معرفی روش ساده و آسان برای استخراج DNA ژنومی در قارچ‌های رشته‌ای

الموضوعات : دو فصلنامه تحقیقات بیماریهای گیاهی

سعید غفوری هرات ¹ , طاهره بصیر نیا ² , سید محمد رضا موسوی ³

1 - دانش آموخته کارشناسی ارشد، گروه بیماری شناسی گیاهی، واحد مرودشت، دانشگاه آزاد اسلامی، مرودشت، ایران.
2 - استادیار، گروه بیماری شناسی گیاهی، واحد مرودشت، دانشگاه آزاد اسلامی، مرودشت، ایران.
3 - استادیار، گروه بیماری شناسی گیاهی، واحد مرودشت، دانشگاه آزاد اسلامی، مرودشت، ایران.

تاريخ الإرسال : 22 الإثنين , ربيع الثاني, 1437 تاريخ التأكيد : 22 الإثنين , ربيع الثاني, 1437 تاريخ الإصدار : 14 السبت , شعبان, 1437

الکلمات المفتاحية: گریندر, قارچ های رشته ای, C-TAB, PCR, استخراج DNA, ITS,

ملخص المقالة :

امروزه روش­های مولکولی لازمه انجام بسیاری از تحقیقات می‌باشد. اساس کار اکثر این آزمایشات و تحقیقات مولکولی بر پایه استخراج DNA می‌باشد، از این رو انتخاب و کشف روش جدیدی که در عین نتیجه بخش بودن، کم هزینه، ساده، کم خطر و سریع نیز باشد بسیار حائز اهمیت است. تکنیک‌های معمولی که در بخش کشاورزی جهت استخراج DNA قارچ­های رشته­ای مورد استفاده قرار می‌گیرد شامل C-TAB، فنل کلروفرم و کیت­های آزمایشگاهی استخراج DNA می‌باشد که هر کدام مزایا و معایب خاص خود را دارند، در این مقاله روشی جهت استخراج DNA از قارچ‌های رشته‌ای پادزیست، گندرو و بیماری‌زای گیاهی معرفی می‌گردد که تلفیقی از روش­های مذکور به منظور تسهیل و عدم استفاده از ازت مایع و فنل جهت استخراج DNA می‌باشد که در مورد مخمرها نیز استفاده می شود. این روش، روش خرد کردن با گریندر نام دارد که ایمن­تر، کم هزینه­تر و سریع­تر بوده و DNA حاصله از درجه خلوص نسبتا بالایی برخوردار است. خلوص و کیفیتDNA استخراج شده توسط این روش به کمک اسپکتروفتومتر بررسی گردید و به کمک آغازگر­های اختصاصی و PCR، ناحیه‌ی ITS از DNA ریبوزومی و ژن β-tubulin در DNA استخراج شده، تکثیر گردید. با توجه به نتایج به دست آمده از اسپکتروفتومتر و کیفیت باند­های حاصل از محصول PCR در ژل آگاروز، می‌توان این روش را به­عنوان یک روش عملی و مناسب جهت استخراج DNA قارچ‌های رشته ای بکار برد.
 
 

المصادر:

1. Adams DJ. 2004. Fungal cell wall chitinases and glucanases. Microbiology 150: 2029–2035.


2. Ahmed O, Atif HA and Mogahid ME. 2014. Comparison of three DNA extraction methods for polymerase chain reaction (PCR) analysis of bacterial genomic DNA. African Journal of Microbiology Research 8: 598–602.


3. Almeida da Silva G, Bernardi TL, Schaker PDC, Menegotto M and Valente P. 2012. Rapid yeast DNA extraction by boiling and freeze-thawing without using chemical reagents and DNA purification. Brazilian Archives of Biology and Technology 2: 319–327.


4. Amer EO, Mahmoud MA, El-Samawaty AM and Sayed SR. 2011. Non liquid nitrogen-based-method for isolation of DNA from filamentous fungi. African Journal of Biotechnology 10: 14337–14341.


5. Anonymous. 2000. Assessment of nucleic acid purity. T042‐Technical Bulletin, Wilmington, Delaware: Thermo Fisher Scientific – NanoDrop Products.


