توالی نوکلئوتیدی و پروتئینی و روابط فیلوژنتیکی بین ژن های کد کنندة هفت آنزیم سیتو‌کرمP450 متعلق به قارچ بیمارگر حشرات Beauveria bassiana جدایة ATCC90517 موجود در بانک ژن مورد ارزیابی قرار گرفت. براساس نتایج BLASTN، بیشترین میزان شباهت هفت توالی مورد بررسی با ژن ‌های B. bassiana جدایة ARSEF (84-100درصد) و سپس قارچ‌ های Cordyceps militaris و Isaria fumosorosea (76-89 درصد) مشاهده شد که مطابق نتایج BLASTP بود. محاسبة میزان درصد شباهت توالی‌ ها با یکدیگر با استفاده از برنامه SIAS نشان داد که تنها توالی اسید‌آمینه‌ پروتئین‌ های مربوط به دو ژن CYP52X1 وCYP52G11 بالای 47 درصد شباهت نشان دادند که در یک خانواده (CYP52) قرار گرفتند توالی های مرتبط با خانواده‌های مختلف شباهت کمتر از 44 درصد داشتند. درخت ‌های فیلوژنتیکی رسم شده با استفاده از نرم‌افزار IQ-tree v.1.6بر مبنای نوکلئوتید و اسید آمینه نشان دادند که CYP53A26 و CYP617N1 با بیشترین میزان شباهت به یکدیگر در یک گروه جداگانه قرار گرفتند. سایر ژن‌ های P450 نیز با هم در یک گروه بودند. تعیین ویژگی‌ های پروتئینی و نواحی حفاظت شده در هفت آنزیم سیتوکرم P450 در قارچ B. bassiana به دلیل نقش آن‌ ها در اتصال به آهن بسیار مهم و ضروری است. حضور اسید آمینه‌ های متنوع با خصوصیات مختلف در نواحی حفاظت شده توانسته دامنة میزبانی این قارچ را در کنترل حشرات آفت افزایش دهد. تفاصيل المقالة

به‌منظور بررسی فعالیت آنزیم‌های آنتی‌اکسیدانت 14 کلون چای در شرایط نرمال و تنش خشکی، دو آزمایش جداگانه به‌صورت طرح بلوک‌های کامل تصادفی با دو تکرار در سال زراعی 1396 در ایستگاه تحقیقات چای فشالم (رشت) اجرا گردید. در هر دو طرح، آبیاری به‌صورت معمول تا آخر تیر ماه انجام شد؛ اما در تیمار خشکی، از ابتدای مرداد تا موقع برداشت برگ‌های چای، آبیاری قطع گردید. در آخر مرداد، از هر کرت در هر دو آزمایش، برگ کلون‌های چای برداشته شده و به فریزر 80- منتقل شدند. فعالیت آنزیم‌های آنتی‌اکسیدانت آسکوربات پراکسیداز، سوپراُکسیددیس‌موتاز، کاتالاز، فنیل‌آلانین آمونیالیاز، لیپید پراکسیداز، میزان مالون‌دی‌آلدئید، بتاکاروتن و لیکوپن اندازه‌گیری شدند. نتایج نشان داد که تنش خشکی باعث افزایش فعالیت آنزیم‌های آنتی‌اکسیدانت گردید. بر اساس نتایج به‌دست‌آمده از مقایسات میانگین، کلون‌های 100، 399 و بذری تحت شرایط تنش خشکی دارای بیشترین مقادیر برای بیشترین مقدار فعالیت آنزیم‌های آنتی‌اکسیدانت آسکوربات پراکسیداز، سوپراُکسیددیس‌موتاز، کاتالاز، پراکسیداز، فنیل‌آلانین آمونیالیاز، لیپید پراکسیداز بودند. در طرف مقابل، این کلو‌ن‌ها کمترین مقدار را برای مالون‌دی‌آلدئید دارا بودند. این مساله تحمل نسبی آن‌ها را به خشکی نشان می‌دهد. کلون‌های 278 و 276 با کمترین مقدار آنزیم‌های آنتی اکسیدانت در شرایط تنش خشکی (بجز مالون‌دی‌آلدئید) به‌عنوان کلون‌های حساس در نظر گرفته شدند. تفاصيل المقالة

