بررسی نظری ساختارهای چرخشی β دی پپتید محافظت شده سرین-آلانین با استفاده از محاسبات کوانتومی
الموضوعات : شیمی کوانتومی و اسپکتروسکوپی
بهزاد چهکندی
1
(دانشگاه آزاد اسلامی واحد مشهد)
الکلمات المفتاحية: DFT, QTAIM, M06-2X, دی‌پپتید, سرین-آلانین, ساختار چرخشیβ, راماچاندران, Dipeptide model, Serine-Alanine, β-turn, Ramachandran, QAIM,
ملخص المقالة :
در این تحقیق با استفاده از محاسبات کوانتومی در فاز گازی در دو سطح محاسباتی B3LYP/6-311+G(d,p) و M06-2X/6-311+G(d,p)، ساختارهای چرخشی β فرم L دی پپتید محافظت شده سرین-آلانین بر روی نقشه راماچاندران مورد بررسی قرار گرفته اند. از بین 243 کنفورمر محتمل دی پپتید محافظت شده N-For-ser-ala-NH2، 26 کنفورمرساختار چرخشیβ را دارند. نظریه کوانتومی اتم ها در مولکول ها برای بررسی طبیعت پیوندهای هیدروژنی بین مولکولی ساختارهای چرخشی βمورد استفاده قرار گرفته است. نتایج بدست آمده مشخص می کنند که کنفورمر متعلق به نوع V ساختارهای βبه دلیل تشکیل سه پیوند هیدروژنی، پایدارترین ساختار چرخشیβ در بین همه ساختارها است. در حالی که ناپایدارترین ساختار چرخشیβ ( )، متعلق به نوع I، به ترتیب دو و یک پیوند هیدروژنی در دو سطح محاسباتی B3LYP/6-311+G(d,p) و M06-2X/6-311+G(d,p) را تشکیل می دهد.
_||_