6. Clark W and Christopher K. 2000. An introduction to DNA: spectrophotometry, degradation, and the 'Frankengel' experiment. pp. 81–99 In SJ Karcher (eds). Tested studies for laboratory teaching, Volume 22. Proceedings of the 22^nd Workshop / Conference of the Association for Biology Laboratory Education (ABLE). Edmonton: Publication of University of Alberta.


7. De Souza C, De Queiroz Cavalcanti M, Fernandes M, Massa Lina D, Nascimento J and Laranjeria D. 2003. Identification and characterization of filamentous fungi isolated from the sunflower (Helianthus annus L.) rhizosphere according to their capacity to hydrolyse inulin. Brazilian Journal of Microbiology 34: 273–280.


8. Desjardins P and Conklin D. 2010. NanoDrop microvolume quantitation of nucleic acids. Journal of visualized experiments, (45): 2565


9. Diba K, Namaki A, Ayatolahi H and Hanifian H. 2014. Comparison of biochemical and molecular methods for the identification of candida species causing vulvovaginal candidiasis and recurring vulvovaginal candidiasis. Iranian Journal of Medical Microbiology 8: 45–50.


10. Fredricks DN, Smith C and Meier A. 2005. Comparison of six DNA extraction methods for recovery of fungal DNA as assessed by quantitative PCR. Journal of Clinical Microbiology 43: 5122–5128.


11. Gauthier ER. 2007. Biochemistry I. Department of Chemistry and Biochemistry. [cited 2015 March 18] Available from: http://www.foodelphi.com/biochemistry-problems-and-solutions-eric-r-gauthier-ph-d/


12. Kamalzadeh S and Sabokbar A. 2014. Molecular survey of pathogen species of Aspergillus isolated from diabetic foot lesion using nested PCR method. Journal of Medical Sciences Torbat, 1: 25–32.


13. Michaelsena A, Pinzarib F, Ripkaa K, Lubitza W and Pinar G. 2006. Application of molecular techniques for identification of fungal communities colonising paper material. International Biodeterioration & Biodegradation 58: 133–141.


14. Moallemzadeh A, Yadegari M, Rajabi M and Kachuei R. 2014. The simple molecular method for confirming identification of the main species of fungi Candida, Aspergillus and Dermatophyte. The Journal of Urmia University of Medical Sciences 25: 105–112.


15. Płaza1 G, Upchurch R, Brigmon R, Whitman W and Ulfig K. 2004. Rapid DNA extraction for screening soil filamentous fungi using PCR amplification. Polish Journal of Environmental Studies 13: 315–318.


16. Prillinger H, Schweigkofler H, Breitenbach M,  briza P, Staudacher E, Lopandic K, Molnaur O, Weigang F, Ibl M and Ellinger A. 1997. Phytopathogenic filamentous (Ashbya, Eremothecium) and dimorphic fungi (Holleya, Nematospora) with Needle-shaped ascospores as new members within the Saccharomycetaceae. Yeast 13: 945–960.


17. Ragazzo-Sanchez J, Gutierrez-Escatel A, Luna-Solano G, Gómez-Leyva J and Calderon-Santoyo M. 2011. Molecular identification of the fungus causing postharvest rot in jackfruit. Journal of Revista Mexicana de Micología 34: 9–15.


18. Serrano R, Gusmão L, Amorim A and Araujo R. 2011. Rapid identification of Aspergillus fumigatus within the section Fumigati. BMC Microbiology 11:82. doi: 10.1186/1471-2180-11-82.


19. Shinawi T. 2010. DNA Gel Electrophoresis. Molecular Biology Lab, 5 p.


20. Skoog DA. 1985. Principle of instrumental Analysis. USA Saunders College Publishing.


21. Sridhar P. 2006. Polymerase Chain Reaction (PCR). Department of Microbiology jjmmc, 3 p.


22. Yanisko P, zheng SY, Dumoit J and Carlson B. 2011. Nitrogen: A security blanket for the chemical industry. Chemical Engineering Progress 107: 50–55.


23. Zador E. 2011. The polymerase chain reaction. Basic biochemical methods and ischemic heart models, 59 p.