فصل نامه فیزیک اتمی و مولکولی با مدیر مسئولی جناب آقای دکتر فرخ پیام و سردبیری جناب آقای دکتر ملک فر در سال 1388 با درجه علمی آغاز به فعالیت نمود. مدیر داخلی فصل نامه سرکار خانم دکتر لاله فرهنگ متین است.
در سال 1389 فصل نامه فیزیک اتمی مولکولی، استناد به کمیسیون مجلات علمی دانشگاه آزاد اسلامی به درجه علمی پژوهشی ارتقا یافت .