل موثر در شیوع این سندرم و شکست استراتژی واکسیناسیون ضروری به نظر میرسد.