ریحان یکی از گیاهان مهم متعلق به تیره نعناعیان است که به‌عنوان گیاه دارویی، ادویه‌ای و همچنین به‌صورت سبزی تازه مورد استفاده قرار می‌گیرد. به‌ منظور مطالعه روابط بین عملکرد برگ و صفات زراعی، تعداد 22 ژنوتیپ ریحان براساس طرح اسپیلت پلات بر پایه طرح بلوک‌های کامل تصادفی با سه تکرار در گلدان و در شرایط مزرعه‌ای مورد ارزیابی قرار گرفتند. فاکتور اصلی شامل تنش خشکی در سه سطح (نرمال، تنش متوسط و تنش شدید) و عامل فرعی شامل ژنوتیپ (در 22 سطح) بود و صفات زراعی اندازه‌گیری شدند. همبستگی صفات در هر سه شرایط نشان داد که عملکرد برگ همبستگی مثبت و معنی‌داری با صفات وزن تر ساقه، تعداد برگ، طول و عرض برگ داشت. با در نظر گرفتن عملکرد برگ به عنوان متغیر وابسته و انجام تجزیه رگرسیونی گام به گام در شرایط نرمال (به ترتیب صفات وزن تر ساقه، تعداد برگ و عرض برگ در مرحله اول)، شرایط تنش خشکی متوسط (صفت وزن خشک ساقه در مرحله اول) و شرایط تنش خشکی شدید (صفت وزن تر ساقه در مرحله اول) وارد مدل گردیدند و مدل در سطح یک درصد معنی‌دار گردید. تجزیه مسیر نشان داد که صفت وزن تر ساقه در شرایط نرمال، وزن خشک ساقه در شرایط تنش متوسط و وزن تر ساقه در شرایط تنش شدید بالاترین اثر مستقیم و مثبت را بر عملکرد برگ داشتند. بنابراین مهم‌ترین صفات به عنوان شاخص گزینش جهت بهبود عملکرد برگ به ترتیب شامل وزن تر ساقه، تعداد برگ، طول و عرض برگ بودند. تفاصيل المقالة

سابقه و هدف: آنزیم‌های سیتوکروم P450خانواده بزرگی از پروتین‌های دارای آهن هستند و نقش مهمی در متابولیسم ترکیبات مختلف دارند.قارچ بیمارگر حشرات، بووریا بازیانا نیز حاوی این آنزیم‌ها برای هدف‌گیری آلکان‌ها در حشرات است. هدف از این پژوهش، بررسی ویژگی‌ها و ساختار پروتینی هفت آنزیم سیتوکروم P450در این قارچ و پیش‌بینی ساختار سه بعدی این آنزیم‌ها با روش‌ مدلسازی هومولوژی بود.مواد و روش‌ها: برای پیش‌بینی احتمال حضور و موقعیت سایت‌های برشی پپتیدهای سیگنال در توالی‌های اسید‌آمینه از برنامه SignalP4.1 استفاده شد. برخی پارامترهای فیزیکی و شیمیایی پروتین‌های مورد نظر با برنامه ProtParam و مدل سازی در پایگاه Modebase انجام شد.یافته‌ها: در تمامی توالی‌ها یک ناحیة حفاظت‌شده با حدود 200 اسیدآمینه‌ مرتبط با P450شناسایی شد. این ناحیة حفاظت‌شده در توالی 45-96 تا حدود 477-520 قرار داشت. پروتئین‌های CYP539B5 و CYP52G11 پایدارند. CYP584Q1 بیشترین و CYP617N1 کمترین میزان اسید‌آمینه آب دوست را داشت. از بین مدل های انتخاب شده مدلی که دارای کمترین ارزش e و بالاترین پوشش بود، به عنوان بهترین مدل انتخاب شد. CYP5337A1 و CYP52G11 فاقد مارپیچ و CYP617N1 دارای دو مارپیچ بود. تعداد اسیدهای‌آمینه تخمین‌زده‌شده در مارپیچ، در تمام موارد به جز CYP584Q1، CYP5337A1 و CYP52G11 بیشتر از 18 بود. اما هیچ سیگنال پپتیدی شناسایی نشد.نتیجه‌گیری: در این تحقیق، برای اولین بار ساختار‌های سه بعدی هفت آنزیم سیتوکروم P450در قارچ بووریا بازیانا مدل سازی شد. پایداری آنزیم‌ها و مقاومت آن‌ها در مقابل عوامل نامطلوب محیطی مانند دما و اشعة ماورای بنفش می‌تواند میزان بیمارگری قارچ را علیه آفات افزایش دهد. تفاصيل المقالة

