جی-کوادروپلکس ها بیوساختارهایی هستند که به عنوان شناساگر زیستی مورد استفاده قرار می گیرند. این ترکیبات از صفحات گوانین دار چهارتایی تشکیل شده اند. مطالعه برهم کنش جی-کوادروپلکس با لیگاندهای مسطح اهمیت زیادی دارد. در این کار، اثر جی-کوادروپلکس بر آروماتیسیته حلقه های سه لیگاند مبتنی بر فنانترولین به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی و تئوری تابعی چگالی مورد مطالعه قرار گرفت. لیگاندهای مورد بررسی N,N'-(dibenzo [b, j] [1,7] phenanthroline-2,10-diylbis (methylene)) die-thanamine (L1), N,N'-(dibenzo [b, j] [1,7] phenanthroline-2,10diylbis (methylene)) bis (N-methylpropan-1-amine) (L2) and N1-(dibenzo [b, j] [1,7] phenanthroline-7-ylmethyl)-N3-methy lpropane-1,3-diamine (L3) هستند که در ساختار آنها 5 حلقه آروماتیک وجود دارد. برای بررسی اثر دما محاسبات در چهار دمای 20، 40، 60 و 80 درجه سانتیگراد تکرار شدند. اندیس HOMA به عنوان شاخص آروماتیک بودن حلقه ها محاسبه شد. نتایج به دست آمده نشان می دهد که لیگاند L1 از دو لیگاند دیگر آروماتیسیته ی بالاتری دارد. همچنین، با افزایش دما آروماتیسیته حلقه های لیگاندها کاهش می یابد. از طرفی، دو حلقه ای انتهایی لیگاندها بیشتر تحت تاثیر جی-کوادروپلکس قرار گرفته اند. به طور کل، آروماتیسیته ی حلقه های پنج تایی لیگاندها با برهم کنش با جی-کوادروپلکس افزایش می یابد. تفاصيل المقالة

In this research, the interaction of four single stranded nucleic acid homopolymers including hemo deca adenine, dA10, hemo deca thymine, dT10, hemo deca guanine, dG10 and hemo deca cytosine, dC10, with single-walled carbon nanotubes was studied by molecular dynamics simulation method. The simulations were performed using Gromacs software and Amber force field, with a simulation time of 250 nanoseconds and 2 femtosecond time step. The root mean square deviation (RMSD) values were calculated to validate the simulations, indicating that the systems reached equilibrium. The distance between the center of mass of the homo deca polymers and the surface of the carbon nanotube was also calculated, and the results showed that the interaction of monocyclic organic bases with the nanotubes was higher due to less steric hindrance with the phosphate group. The results suggest that monocyclic organic bases may be more suitable for interactions with carbon nanotubes due to their lower steric hindrance. تفاصيل المقالة