مجله زیست‌فناوری میکروارگانیسم‌های محیطی (BJEM) مقالات مختلف در تمام جنبه‌های مربوط به کاربردهای زیست‌فناوری میکروارگانیسم ها را در محیط‌های مختلف مانند هوا، خاک و آب منتشر می‌کند. این مجله سعی دارد در اسرع وقت مقالات را برای بررسی و در صورت پذیرفته شدن انتشار دهد. مقالات را به‌صورت رایگان برای اهداف آموزشی و در اختیار همگان قرار می‌گیرد. تحقیقات باید با توجه به اصول میکروب‌شناسی، فرآیندهای میکروبی بنیادی یا سؤالات اساسی در میکروب‌شناسی کاربردی یا محیطی با جنبه‌های زیست‌فناوری آن‌ها بپردازد. مجله زیست‌فناوری میکروارگانیسم‌های محیطی موضوعات زیر را پوشش می‌دهد:
- زیست‌فناوری میکروبی در محیط‌های دریایی
- زیست‌فناوری میکروبی خاک
- جنبه‌های زیست‌فناوری در مورد میکروارگانیسم‌ها در محیط‌های سخت
- فرسایش‌های میکروبی
- میکروبیولوژی سطوح
- میکروبیولوژی نفت
- معدنی شدن ترکیبات آلی توسط میکروارگانیسم‌ها
- تشکیل و عملکرد بیوفیلم های میکروبی در محیط‌های مختلف
- مطالعات متاژنومیکس میکروبی و بیوانفورماتیک در محیط‌های مختلف