سابقه و هدف: يكي از گروه‌های ژنی مهم كه در برخی از باکولوویروس‌های بیمارگر حشرات حفاظت‌شده‌اند، ژن‌های ̗انهانسین هستند. در تحقیق حاضر، توالی‌های نوکلئوتیدی و پروتئینی انهانسین و روابط فیلوژنتیک میان آن‌ها همراه با تجزیه‌و‌تحلیل کدونی توالی‌های نوکلئوتیدی و نواحی حفاظت‌شده با استفاده از پایگاه‌های محاسباتی بررسی‌شد. مواد و روش‌ها: شصت و هفت توالي‌ نوکلئوتیدی و اسید‌آمینه‌ای مربوط به ژن ̗انهانسین از بانک‌ژن استخراج و برای رسم درخت فیلوژنتیکی بر مبنای روش حداکثر احتمال استفاده‌شد. توالی‌های نوکلئوتیدی مربوط به نُه ژن منتخب برای بررسی فراوانی کدون‌ها انتخاب و از پایگاه سکوئنس مانیپیولیشن سوئیت استخراج ‌شدند. برای مشاهده نواحی حفاظت‌شده در توالی‌های اسید‌آمینه‌ای‌ از سایت موتیف‌سرچ استفاده شد. یافته‌ها: درخت رسم‌شده بر اساس توالی‌های نوکلئوتیدی و اسید‌آمینه‌ای‌، به ترتيب دو و سه گروه اصلی را به نمایش‌گذاشت. توالي‌هاي آگروتیس سگتومگرانولوویروس، اپروفترا بروماتا نوکلئو‌پلی‌هدر‌ویروس و كوريستونورا فوميفرانا مالتيپل نوکلئو‌پلی‌هدرو‌ویروس هر كدام در گروه مجزاي خود قرار‌داشتند. در تمام نه توالی نوکلئوتیدی منتخب، کدون‌های فراوان‌تر شامل ATG و TGG بودند که به ترتیب مربوط به اسید‌‌آمینه‌های متیونین و تریپتوفان هستند. در توالی‌های اسید آمینه‌ای‌، توالی حفاظت‌شدة HEXXH مشخص‌شد. توالی‌های حفاظت نشدة متناظر HAISF، HCMAE، QTLGD، HQXXH و HVXXH در برخی مشاهده‌شدند. نتیجه‌گیری: از آنجا که تولید و ترشح هر چه بیشتر آنزیم انهنسين‌ می‌تواند برای افزایش فعالیت حشره‌کشی باکولوویروس‌ها استفاده شود و بصورت تجاری برای کنترل آفات بکار‌رود، مطالعات بیوانفورماتیک برای پیش‌بینی ویژگی‌های نوکلئوتیدی و اسید‌آمینه‌ای پروتئین‌های مذکور در این زمینه بویژه با تولید باکولوویروس‌های نو‌ترکیب می‌تواند بسیار راه‌گشا‌باشد. تفاصيل المقالة

سابقه و هدف: باکتری گرم مثبت باسیلوس تورینجینسیس بلور‌های پروتین‌ با خاصیت حشره‌کشی تولید ‌می‌کند. تحلیل توالی‌های کوچک ژنrDNA برای مطالعه تکامل و رده‌بندی موجودات زنده به‌کار‌ می‌رود. این مطالعه با استفاده از تکنیک واکنش زنجیره‌ای پلیمراز ‌روی توالی S Rdna 16 از پنج جدایه‌ بومی باسیلوس تورینجینسیس انجام‌ شد. مواد و روشها: بررسی ویژگی‌ها و روابط فیلوژنتیک میان پنج توالی جدایه‌های بومی همراه با جدایه‌های دیگر موجود در بانک ژن و سایر گونه‌های جنس باسیلوس، با نرم‌افزار مسکوئیت و پایگاه leBIBIQBPP انجام‌ شد. یافتهها: پنج جدایه بومی به میزان 92/06 تا 99/93 درصد با یکدیگر و به میزان 99/73 تا ۱۰۰ درصد با سایر جدایه‌های باسیلوس تورینجینسیس شباهت داشتند. درخت فیلوژنتیک نشان ‌داد Bt 1019،Bt 1020 وBt 1039 در گروه اول وBt 1001 وBt 1091 در گروه دوم قرار‌گرفتند. بر اساس تحلیل توالیBt 1001 با کمک leBIBIQBPP، کمترین فاصله با با‌سیلوس فریگوریتولرانس بدست ‌آمد، همچنین توالیBt 1091 نیز بیشترین شباهت را با باکتری مذکور نشان‌ داد. توالی باسیلوس آنتراسیس به Bt 1019 نزدیک بود. توالیBt 1020 بیشترین نزدیکی را با باسیلوس سرئوس داشت. در مورد Bt 1039 علاوه بر باسیلوس سرئوس، کمترین فاصله با باسیلوس مارکورستینکتوم مشاهده ‌شد. نتیجهگیری: بلور‌های پروتینی در باکتری‌های بومی مشاهده ‌شدند. بلاست توالی ژن S rDNA 16 در جدایه‌های بومی بیشترین شباهت را به جدایه‌های باسیلوس تورینجینسیس موجود در بانک ژن نشان ‌داد. همچنین به دلیل استخراج بلورهای سم از جدایه ها، نتایج پیش‌بینی‌ کرد سه جدایه بومی Bt 1019،Bt 1020 وBt 1039 علیه آفات بالپولکداران و دو جدایهBt 1001 وBt 1091 علیه آفات سخت‌ بالپوش می‌توانند موثر و سمی باشند. تفاصيل المقالة